Spec Driven Development
MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.
Se ejecuta en tu computadora
ChatSpatial
Resumen
Descripción del creador (original en inglés)
Schema-enforced spatial transcriptomics analysis with 20 tools and 67 methods via MCP
Los tres pilares de PopNx MCP
Estos tres nunca se combinan en una sola puntuación: las opiniones, las mediciones y la popularidad son cosas distintas.
- Opinión de usuariosiAún no hay reseñasLas reseñas se abrirán junto con las cuentas en una etapa posterior
- Nuestras revisiones básicasi1 de 1 superadasRevisado con información pública; el código aún no se ha escaneado
- UsoiMuy nuevo↓ 232/sem · ★ –
Qué puedes hacer con él
Todavía no escribimos un resumen sencillo para este. Abajo están los datos que leímos del registro.
- Conexión: Se ejecuta en tu computadora
- Transporte: stdio
- Categoría: Otros
Instalación
Elige la app de IA que usas y copia la configuración.
Antes de instalar
- Revisiones básicas: 1 de 1 superadas
- Se ejecuta en tu computadora con los permisos de tu usuario (archivos, red, apps).
- El registro no indica ninguna clave que completar.
Necesitas
- PyPIuv de Python instalado (para el comando uvx)
¿Qué app usas?
Elige tu app arriba. La recordamos, así que la próxima vez el botón dirá “Instalar en …”.
Abre Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config y pega esto en claude_desktop_config.json
{
"mcpServers": {
"chatspatial": {
"command": "uvx",
"args": [
"chatspatial",
"server"
]
}
}
}Ejecuta esto en tu terminal
claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial serverO copia la configuración tú
Pégalo en .cursor/mcp.json de tu proyecto, o en ~/.cursor/mcp.json
{
"mcpServers": {
"chatspatial": {
"command": "uvx",
"args": [
"chatspatial",
"server"
]
}
}
}Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.
O copia la configuración tú
Pégalo en .vscode/mcp.json de tu proyecto
{
"servers": {
"chatspatial": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"chatspatial",
"server"
]
}
}
}Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.
Este se ejecuta en tu computadora, y ChatGPT solo puede conectarse a servidores en internet. Elige otra app.
Tu elección se guarda en una cookie en este dispositivo; no necesitas cuenta.
Esta configuración se genera a partir de la ficha del creador en el registro. Si el README dice otra cosa, sigue el README.
Qué puede hacer
Se ejecuta en tu computadora; la lista de herramientas aparece en tu app de IA después de instalarlo.
Revisiones básicasi
Revisamos información que cualquiera puede ver; no hemos leído el código. Las revisiones que no aplican no se cuentan. · Revisado el 8 nov 2026
- ✓ Superada
El creador coincide con el repo
El nombre en el registro se verificó con la cuenta de GitHub cafferychen777, dueña del repo
- … Aún sin revisar
Sigue en mantenimiento
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
- … Aún sin revisar
Tiene licencia
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
- – No aplica
El endpoint responde
Este se ejecuta en tu computadora; no hay endpoint en internet
- – No aplica
Inicio de sesión con OAuth
Se ejecuta en tu computadora y usa ajustes locales en su lugar
- … Aún sin revisar
Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas
Se ejecuta en tu computadora; solo podemos leer listas de herramientas de endpoints en internet
Comparado con otros en Otrosi
- Más estrellas que el 0% de los otros 18499 servidores de esta categoría
- Publicado en el registro más recientemente que el 69% de los otros 18499 servidores de esta categoría
- Revisiones básicas iguales o mejores que el 100% de los otros 18499 servidores de esta categoría
Comparado con todos los servidores activos de esta categoría en el registro. Las estrellas solo cuentan cuando quien lo publica es dueño del repo.
Preguntas frecuentes
¿Es seguro ChatSpatial?
Superó 1 de 1 revisiones básicas aplicables. No hemos leído el código. Antes de agregar una clave o un token, revisa qué acceso pide el servidor y usa una clave que tenga solo los permisos que necesitas.
¿Qué claves o códigos necesita?
El registro no indica ninguna clave obligatoria, aunque algunos servidores te piden iniciar sesión la primera vez que los usas.
¿Se ejecuta en mi computadora o en la nube?
Se ejecuta en tu computadora. Tu app de IA lo inicia cuando hace falta, y los datos no pasan por los servidores del creador (a menos que el propio servidor llame a un servicio en línea).
¿Sigue en mantenimiento?
El repo de GitHub cambió por última vez –, y la última versión (1.6.0) llegó al registro hace 19 días.
¿Qué apps pueden usarlo?
Las apps compatibles con MCP, como Claude Desktop, Claude Code, Cursor y VS Code. También necesitas Python (uv) en tu computadora.
¿Qué puedo usar en su lugar?
En la misma categoría: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, SolveHub
Alternativas
Servidores de la misma categoría hechos por otros creadores, ordenados por estrellas.
Cómo leer una tarjeta:↓ Descargas por semanai★ Estrellas de GitHubiTres pilares: reseñas · revisiones · usoiActualizado = fecha en que se publicó la última versión en el registroi
Remote Desktop Commander
Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.
Se ejecuta en la nube✓ desktopcommander.app
SolveHub
CAPTCHA and anti-bot solving for Turnstile, DataDome, Akamai, PerimeterX and Imperva.
Se ejecuta en tu computadora
README del creador
Abrir el README
Copiado tal cual del repo del creador. PopNx MCP no lo ha revisado ni lo respalda. Se quitaron HTML, imágenes y scripts. Los enlaces llevan fuera de este sitio.
ChatSpatial
MCP server for spatial transcriptomics analysis via natural language
ChatSpatial replaces ad-hoc LLM code generation with schema-enforced orchestration. Instead of generating arbitrary scripts, the LLM selects tools and parameters from a curated registry, making spatial transcriptomics workflows more reproducible across sessions and clients.
ChatSpatial exposes 20 schema-validated MCP tools that orchestrate 67 spatial transcriptomics methods across 13 analytical categories. The tools are the stable natural-language interface; the methods are the analysis backends selected through tool parameters.
The server implements MCP 2026-07-28 through the official Python SDK v2 and continues to serve 2025-11-25 clients through SDK-managed protocol negotiation. STDIO remains the secure local default; Streamable HTTP is available for explicitly configured HTTP deployments.
Start Here
Install uv once, then register ChatSpatial without creating or managing a Python environment:
Codex:
codex mcp add chatspatial -- uvx --from chatspatial chatspatial serverClaude Code:
claude mcp add --scope user chatspatial -- \uvx --from chatspatial chatspatial server
uvx creates an isolated environment on first launch and reuses its cache on later launches. Restart the MCP client after adding the server.
The command above installs the standard runtime. To make all 15 composable Python method families available in the same isolated MCP environment, use:
uvx --from 'chatspatial[full]' chatspatial serverfull includes CellRank, FastCCC, the maintained spatial-domain and registration backends, annotation, enrichment, and the other portable Python families. R bridges, AESTETIK, and rctd-py remain separate because they have system, platform, or large-runtime requirements. See the installation guide before enabling those families.
Then:
- Run your first analysis — Quick Start
- Choose optional method families or a persistent environment — Installation Guide
- Configure another MCP client — Configuration Guide
- Reproduce the manuscript key results without an LLM — Reproduction image
Docker quick start:
docker pull cafferyyang777/chatspatial:latestMinimal example prompt:
Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and plot gene expression at the spatial coordinatesThe Quick Start provides a downloadable sample and a Leiden workflow that runs with the standard installation. Its sample has spatial coordinates but no H&E image. SpaGCN requires the optional spatial-domains extra.
If you use Docker, mount host data to /data and prompt with the container path, for example /data/spatial_data.h5ad.
ChatSpatial works with any MCP-compatible client — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode, and other MCP-capable tools.
Capabilities
Current coverage includes 67 methods across 13 analytical categories, exposed through 20 MCP tools. Supports 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.
| Category | Example methods |
|---|---|
| Data Loading & Preprocessing | Scanpy I/O, QC, Normalization, HVG, PCA, Neighbors |
| Visualization | Spatial plots, Embedding plots, Gene expression overlays |
| Spatial Domain Identification | SpaGCN, STAGATE, GraphST, BANKSY, AESTETIK, Leiden, Louvain |
| Deconvolution | FlashDeconv, Cell2location, RCTD (spacexr or rctd-py), DestVI, Stereoscope, SPOTlight, Tangram, CARD |
| Cell-Cell Communication | LIANA+, CellPhoneDB, CellChat (cellchat_r), FastCCC |
| Cell Type Annotation | Tangram, scANVI, CellAssign, mLLMCelltype, scType, SingleR, marker-score and threshold rules |
| Differential Expression | Wilcoxon, t-test, Logistic Regression, pyDESeq2 |
| Trajectory Inference | CellRank, Palantir, DPT |
| RNA Velocity | scVelo, VeloVI |
| Spatial Statistics | Moran's I, Local Moran, Geary's C, Getis-Ord Gi*, Ripley's K, Co-occurrence, Neighborhood Enrichment, Centrality Scores, Local Join Count, Network Properties |
| Enrichment Analysis | GSEA, ORA, Enrichr, ssGSEA, Spatial EnrichMap |
| Spatially Variable Genes | SpatialDE, SPARK-X, FlashS |
| Multi-sample Integration | Harmony, BBKNN, Scanorama, scVI |
| CNV Analysis | InferCNVPy, Numbat |
| Spatial Registration | PASTE, STalign |
Documentation
| Guide | Use this when... |
|---|---|
| Installation | You need optional methods or a persistent Python environment |
| Docker | You want a reproducible container runtime or local dependency resolution fails |
| Configuration | You need exact MCP client syntax or the runtime path model |
| Quick Start | ChatSpatial is installed and you want the first successful analysis |
| Concepts | You need to choose an analysis strategy from a biological question |
| Examples | You want copy-pasteable natural-language workflow prompts |
| Methods Reference | You need canonical tool names, method names, parameters, and defaults |
| Troubleshooting | Setup, data loading, or analysis behavior is not working |
| Full Docs | You want the complete documentation site |
Reproducibility
Each release publishes a reproduction image under the -repro tag. It re-executes the DLPFC spatial-domain and OSCC CARD deconvolution tool calls recorded during the manuscript experiments, without calling any LLM, and compares the results with the reported values:
docker run --rm -v "$PWD/out:/outputs" \cafferyyang777/chatspatial@sha256:ac3ba1ed8235c3d53ca72005d8ad2556cac007f5ddb932ae3e1d1241fa2cf9d8 \ chatspatial-reproduce
reproducibility/ contains the image definition and describes what it checks. The experiment and analysis scripts for the manuscript are in ChatSpatial-Reproducibility.
Citation
If you use ChatSpatial in your research, please cite:
@article{Yang2026.02.26.708361,author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun}, title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics}, elocation-id = {2026.02.26.708361}, year = {2026}, doi = {10.64898/2026.02.26.708361}, publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory}, URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361}, journal = {bioRxiv} }
ChatSpatial orchestrates many excellent third-party methods. Please also cite the original tools your analysis used.
Contributing
Documentation improvements, bug reports, and new analysis methods are all welcome. See CONTRIBUTING.md.