STRING Database MCP Server

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

• 接続方法: クラウドで動く
• トランスポート: Streamable HTTP
• カテゴリ: データベース・データセット

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

必要なもの

• クラウドで動くインストール不要。インターネット経由でつながります

どのアプリを使っていますか？

https://mcp.string-db.org/

claude mcp add --transport http string https://mcp.string-db.org/

{
  "mcpServers": {
    "string": {
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

{
  "servers": {
    "string": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

https://mcp.string-db.org/

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

ツールの名前と説明は、サーバーが2026年11月7日に返したそのままの内容です。書いたのは作者で、私たちではありません。プレーンテキストとして表示しています。

• string_resolve_proteins

  Maps one or more protein identifiers to their corresponding STRING metadata, including: gene symbol, description, sequence, domains, species, and internal STRING ID. This method is useful for translating raw identifiers into readable, annotated protein entries. Example input: "TP

• string_interactions_query_set

  Retrieves the interactions between the query proteins. Use this method only when you specifically need to list the interactions between all proteins in your query set. - For a **single protein**, the network includes that protein and its top 10 most likely interaction partners, p

• string_all_interaction_partners

  Retrieves all interaction partners for one or more proteins from STRING. This tool returns all known interactions between your query protein(s) and **any other proteins in the STRING database**. - Use this when asking **“What does TP53 interact with?”** - It differs from `string_

• string_visual_network

  Retrieves a URL to a **STRING interaction network image** for one or more proteins. - For a single protein: includes the protein and its top 10 most likely interactors. - For multiple proteins: includes all known interactions **within the query set**. The input may include one nu

• string_network_clustering

  Performs **network clustering** on a STRING interaction network and returns a network image URL, an interactive STRING network URL, and details about each detected cluster. Provide a table with each detected cluster’s color, STRING-derived functional description, and any returned

• string_network_link

  Retrieves a stable URL to an interactive STRING network for one or more proteins. - For a single protein: includes the protein and its top 10 most likely interactors. - For multiple proteins: includes all known interactions **within the query set**. The input may include one nume

• string_homology

  Retrieves pairwise protein similarity scores (Smith–Waterman bit scores) for the query proteins. - If no target species (`species_b`) is provided, results are intra-species (within the query species). - To retrieve homologs in other species or clades (e.g. vertebrates, yeast, pla

• string_interaction_evidence

  Retrieves direct links to STRING evidence pages for protein–protein interaction pairs. Use this tool only when a STRING evidence page/link is needed. To determine whether an interaction is supported, use `string_interactions_query_set`. It returns URLs linking to STRING’s evidenc

• string_enrichment

  This tool retrieves functional enrichment for a set of proteins using STRING. - If queried with a single protein, the tool expands the query to include the protein’s 10 most likely interactors; enrichment is performed on this set, not the original single protein. - For two or mor

• string_functional_annotation

  This tool retrieves curated functional annotations for a set of proteins. Each input protein is mapped to known biological terms from ontologies, pathway databases, tissues, compartments and domains — such as Gene Ontology (GO), KEGG, and UniProt Keywords. - Use this when the use

• string_enrichment_image_url

  Retrieves a STRING enrichment figure (image URL) for a set of proteins. For the enriched terms and FDR values, use `string_enrichment`. - Each figure shows a single enrichment category; call again with another `category` to show a different one. - Use the same proteins and specie

• string_ppi_enrichment

  This tool tests if your network is enriched in protein-protein interactions compared to the background proteome-wide distribution (i.e., if your proteins are more functionally connected than expected by chance). - The enrichment is assessed using the actual observed edges versus

• string_proteins_for_term

  Retrieve proteins annotated with a functional term or descriptive text in a single species. You can query for tissues, compartments, diseases, processes, pathways, and domains. IMPORTANT: For cross-species comparisons, run this tool separately for each species. Select relevant mo

• string_sequence_search

  Searches the STRING database using **amino acid sequences** to identify matching proteins. - Accepts a single sequence or multiple sequences in FASTA format. - Returns the most similar STRING protein(s) for the specified species, based on sequence similarity. - Use this when the

• string_query_species

  Search for species or clades available in STRING by free-text query and return their NCBI taxonomy IDs. - Use this when the user asks which species or clades are present in STRING, or when you need the correct NCBI taxon ID to pass to other tools. - use this to resolve NCBI taxon

• string_create_file

  Creates a downloadable file for STRING-derived results. Use this tool when the user explicitly asks to download, save, export, or receive a file containing STRING data, tables, protein lists, enrichment results, networks, etc. When a response would otherwise include a publication

• string_help

  Provides explanatory text for STRING features and limitations. Use this tool when the user question involves: - What is STRING is or how to use the tool (how_to_use_string, cytoscape) - functionality not available via MCP tools (e.g. GSEA or large datasets). - meaning of network

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月8日にチェック

• ! 注意

  作者とリポジトリが一致

  公開者（string-db.org）がリポジトリの所有者（meringlab）ではありません。別の人が登録した可能性があります

• … 未チェック

  今もメンテナンスされている

  このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません

• … 未チェック

  ライセンスがある

  このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません

• ✓ 合格

  エンドポイントが応答する

  862ミリ秒で応答（HTTP 200）

• – 対象外

  OAuthでサインイン

  サインイン不要

• ✓ 合格

  ツールの説明に隠れた指示がない

  17件のツールの説明を読み、AIへの隠れた指示は見つかりませんでした

データベース・データセットのほかのサーバーとの比較i

• このカテゴリのほかの1139件のうち0%よりスターが多い
• このカテゴリのほかの1139件のうち76%より最近レジストリに公開
• 基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの1139件のうち40%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

作者のREADME

{

git clone https://github.com/meringlab/string-mcp.git

python server.py

python server.py --stdio

   curl -v -H "Accept: text/event-stream" http://localhost:[port]/mcp

   cp config/server.config.example config/server.config

   docker build -t string-mcp .

   docker run -p 57416:57416 -v $(pwd)/config:/app/config:ro string-mcp

   docker run -p 57416:57416 -v ${PWD}/config:/app/config:ro string-mcp

   docker run -p 57416:57416 -v %cd%/config:/app/config:ro string-mcp

   # Linux/macOS

   docker stop string-mcp-server