BioHarbor

Name: BioHarbor
Author: danielLuo2

von danielLuo2Version 0.1.6i★ –iLäuft auf deinem Computer

Name in der Registryio.github.danielLuo2/bioharbor

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Run real bioinformatics from your AI agent. Reliable, reproducible, on your own GPUs.

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Stimmen der NutzeriNoch keine BewertungenBewertungen starten in einem späteren Schritt zusammen mit Benutzerkonten
Unsere Basischecksi1 von 1 bestandenAnhand öffentlicher Informationen geprüft; Code noch nicht gescannt
NutzungiNoch nicht gemessen★ –

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

Verbindung: Läuft auf deinem Computer
Transport: stdio
Kategorie: Sonstiges

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

Basischecks: 1 von 1 bestanden
Läuft auf deinem Computer mit den Rechten deines Benutzerkontos (Dateien, Netzwerk, Apps).
Die Registry nennt keinen Schlüssel zum Eintragen.

Du brauchst

PyPIuv für Python installiert (für den Befehl uvx)

Welche App nutzt du?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Öffne Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config und füge dies in claude_desktop_config.json ein

{
  "mcpServers": {
    "bioharbor": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "bioharbor",
        "serve"
      ]
    }
  }
}

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add bioharbor -- uvx bioharbor serve

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "bioharbor": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "bioharbor",
        "serve"
      ]
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "bioharbor": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "bioharbor",
        "serve"
      ]
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

Dieser Server läuft auf deinem Computer, und ChatGPT kann sich nur mit Servern im Internet verbinden. Wähle eine andere App.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Läuft auf deinem Computer; die Tool-Liste erscheint nach der Installation in deiner KI-App.

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 7. Nov. 2026

✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto danielLuo2 bestätigt, dem das Repo gehört
… Noch nicht geprüft
Wird noch gepflegt
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
… Noch nicht geprüft
Hat eine Lizenz
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
– Nicht zutreffend
Endpunkt antwortet
Dieser Server läuft auf deinem Computer; es gibt keinen Endpunkt im Internet
– Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Läuft auf deinem Computer und nutzt stattdessen lokale Einstellungen
… Noch nicht geprüft
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Läuft auf deinem Computer; Tool-Listen können wir nur von Endpunkten im Internet lesen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Mehr Sterne als 0 % der anderen 32655 Server in dieser Kategorie
Neuer in der Registry veröffentlicht als 59 % der anderen 32655 Server in dieser Kategorie
Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 32655 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist BioHarbor sicher?

Er hat 1 von 1 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Er läuft auf deinem Computer. Deine KI-App startet ihn bei Bedarf, und die Daten laufen nicht über die Server des Entwicklers (außer der Server ruft selbst einen Onlinedienst auf).

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (0.1.6) kam vor 27 Tagen in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Außerdem brauchst du Python (uv) auf deinem Computer.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, SuperCollider

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Spec Driven Development

von formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

Läuft auf deinem Computer★ 440MITAktualisiert vor 14 Monaten

Installieren

Remote Desktop Commander

von desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

Läuft in der Cloud★ 211Aktualisiert vorgestern

Installieren

SuperCollider

von Tok

Make sound with SuperCollider: synths, drums, chords, melodies and soundscapes over OSC.

Läuft auf deinem ComputerAktualisiert heute

Installieren

README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

BioHarbor

Run real bioinformatics from your AI agent. Reliable, reproducible, on your own GPUs.

🧪 Alpha (v0.1). Sequence tools, homology search (MMseqs2) and structure prediction

(ESMFold, validated on RTX 5090) work. Feedback welcome — see the roadmap.

BioHarbor is an MCP server that lets AI agents such as Claude, Cursor and Codex *execute* bioinformatics tools — not just look things up. Agents ask for an analysis; BioHarbor validates the input, schedules it on a GPU with room, records exactly how it ran, and hands back a compact, agent-readable summary.

Why another bio MCP server?

Most bio MCP servers wrap databases (UniProt, PDB, PubMed…). Use them — BioHarbor complements them by running the compute:

	Database MCP servers	BioHarbor
Runs real analyses (search, fold, cluster)	❌	✅
Validates inputs before burning GPU time	❌	✅
GPU-aware queue, polite on shared GPUs	❌	✅
Long jobs return a `job_id` instead of timing out	❌	✅
Compact summaries + files on disk (saves tokens)	❌	✅
Provenance for every run, export to a pipeline	❌	✅ (export: planned)

Quick start

pip install bioharbor

bioharbor doctor # checks Python, GPUs, workspace, tools bioharbor setup-db swissprot # reference database for search_homologs (needs MMseqs2) bioharbor install # shows how to connect Claude, Cursor or Codex

For structure prediction on a GPU: pip install "bioharbor[esmfold]" — see docs/gpu-setup.md (RTX 50xx needs a CUDA 12.8+ PyTorch).

Connect your agent

BioHarbor is a standard MCP server, so it works with any MCP client. One command sets up the popular ones (it writes an absolute path, so GUI apps find it even outside your venv):

Client	Set up
Claude Code	`claude mcp add bioharbor -- bioharbor serve`
Claude Desktop	`bioharbor install claude-desktop --write`, then restart the app
Cursor	`bioharbor install cursor --write`, or
Codex (CLI, IDE extension, app)	`codex mcp add bioharbor -- bioharbor serve`, or `bioharbor install codex --write`
Biomni (Stanford's biomedical agent)	`agent.add_mcp(...)`; see docs/use-with-biomni.md
Anything else	run `bioharbor serve` (stdio) or `bioharbor serve --http` (Streamable HTTP)

Long-running tools return a job_id within ~20 s instead of blocking, so they stay within every client's tool-call timeout.

Step-by-step setup (local or on a GPU server, with troubleshooting): docs/connect-clients.md.

Then ask your agent something like:

*Find the longest ORF in this contig, translate it, search Swiss-Prot for homologs and

predict its structure. Which regions are low confidence?*

Use it without an agent

Every tool is also a CLI command, with identical behaviour:

bioharbor tools list

bioharbor run find_orfs sequence=@contig.fa min_aa=100 --brief # human-readable bioharbor run seq_stats sequence=MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQ bioharbor jobs

Shared GPU server

GPUs on a lab server, agent on your laptop? Run BioHarbor on the server and reach it through an SSH tunnel; no extra port is opened on the server:

# on the GPU server

bioharbor serve --http --host 127.0.0.1 --port 8765

on your laptop, then point Cursor / Codex / Claude Code at http://127.0.0.1:8765/mcp

ssh -N -L 8765:127.0.0.1:8765 you@gpu-server

⚠️ HTTP mode has no authentication yet (on the roadmap), so keep it on 127.0.0.1 and

use the tunnel. Details: docs/connect-clients.md.

Tools

Tool	What it does	Runs
`seq_stats`	Validate sequences; type, length, GC%, molecular weight	inline
`translate_sequence`	DNA/RNA → protein, one or all six frames	inline
`find_orfs`	Longest ORFs on both strands, with coordinates	inline
`search_homologs`	MMseqs2 search (protein, or translated DNA) vs local DBs	job
`predict_structure`	ESMFold structure, pLDDT bands, low-confidence regions, pTM	job (GPU)
`scrna_pipeline`	scanpy QC → clustering → markers	planned

Runtime tools: get_job, list_jobs, cancel_job, describe_tool, list_databases, gpu_status, read_file.

How it works

Agent ──MCP──▶ validate input ─▶ inline? ──yes──▶ run ─┐

│ no ├─▶ provenance + summary ─▶ Agent ▼ │ job queue (SQLite) ─▶ GPU placement ┘ (waits politely for a GPU with free memory)

Every call is a job recorded in SQLite with params, versions, timings and GPU used, plus a provenance.json next to its outputs.
GPU placement reads live free memory and utilisation (NVML or nvidia-smi), keeps headroom, and reserves memory for jobs it has started so two jobs never grab the same space. Other users' processes are respected.
Fail fast: input, binaries and databases are checked *before* a job is queued, so a bad request never waits behind a busy GPU.
Results are agent-shaped: summary, message, files, suggestions. Errors carry a hint and a retryable flag.

Details: docs/design.md.

Writing a tool

from pydantic import BaseModel, Field

from bioharbor.registry import Resources, RunContext, tool from bioharbor.results import ToolResult

class FoldParams(BaseModel): sequence: str = Field(..., description="Protein sequence")

@tool( version="1", slow=True, resources=Resources(gpu=True, gpu_mem_gb=lambda p: 4 + len(p.sequence) / 100), ) def predict_structure(params: FoldParams, ctx: RunContext) -> ToolResult: """Predict a protein structure with ESMFold.""" ... return ToolResult(summary={"mean_plddt": 87.1}, files=["model.pdb"])

Plugins can ship tools in their own package via the bioharbor.tools entry-point group. See CONTRIBUTING.md.

License

Apache-2.0

BioHarbor

Überblick

Die drei Säulen von PopNx MCP

Was du damit machen kannst

Installation

Bevor du installierst

Was er kann

Basischecksi

Entwickler passt zum Repo

Wird noch gepflegt

Hat eine Lizenz

Endpunkt antwortet

Anmeldung mit OAuth

Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Häufige Fragen

Alternativen

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

SuperCollider

README vom Entwickler

BioHarbor

Why another bio MCP server?

Quick start

Connect your agent

Use it without an agent

Shared GPU server

on your laptop, then point Cursor / Codex / Claude Code at http://127.0.0.1:8765/mcp

Tools

How it works

Writing a tool

License