Pubchem MCP Server

Name: Pubchem MCP Server
Author: cyanheads

de cyanheadsversión 0.8.0i★ –iComputadora o nube

Nombre en el registroio.github.cyanheads/pubchem-mcp-server

Instalar

Resumen

Descripción del creador (original en inglés)

Search PubChem compounds, properties, safety data, bioactivity, and cross-references.

Los tres pilares de PopNx MCP

Estos tres nunca se combinan en una sola puntuación: las opiniones, las mediciones y la popularidad son cosas distintas.

Opinión de usuariosiAún no hay reseñasLas reseñas se abrirán junto con las cuentas en una etapa posterior
Nuestras revisiones básicasi3 de 3 superadasRevisado con información pública; el código aún no se ha escaneado
UsoiMuy nuevo↓ 310/sem · ★ –

Qué puedes hacer con él

Todavía no escribimos un resumen sencillo para este. Abajo están los datos que leímos del registro.

Conexión: Computadora o nube
Transporte: stdio, Streamable HTTP
Categoría: Búsqueda y memoria de IA

Instalación

Elige la app de IA que usas y copia la configuración.

Antes de instalar

Revisiones básicas: 3 de 3 superadas
Se ejecuta en el servidor del creador: lo que le pidas pasa por su servidor.
Puede hacer 10 cosas (herramientas) pubchem_search_compounds, pubchem_get_compound_details, pubchem_get_compound_image, pubchem_get_compound_3d_structure …
Debes completar tú: MCP_LOG_LEVEL

Necesitas

Se ejecuta en la nubeNo hay nada que instalar; se conecta por internet
npmNode.js instalado (para el comando npx)

¿Qué app usas?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Elige tu app arriba. La recordamos, así que la próxima vez el botón dirá “Instalar en …”.

Funciona en Claude para web, escritorio y móvil:

Abre Settings → Connectors
Presiona Add custom connector
Pega la dirección de abajo y presiona Add
Si te pide iniciar sesión, inicia sesión en el servicio del creador

https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

O ejecútalo en tu computadora

Abre Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config y pega esto en claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Ejecuta esto en tu terminal

claude mcp add --transport http pubchem https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

O ejecútalo en tu computadora

claude mcp add pubchem --env MCP_LOG_LEVEL=your-value -- npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server

Completa los valores vacíos antes de ejecutarlo.

Abrir en Cursor

O copia la configuración tú

Pégalo en .cursor/mcp.json de tu proyecto, o en ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

O ejecútalo en tu computadora

Abrir en Cursor

O copia la configuración tú

Pégalo en .cursor/mcp.json de tu proyecto, o en ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.

Abrir en VS Code

O copia la configuración tú

Pégalo en .vscode/mcp.json de tu proyecto

{
  "servers": {
    "pubchem": {
      "type": "http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

O ejecútalo en tu computadora

Abrir en VS Code

O copia la configuración tú

Pégalo en .vscode/mcp.json de tu proyecto

{
  "servers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.

ChatGPT solo se conecta a servidores en internet:

Abre ChatGPT en la web → Settings → Connectors (Apps)
Presiona Create o Add (en algunos planes primero hay que activar Developer mode en Advanced)
Pega la dirección de abajo, ponle un nombre y guarda
Si te pide iniciar sesión, inicia sesión en el servicio del creador

https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Los nombres de los menús pueden variar un poco según el plan y con el tiempo.

Tu elección se guarda en una cookie en este dispositivo; no necesitas cuenta.

Valores que debes completar

MCP_LOG_LEVEL env
Sets the minimum log level for output (e.g., 'debug', 'info', 'warn').

Esta configuración se genera a partir de la ficha del creador en el registro. Si el README dice otra cosa, sigue el README.

Qué puede hacer

Nombres y descripciones de las herramientas tal como los informó el servidor el 7 nov 2026. Los escribió el creador, no nosotros; los mostramos como texto sin formato.

pubchem_search_compounds
Search PubChem for chemical compounds by identifier (name, SMILES, InChI, or InChIKey, up to 25 per call), molecular formula in Hill notation, substructure or superstructure containment, 2D Tanimoto similarity, or the compounds a bioassay (AID) found active or tested. Returns a p
pubchem_get_compound_details
Get detailed compound information by CID. Returns physicochemical properties (molecular weight, SMILES, InChIKey, XLogP, TPSA, etc.), optionally with a textual description (pharmacology, mechanism, therapeutic use), known synonyms, drug-likeness assessment (Lipinski/Veber rules),
pubchem_get_compound_image
Fetch a 2D structure diagram (PNG image) for a compound by CID.
pubchem_get_compound_3d_structure
Get a compound's default 3D conformer — atomic coordinates and bonds — for one CID. format="json" (default) returns atoms and bonds parsed into structured fields; format="sdf" returns the raw V2000 SDF text for passthrough to docking, rendering, or conformer tools. Optionally lis
pubchem_get_compound_xrefs
Get external database cross-references for a compound: PubMed citations, patent IDs, gene associations, CAS and EC numbers with the number of source records that deposited each, other registry numbers, and taxonomy IDs. Results are paged per type — capped at maxPerType with the t
pubchem_get_compound_safety
Get GHS (Globally Harmonized System) hazard classification and safety data for one or more compounds by CID. Returns signal word, pictograms, hazard statements (H-codes), and precautionary statements (P-codes) per compound, merged across sources, plus each source's own classifica
pubchem_get_bioactivity
Get a compound's bioactivity profile: which assays tested it, activity outcomes (Active/Inactive/Inconclusive), target identifiers (NCBI Gene ID, UniProt/GenBank accession), quantitative values (IC50, EC50, Ki, etc.), each assay's type (confirmatory, screening, summary, other), a
pubchem_get_compound_interactions
Get a compound's interaction data: drug-food interactions, and the molecular targets its bioassays name — one entry per target as kinds defines it, with its assay counts by outcome and most potent active value, Active targets first, most potent first. Each entry carries its origi
pubchem_search_assays
Find PubChem bioassays associated with a biological target. Search by gene symbol (e.g. "EGFR"), protein name, NCBI Gene ID, or UniProt accession. Returns a page of assay IDs (AIDs) — page past maxResults with offset — which can be explored further with pubchem_get_summary.
pubchem_get_summary
Get descriptive summaries for PubChem entities by ID. Supports assays (AID), genes (Gene ID), proteins (UniProt accession), and taxonomy (Tax ID). Up to 10 per call; identifiers past that are returned in unprocessed for a follow-up call.

Revisiones básicasi

Revisamos información que cualquiera puede ver; no hemos leído el código. Las revisiones que no aplican no se cuentan. · Revisado el 8 nov 2026

✓ Superada
El creador coincide con el repo
El nombre en el registro se verificó con la cuenta de GitHub cyanheads, dueña del repo
… Aún sin revisar
Sigue en mantenimiento
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
… Aún sin revisar
Tiene licencia
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
✓ Superada
El endpoint responde
Respondió en 223 ms (HTTP 200)
– No aplica
Inicio de sesión con OAuth
No hace falta iniciar sesión
✓ Superada
Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas
Leímos 10 descripciones de herramientas y no encontramos instrucciones ocultas para la IA

Comparado con otros en Búsqueda y memoria de IAi

Más estrellas que el 0% de los otros 5692 servidores de esta categoría
Publicado en el registro más recientemente que el 78% de los otros 5692 servidores de esta categoría
Revisiones básicas iguales o mejores que el 100% de los otros 5692 servidores de esta categoría

Comparado con todos los servidores activos de esta categoría en el registro. Las estrellas solo cuentan cuando quien lo publica es dueño del repo.

Preguntas frecuentes

¿Es seguro Pubchem MCP Server?

Superó 3 de 3 revisiones básicas aplicables. No hemos leído el código. Antes de agregar una clave o un token, revisa qué acceso pide el servidor y usa una clave que tenga solo los permisos que necesitas.

¿Qué claves o códigos necesita?

El registro no indica ninguna clave obligatoria, aunque algunos servidores te piden iniciar sesión la primera vez que los usas.

¿Se ejecuta en mi computadora o en la nube?

Funciona de las dos formas: instálalo en tu computadora o conéctate a la versión en la nube.

¿Sigue en mantenimiento?

El repo de GitHub cambió por última vez –, y la última versión (0.8.0) llegó al registro hace 11 días.

¿Qué apps pueden usarlo?

Las apps compatibles con MCP, como Claude Desktop, Claude Code, Cursor y VS Code. Se conecta por URL, así que también funcionan las apps que aceptan servidores MCP remotos, como ChatGPT en modo desarrollador.

¿Qué puedo usar en su lugar?

En la misma categoría: Context7, Codebase Memory, Exa

Alternativas

Servidores de la misma categoría hechos por otros creadores, ordenados por estrellas.

Cómo leer una tarjeta:↓ Descargas por semanai★ Estrellas de GitHubiTres pilares: reseñas · revisiones · usoiActualizado = fecha en que se publicó la última versión en el registroi

Context7

Up-to-date docs for AI agents

de upstashMuy usado↓ 972,7 mil/sem★ 64,2 milActualizado anteayer

Computadora o nube

Instalar

Codebase Memory

Codebase knowledge graph for AI agents — 162 languages, sub-ms queries, 99% fewer tokens.

de DeusDataMuy usado↓ 18 mil/sem★ 48,1 milActualizado hace 22 días

Se ejecuta en tu computadora

Instalar

Exa

Connect AI agents to Exa for web search, content fetching, and multi-step research.

de exa-labsEn crecimiento★ 5,2 milActualizado hace 2 meses

Se ejecuta en la nube✓ exa.ai

Instalar

README del creador

Abrir el README

Copiado tal cual del repo del creador. PopNx MCP no lo ha revisado ni lo respalda. Se quitaron HTML, imágenes y scripts. Los enlaces llevan fuera de este sitio.

@cyanheads/pubchem-mcp-server Search the PubChem chemical database for compounds, properties, safety data, bioactivity, cross-references, and entity summaries via MCP. STDIO or Streamable HTTP. 10 Tools • 6 Resources • 1 Skill

Public Hosted Server: https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Overview

Chemical compounds and bioassays from PubChem. Search compounds by name, formula, or structure; fetch properties, safety data, bioactivity, drug-food interactions, molecular targets, and 3D structures; and find bioassays by biological target.

Tools

Tool	Description
`pubchem_search_compounds`	Search for compounds by name, SMILES, InChI, InChIKey, formula, substructure, superstructure, or 2D similarity, or list the compounds a bioassay found active.
`pubchem_get_compound_details`	Get physicochemical properties, descriptions, synonyms, drug-likeness, and classification for compounds by CID.
`pubchem_get_compound_image`	Fetch a 2D structure diagram (PNG) for a compound by CID.
`pubchem_get_compound_3d_structure`	Fetch a 3D conformer (atomic coordinates and bonds) for a compound by CID, as parsed JSON or raw SDF.
`pubchem_get_compound_xrefs`	Get external database cross-references (PubMed, patents, genes, CAS and EC numbers, etc.).
`pubchem_get_compound_safety`	Get GHS hazard classification and safety data for one or more compounds by CID (batch).
`pubchem_get_bioactivity`	Get a compound's bioactivity profile: assay results, targets, activity values, assay types, and cited PubMed IDs; filter by outcome, molecular target, or assay type.
`pubchem_get_compound_interactions`	Get a compound's drug-food interactions and the molecular targets its assays name, each with assay counts and the most potent active value.
`pubchem_search_assays`	Find bioassays by biological target (gene symbol, protein, Gene ID, UniProt accession).
`pubchem_get_summary`	Get summaries for PubChem entities: assays, genes, proteins, taxonomy.

Resources

Compound and assay records are also exposed as URI-templated resources, backed by the same client methods as the tools; many MCP clients are tool-only and never surface resources.

Resource	Description
`pubchem://compound/{cid}`	Core physicochemical properties (JSON).
`pubchem://compound/{cid}/safety`	GHS hazard classification (JSON).
`pubchem://compound/{cid}/image`	2D structure diagram (PNG).
`pubchem://compound/{cid}/xrefs`	External cross-references (JSON).
`pubchem://compound/{cid}/bioactivity`	Bioassay activity profile (JSON).
`pubchem://assay/{aid}`	BioAssay summary (JSON).

Skills

The server publishes an agent skill, pubchem-guide, covering gates and identifier chains the tool descriptions don't carry: salt vs parent CIDs, where Gene IDs and accessions come from, why gene-symbol, Gene ID, and accession searches disagree, and how to read activity labels, potency values, and GHS data. Plugin installs (Claude Code, Codex) and the .mcpb bundle pick it up from skills/, and the server also serves it over MCP as skill://pubchem-guide/SKILL.md.

Capability reference

`pubchem_search_compounds` tool

Six search strategies: identifier (identifierType + identifiers; name/SMILES/InChI/InChIKey, 25 per call, the rest returned in unprocessed), formula (formula, Hill notation, optional allowOtherElements), substructure/superstructure and 2D similarity (query + queryType; similarity threshold 70-100, default 90), or assay (aid; compounds the bioassay marked active, or every compound tested with activeOnly: false)
Up to 200 CIDs per page (default 20; a larger maxResults is served at 200 and reported in cappedInputs); offset pages identifier and assay searches to the end of their matches, and formula, substructure, superstructure, and similarity searches to 10,000 (deeper fails with offset_ceiling_exceeded). Optional properties saves a follow-up pubchem_get_compound_details call
Reports totalFound, or a totalFoundAtLeast floor when an upstream search saturated, and unresolvedIdentifiers for inputs with no CID. Fails with aid_not_found for an unknown AID and search_query_rejected (with a hint) for a query PubChem cannot search

`pubchem_get_compound_details` tool

Up to 100 CIDs per call (the rest returned in unprocessed); 27 available properties, defaulting to a core set of 14
Optional descriptions (descriptionOffset/maxDescriptions, default 3, max 20) and classification (FDA, MeSH, ATC) cover the first 10 CIDs only, the rest listed in skippedCids. Optional synonyms (synonymOffset/maxSynonyms, default 20, max 100) and a Lipinski/Veber drug-likeness check cover every found CID
Per-CID found: false separates a nonexistent CID from a compound with no data

`pubchem_get_compound_image` tool

Single CID; size is "small" (100x100) or "large" (300x300, default)
Returns base64-encoded PNG plus width/height
Typed cid_not_found error when PubChem has no record for the CID

`pubchem_get_compound_3d_structure` tool

Single CID; format="json" (default) returns parsed atoms (element + x/y/z) and bonds, format="sdf" returns the raw V2000 SDF text
maxAtoms/maxBonds cap the JSON preview (default 200 each); atomCount/bondCount always report the full totals, with any capping disclosed via enrichment
includeRawSdf bypasses the default 500-line cap on the raw SDF text
Optional includeAlternateConformerIds lists conformer IDs beyond the default
Typed no_3d_structure error when PubChem has no computed 3D coordinates (large molecules, mixtures, some salts)

`pubchem_get_compound_xrefs` tool

Single CID; one or more xrefTypes: CAS, EC, RN, RegistryID, PatentID, PubMedID, GeneID, ProteinGI, TaxonomyID
CAS and EC are the numbers deposited for the compound, every distinct value ordered by how many source records deposited it, with those counts in sourceCounts. RN is PubChem's unranked registry-number list: the CAS number sits beside deprecated and related CAS RNs and EC numbers
ProteinGI currently returns no data from PubChem; use GeneID for gene/protein associations
maxPerType up to 500 (default 50), with one offset applied to every type; each type reports totalAvailable and truncated. PubMedID comes newest first
A type that fails to load is named in failedTypes and the others still return; the call fails only when a type fails and no type other than ProteinGI (which PubChem no longer serves) loads. An empty result says whether the compound has none of the requested types or the CID may be mistyped

`pubchem_get_compound_safety` tool

Up to 25 CIDs per call (the rest returned in unprocessed)
Returns the GHS signal word, pictograms, H-codes, and P-codes merged across sources, plus classifications[] with each source's own label; precautionary statements carry a decoded flag
Per-CID status: ok, not_classified (notifiers found no GHS hazard), no_ghs_data (no deposited classification), or cid_not_found, so a bad CID never reads as "no hazards on file"

`pubchem_get_bioactivity` tool

Single CID; filter by outcomeFilter (active/inactive/all, default all), targetGeneId/targetAccession, and assayType (any of confirmatory/screening/summary/other); an assay must pass every filter set
A target filter matches any identifier tied to the same target, so Gene ID 5742, UniProt P23219, and RefSeq NP_542158 all reach the same COX-1 assays
Each result carries the assay's assayType and the PubMed IDs it cites (pmids, newest first)
Up to 100 results per page (default 20); offset reaches the rest. A multi-target assay reports the matched target and lists the others under otherTargets
Reports totalAssays/activeCount/inactiveCount for the whole compound and filteredCount/returnedCount for the page; notices say whether there is no data, the filter excluded everything, or offset is past the end

`pubchem_get_compound_interactions` tool

Single CID; one or more kinds — drug-food (PUG View), target, drug-drug (DrugBank); default ["drug-food"], and an empty drug-food page points at target
target gives one entry per target the compound's assay summary names: a Gene ID with the accessions the table pairs with it, or an identifier it never pairs. A Gene ID and an accession that no row pairs are separate entries even when they name the same protein (erlotinib's ERBB2 appears as accession:P04626 and as GeneID:2064). Each entry names the target from a batched gene or protein summary lookup, plus the GeneID: or accession: value pubchem_get_bioactivity filters on, and states the assay counts by outcome and the most potent Active value with its AID. Active targets come first, most potent first. If a name lookup fails or does not answer within a few seconds, the entries keep their identifier and the notice says so
maxEntries per kind per page (max 50, default 10); offset counts records (targets, for target), up to 2,147,483,646. Each kind pages independently, reported in paging[] (totalRecords/nextOffset/truncated)
A kind that fails is named in failedKinds and the others still return. The notice offers a retry only for a failure a retry can clear (timeout, rate limit, network error, unreadable response, 5xx other than 501); an HTTP 400, 403, or 501, or a response in a shape the server does not expect, fails the same way on every call. drug-drug comes from PubChem's SDQ service, which refuses automated requests, so it lands in failedKinds and a retry will not help

Solo se muestra el principio; lee el resto en el repo

Pubchem MCP Server

Resumen

Los tres pilares de PopNx MCP

Qué puedes hacer con él

Instalación

Antes de instalar

O ejecútalo en tu computadora

O ejecútalo en tu computadora

O ejecútalo en tu computadora

O ejecútalo en tu computadora

Valores que debes completar

Qué puede hacer

Revisiones básicasi

El creador coincide con el repo

Sigue en mantenimiento

Tiene licencia

El endpoint responde

Inicio de sesión con OAuth

Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas

Comparado con otros en Búsqueda y memoria de IAi

Preguntas frecuentes

Alternativas

Context7

Codebase Memory

Exa

README del creador

Overview

Tools

Resources

Skills

Capability reference

pubchem_search_compounds tool

pubchem_get_compound_details tool

pubchem_get_compound_image tool

pubchem_get_compound_3d_structure tool

pubchem_get_compound_xrefs tool

pubchem_get_compound_safety tool

pubchem_get_bioactivity tool

pubchem_get_compound_interactions tool

`pubchem_search_compounds` tool

`pubchem_get_compound_details` tool

`pubchem_get_compound_image` tool

`pubchem_get_compound_3d_structure` tool

`pubchem_get_compound_xrefs` tool

`pubchem_get_compound_safety` tool

`pubchem_get_bioactivity` tool

`pubchem_get_compound_interactions` tool