Cytoscape Desktop MCP

Name: Cytoscape Desktop MCP
Author: cytoscape

de cytoscapeversión 1.0.3i★ –iSe ejecuta en tu computadora

Nombre en el registroio.github.cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

Instalar

Resumen

Descripción del creador (original en inglés)

Drive a running Cytoscape Desktop to load, lay out, and style biological networks.

Los tres pilares de PopNx MCP

Estos tres nunca se combinan en una sola puntuación: las opiniones, las mediciones y la popularidad son cosas distintas.

Opinión de usuariosiAún no hay reseñasLas reseñas se abrirán junto con las cuentas en una etapa posterior
Nuestras revisiones básicasi1 de 1 superadasRevisado con información pública; el código aún no se ha escaneado
UsoiMuy nuevo↓ 38/sem · ★ –

Qué puedes hacer con él

Todavía no escribimos un resumen sencillo para este. Abajo están los datos que leímos del registro.

Conexión: Se ejecuta en tu computadora
Transporte: stdio
Categoría: Otros

Instalación

Elige la app de IA que usas y copia la configuración.

Antes de instalar

Revisiones básicas: 1 de 1 superadas
Se ejecuta en tu computadora con los permisos de tu usuario (archivos, red, apps).
Debes completar tú: CYREST_PORT

Necesitas

npmNode.js instalado (para el comando npx)

¿Qué app usas?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Elige tu app arriba. La recordamos, así que la próxima vez el botón dirá “Instalar en …”.

Descargar el archivo .mcpb del creador

El enlace lleva al archivo del propio creador; no lo alojamos ni lo reempaquetamos. Abre el archivo y Claude Desktop lo instalará.

Ejecuta esto en tu terminal

claude mcp add cytoscape-desktop-bridge --env CYREST_PORT=your-value -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

Completa los valores vacíos antes de ejecutarlo.

Abrir en Cursor

O copia la configuración tú

Pégalo en .cursor/mcp.json de tu proyecto, o en ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.

Abrir en VS Code

O copia la configuración tú

Pégalo en .vscode/mcp.json de tu proyecto

{
  "servers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.

Este se ejecuta en tu computadora, y ChatGPT solo puede conectarse a servidores en internet. Elige otra app.

Tu elección se guarda en una cookie en este dispositivo; no necesitas cuenta.

Valores que debes completar

CYREST_PORT env
Port Cytoscape Desktop's REST interface listens on (Edit > Preferences > REST API)

Esta configuración se genera a partir de la ficha del creador en el registro. Si el README dice otra cosa, sigue el README.

Qué puede hacer

Se ejecuta en tu computadora; la lista de herramientas aparece en tu app de IA después de instalarlo.

Revisiones básicasi

Revisamos información que cualquiera puede ver; no hemos leído el código. Las revisiones que no aplican no se cuentan. · Revisado el 8 nov 2026

✓ Superada
El creador coincide con el repo
El nombre en el registro se verificó con la cuenta de GitHub cytoscape, dueña del repo
… Aún sin revisar
Sigue en mantenimiento
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
… Aún sin revisar
Tiene licencia
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
– No aplica
El endpoint responde
Este se ejecuta en tu computadora; no hay endpoint en internet
– No aplica
Inicio de sesión con OAuth
Se ejecuta en tu computadora y usa ajustes locales en su lugar
… Aún sin revisar
Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas
Se ejecuta en tu computadora; solo podemos leer listas de herramientas de endpoints en internet

Comparado con otros en Otrosi

Más estrellas que el 0% de los otros 18610 servidores de esta categoría
Publicado en el registro más recientemente que el 20% de los otros 18610 servidores de esta categoría
Revisiones básicas iguales o mejores que el 100% de los otros 18610 servidores de esta categoría

Comparado con todos los servidores activos de esta categoría en el registro. Las estrellas solo cuentan cuando quien lo publica es dueño del repo.

Preguntas frecuentes

¿Es seguro Cytoscape Desktop MCP?

Superó 1 de 1 revisiones básicas aplicables. No hemos leído el código. Antes de agregar una clave o un token, revisa qué acceso pide el servidor y usa una clave que tenga solo los permisos que necesitas.

¿Qué claves o códigos necesita?

El registro no indica ninguna clave obligatoria, aunque algunos servidores te piden iniciar sesión la primera vez que los usas.

¿Se ejecuta en mi computadora o en la nube?

Se ejecuta en tu computadora. Tu app de IA lo inicia cuando hace falta, y los datos no pasan por los servidores del creador (a menos que el propio servidor llame a un servicio en línea).

¿Sigue en mantenimiento?

El repo de GitHub cambió por última vez –, y la última versión (1.0.3) llegó al registro hace 3 meses.

¿Qué apps pueden usarlo?

Las apps compatibles con MCP, como Claude Desktop, Claude Code, Cursor y VS Code. También necesitas MCPB, Node.js en tu computadora.

¿Qué puedo usar en su lugar?

En la misma categoría: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Alion: company, startup and market intelligence

Alternativas

Servidores de la misma categoría hechos por otros creadores, ordenados por estrellas.

Cómo leer una tarjeta:↓ Descargas por semanai★ Estrellas de GitHubiTres pilares: reseñas · revisiones · usoiActualizado = fecha en que se publicó la última versión en el registroi

Spec Driven Development

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

de formulahendryInicial↓ 66/sem★ 440Actualizado hace 14 meses

Se ejecuta en tu computadora

Instalar

Remote Desktop Commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

de desktop-commanderEn crecimiento★ 211Actualizado hace 3 días

Se ejecuta en la nube✓ desktopcommander.app

Instalar

Alion: company, startup and market intelligence

Companies, jobs, pay and people; check counterparties, register agents, write to companies.

de alion.ioMuy nuevoActualizado hoy

Computadora o nube✓ alion.io

Instalar

README del creador

Abrir el README

Copiado tal cual del repo del creador. PopNx MCP no lo ha revisado ni lo respalda. Se quitaron HTML, imágenes y scripts. Los enlaces llevan fuera de este sitio.

Cytoscape MCP Server

An embedded Model Context Protocol (MCP) server for Cytoscape Desktop, packaged as a Cytoscape App. AI clients such as Claude Desktop connect to Cytoscape over HTTP and invoke tools that control the desktop application directly — loading networks, setting active views, and more.

NOTE: This app is experimental. The interface and available tools are subject to change.

Architecture

How It Works

Once installed, the app publishes an MCP endpoint inside Cytoscape's existing CyREST HTTP server — AI clients connect to the MCP endpoint with Streamable HTTP transport and call MCP tools which drive activity on the Cytoscape desktop display.

The app also adds two visual indicators to the Cytoscape Desktop UI:

MCP toolbar button

a bold MCP button in the bottom-left status bar. The label is green when the MCP server is running and red when it is not. Clicking it opens the Agent Configuration dialog which displays the full MCP url and connection instructions for all supported agents.

Task History entries

every MCP tool invocation is recorded in Cytoscape's Task History panel (View > Show Task History), so you can see exactly which tools an agent called and when.

AI Agent──► HTTP──► http://localhost:{rest.port}/mcp ──► Cytoscape Desktop

└── load network from NDEx or file └── get loaded network views └── set current network view └── create network view

Requirements

Cytoscape 3.10 or above
Internet connection (for loading networks from NDEx)
An MCP-compatible AI client that also supports the Streamable HTTP transport(not SSE which is deprecated as of 02/2025) (e.g. Claude Desktop)

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install Cytoscape MCP Server from the App Store — this is the MCP server itself, and everything else on this page depends on it being installed and running:

https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapemcpserver

Or from inside Cytoscape: Apps > App Manager, search for Cytoscape MCP Server, and install.

Install a JAR manually

Alternatively, get the app jar:

Download the latest cytoscape-mcp- .jar from the Releases page.
or Build the jar

Then:

Open Cytoscape Desktop.
Navigate to Apps > App Manager > Install from File.
Select the file path to the MCP App JAR and restart Cytoscape if prompted.

After startup, the MCP status can be viewed via the MCP button in the status bar.

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

See docs/AgentConfiguration.md for step-by-step setup instructions for Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot (VS Code), GitHub Copilot CLI, and OpenAI Codex CLI.

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Most agents will have a /mcp command or UI settings panel which will show status of connection to the MCP server and a list of tools currently published by this server, check to see if it is denoted as 'connected'.
Check the MCP health endpoint

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/health

Replace {rest.port} with Cytoscape's CyREST port (shown in the Agent Configuration dialog). You should see {"status":"ok","transport":"mcp-streamable-http"}. A "connection refused" error means Cytoscape is not running or the port is wrong.

Use external MCP introspection tools against the Desktop MCP server running at http://localhost:{rest.port}/mcp to validate or view current tools catalog - modelcontextprotocol/inspector

Building from source

If you want to build the app jar directly from source instead of using release jars.

Requirements:

Java 17 with JDK
Git
Make

git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp

cd cytoscape-desktop-mcp make install

The JAR is produced at build/libs/cytoscape-mcp- .jar.

For a full list of build targets:

make help

Release tags

Two components ship from this repo on separate tag namespaces:

Component	Tag	Produces
Cytoscape App (the MCP server)	`vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp- .jar`, plus a convenience copy of the `.mcpb`
MCPB bridge (`claude-extension/`)	`mcpb-vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp.mcpb`, and publishes to npm and the MCP Registry

The bridge is versioned independently of the app because the bridge is distinctly separate deliverable with separate source tree for it to provide a stdio-to-http transport bridge that some agents may use. See registry/README.md for the release runbook.

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

The MCP server provides a human-readable catalog of every tool registered on the server formatted as Markdown with complete MCP Protocol JSON schema definitions for each tool's input and output. You can obtain the catalog through multiple options:

When the app is loaded in Desktop, at runtime the MCP server exposes /mcp/manifest endpoint which can be retrieved by browser or command line

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest

After any build locally, make build will generate the MCP manifest based on current code into a static file at build/generated/manifest/MCPManifest.md for same review.
Static copy of the catalog is also stored in repo at MCPManifest.md

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Invoking the tools requires some prompt engineering to provide key words or phrases which will activate the LLM to choose usage of a tool. Check out MCPManifest.md which contains 3 to 4 examples of Prompt snippets on each tool's description as reference of how to trigger LLM activation.

an example of a simple prompt which will lead the LLM to reason over the available tools as a whole and orchestrate their usage as building blocks into a sequence to reach the requested end result:

   > open a network using cytoscape desktop

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Properties are editable at runtime via Edit > Preferences > Properties > cytoscapemcp:

Property	Default	Description
`mcp.ndexbaseurl`	`https://www.ndexbio.org`	NDEx base URL (takes effect immediately)

Documentation

Full documentation is in the docs/ directory:

Agent Configuration — connecting Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot, Codex CLI, and others
User Manual — configuration reference and available tools
Tutorial — end-to-end walkthrough: install, connect, load a network
FAQ — common questions and troubleshooting

COPYRIGHT AND LICENSE

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Acknowledgements

TODO: denote funding sources

Cytoscape Desktop MCP

Resumen

Los tres pilares de PopNx MCP

Qué puedes hacer con él

Instalación

Antes de instalar

Valores que debes completar

Qué puede hacer

Revisiones básicasi

El creador coincide con el repo

Sigue en mantenimiento

Tiene licencia

El endpoint responde

Inicio de sesión con OAuth

Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas

Comparado con otros en Otrosi

Preguntas frecuentes

Alternativas

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Alion: company, startup and market intelligence

README del creador

Cytoscape MCP Server

Architecture

How It Works

MCP toolbar button

Task History entries

Requirements

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install a JAR manually

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Building from source

Release tags

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Documentation

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