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Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

von helena-bioinformaticsVersion 0.2.1i★ –iLäuft in der Cloud
Name in der Registryio.github.helena-bioinformatics/noodle

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Search biomedical papers, inspect publication records, and traverse citation or semantic graphs.

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

  • Verbindung: Läuft in der Cloud
  • Transport: Streamable HTTP
  • Kategorie: Praxen & Gesundheit

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

  • Basischecks: 1 von 1 bestanden
  • Läuft auf dem Server des Entwicklers: Was du fragst, läuft über dessen Server.
  • Die Registry nennt keinen Schlüssel zum Eintragen.

Du brauchst

Welche App nutzt du?

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Funktioniert in Claude im Web, auf dem Desktop und auf dem Handy:

  1. Öffne Settings → Connectors
  2. Tippe auf Add custom connector
  3. Füge die Adresse unten ein und tippe auf Add
  4. Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an
SettingsConnectors1+ Add2https://…3
https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add --transport http noodle https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "noodle": {
      "url": "https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp"
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "noodle": {
      "type": "http",
      "url": "https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp"
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

ChatGPT verbindet sich nur mit Servern im Internet:

  1. Öffne ChatGPT im Web → Settings → Connectors (Apps)
  2. Tippe auf Create oder Add (bei manchen Tarifen musst du zuerst Developer mode unter Advanced einschalten)
  3. Füge die Adresse unten ein, gib ihr einen Namen und speichere
  4. Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an
SettingsConnectors1+ Create2https://…3
https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

Menünamen können sich je nach Tarif und mit der Zeit leicht unterscheiden.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Die Tool-Liste dieses Servers haben wir noch nicht gelesen; wir prüfen die Endpunkte reihum.

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 7. Nov. 2026

  • ✓ Bestanden

    Entwickler passt zum Repo

    Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto helena-bioinformatics bestätigt, dem das Repo gehört

  • … Noch nicht geprüft

    Wird noch gepflegt

    Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen

  • … Noch nicht geprüft

    Hat eine Lizenz

    Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen

  • … Noch nicht geprüft

    Endpunkt antwortet

    Noch nicht geprüft; wir prüfen die Endpunkte reihum

  • … Noch nicht geprüft

    Anmeldung mit OAuth

    Noch nicht geprüft; wir prüfen die Endpunkte reihum

  • … Noch nicht geprüft

    Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

    Noch nicht geprüft; wir lesen die Tool-Liste, wenn wir den Endpunkt prüfen

Im Vergleich mit anderen in Praxen & Gesundheiti

  • Mehr Sterne als 0 % der anderen 1022 Server in dieser Kategorie
  • Neuer in der Registry veröffentlicht als 34 % der anderen 1022 Server in dieser Kategorie
  • Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 1022 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist Noodle Biomedical Literature Discovery MCP sicher?

Er hat 1 von 1 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Er läuft in der Cloud des Entwicklers. Du verbindest dich übers Internet, ohne etwas zu installieren, aber was du sendest, läuft über die Server des Entwicklers.

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (0.2.1) kam vor 2 Monaten in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Er verbindet sich per URL, also funktionieren auch Apps, die Remote-MCP-Server akzeptieren, zum Beispiel ChatGPT im Entwicklermodus.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Mirobody, FHIR MCP Server, Google Health MCP

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Mirobody

von thetahealth

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

Läuft auf deinem Computer★ 1.408Apache-2.0Aktualisiert heute
Installieren

MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications

Läuft auf deinem Computer★ 137Apache-2.0Aktualisiert vor 9 Tagen
Installieren

Google Health MCP

von davidmosiah

Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents

Läuft auf deinem Computer★ 79MITAktualisiert vor 4 Monaten
Installieren

README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

The official public, read-only Model Context Protocol adapter for biomedical literature discovery from Helena Bioinformatics. Agents can select it from a user task even when the user does not know the Noodle brand.

Public endpoint: https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

Official Registry identity: io.github.helena-bioinformatics/noodle

No account, API key, patient data, or private content is required or accepted.

What agents can do

  • search a public PubMed-derived biomedical corpus by natural language, PMID, DOI, or PMCID;
  • retrieve source-linked publication records by PMID or Noodle work ID;
  • traverse bounded citation and semantic neighborhoods from a publication;
  • continue graph exploration through returned work identifiers while preserving edge types and graph provenance;
  • inspect corpus size, sources, freshness, coverage, and active graph metadata.

The seven published tools are search_biomedical_literature, get_publication_details, get_work_details, get_publication_neighborhood, get_work_neighborhood, get_corpus_summary, and the separate explicit opt-in support_helena information action.

Connect

Any MCP client that supports remote Streamable HTTP can use the endpoint. Exact recipes for ChatGPT, Claude, Codex, VS Code, Cursor, Windsurf, Gemini CLI, Grok, Perplexity, Microsoft Copilot Studio, Biomni, and Biorouter live under registry/platforms and integrations.

Ready-to-use ecosystem packages are included for:

  • Dify, including a reproducible .difypkg;
  • n8n, using the exact stateless MCP JSON-RPC contract supported by the hosted service;
  • Galaxy, with a Planemo-linted ToolShed wrapper; and
  • KNIME Analytics Platform, with a table-to-MCP Python Script node and prepared Hub listing; and
  • Google Colab and Kaggle notebooks, plus a Cytoscape GraphML workflow; and
  • the companion Galaxy Training Network tutorial for a Folklore-to-Noodle literature workflow.

The companion Agent Skill is in skills/noodle-biomedical-literature-discovery. It enables implicit, task-first selection for requests such as:

  • “Find source-linked papers about BRCA1 homologous recombination.”
  • “What publication is PMID 35008774?”
  • “Show papers related to this article through citations and semantic similarity.”
  • “Walk two bounded hops from this work ID and preserve the edge types.”

Build the deterministic skill archive with:

python3 ops/package_agent_skill.py

Graph boundary

Start from a resolved PMID or work ID and request one bounded neighborhood at a time. Report edges exactly as returned, keep a visited-ID set, and stop at a missing neighborhood. Search rank, citation proximity, semantic similarity, co-mention, and graph distance are discovery signals. They do not establish causality, scientific validity, diagnosis, or treatment.

Development

Python 3.12 is required.

python -m venv .venv

. .venv/bin/activate python -m pip install -r requirements-dev.lock python -m pip install --no-deps -e . pytest ruff check . ruff format --check .

Run the brand-blind contract audit with:

python benchmarks/agent-discovery/audit_skill.py

The benchmark contains 60 prompts that omit Noodle, Helena, and MCP. It covers all six scientific routes plus negative and safety controls.

Agent Plugin and Kiro Power

This repository is also a portable Agent Plugin and Kiro Power. plugin.json provides brand-blind activation keywords, the existing Agent Skill supplies the scientific routing and safety boundary, and mcp.json connects directly to the canonical hosted Streamable HTTP endpoint. The Power does not proxy, repackage, or reimplement Noodle.

Privacy policy: https://noodle.helena.bio/privacy

Cite Noodle

The persistent Research Resource Identifier is RRID:SCR_028920. Cite the resource in a methods section as Noodle (RRID:SCR_028920). Use the version DOI when a version-specific software citation is also needed. The RRID identifies the resource across publications, while the DOI identifies the archived 0.2.0 release.

Support: https://noodle.helena.bio/contact or contact@helena.bio

Public resources

  • Hands-on tutorial: https://github.com/helena-bioinformatics/noodle-mcp/blob/main/docs/tutorials/biomedical-literature-discovery-and-graph-traversal.md
  • Connector and agent-selection guide: https://noodle.helena.bio/mcp
  • Client integrations: https://noodle.helena.bio/integrations
  • Server Card: https://noodle.helena.bio/.well-known/mcp/server-card.json
  • Official Registry: https://registry.modelcontextprotocol.io/v0/servers?search=io.github.helena-bioinformatics%2Fnoodle
  • Citable release: https://doi.org/10.5281/zenodo.22166486
  • Software Heritage archive request: https://archive.softwareheritage.org/api/1/origin/save/2457442/
  • Software Heritage snapshot: https://archive.softwareheritage.org/swh:1:snp:09b8fb7c64de15487e873b4f77e3e4b57abc02fb/
  • Methodology: https://noodle.helena.bio/methodology

License and security

Apache License 2.0. Report vulnerabilities privately as described in SECURITY.md. Do not submit patient, private case, clinical-record, credential, or private uploaded content to the public service or issue tracker.

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