ChatSpatial

Name: ChatSpatial
Author: cafferychen777

von cafferychen777Version 1.6.0i★ –iLäuft auf deinem Computer

Name in der Registryio.github.cafferychen777/chatspatial

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Schema-enforced spatial transcriptomics analysis with 20 tools and 67 methods via MCP

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Stimmen der NutzeriNoch keine BewertungenBewertungen starten in einem späteren Schritt zusammen mit Benutzerkonten
Unsere Basischecksi1 von 1 bestandenAnhand öffentlicher Informationen geprüft; Code noch nicht gescannt
NutzungiNoch nicht gemessen★ –

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

Verbindung: Läuft auf deinem Computer
Transport: stdio
Kategorie: Sonstiges

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

Basischecks: 1 von 1 bestanden
Läuft auf deinem Computer mit den Rechten deines Benutzerkontos (Dateien, Netzwerk, Apps).
Die Registry nennt keinen Schlüssel zum Eintragen.

Du brauchst

PyPIuv für Python installiert (für den Befehl uvx)

Welche App nutzt du?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Öffne Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config und füge dies in claude_desktop_config.json ein

{
  "mcpServers": {
    "chatspatial": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial server

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "chatspatial": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "chatspatial": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

Dieser Server läuft auf deinem Computer, und ChatGPT kann sich nur mit Servern im Internet verbinden. Wähle eine andere App.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Läuft auf deinem Computer; die Tool-Liste erscheint nach der Installation in deiner KI-App.

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 8. Nov. 2026

✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto cafferychen777 bestätigt, dem das Repo gehört
… Noch nicht geprüft
Wird noch gepflegt
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
… Noch nicht geprüft
Hat eine Lizenz
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
– Nicht zutreffend
Endpunkt antwortet
Dieser Server läuft auf deinem Computer; es gibt keinen Endpunkt im Internet
– Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Läuft auf deinem Computer und nutzt stattdessen lokale Einstellungen
… Noch nicht geprüft
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Läuft auf deinem Computer; Tool-Listen können wir nur von Endpunkten im Internet lesen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Mehr Sterne als 0 % der anderen 18398 Server in dieser Kategorie
Neuer in der Registry veröffentlicht als 70 % der anderen 18398 Server in dieser Kategorie
Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 18398 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist ChatSpatial sicher?

Er hat 1 von 1 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Er läuft auf deinem Computer. Deine KI-App startet ihn bei Bedarf, und die Daten laufen nicht über die Server des Entwicklers (außer der Server ruft selbst einen Onlinedienst auf).

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (1.6.0) kam vor 18 Tagen in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Außerdem brauchst du Python (uv) auf deinem Computer.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Tethered Trust

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Spec Driven Development

von formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

Läuft auf deinem Computer★ 440MITAktualisiert vor 14 Monaten

Installieren

Remote Desktop Commander

von desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

Läuft in der Cloud★ 211Aktualisiert vor 3 Tagen

Installieren

Tethered Trust

von tetheredtrust.com

Fit, compatibility and recall checks for AI agents before they buy: verdicts, evidence, receipts.

Läuft in der CloudAktualisiert heute

Installieren

README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

ChatSpatial

MCP server for spatial transcriptomics analysis via natural language

ChatSpatial replaces ad-hoc LLM code generation with schema-enforced orchestration. Instead of generating arbitrary scripts, the LLM selects tools and parameters from a curated registry, making spatial transcriptomics workflows more reproducible across sessions and clients.

ChatSpatial exposes 20 schema-validated MCP tools that orchestrate 67 spatial transcriptomics methods across 13 analytical categories. The tools are the stable natural-language interface; the methods are the analysis backends selected through tool parameters.

The server implements MCP 2026-07-28 through the official Python SDK v2 and continues to serve 2025-11-25 clients through SDK-managed protocol negotiation. STDIO remains the secure local default; Streamable HTTP is available for explicitly configured HTTP deployments.

Start Here

Install uv once, then register ChatSpatial without creating or managing a Python environment:

Codex:

codex mcp add chatspatial -- uvx --from chatspatial chatspatial server

Claude Code:

claude mcp add --scope user chatspatial -- \

uvx --from chatspatial chatspatial server

uvx creates an isolated environment on first launch and reuses its cache on later launches. Restart the MCP client after adding the server.

The command above installs the standard runtime. To make all 15 composable Python method families available in the same isolated MCP environment, use:

uvx --from 'chatspatial[full]' chatspatial server

full includes CellRank, FastCCC, the maintained spatial-domain and registration backends, annotation, enrichment, and the other portable Python families. R bridges, AESTETIK, and rctd-py remain separate because they have system, platform, or large-runtime requirements. See the installation guide before enabling those families.

Then:

Run your first analysis — Quick Start
Choose optional method families or a persistent environment — Installation Guide
Configure another MCP client — Configuration Guide
Reproduce the manuscript key results without an LLM — Reproduction image

Docker quick start:

docker pull cafferyyang777/chatspatial:latest

Minimal example prompt:

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and plot gene expression at the spatial coordinates

The Quick Start provides a downloadable sample and a Leiden workflow that runs with the standard installation. Its sample has spatial coordinates but no H&E image. SpaGCN requires the optional spatial-domains extra.

If you use Docker, mount host data to /data and prompt with the container path, for example /data/spatial_data.h5ad.

ChatSpatial works with any MCP-compatible client — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode, and other MCP-capable tools.

Capabilities

Current coverage includes 67 methods across 13 analytical categories, exposed through 20 MCP tools. Supports 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.

Category	Example methods
Data Loading & Preprocessing	Scanpy I/O, QC, Normalization, HVG, PCA, Neighbors
Visualization	Spatial plots, Embedding plots, Gene expression overlays
Spatial Domain Identification	SpaGCN, STAGATE, GraphST, BANKSY, AESTETIK, Leiden, Louvain
Deconvolution	FlashDeconv, Cell2location, RCTD (spacexr or rctd-py), DestVI, Stereoscope, SPOTlight, Tangram, CARD
Cell-Cell Communication	LIANA+, CellPhoneDB, CellChat (`cellchat_r`), FastCCC
Cell Type Annotation	Tangram, scANVI, CellAssign, mLLMCelltype, scType, SingleR, marker-score and threshold rules
Differential Expression	Wilcoxon, t-test, Logistic Regression, pyDESeq2
Trajectory Inference	CellRank, Palantir, DPT
RNA Velocity	scVelo, VeloVI
Spatial Statistics	Moran's I, Local Moran, Geary's C, Getis-Ord Gi*, Ripley's K, Co-occurrence, Neighborhood Enrichment, Centrality Scores, Local Join Count, Network Properties
Enrichment Analysis	GSEA, ORA, Enrichr, ssGSEA, Spatial EnrichMap
Spatially Variable Genes	SpatialDE, SPARK-X, FlashS
Multi-sample Integration	Harmony, BBKNN, Scanorama, scVI
CNV Analysis	InferCNVPy, Numbat
Spatial Registration	PASTE, STalign

Documentation

Guide	Use this when...
Installation	You need optional methods or a persistent Python environment
Docker	You want a reproducible container runtime or local dependency resolution fails
Configuration	You need exact MCP client syntax or the runtime path model
Quick Start	ChatSpatial is installed and you want the first successful analysis
Concepts	You need to choose an analysis strategy from a biological question
Examples	You want copy-pasteable natural-language workflow prompts
Methods Reference	You need canonical tool names, method names, parameters, and defaults
Troubleshooting	Setup, data loading, or analysis behavior is not working
Full Docs	You want the complete documentation site

Reproducibility

Each release publishes a reproduction image under the -repro tag. It re-executes the DLPFC spatial-domain and OSCC CARD deconvolution tool calls recorded during the manuscript experiments, without calling any LLM, and compares the results with the reported values:

docker run --rm -v "$PWD/out:/outputs" \

cafferyyang777/chatspatial@sha256:ac3ba1ed8235c3d53ca72005d8ad2556cac007f5ddb932ae3e1d1241fa2cf9d8 \ chatspatial-reproduce

reproducibility/ contains the image definition and describes what it checks. The experiment and analysis scripts for the manuscript are in ChatSpatial-Reproducibility.

Citation

If you use ChatSpatial in your research, please cite:

@article{Yang2026.02.26.708361,

author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun}, title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics}, elocation-id = {2026.02.26.708361}, year = {2026}, doi = {10.64898/2026.02.26.708361}, publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory}, URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361}, journal = {bioRxiv} }

ChatSpatial orchestrates many excellent third-party methods. Please also cite the original tools your analysis used.

Contributing

Documentation improvements, bug reports, and new analysis methods are all welcome. See CONTRIBUTING.md.

MIT License · GitHub · Issues

ChatSpatial

Überblick

Die drei Säulen von PopNx MCP

Was du damit machen kannst

Installation

Bevor du installierst

Was er kann

Basischecksi

Entwickler passt zum Repo

Wird noch gepflegt

Hat eine Lizenz

Endpunkt antwortet

Anmeldung mit OAuth

Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Häufige Fragen

Alternativen

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Tethered Trust

README vom Entwickler

ChatSpatial

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Capabilities

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