AMR (antimicrobial resistance)

Name: AMR (antimicrobial resistance)
Author: pabloestepaa

von pabloestepaaVersion 0.1.4i★ –iLäuft auf deinem Computer

Name in der Registryio.github.pabloestepaa/amr-mcp

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Antimicrobial resistance genes, sequences and literature from NCBI and UniProt

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Stimmen der NutzeriNoch keine BewertungenBewertungen starten in einem späteren Schritt zusammen mit Benutzerkonten
Unsere Basischecksi1 von 1 bestandenAnhand öffentlicher Informationen geprüft; Code noch nicht gescannt
NutzungiNoch nicht gemessen★ –

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

Verbindung: Läuft auf deinem Computer
Transport: stdio
Kategorie: Sonstiges
Das musst du eintragen: NCBI_API_KEY

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

Basischecks: 1 von 1 bestanden
Läuft auf deinem Computer mit den Rechten deines Benutzerkontos (Dateien, Netzwerk, Apps).
Das trägst du selbst ein: NCBI_API_KEY, NCBI_EMAIL

Als geheim markierte Werte sind Schlüssel zu deinem Konto. Gib sie nie weiter und füge sie nie in einen Chat ein.

Du brauchst

PyPIuv für Python installiert (für den Befehl uvx)

Welche App nutzt du?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Öffne Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config und füge dies in claude_desktop_config.json ein

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add amr --env NCBI_API_KEY=your-value --env NCBI_EMAIL=your-value -- uvx amr-mcp

Trag die leeren Werte ein, bevor du ihn startest.

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "amr": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

Dieser Server läuft auf deinem Computer, und ChatGPT kann sich nur mit Servern im Internet verbinden. Wähle eine andere App.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Werte, die du selbst einträgst

NCBI_API_KEY geheim env
Optional free NCBI API key; raises the rate limit from 3 to 10 requests/s
NCBI_EMAIL env
Optional contact e-mail sent to NCBI with each request

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Läuft auf deinem Computer; die Tool-Liste erscheint nach der Installation in deiner KI-App.

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 7. Nov. 2026

✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto pabloestepaa bestätigt, dem das Repo gehört
… Noch nicht geprüft
Wird noch gepflegt
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
… Noch nicht geprüft
Hat eine Lizenz
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
– Nicht zutreffend
Endpunkt antwortet
Dieser Server läuft auf deinem Computer; es gibt keinen Endpunkt im Internet
– Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Läuft auf deinem Computer und nutzt stattdessen lokale Einstellungen
… Noch nicht geprüft
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Läuft auf deinem Computer; Tool-Listen können wir nur von Endpunkten im Internet lesen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Mehr Sterne als 0 % der anderen 18336 Server in dieser Kategorie
Neuer in der Registry veröffentlicht als 97 % der anderen 18336 Server in dieser Kategorie
Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 18336 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist AMR (antimicrobial resistance) sicher?

Er hat 1 von 1 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Das musst du eintragen: NCBI_API_KEY

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Er läuft auf deinem Computer. Deine KI-App startet ihn bei Bedarf, und die Daten laufen nicht über die Server des Entwicklers (außer der Server ruft selbst einen Onlinedienst auf).

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (0.1.4) kam gestern in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Außerdem brauchst du Python (uv) auf deinem Computer.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, NexusWindows

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Spec Driven Development

von formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

Läuft auf deinem Computer★ 440MITAktualisiert vor 14 Monaten

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Remote Desktop Commander

von desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

Läuft in der Cloud★ 211Aktualisiert vorgestern

Installieren

NexusWindows

von pironjulien

Windows computer use in the background: desktop apps driven without your mouse or keyboard.

Läuft auf deinem ComputerAktualisiert heute

Installieren

README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

amr-mcp

An MCP server that lets AI assistants (Claude, Codex, Cursor…) query antimicrobial resistance (AMR) data from public, free sources:

NCBI Reference Gene Catalog, the curated database behind AMRFinderPlus: ~11,500 AMR genes, point mutations, stress and virulence genes
NCBI E-utilities: protein and nucleotide sequences, PubMed references
UniProtKB: protein function, keywords and cross-references
AMRFinderPlus (optional, if installed locally): screen your own genomes

All data sources are public domain or freely accessible; no API keys are required.

Demo

Claude Code answering the first example question below: the server looks up blaKPC-2 in the catalog, counts the species NCBI has found it in, pulls the protein sequence and resolves the original paper.

Example questions

Which species carry the KPC-2 carbapenemase, what is the original paper describing it, and what does its protein sequence look like?

Summarise the carbapenemase gene families in the catalog and how many variants each has.

Give me the protein sequence of mcr-1.1 and its UniProt function annotation.

Run AMRFinderPlus on ~/data/isolate_17.fasta as *Escherichia* and explain the hits by drug class.

Tools

Tool	What it does
`search_amr_genes`	Search by text, drug class, subclass, organism or element type; `group_by_family` for broad searches
`get_amr_gene`	Exact record for an allele (`blaKPC-2`) or summary of a family (`blaKPC`)
`list_drug_classes`	Drug classes and how many catalog entries each has
`catalog_info`	Catalog version and size
`fetch_sequence`	Protein or nucleotide FASTA from NCBI by accession
`get_protein_hosts`	Species in which NCBI has sequenced an exact protein (Identical Protein Groups)
`get_pubmed_references`	Title, journal, authors and DOI for PubMed IDs
`search_uniprot` / `get_uniprot_entry`	UniProtKB search and entry details
`run_amrfinder`	Run a local AMRFinderPlus install on a FASTA file

Installation

Run it with uv (no install step needed), or pip install amr-mcp.

Claude Code

claude mcp add amr -- uvx amr-mcp

Claude Desktop

Add to claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "uvx", "args": ["amr-mcp"] } } }

Without uv: pipx

pipx install amr-mcp

which amr-mcp # e.g. /Users/you/.local/bin/amr-mcp

Then use that absolute path as the command, for example in claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "/Users/you/.local/bin/amr-mcp" } } }

Desktop apps don't inherit your shell's PATH, so if Claude Desktop can't start the server, use the absolute path for the command (this applies to uvx too: run which uvx to get it).

Agent skill (optional)

skills/amr-research/SKILL.md tells the agent when to reach for these tools and how to chain them (gene → hosts → sequence → paper, family overviews, genome screening), plus the pitfalls to avoid. It works with any agent that reads SKILL.md files (Claude Code, Cursor, Codex, Copilot…):

npx skills add pabloestepaa/amr-mcp

Or copy the folder by hand, e.g. to ~/.claude/skills/amr-research/ for Claude Code. The skill uses the MCP server above, so install that too.

Configuration

Variable	Purpose
`NCBI_API_KEY`	Optional, free. Raises the NCBI rate limit from 3 to 10 requests/s
`NCBI_EMAIL`	Optional. Contact e-mail NCBI asks tools to send
`AMR_MCP_CACHE_DIR`	Where the catalog is cached (default `~/.cache/amr-mcp`, refreshed every 30 days)

To enable run_amrfinder: conda install -c bioconda ncbi-amrfinderplus && amrfinder -u.

Development

python -m venv .venv && .venv/bin/pip install -e ".[dev]"

.venv/bin/pytest -m "not network" # offline tests .venv/bin/pytest # also hits the live NCBI/UniProt APIs

Data licensing

The NCBI Reference Gene Catalog and NCBI sequence data are US government works in the public domain. UniProt data is available under CC BY 4.0. Please cite the original sources when you publish results:

Feldgarden M, et al. *AMRFinderPlus and the Reference Gene Catalog facilitate examination of the genomic links among antimicrobial resistance, stress response, and virulence.* Sci Rep. 2021.
The UniProt Consortium. *UniProt: the Universal Protein Knowledgebase.* Nucleic Acids Res.

License

MIT

Developed with AI assistance (Claude Code); all code reviewed and tested by the author.

AMR (antimicrobial resistance)

Überblick

Die drei Säulen von PopNx MCP

Was du damit machen kannst

Installation

Bevor du installierst

Werte, die du selbst einträgst

Was er kann

Basischecksi

Entwickler passt zum Repo

Wird noch gepflegt

Hat eine Lizenz

Endpunkt antwortet

Anmeldung mit OAuth

Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

Im Vergleich mit anderen in Sonstigesi

Häufige Fragen

Alternativen

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

NexusWindows

README vom Entwickler

amr-mcp

Demo

Example questions

Tools

Installation

Claude Code

Claude Desktop

Without uv: pipx

Agent skill (optional)

Configuration

Development

Data licensing

License