Pubchem MCP Server

Name: Pubchem MCP Server
Author: cyanheads

von cyanheadsVersion 0.8.0i★ –iComputer oder Cloud

Name in der Registryio.github.cyanheads/pubchem-mcp-server

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Search PubChem compounds, properties, safety data, bioactivity, and cross-references.

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Stimmen der NutzeriNoch keine BewertungenBewertungen starten in einem späteren Schritt zusammen mit Benutzerkonten
Unsere Basischecksi3 von 3 bestandenAnhand öffentlicher Informationen geprüft; Code noch nicht gescannt
NutzungiNoch nicht gemessen★ –

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

Verbindung: Computer oder Cloud
Transport: stdio, Streamable HTTP
Kategorie: Suche & KI-Gedächtnis

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

Basischecks: 3 von 3 bestanden
Läuft auf dem Server des Entwicklers: Was du fragst, läuft über dessen Server.
Kann 10 Dinge (Tools) pubchem_search_compounds, pubchem_get_compound_details, pubchem_get_compound_image, pubchem_get_compound_3d_structure …
Das trägst du selbst ein: MCP_LOG_LEVEL

Du brauchst

Läuft in der CloudNichts zu installieren; die Verbindung läuft übers Internet
npmNode.js installiert (für den Befehl npx)

Welche App nutzt du?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Funktioniert in Claude im Web, auf dem Desktop und auf dem Handy:

Öffne Settings → Connectors
Tippe auf Add custom connector
Füge die Adresse unten ein und tippe auf Add
Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an

https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Öffne Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config und füge dies in claude_desktop_config.json ein

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add --transport http pubchem https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

claude mcp add pubchem --env MCP_LOG_LEVEL=your-value -- npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server

Trag die leeren Werte ein, bevor du ihn startest.

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "pubchem": {
      "type": "http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

ChatGPT verbindet sich nur mit Servern im Internet:

Öffne ChatGPT im Web → Settings → Connectors (Apps)
Tippe auf Create oder Add (bei manchen Tarifen musst du zuerst Developer mode unter Advanced einschalten)
Füge die Adresse unten ein, gib ihr einen Namen und speichere
Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an

https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Menünamen können sich je nach Tarif und mit der Zeit leicht unterscheiden.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Werte, die du selbst einträgst

MCP_LOG_LEVEL env
Sets the minimum log level for output (e.g., 'debug', 'info', 'warn').

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Tool-Namen und -Beschreibungen genau so, wie der Server sie am 7. Nov. 2026 gemeldet hat. Geschrieben hat sie der Entwickler, nicht wir; wir zeigen sie als reinen Text.

pubchem_search_compounds
Search PubChem for chemical compounds by identifier (name, SMILES, InChI, or InChIKey, up to 25 per call), molecular formula in Hill notation, substructure or superstructure containment, 2D Tanimoto similarity, or the compounds a bioassay (AID) found active or tested. Returns a p
pubchem_get_compound_details
Get detailed compound information by CID. Returns physicochemical properties (molecular weight, SMILES, InChIKey, XLogP, TPSA, etc.), optionally with a textual description (pharmacology, mechanism, therapeutic use), known synonyms, drug-likeness assessment (Lipinski/Veber rules),
pubchem_get_compound_image
Fetch a 2D structure diagram (PNG image) for a compound by CID.
pubchem_get_compound_3d_structure
Get a compound's default 3D conformer — atomic coordinates and bonds — for one CID. format="json" (default) returns atoms and bonds parsed into structured fields; format="sdf" returns the raw V2000 SDF text for passthrough to docking, rendering, or conformer tools. Optionally lis
pubchem_get_compound_xrefs
Get external database cross-references for a compound: PubMed citations, patent IDs, gene associations, CAS and EC numbers with the number of source records that deposited each, other registry numbers, and taxonomy IDs. Results are paged per type — capped at maxPerType with the t
pubchem_get_compound_safety
Get GHS (Globally Harmonized System) hazard classification and safety data for one or more compounds by CID. Returns signal word, pictograms, hazard statements (H-codes), and precautionary statements (P-codes) per compound, merged across sources, plus each source's own classifica
pubchem_get_bioactivity
Get a compound's bioactivity profile: which assays tested it, activity outcomes (Active/Inactive/Inconclusive), target identifiers (NCBI Gene ID, UniProt/GenBank accession), quantitative values (IC50, EC50, Ki, etc.), each assay's type (confirmatory, screening, summary, other), a
pubchem_get_compound_interactions
Get a compound's interaction data: drug-food interactions, and the molecular targets its bioassays name — one entry per target as kinds defines it, with its assay counts by outcome and most potent active value, Active targets first, most potent first. Each entry carries its origi
pubchem_search_assays
Find PubChem bioassays associated with a biological target. Search by gene symbol (e.g. "EGFR"), protein name, NCBI Gene ID, or UniProt accession. Returns a page of assay IDs (AIDs) — page past maxResults with offset — which can be explored further with pubchem_get_summary.
pubchem_get_summary
Get descriptive summaries for PubChem entities by ID. Supports assays (AID), genes (Gene ID), proteins (UniProt accession), and taxonomy (Tax ID). Up to 10 per call; identifiers past that are returned in unprocessed for a follow-up call.

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 8. Nov. 2026

✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto cyanheads bestätigt, dem das Repo gehört
… Noch nicht geprüft
Wird noch gepflegt
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
… Noch nicht geprüft
Hat eine Lizenz
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
✓ Bestanden
Endpunkt antwortet
Antwort in 223 ms (HTTP 200)
– Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Keine Anmeldung nötig
✓ Bestanden
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Wir haben 10 Tool-Beschreibungen gelesen und keine versteckten Anweisungen an die KI gefunden

Im Vergleich mit anderen in Suche & KI-Gedächtnisi

Mehr Sterne als 0 % der anderen 5672 Server in dieser Kategorie
Neuer in der Registry veröffentlicht als 79 % der anderen 5672 Server in dieser Kategorie
Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 5672 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist Pubchem MCP Server sicher?

Er hat 3 von 3 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Beides geht: Installiere ihn auf deinem Computer oder verbinde dich mit der Cloud-Version.

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (0.8.0) kam vor 10 Tagen in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Er verbindet sich per URL, also funktionieren auch Apps, die Remote-MCP-Server akzeptieren, zum Beispiel ChatGPT im Entwicklermodus.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Context7, Codebase Memory, Exa

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Context7

von upstash

Up-to-date docs for AI agents

Computer oder Cloud★ 64.224MITAktualisiert gestern

Installieren

Codebase Memory

von DeusData

Codebase knowledge graph for AI agents — 162 languages, sub-ms queries, 99% fewer tokens.

Läuft auf deinem Computer★ 48.148MITAktualisiert vor 21 Tagen

Installieren

Exa

von exa-labs

Connect AI agents to Exa for web search, content fetching, and multi-step research.

Läuft in der Cloud★ 5.213MITAktualisiert vor 2 Monaten

Installieren

README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

@cyanheads/pubchem-mcp-server Search the PubChem chemical database for compounds, properties, safety data, bioactivity, cross-references, and entity summaries via MCP. STDIO or Streamable HTTP. 10 Tools • 6 Resources • 1 Skill

Public Hosted Server: https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Overview

Chemical compounds and bioassays from PubChem. Search compounds by name, formula, or structure; fetch properties, safety data, bioactivity, drug-food interactions, molecular targets, and 3D structures; and find bioassays by biological target.

Tools

Tool	Description
`pubchem_search_compounds`	Search for compounds by name, SMILES, InChI, InChIKey, formula, substructure, superstructure, or 2D similarity, or list the compounds a bioassay found active.
`pubchem_get_compound_details`	Get physicochemical properties, descriptions, synonyms, drug-likeness, and classification for compounds by CID.
`pubchem_get_compound_image`	Fetch a 2D structure diagram (PNG) for a compound by CID.
`pubchem_get_compound_3d_structure`	Fetch a 3D conformer (atomic coordinates and bonds) for a compound by CID, as parsed JSON or raw SDF.
`pubchem_get_compound_xrefs`	Get external database cross-references (PubMed, patents, genes, CAS and EC numbers, etc.).
`pubchem_get_compound_safety`	Get GHS hazard classification and safety data for one or more compounds by CID (batch).
`pubchem_get_bioactivity`	Get a compound's bioactivity profile: assay results, targets, activity values, assay types, and cited PubMed IDs; filter by outcome, molecular target, or assay type.
`pubchem_get_compound_interactions`	Get a compound's drug-food interactions and the molecular targets its assays name, each with assay counts and the most potent active value.
`pubchem_search_assays`	Find bioassays by biological target (gene symbol, protein, Gene ID, UniProt accession).
`pubchem_get_summary`	Get summaries for PubChem entities: assays, genes, proteins, taxonomy.

Resources

Compound and assay records are also exposed as URI-templated resources, backed by the same client methods as the tools; many MCP clients are tool-only and never surface resources.

Resource	Description
`pubchem://compound/{cid}`	Core physicochemical properties (JSON).
`pubchem://compound/{cid}/safety`	GHS hazard classification (JSON).
`pubchem://compound/{cid}/image`	2D structure diagram (PNG).
`pubchem://compound/{cid}/xrefs`	External cross-references (JSON).
`pubchem://compound/{cid}/bioactivity`	Bioassay activity profile (JSON).
`pubchem://assay/{aid}`	BioAssay summary (JSON).

Skills

The server publishes an agent skill, pubchem-guide, covering gates and identifier chains the tool descriptions don't carry: salt vs parent CIDs, where Gene IDs and accessions come from, why gene-symbol, Gene ID, and accession searches disagree, and how to read activity labels, potency values, and GHS data. Plugin installs (Claude Code, Codex) and the .mcpb bundle pick it up from skills/, and the server also serves it over MCP as skill://pubchem-guide/SKILL.md.

Capability reference

`pubchem_search_compounds` tool

Six search strategies: identifier (identifierType + identifiers; name/SMILES/InChI/InChIKey, 25 per call, the rest returned in unprocessed), formula (formula, Hill notation, optional allowOtherElements), substructure/superstructure and 2D similarity (query + queryType; similarity threshold 70-100, default 90), or assay (aid; compounds the bioassay marked active, or every compound tested with activeOnly: false)
Up to 200 CIDs per page (default 20; a larger maxResults is served at 200 and reported in cappedInputs); offset pages identifier and assay searches to the end of their matches, and formula, substructure, superstructure, and similarity searches to 10,000 (deeper fails with offset_ceiling_exceeded). Optional properties saves a follow-up pubchem_get_compound_details call
Reports totalFound, or a totalFoundAtLeast floor when an upstream search saturated, and unresolvedIdentifiers for inputs with no CID. Fails with aid_not_found for an unknown AID and search_query_rejected (with a hint) for a query PubChem cannot search

`pubchem_get_compound_details` tool

Up to 100 CIDs per call (the rest returned in unprocessed); 27 available properties, defaulting to a core set of 14
Optional descriptions (descriptionOffset/maxDescriptions, default 3, max 20) and classification (FDA, MeSH, ATC) cover the first 10 CIDs only, the rest listed in skippedCids. Optional synonyms (synonymOffset/maxSynonyms, default 20, max 100) and a Lipinski/Veber drug-likeness check cover every found CID
Per-CID found: false separates a nonexistent CID from a compound with no data

`pubchem_get_compound_image` tool

Single CID; size is "small" (100x100) or "large" (300x300, default)
Returns base64-encoded PNG plus width/height
Typed cid_not_found error when PubChem has no record for the CID

`pubchem_get_compound_3d_structure` tool

Single CID; format="json" (default) returns parsed atoms (element + x/y/z) and bonds, format="sdf" returns the raw V2000 SDF text
maxAtoms/maxBonds cap the JSON preview (default 200 each); atomCount/bondCount always report the full totals, with any capping disclosed via enrichment
includeRawSdf bypasses the default 500-line cap on the raw SDF text
Optional includeAlternateConformerIds lists conformer IDs beyond the default
Typed no_3d_structure error when PubChem has no computed 3D coordinates (large molecules, mixtures, some salts)

`pubchem_get_compound_xrefs` tool

Single CID; one or more xrefTypes: CAS, EC, RN, RegistryID, PatentID, PubMedID, GeneID, ProteinGI, TaxonomyID
CAS and EC are the numbers deposited for the compound, every distinct value ordered by how many source records deposited it, with those counts in sourceCounts. RN is PubChem's unranked registry-number list: the CAS number sits beside deprecated and related CAS RNs and EC numbers
ProteinGI currently returns no data from PubChem; use GeneID for gene/protein associations
maxPerType up to 500 (default 50), with one offset applied to every type; each type reports totalAvailable and truncated. PubMedID comes newest first
A type that fails to load is named in failedTypes and the others still return; the call fails only when a type fails and no type other than ProteinGI (which PubChem no longer serves) loads. An empty result says whether the compound has none of the requested types or the CID may be mistyped

`pubchem_get_compound_safety` tool

Up to 25 CIDs per call (the rest returned in unprocessed)
Returns the GHS signal word, pictograms, H-codes, and P-codes merged across sources, plus classifications[] with each source's own label; precautionary statements carry a decoded flag
Per-CID status: ok, not_classified (notifiers found no GHS hazard), no_ghs_data (no deposited classification), or cid_not_found, so a bad CID never reads as "no hazards on file"

`pubchem_get_bioactivity` tool

Single CID; filter by outcomeFilter (active/inactive/all, default all), targetGeneId/targetAccession, and assayType (any of confirmatory/screening/summary/other); an assay must pass every filter set
A target filter matches any identifier tied to the same target, so Gene ID 5742, UniProt P23219, and RefSeq NP_542158 all reach the same COX-1 assays
Each result carries the assay's assayType and the PubMed IDs it cites (pmids, newest first)
Up to 100 results per page (default 20); offset reaches the rest. A multi-target assay reports the matched target and lists the others under otherTargets
Reports totalAssays/activeCount/inactiveCount for the whole compound and filteredCount/returnedCount for the page; notices say whether there is no data, the filter excluded everything, or offset is past the end

`pubchem_get_compound_interactions` tool

Single CID; one or more kinds — drug-food (PUG View), target, drug-drug (DrugBank); default ["drug-food"], and an empty drug-food page points at target
target gives one entry per target the compound's assay summary names: a Gene ID with the accessions the table pairs with it, or an identifier it never pairs. A Gene ID and an accession that no row pairs are separate entries even when they name the same protein (erlotinib's ERBB2 appears as accession:P04626 and as GeneID:2064). Each entry names the target from a batched gene or protein summary lookup, plus the GeneID: or accession: value pubchem_get_bioactivity filters on, and states the assay counts by outcome and the most potent Active value with its AID. Active targets come first, most potent first. If a name lookup fails or does not answer within a few seconds, the entries keep their identifier and the notice says so
maxEntries per kind per page (max 50, default 10); offset counts records (targets, for target), up to 2,147,483,646. Each kind pages independently, reported in paging[] (totalRecords/nextOffset/truncated)
A kind that fails is named in failedKinds and the others still return. The notice offers a retry only for a failure a retry can clear (timeout, rate limit, network error, unreadable response, 5xx other than 501); an HTTP 400, 403, or 501, or a response in a shape the server does not expect, fails the same way on every call. drug-drug comes from PubChem's SDQ service, which refuses automated requests, so it lands in failedKinds and a retry will not help

Nur der Anfang wird gezeigt; den Rest findest du im Repo

Pubchem MCP Server

Überblick

Die drei Säulen von PopNx MCP

Was du damit machen kannst

Installation

Bevor du installierst

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Werte, die du selbst einträgst

Was er kann

Basischecksi

Entwickler passt zum Repo

Wird noch gepflegt

Hat eine Lizenz

Endpunkt antwortet

Anmeldung mit OAuth

Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

Im Vergleich mit anderen in Suche & KI-Gedächtnisi

Häufige Fragen

Alternativen

Context7

Codebase Memory

Exa

README vom Entwickler

Overview

Tools

Resources

Skills

Capability reference

pubchem_search_compounds tool

pubchem_get_compound_details tool

pubchem_get_compound_image tool

pubchem_get_compound_3d_structure tool

pubchem_get_compound_xrefs tool

pubchem_get_compound_safety tool

pubchem_get_bioactivity tool

pubchem_get_compound_interactions tool

`pubchem_search_compounds` tool

`pubchem_get_compound_details` tool

`pubchem_get_compound_image` tool

`pubchem_get_compound_3d_structure` tool

`pubchem_get_compound_xrefs` tool

`pubchem_get_compound_safety` tool

`pubchem_get_bioactivity` tool

`pubchem_get_compound_interactions` tool