Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Name: Folklore Clinical Variant Interpretation MCP
Author: helena-bioinformatics

de helena-bioinformaticsversión 2.0.0i★ –iSe ejecuta en la nube

Nombre en el registroio.github.helena-bioinformatics/folklore

Instalar

Resumen

Descripción del creador (original en inglés)

Germline ACMG/AMP classification, genes, disease associations, literature and API-key case analysis.

Los tres pilares de PopNx MCP

Estos tres nunca se combinan en una sola puntuación: las opiniones, las mediciones y la popularidad son cosas distintas.

Opinión de usuariosiAún no hay reseñasLas reseñas se abrirán junto con las cuentas en una etapa posterior
Nuestras revisiones básicasi3 de 3 superadasRevisado con información pública; el código aún no se ha escaneado
UsoiAún sin medir★ –

Qué puedes hacer con él

Todavía no escribimos un resumen sencillo para este. Abajo están los datos que leímos del registro.

Conexión: Se ejecuta en la nube
Transporte: Streamable HTTP
Categoría: Otros

Instalación

Elige la app de IA que usas y copia la configuración.

Antes de instalar

Revisiones básicas: 3 de 3 superadas
Se ejecuta en el servidor del creador: lo que le pidas pasa por su servidor.
Puede hacer 11 cosas (herramientas) classify_germline_variant, search_variant_literature, get_publication_details, search_literature_corpus …
El registro no indica ninguna clave que completar.

Necesitas

Se ejecuta en la nubeNo hay nada que instalar; se conecta por internet

¿Qué app usas?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Elige tu app arriba. La recordamos, así que la próxima vez el botón dirá “Instalar en …”.

Funciona en Claude para web, escritorio y móvil:

Abre Settings → Connectors
Presiona Add custom connector
Pega la dirección de abajo y presiona Add
Si te pide iniciar sesión, inicia sesión en el servicio del creador

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Ejecuta esto en tu terminal

claude mcp add --transport http folklore https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Abrir en Cursor

O copia la configuración tú

Pégalo en .cursor/mcp.json de tu proyecto, o en ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "folklore": {
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.

Abrir en VS Code

O copia la configuración tú

Pégalo en .vscode/mcp.json de tu proyecto

{
  "servers": {
    "folklore": {
      "type": "http",
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

Tu navegador te pide permiso para abrir la app; luego la app muestra la configuración y te pide confirmar. Los valores de las claves quedan vacíos para que los completes tú.

ChatGPT solo se conecta a servidores en internet:

Abre ChatGPT en la web → Settings → Connectors (Apps)
Presiona Create o Add (en algunos planes primero hay que activar Developer mode en Advanced)
Pega la dirección de abajo, ponle un nombre y guarda
Si te pide iniciar sesión, inicia sesión en el servicio del creador

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Los nombres de los menús pueden variar un poco según el plan y con el tiempo.

Tu elección se guarda en una cookie en este dispositivo; no necesitas cuenta.

Esta configuración se genera a partir de la ficha del creador en el registro. Si el README dice otra cosa, sigue el README.

Qué puede hacer

Nombres y descripciones de las herramientas tal como los informó el servidor el 7 nov 2026. Los escribió el creador, no nosotros; los mostramos como texto sin formato.

classify_germline_variant
Classify one GRCh38 germline nuclear SNV or simple indel smaller than 50 bp under ACMG/AMP. Accepts genomic, coding or protein HGVS, coordinates, SPDI, rsID or a returned canonical key. Returns normalized identity, automated classification, applied criteria, ClinVar assertions, p
search_variant_literature
Resolve one GRCh38 germline variant and retrieve publications from the PubMed-derived genetics corpus. Exact variant mentions rank ahead of broader gene associations. Returns match types, source links, corpus provenance and retrieval time.
get_publication_details
Retrieve one PMID from the PubMed-derived genetics corpus, including title, abstract, authors, journal, publication types, MeSH terms, gene and variant mentions, retraction status and PubMed/PMC links.
search_literature_corpus
Search the genetics Literature Corpus by question, PMID, DOI, PMCID, gene, variant, phenotype, HPO or OMIM concept. Known publication identifiers provide exact anchors. Returns ranked publications, match types, scores and source links.
support_helena
Retrieve Helena Good campaign, rules, manifest and MCP connection URLs.
get_gene_disease_associations
Find diseases associated with an exact gene symbol or HGNC identifier. Returns ClinGen gene-disease validity assertions, relation-specific inheritance, source reports and snapshot provenance, including conflicting and limited assertions.
search_disease_genes
Find genes associated with an exact MONDO identifier or disease-name search. Returns ClinGen validity assertions with inheritance, source reports and snapshot provenance. Name searches can return multiple disease identities.
resolve_gene
Resolve a human gene symbol, previous symbol, alias, HGNC, Ensembl or NCBI Gene identifier. Returns exact, alias, ambiguous, not_found or withdrawn status with candidates and identity_snapshot_id. Use a selected HGNC gene_id and snapshot_id with get_gene_profile. Gene-plus-HGVS a
get_gene_profile
Read the selected gene_id and immutable snapshot_id from resolve_gene. Returns overview, disease validity, dosage, mechanisms, transcripts, native assemblies, constraint, ClinVar summaries and consequences, expression, GWAS, phenotypes and protein/pathways with source assertions,
get_gene_section
Read a gene-profile section using gene_id, snapshot_id and its returned opaque cursor. Returns source records, assembly/release, coverage, totals, count units and provenance. snapshot_unavailable requires a fresh resolution/profile request.
search_gene_literature
Retrieve a live publication capture for a resolved gene_id and snapshot_id. Returns source links, match labels, capture time/hash, degradation and gene/snapshot/sort-bound cursors. This capture is separate from the immutable reference snapshot and contains no abstracts.

Revisiones básicasi

Revisamos información que cualquiera puede ver; no hemos leído el código. Las revisiones que no aplican no se cuentan. · Revisado el 7 nov 2026

✓ Superada
El creador coincide con el repo
El nombre en el registro se verificó con la cuenta de GitHub helena-bioinformatics, dueña del repo
… Aún sin revisar
Sigue en mantenimiento
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
… Aún sin revisar
Tiene licencia
Todavía no hemos leído este repo en GitHub
✓ Superada
El endpoint responde
Respondió en 447 ms (HTTP 200)
– No aplica
Inicio de sesión con OAuth
No hace falta iniciar sesión
✓ Superada
Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas
Leímos 11 descripciones de herramientas y no encontramos instrucciones ocultas para la IA

Comparado con otros en Otrosi

Más estrellas que el 0% de los otros 32683 servidores de esta categoría
Publicado en el registro más recientemente que el 96% de los otros 32683 servidores de esta categoría
Revisiones básicas iguales o mejores que el 100% de los otros 32683 servidores de esta categoría

Comparado con todos los servidores activos de esta categoría en el registro. Las estrellas solo cuentan cuando quien lo publica es dueño del repo.

Preguntas frecuentes

¿Es seguro Folklore Clinical Variant Interpretation MCP?

Superó 3 de 3 revisiones básicas aplicables. No hemos leído el código. Antes de agregar una clave o un token, revisa qué acceso pide el servidor y usa una clave que tenga solo los permisos que necesitas.

¿Qué claves o códigos necesita?

El registro no indica ninguna clave obligatoria, aunque algunos servidores te piden iniciar sesión la primera vez que los usas.

¿Se ejecuta en mi computadora o en la nube?

Se ejecuta en la nube del creador. Te conectas por internet sin instalar nada, pero lo que envías pasa por los servidores del creador.

¿Sigue en mantenimiento?

El repo de GitHub cambió por última vez –, y la última versión (2.0.0) llegó al registro ayer.

¿Qué apps pueden usarlo?

Las apps compatibles con MCP, como Claude Desktop, Claude Code, Cursor y VS Code. Se conecta por URL, así que también funcionan las apps que aceptan servidores MCP remotos, como ChatGPT en modo desarrollador.

¿Qué puedo usar en su lugar?

En la misma categoría: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, MCP Server Autocad Lisp Helper

Alternativas

Servidores de la misma categoría hechos por otros creadores, ordenados por estrellas.

Cómo leer una tarjeta:★ Estrellas de GitHubiTres pilares: reseñas · revisiones · usoiActualizado = fecha en que se publicó la última versión en el registroi

Spec Driven Development

de formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

Se ejecuta en tu computadora★ 440MITActualizado hace 14 meses

Instalar

Remote Desktop Commander

de desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

Se ejecuta en la nube★ 211Actualizado anteayer

Instalar

MCP Server Autocad Lisp Helper

de radwanalmsora

High-precision static analysis and debug server for AutoCAD AutoLISP (.lsp) files.

Se ejecuta en tu computadoraActualizado hoy

Instalar

README del creador

Abrir el README

Copiado tal cual del repo del creador. PopNx MCP no lo ha revisado ni lo respalda. Se quitaron HTML, imágenes y scripts. Los enlaces llevan fuera de este sitio.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

One hosted MCP server for public scientific queries and authenticated case workflows.

Endpoint: https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Version 2.0.0

Connect your MCP client directly to this Streamable HTTP endpoint. No local Folklore server is required. Anonymous callers receive 11 public tools. Send your Folklore API key in the Authorization Bearer header to access 18 additional case, source and result tools at the same endpoint. Invalid supplied credentials fail authentication; they do not select the anonymous catalog.

Create a key in your Folklore account for the selected account and sources. Keep it in your client's secret store, never in prompts, tool arguments or URLs. The selected account's native subscription capabilities, usage limits and eligible credits govern processing. A key does not grant funded compute.

See case workflows, the 18 authenticated tool schemas and the public task recipes.

Classify a variant

Connect your MCP client to:

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Access is anonymous. Call classify_germline_variant:

{"name":"classify_germline_variant","arguments":{"assembly":"GRCh38","query":"NM_007294.4:c.68_69del"}}

Input: one public GRCh38 nuclear germline SNV or simple indel smaller than 50 bp. Accepted notation includes supported HGVS, SPDI, rsID and genomic coordinates. Preserve transcript versions and reference alleles.

A resolved identity with successful interpretation includes automated ACMG/AMP classification, reported criteria, annotations, source evidence and provenance. Submitted ClinVar assertions retain their own source attribution alongside the Folklore classification. A VUS is a classification outcome.

Status	Next step
`resolved`	Read interpretation status, then classification and evidence.
`ambiguous`	Present candidates for an explicit allele choice.
`not_found`	Report the source-scoped miss.
`invalid_request`	Supply a corrected supported expression.
`unsupported`	Select a workflow for the requested variant type or assembly.
`resolution_unavailable`	Inspect the typed error and retry policy.

Interpretation status is success or unavailable. Transport, JSON-RPC, MCP and adapter errors have separate fields. See typed outcomes.

Scientific tools

Tool	Operation
`classify_germline_variant`	Resolve, classify and assess one supported germline variant.
`search_variant_literature`	Retrieve publications linked to a resolved variant.
`get_publication_details`	Retrieve the bibliographic record and abstract for a PMID.
`search_literature_corpus`	Search publications by scientific question or public identifier.
`get_gene_disease_associations`	Retrieve ClinGen assertions for an exact gene symbol or HGNC identifier.
`search_disease_genes`	Retrieve ClinGen assertions by MONDO identifier or disease-name substring.
`resolve_gene`	Resolve a human gene symbol, alias or stable identifier.
`get_gene_profile`	Read the selected HGNC gene at its returned snapshot.
`get_gene_section`	Continue one profile section using its cursor.
`search_gene_literature`	Retrieve a separate live publication capture for the selected gene.

ClinGen results preserve assertion-level disease identity, inheritance, validity assessment, panel, date and source links. Profile sections retain provider, assembly, release, units and pagination. Gene literature has its own capture identity. Follow gene-disease and gene-profile contracts for exact inputs.

support_helena provides links to the separate Helena Good service when the user asks about supporting Helena. An optional MCP App renders variant results.

Connect an agent or application

The hosted server uses stateless Streamable HTTP and MCP 2026-07-28. Requests carry matching protocol metadata and routing headers. Supported methods include server/discover, tools/list, tools/call, prompts/list, prompts/get, resources/list and resources/read.

Direct Streamable HTTP
OpenAI Agents SDK
Biomni
Biorouter
Dify, n8n, Galaxy, KNIME
Notebook workflow

The compatibility guide records protocol/client observations. All clients sharing egress use the same rate budget.

Agent Skill and workflow prompts

Install the portable Agent Skill using the installation guide. It routes pathogenicity, VUS, ClinVar, population-frequency, gene-disease and literature tasks to the hosted tools. The skill source includes OpenAI interface metadata.

Workflow prompts compose tool operations for classification, VUS assessment, ACMG/AMP explanation, identity verification and variant-literature comparison. Each accepts one public variant expression.

Run the adapter

The Apache-2.0 adapter implements MCP transport, public API clients and validated response projection. Folklore's scientific authorities produce normalization, annotation, evidence aggregation and classification.

python3.12 -m venv .venv

. .venv/bin/activate pip install -e '.[dev]' FOLKLORE_MCP_ENABLED=true \ FOLKLORE_LITERATURE_ENABLED=true \ FOLKLORE_GENE_DISEASE_ENABLED=true \ FOLKLORE_PUBLIC_GENE_ENABLED=true \ folklore-mcp

Capabilities are enabled through the flags above. Gene literature requires both public-gene and literature capabilities. The default upstream is https://api.helena.bio; local contract tests support localhost and 127.0.0.1. The standalone HTTP image uses Dockerfile.adapter; Dockerfile provides the pinned stdio bridge.

Verify and measure

pytest

ruff check . ruff format --check . python3 ops/reconcile_discovery.py

The read-only reconciler compares runtime, Server Card and Official Registry state, with separate aggregator observations. python3 ops/public_smoke.py checks discovery, prompts and resources.

Public measurement sources: variant interpretation, 100-case agent discovery, 60-query search discovery and genomic discovery cohort.

Registry and citation

Registry name: io.github.helena-bioinformatics/folklore
Publisher: Helena Bioinformatics
Website: https://folklore.helena.bio
Task routing metadata
Per-tool task contracts
Security reporting
Source boundary
Citation metadata

The immutable MCP adapter 1.6.0 archive is 10.5281/zenodo.23817704, from signed tag folklore-mcp-v1.6.0 at 55a332c6dd6bd4650e921c12ac145b8e0f90476a. The Biorouter-tag archive is 10.5281/zenodo.23818207.

License

Apache License 2.0. See LICENSE and NOTICE.

Automated variant classifications support qualified professional review and are not patient diagnoses or treatment recommendations.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Resumen

Los tres pilares de PopNx MCP

Qué puedes hacer con él

Instalación

Antes de instalar

Qué puede hacer

Revisiones básicasi

El creador coincide con el repo

Sigue en mantenimiento

Tiene licencia

El endpoint responde

Inicio de sesión con OAuth

Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas

Comparado con otros en Otrosi

Preguntas frecuentes

Alternativas

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

MCP Server Autocad Lisp Helper

README del creador

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Classify a variant

Scientific tools

Connect an agent or application

Agent Skill and workflow prompts

Run the adapter

Verify and measure

Registry and citation

License