Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Name: Folklore Clinical Variant Interpretation MCP
Author: helena-bioinformatics

von helena-bioinformaticsVersion 2.0.0i★ –iLäuft in der Cloud

Name in der Registryio.github.helena-bioinformatics/folklore

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Germline ACMG/AMP classification, genes, disease associations, literature and API-key case analysis.

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Stimmen der NutzeriNoch keine BewertungenBewertungen starten in einem späteren Schritt zusammen mit Benutzerkonten
Unsere Basischecksi3 von 3 bestandenAnhand öffentlicher Informationen geprüft; Code noch nicht gescannt
NutzungiNoch nicht gemessen★ –

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

Verbindung: Läuft in der Cloud
Transport: Streamable HTTP
Kategorie: Sonstiges

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

Basischecks: 3 von 3 bestanden
Läuft auf dem Server des Entwicklers: Was du fragst, läuft über dessen Server.
Kann 11 Dinge (Tools) classify_germline_variant, search_variant_literature, get_publication_details, search_literature_corpus …
Die Registry nennt keinen Schlüssel zum Eintragen.

Du brauchst

Läuft in der CloudNichts zu installieren; die Verbindung läuft übers Internet

Welche App nutzt du?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Funktioniert in Claude im Web, auf dem Desktop und auf dem Handy:

Öffne Settings → Connectors
Tippe auf Add custom connector
Füge die Adresse unten ein und tippe auf Add
Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add --transport http folklore https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "folklore": {
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "folklore": {
      "type": "http",
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

ChatGPT verbindet sich nur mit Servern im Internet:

Öffne ChatGPT im Web → Settings → Connectors (Apps)
Tippe auf Create oder Add (bei manchen Tarifen musst du zuerst Developer mode unter Advanced einschalten)
Füge die Adresse unten ein, gib ihr einen Namen und speichere
Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Menünamen können sich je nach Tarif und mit der Zeit leicht unterscheiden.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Tool-Namen und -Beschreibungen genau so, wie der Server sie am 6. Nov. 2026 gemeldet hat. Geschrieben hat sie der Entwickler, nicht wir; wir zeigen sie als reinen Text.

classify_germline_variant
Classify one GRCh38 germline nuclear SNV or simple indel smaller than 50 bp under ACMG/AMP. Accepts genomic, coding or protein HGVS, coordinates, SPDI, rsID or a returned canonical key. Returns normalized identity, automated classification, applied criteria, ClinVar assertions, p
search_variant_literature
Resolve one GRCh38 germline variant and retrieve publications from the PubMed-derived genetics corpus. Exact variant mentions rank ahead of broader gene associations. Returns match types, source links, corpus provenance and retrieval time.
get_publication_details
Retrieve one PMID from the PubMed-derived genetics corpus, including title, abstract, authors, journal, publication types, MeSH terms, gene and variant mentions, retraction status and PubMed/PMC links.
search_literature_corpus
Search the genetics Literature Corpus by question, PMID, DOI, PMCID, gene, variant, phenotype, HPO or OMIM concept. Known publication identifiers provide exact anchors. Returns ranked publications, match types, scores and source links.
support_helena
Retrieve Helena Good campaign, rules, manifest and MCP connection URLs.
get_gene_disease_associations
Find diseases associated with an exact gene symbol or HGNC identifier. Returns ClinGen gene-disease validity assertions, relation-specific inheritance, source reports and snapshot provenance, including conflicting and limited assertions.
search_disease_genes
Find genes associated with an exact MONDO identifier or disease-name search. Returns ClinGen validity assertions with inheritance, source reports and snapshot provenance. Name searches can return multiple disease identities.
resolve_gene
Resolve a human gene symbol, previous symbol, alias, HGNC, Ensembl or NCBI Gene identifier. Returns exact, alias, ambiguous, not_found or withdrawn status with candidates and identity_snapshot_id. Use a selected HGNC gene_id and snapshot_id with get_gene_profile. Gene-plus-HGVS a
get_gene_profile
Read the selected gene_id and immutable snapshot_id from resolve_gene. Returns overview, disease validity, dosage, mechanisms, transcripts, native assemblies, constraint, ClinVar summaries and consequences, expression, GWAS, phenotypes and protein/pathways with source assertions,
get_gene_section
Read a gene-profile section using gene_id, snapshot_id and its returned opaque cursor. Returns source records, assembly/release, coverage, totals, count units and provenance. snapshot_unavailable requires a fresh resolution/profile request.
search_gene_literature
Retrieve a live publication capture for a resolved gene_id and snapshot_id. Returns source links, match labels, capture time/hash, degradation and gene/snapshot/sort-bound cursors. This capture is separate from the immutable reference snapshot and contains no abstracts.

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 7. Nov. 2026

✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto helena-bioinformatics bestätigt, dem das Repo gehört
… Noch nicht geprüft
Wird noch gepflegt
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
… Noch nicht geprüft
Hat eine Lizenz
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
✓ Bestanden
Endpunkt antwortet
Antwort in 651 ms (HTTP 200)
– Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Keine Anmeldung nötig
✓ Bestanden
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Wir haben 11 Tool-Beschreibungen gelesen und keine versteckten Anweisungen an die KI gefunden

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Mehr Sterne als 0 % der anderen 32606 Server in dieser Kategorie
Neuer in der Registry veröffentlicht als 96 % der anderen 32606 Server in dieser Kategorie
Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 32606 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist Folklore Clinical Variant Interpretation MCP sicher?

Er hat 3 von 3 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Er läuft in der Cloud des Entwicklers. Du verbindest dich übers Internet, ohne etwas zu installieren, aber was du sendest, läuft über die Server des Entwicklers.

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (2.0.0) kam gestern in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Er verbindet sich per URL, also funktionieren auch Apps, die Remote-MCP-Server akzeptieren, zum Beispiel ChatGPT im Entwicklermodus.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Georgia MCP

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Spec Driven Development

von formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

Läuft auf deinem Computer★ 440MITAktualisiert vor 14 Monaten

Installieren

Remote Desktop Commander

von desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

Läuft in der Cloud★ 211Aktualisiert vorgestern

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Georgia MCP

von abgeo

An MCP server for Georgian public data, read from the organizations that publish it.

Computer oder CloudAktualisiert heute

Installieren

README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

One hosted MCP server for public scientific queries and authenticated case workflows.

Endpoint: https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Version 2.0.0

Connect your MCP client directly to this Streamable HTTP endpoint. No local Folklore server is required. Anonymous callers receive 11 public tools. Send your Folklore API key in the Authorization Bearer header to access 18 additional case, source and result tools at the same endpoint. Invalid supplied credentials fail authentication; they do not select the anonymous catalog.

Create a key in your Folklore account for the selected account and sources. Keep it in your client's secret store, never in prompts, tool arguments or URLs. The selected account's native subscription capabilities, usage limits and eligible credits govern processing. A key does not grant funded compute.

See case workflows, the 18 authenticated tool schemas and the public task recipes.

Classify a variant

Connect your MCP client to:

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Access is anonymous. Call classify_germline_variant:

{"name":"classify_germline_variant","arguments":{"assembly":"GRCh38","query":"NM_007294.4:c.68_69del"}}

Input: one public GRCh38 nuclear germline SNV or simple indel smaller than 50 bp. Accepted notation includes supported HGVS, SPDI, rsID and genomic coordinates. Preserve transcript versions and reference alleles.

A resolved identity with successful interpretation includes automated ACMG/AMP classification, reported criteria, annotations, source evidence and provenance. Submitted ClinVar assertions retain their own source attribution alongside the Folklore classification. A VUS is a classification outcome.

Status	Next step
`resolved`	Read interpretation status, then classification and evidence.
`ambiguous`	Present candidates for an explicit allele choice.
`not_found`	Report the source-scoped miss.
`invalid_request`	Supply a corrected supported expression.
`unsupported`	Select a workflow for the requested variant type or assembly.
`resolution_unavailable`	Inspect the typed error and retry policy.

Interpretation status is success or unavailable. Transport, JSON-RPC, MCP and adapter errors have separate fields. See typed outcomes.

Scientific tools

Tool	Operation
`classify_germline_variant`	Resolve, classify and assess one supported germline variant.
`search_variant_literature`	Retrieve publications linked to a resolved variant.
`get_publication_details`	Retrieve the bibliographic record and abstract for a PMID.
`search_literature_corpus`	Search publications by scientific question or public identifier.
`get_gene_disease_associations`	Retrieve ClinGen assertions for an exact gene symbol or HGNC identifier.
`search_disease_genes`	Retrieve ClinGen assertions by MONDO identifier or disease-name substring.
`resolve_gene`	Resolve a human gene symbol, alias or stable identifier.
`get_gene_profile`	Read the selected HGNC gene at its returned snapshot.
`get_gene_section`	Continue one profile section using its cursor.
`search_gene_literature`	Retrieve a separate live publication capture for the selected gene.

ClinGen results preserve assertion-level disease identity, inheritance, validity assessment, panel, date and source links. Profile sections retain provider, assembly, release, units and pagination. Gene literature has its own capture identity. Follow gene-disease and gene-profile contracts for exact inputs.

support_helena provides links to the separate Helena Good service when the user asks about supporting Helena. An optional MCP App renders variant results.

Connect an agent or application

The hosted server uses stateless Streamable HTTP and MCP 2026-07-28. Requests carry matching protocol metadata and routing headers. Supported methods include server/discover, tools/list, tools/call, prompts/list, prompts/get, resources/list and resources/read.

Direct Streamable HTTP
OpenAI Agents SDK
Biomni
Biorouter
Dify, n8n, Galaxy, KNIME
Notebook workflow

The compatibility guide records protocol/client observations. All clients sharing egress use the same rate budget.

Agent Skill and workflow prompts

Install the portable Agent Skill using the installation guide. It routes pathogenicity, VUS, ClinVar, population-frequency, gene-disease and literature tasks to the hosted tools. The skill source includes OpenAI interface metadata.

Workflow prompts compose tool operations for classification, VUS assessment, ACMG/AMP explanation, identity verification and variant-literature comparison. Each accepts one public variant expression.

Run the adapter

The Apache-2.0 adapter implements MCP transport, public API clients and validated response projection. Folklore's scientific authorities produce normalization, annotation, evidence aggregation and classification.

python3.12 -m venv .venv

. .venv/bin/activate pip install -e '.[dev]' FOLKLORE_MCP_ENABLED=true \ FOLKLORE_LITERATURE_ENABLED=true \ FOLKLORE_GENE_DISEASE_ENABLED=true \ FOLKLORE_PUBLIC_GENE_ENABLED=true \ folklore-mcp

Capabilities are enabled through the flags above. Gene literature requires both public-gene and literature capabilities. The default upstream is https://api.helena.bio; local contract tests support localhost and 127.0.0.1. The standalone HTTP image uses Dockerfile.adapter; Dockerfile provides the pinned stdio bridge.

Verify and measure

pytest

ruff check . ruff format --check . python3 ops/reconcile_discovery.py

The read-only reconciler compares runtime, Server Card and Official Registry state, with separate aggregator observations. python3 ops/public_smoke.py checks discovery, prompts and resources.

Public measurement sources: variant interpretation, 100-case agent discovery, 60-query search discovery and genomic discovery cohort.

Registry and citation

Registry name: io.github.helena-bioinformatics/folklore
Publisher: Helena Bioinformatics
Website: https://folklore.helena.bio
Task routing metadata
Per-tool task contracts
Security reporting
Source boundary
Citation metadata

The immutable MCP adapter 1.6.0 archive is 10.5281/zenodo.23817704, from signed tag folklore-mcp-v1.6.0 at 55a332c6dd6bd4650e921c12ac145b8e0f90476a. The Biorouter-tag archive is 10.5281/zenodo.23818207.

License

Apache License 2.0. See LICENSE and NOTICE.

Automated variant classifications support qualified professional review and are not patient diagnoses or treatment recommendations.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Überblick

Die drei Säulen von PopNx MCP

Was du damit machen kannst

Installation

Bevor du installierst

Was er kann

Basischecksi

Entwickler passt zum Repo

Wird noch gepflegt

Hat eine Lizenz

Endpunkt antwortet

Anmeldung mit OAuth

Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Häufige Fragen

Alternativen

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Georgia MCP

README vom Entwickler

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Classify a variant

Scientific tools

Connect an agent or application

Agent Skill and workflow prompts

Run the adapter

Verify and measure

Registry and citation

License