Cytoscape Desktop MCP

Name: Cytoscape Desktop MCP
Author: cytoscape

von cytoscapeVersion 1.0.3i★ –iLäuft auf deinem Computer

Name in der Registryio.github.cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Drive a running Cytoscape Desktop to load, lay out, and style biological networks.

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Stimmen der NutzeriNoch keine BewertungenBewertungen starten in einem späteren Schritt zusammen mit Benutzerkonten
Unsere Basischecksi1 von 1 bestandenAnhand öffentlicher Informationen geprüft; Code noch nicht gescannt
NutzungiGanz neu↓ 38/Wo. · ★ –

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

Verbindung: Läuft auf deinem Computer
Transport: stdio
Kategorie: Sonstiges

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

Basischecks: 1 von 1 bestanden
Läuft auf deinem Computer mit den Rechten deines Benutzerkontos (Dateien, Netzwerk, Apps).
Das trägst du selbst ein: CYREST_PORT

Du brauchst

npmNode.js installiert (für den Befehl npx)

Welche App nutzt du?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Die .mcpb-Datei des Entwicklers herunterladen

Der Link führt zur Datei des Entwicklers selbst; wir hosten sie nicht und verpacken sie nicht neu. Öffne die Datei, dann installiert Claude Desktop sie.

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add cytoscape-desktop-bridge --env CYREST_PORT=your-value -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

Trag die leeren Werte ein, bevor du ihn startest.

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

Dieser Server läuft auf deinem Computer, und ChatGPT kann sich nur mit Servern im Internet verbinden. Wähle eine andere App.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Werte, die du selbst einträgst

CYREST_PORT env
Port Cytoscape Desktop's REST interface listens on (Edit > Preferences > REST API)

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Läuft auf deinem Computer; die Tool-Liste erscheint nach der Installation in deiner KI-App.

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 8. Nov. 2026

✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto cytoscape bestätigt, dem das Repo gehört
… Noch nicht geprüft
Wird noch gepflegt
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
… Noch nicht geprüft
Hat eine Lizenz
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
– Nicht zutreffend
Endpunkt antwortet
Dieser Server läuft auf deinem Computer; es gibt keinen Endpunkt im Internet
– Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Läuft auf deinem Computer und nutzt stattdessen lokale Einstellungen
… Noch nicht geprüft
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Läuft auf deinem Computer; Tool-Listen können wir nur von Endpunkten im Internet lesen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Mehr Sterne als 0 % der anderen 18444 Server in dieser Kategorie
Neuer in der Registry veröffentlicht als 20 % der anderen 18444 Server in dieser Kategorie
Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 18444 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist Cytoscape Desktop MCP sicher?

Er hat 1 von 1 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Er läuft auf deinem Computer. Deine KI-App startet ihn bei Bedarf, und die Daten laufen nicht über die Server des Entwicklers (außer der Server ruft selbst einen Onlinedienst auf).

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (1.0.3) kam vor 3 Monaten in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Außerdem brauchst du MCPB, Node.js auf deinem Computer.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Egovframe Scaffold MCP

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:↓ Downloads pro Wochei★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Spec Driven Development

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

von formulahendryAm Anfang↓ 66/Wo.★ 440Aktualisiert vor 14 Monaten

Läuft auf deinem Computer

Installieren

Remote Desktop Commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

von desktop-commanderWachsend★ 211Aktualisiert vor 3 Tagen

Läuft in der Cloud✓ desktopcommander.app

Installieren

Egovframe Scaffold MCP

eGovFrame (전자정부 표준프레임워크) projects: templates, components, CRUD, build, 5.x migration, dependencies

von EricSeokgonAm Anfang↓ 1440/Wo.Aktualisiert heute

Läuft auf deinem Computer

Installieren

README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

Cytoscape MCP Server

An embedded Model Context Protocol (MCP) server for Cytoscape Desktop, packaged as a Cytoscape App. AI clients such as Claude Desktop connect to Cytoscape over HTTP and invoke tools that control the desktop application directly — loading networks, setting active views, and more.

NOTE: This app is experimental. The interface and available tools are subject to change.

Architecture

How It Works

Once installed, the app publishes an MCP endpoint inside Cytoscape's existing CyREST HTTP server — AI clients connect to the MCP endpoint with Streamable HTTP transport and call MCP tools which drive activity on the Cytoscape desktop display.

The app also adds two visual indicators to the Cytoscape Desktop UI:

MCP toolbar button

a bold MCP button in the bottom-left status bar. The label is green when the MCP server is running and red when it is not. Clicking it opens the Agent Configuration dialog which displays the full MCP url and connection instructions for all supported agents.

Task History entries

every MCP tool invocation is recorded in Cytoscape's Task History panel (View > Show Task History), so you can see exactly which tools an agent called and when.

AI Agent──► HTTP──► http://localhost:{rest.port}/mcp ──► Cytoscape Desktop

└── load network from NDEx or file └── get loaded network views └── set current network view └── create network view

Requirements

Cytoscape 3.10 or above
Internet connection (for loading networks from NDEx)
An MCP-compatible AI client that also supports the Streamable HTTP transport(not SSE which is deprecated as of 02/2025) (e.g. Claude Desktop)

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install Cytoscape MCP Server from the App Store — this is the MCP server itself, and everything else on this page depends on it being installed and running:

https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapemcpserver

Or from inside Cytoscape: Apps > App Manager, search for Cytoscape MCP Server, and install.

Install a JAR manually

Alternatively, get the app jar:

Download the latest cytoscape-mcp- .jar from the Releases page.
or Build the jar

Then:

Open Cytoscape Desktop.
Navigate to Apps > App Manager > Install from File.
Select the file path to the MCP App JAR and restart Cytoscape if prompted.

After startup, the MCP status can be viewed via the MCP button in the status bar.

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

See docs/AgentConfiguration.md for step-by-step setup instructions for Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot (VS Code), GitHub Copilot CLI, and OpenAI Codex CLI.

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Most agents will have a /mcp command or UI settings panel which will show status of connection to the MCP server and a list of tools currently published by this server, check to see if it is denoted as 'connected'.
Check the MCP health endpoint

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/health

Replace {rest.port} with Cytoscape's CyREST port (shown in the Agent Configuration dialog). You should see {"status":"ok","transport":"mcp-streamable-http"}. A "connection refused" error means Cytoscape is not running or the port is wrong.

Use external MCP introspection tools against the Desktop MCP server running at http://localhost:{rest.port}/mcp to validate or view current tools catalog - modelcontextprotocol/inspector

Building from source

If you want to build the app jar directly from source instead of using release jars.

Requirements:

Java 17 with JDK
Git
Make

git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp

cd cytoscape-desktop-mcp make install

The JAR is produced at build/libs/cytoscape-mcp- .jar.

For a full list of build targets:

make help

Release tags

Two components ship from this repo on separate tag namespaces:

Component	Tag	Produces
Cytoscape App (the MCP server)	`vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp- .jar`, plus a convenience copy of the `.mcpb`
MCPB bridge (`claude-extension/`)	`mcpb-vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp.mcpb`, and publishes to npm and the MCP Registry

The bridge is versioned independently of the app because the bridge is distinctly separate deliverable with separate source tree for it to provide a stdio-to-http transport bridge that some agents may use. See registry/README.md for the release runbook.

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

The MCP server provides a human-readable catalog of every tool registered on the server formatted as Markdown with complete MCP Protocol JSON schema definitions for each tool's input and output. You can obtain the catalog through multiple options:

When the app is loaded in Desktop, at runtime the MCP server exposes /mcp/manifest endpoint which can be retrieved by browser or command line

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest

After any build locally, make build will generate the MCP manifest based on current code into a static file at build/generated/manifest/MCPManifest.md for same review.
Static copy of the catalog is also stored in repo at MCPManifest.md

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Invoking the tools requires some prompt engineering to provide key words or phrases which will activate the LLM to choose usage of a tool. Check out MCPManifest.md which contains 3 to 4 examples of Prompt snippets on each tool's description as reference of how to trigger LLM activation.

an example of a simple prompt which will lead the LLM to reason over the available tools as a whole and orchestrate their usage as building blocks into a sequence to reach the requested end result:

   > open a network using cytoscape desktop

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Properties are editable at runtime via Edit > Preferences > Properties > cytoscapemcp:

Property	Default	Description
`mcp.ndexbaseurl`	`https://www.ndexbio.org`	NDEx base URL (takes effect immediately)

Documentation

Full documentation is in the docs/ directory:

Agent Configuration — connecting Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot, Codex CLI, and others
User Manual — configuration reference and available tools
Tutorial — end-to-end walkthrough: install, connect, load a network
FAQ — common questions and troubleshooting

COPYRIGHT AND LICENSE

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Acknowledgements

TODO: denote funding sources

Cytoscape Desktop MCP

Überblick

Die drei Säulen von PopNx MCP

Was du damit machen kannst

Installation

Bevor du installierst

Werte, die du selbst einträgst

Was er kann

Basischecksi

Entwickler passt zum Repo

Wird noch gepflegt

Hat eine Lizenz

Endpunkt antwortet

Anmeldung mit OAuth

Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Häufige Fragen

Alternativen

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Egovframe Scaffold MCP

README vom Entwickler

Cytoscape MCP Server

Architecture

How It Works

MCP toolbar button

Task History entries

Requirements

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install a JAR manually

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Building from source

Release tags

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Documentation

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