Phở Research Tools

Name: Phở Research Tools
Author: thaohienhomes

作者：thaohienhomesバージョン 1.1.0i★ –iクラウドで動く

レジストリ名io.github.thaohienhomes/pho-research-tools

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

Verifies AI-written references; finds real papers, evidence, datasets and research tools; PRISMA.

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi3項目中2項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況iとても新しい★ –

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: クラウドで動く
トランスポート: Streamable HTTP
カテゴリ: 検索・AIの記憶

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：3項目中2項目に合格不合格
作者のサーバーで動きます。あなたが頼んだ内容は、作者のサーバーを通ります。
できること：13件（ツール） verify_references, audit_bib, format_citations, search_papers …
レジストリには、入力が必要なキーは載っていません。

必要なもの

クラウドで動くインストール不要。インターネット経由でつながります

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

ウェブ、デスクトップ、モバイルのClaudeで使えます：

Settings → Connectors を開く
Add custom connector を押す
下のアドレスを貼り付けて Add を押す
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://mcp.pho.chat/mcp

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add --transport http pho-research-tools https://mcp.pho.chat/mcp

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "pho-research-tools": {
      "url": "https://mcp.pho.chat/mcp"
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "pho-research-tools": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.pho.chat/mcp"
    }
  }
}

ChatGPTがつなげるのは、インターネット上のサーバーだけです：

ウェブ版のChatGPTを開き → Settings → Connectors (Apps)
Create または Add を押す（プランによっては、先に Advanced で Developer mode をオンにする必要があります）
下のアドレスを貼り付け、名前を付けて保存する
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://mcp.pho.chat/mcp

メニューの名前は、プランや時期によって少し違うことがあります。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

ツールの名前と説明は、サーバーが2026年11月7日に返したそのままの内容です。書いたのは作者で、私たちではありません。プレーンテキストとして表示しています。

verify_references
Check every reference in a list against Crossref, PubMed and OpenAlex and report, for each one, whether the paper really exists and whether the details are right. Works on lists written by a person or generated by an AI model. Input: a pasted reference list in any common style (A
audit_bib
Audit a BibTeX (.bib) file: check every entry against Crossref, PubMed and OpenAlex, including retractions, and report the result per citation key. Each key gets one status: verified, verified_with_corrections (real paper, some fields wrong), likely_fabricated, not_found (could n
format_citations
Format references in a citation style (APA 7, MLA 9, Chicago author-date, Harvard, Vancouver, IEEE, AMA) or export them as BibTeX, RIS or CSL-JSON. By default every reference is first verified against Crossref, PubMed and OpenAlex, and verified references are formatted from the d
search_papers
Search PubMed and OpenAlex for real papers. Every result carries a DOI or PubMed ID that resolves, so nothing returned can be fabricated. Finds sources for a claim or a topic. Filters: publication year range, open-access only, study types, and the number of results. Retracted pap
check_retractions
Check DOIs for retractions, expressions of concern and corrections, using Crossref (which includes Retraction Watch data). Status per DOI: retracted, concern, corrected, other_notice, no_notice (nothing on record), not_in_crossref, invalid_doi, rate_limited or lookup_failed (the
prisma_flow_diagram
Draw a PRISMA 2020 flow diagram for a new systematic review from the record counts, as a PNG image plus an SVG and download links. Give the counts you have; screened, sought, assessed and reports-included boxes that follow from others are filled in and marked as derived. Studies
find_evidence
Find the strongest published evidence for and against a scientific or medical claim. Searches PubMed (including a pass limited to guidelines, meta-analyses, systematic reviews and randomized trials) and OpenAlex, and returns real papers, each with a PMID or DOI, ordered by level
screening_log
Turn the screening decisions of a systematic review into its PRISMA 2020 counts, flow diagram and screening log. Give one row per record: its title/abstract decision (include or exclude), its full-text decision for records that passed (include, exclude or not_retrieved), and the
find_datasets
Find open scientific datasets (and optionally models) that fit a research question, check their licences, verify the source papers (DOI, retractions, corrections), and return a citable Research Data Brief with a link that displays it as a page. The brief travels inside the link i
find_tools
Find research software for a task from the bio.tools registry (ELIXIR), check each tool's licence, verify the paper behind it (DOI, retractions, corrections), label whether it is still maintained, and give the install line. Describe the task (e.g. "cluster single-cell RNA-seq dat
load_dataset
Open one dataset from Zenodo, Figshare, Dryad, Hugging Face, OpenML and return what you need to use it: its licence verdict, file list with sizes and checksums, column schema, up to 100 preview rows, a citation, and ready-to-run shell and Python download commands. Pass a record l
find_skills
Search the Phở Skills library: over 500 free, openly licensed (MIT / Apache-2.0) agent skills (SKILL.md format) for research, clinical work, legal, finance, marketing, SEO, sales, data and engineering, from publishers such as Anthropic, Cloudflare, Hugging Face, Stripe and Supaba
get_skill AIへの指示のように見えます
Return one skill from the Phở Skills library: its original SKILL.md (or one supporting file named in `file`), unchanged, with the publisher, licence and source repository. Use it to follow a skill for the current task, or to install it: save SKILL.md and the listed files into a f

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月9日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント thaohienhomes で確認済みです
… 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
… 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
✓ 合格
エンドポイントが応答する
341ミリ秒で応答（HTTP 200）
– 対象外
OAuthでサインイン
サインイン不要
✕ 不合格
ツールの説明に隠れた指示がない
1件のツールの説明に、AIへの指示のように見える文章が含まれています。インストールする前に、下の内容を読んでください

検索・AIの記憶のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの5752件のうち0%よりスターが多い
このカテゴリのほかの5752件のうち70%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの5752件のうち40%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

Phở Research Toolsは安全ですか？

当てはまる基本チェック3項目のうち2項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

作者のクラウドで動きます。インストール不要でインターネット経由でつながりますが、送った内容は作者のサーバーを通ります。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（1.1.0）がレジストリに届いたのは17 日前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。URLでつながるので、リモートMCPサーバーに対応したアプリ（開発者モードのChatGPTなど）でも使えます。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Context7, Codebase Memory, Exa

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：↓ 週あたりのダウンロードi★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Context7

Up-to-date docs for AI agents

作者：upstash広く使われている↓ 97.3万/週★ 6.4万3 日前更新

パソコンでもクラウドでも

インストール

Codebase Memory

Codebase knowledge graph for AI agents — 162 languages, sub-ms queries, 99% fewer tokens.

作者：DeusData広く使われている↓ 1.8万/週★ 4.8万23 日前更新

パソコンで動く

インストール

Exa

Connect AI agents to Exa for web search, content fetching, and multi-step research.

作者：exa-labs広く使われている★ 52132 か月前更新

クラウドで動く✓ exa.ai

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

Phở Research Tools

An open-source MCP server that lets any AI assistant check its own references. It verifies citations, flags retractions, finds the strongest evidence for a claim, formats bibliographies, runs PRISMA 2020 screening and finds open datasets and research software, using only open databases: Crossref, PubMed, OpenAlex, Europe PMC, DataCite, bio.tools and others.

AI models invent references. This server gives Claude, ChatGPT, Cursor or any MCP client a way to look each one up in a public database before you trust it.

Tool	What it does
`verify_references`	Checks each reference: verified, real but with wrong details (with the corrected record), likely fabricated, not found, retracted, or ambiguous.
`check_retractions`	Retraction, expression-of-concern and correction notices for a list of DOIs.
`search_papers`	Searches OpenAlex and PubMed. Every result has a DOI or PMID; retracted papers are left out and preprints are labelled.
`format_citations`	APA 7, MLA 9, Chicago, Harvard, Vancouver, IEEE or AMA, or BibTeX, RIS and CSL-JSON, formatted from the real record.
`prisma_flow_diagram`	A PRISMA 2020 flow diagram (PNG + SVG) with a check that the counts add up.
`find_evidence`	The strongest evidence on a claim, ordered by level of evidence (guideline, meta-analysis, RCT and down), each with its conclusion quoted verbatim.
`screening_log`	Turns screening decisions into PRISMA counts, a diagram and a CSV log, and lists the problems a reviewer would catch.
`find_datasets`	Open datasets for a research question, with licence verdicts, verified source papers and a shareable brief.
`find_tools`	Research software for a task from the bio.tools registry, with licence verdicts, verified papers, maintenance labels and install lines.

All nine tools are read-only. Results are database lookups, not model opinions: likely_fabricated means the DOI is not registered or no matching record exists, and find_evidence never says whether a paper supports a claim; its quoted conclusion does.

Use the hosted server (no install)

Add this URL as a custom connector / MCP server in your client:

https://mcp.pho.chat/mcp

Claude Code: claude mcp add --transport http pho-research https://mcp.pho.chat/mcp
Claude (web, desktop): Settings → Connectors → Add custom connector.
ChatGPT: Settings → Apps & Connectors → Developer mode → Create.
Cursor, VS Code, others: see apps/mcp/README.md.

No account is needed. Anonymous use has a daily allowance; a free account at pho.chat raises it. Prefer a web page? The same tools run at pho.chat/tools.

Hand a whole research question to Phở's agent

With a Phở API key (pho_sk_…, from pho.chat/settings → API keys) sent as the header X-Pho-Api-Key, the same server adds run_research, get_research_run and cancel_research_run: your agent starts a full Phở research run (several rounds of PubMed search, retraction checks, evidence grading, a cited report), follows it, and gets the report back as Markdown. It runs on your Phở account (Pro or Founder plan; 0 credits when you saved your own model provider key in Phở).

claude mcp add --transport http pho-research https://mcp.pho.chat/mcp --header "X-Pho-Api-Key: $PHO_API_KEY"

Setup for Claude Code, Codex, Cursor, the OpenAI Agents SDK, LangGraph and plain REST: apps/mcp/examples/agents/.

Verified Citations skill

This repository also ships Verified Citations, an Agent Skill that makes an assistant use the tools above on every reference it writes: find sources with search_papers instead of recalling them, run verify_references before showing anything, format with format_citations, and say which references were corrected, retracted or removed.

Claude Code (plugin: skill + MCP server in one step)

claude plugin marketplace add thaohienhomes/pho-research-tools

claude plugin install verified-citations@pho-research-tools

The plugin adds the skill and connects the pho-research MCP server. Run /mcp to check the server shows as connected. From a local checkout, pass the folder path to marketplace add instead.

Cursor (Agent Plugin: skill + MCP server in one step)

The repository root is an Agent Plugin: plugin.json names the plugin, skills/ holds the skill, and mcp.json connects the pho-research server at https://mcp.pho.chat/mcp. Cursor loads it as-is:

Teams and Enterprise: Dashboard → Plugins & MCPs → Add Marketplace → Import from Repo, and paste https://github.com/thaohienhomes/pho-research-tools.
Local: clone or copy this repository to ~/.cursor/plugins/local/verified-citations, run Developer: Reload Window, and check under Customize that the plugin and the pho-research MCP server are listed.

The plugin logo is assets/logo.svg. Support: support@pho.chat.

skills.sh (Claude Code, Cursor, Codex, Gemini CLI and other agents)

npx skills add thaohienhomes/pho-research-tools --skill verified-citations

This installs the skill only. Connect the MCP server in your agent too, for example in Claude Code:

claude mcp add --transport http pho-research https://mcp.pho.chat/mcp

ClawHub (OpenClaw)

clawhub install verified-citations

Then add https://mcp.pho.chat/mcp as a remote MCP server in OpenClaw.

Claude.ai, ChatGPT and others

Add https://mcp.pho.chat/mcp as a custom connector; step-by-step instructions for each app are at https://pho.chat/tools/mcp/. Without the connector, paste a reference list into the free checker at https://pho.chat/tools/citation-checker/.

Run it yourself

Requires Node 22+ and pnpm 9.

pnpm install

pnpm dev # http://localhost:8787/mcp

Every setting is optional for a local run; see apps/mcp/.env.example. A Dockerfile is in apps/mcp/ (docker build -f apps/mcp/Dockerfile -t pho-mcp .).

Repository layout

Path	What it is
`apps/mcp`	The MCP server (Streamable HTTP, Hono). Quotas, optional sign-in, analytics, all off unless configured.
`packages/scholar-core`	Verification, retraction checks, search, citation formatting and PRISMA rendering. Pure TypeScript, no AI SDK, no database.
`packages/citation-engine`	DOI, BibTeX and RIS parsing and Crossref helpers.
`docs/samples/scholar-core`	Sample outputs, regenerated and checked by the test suite.
`skills/verified-citations`	The Verified Citations Agent Skill.
`.claude-plugin/`, `.mcp.json`	Claude Code plugin + one-plugin marketplace (skill and MCP server in one install).
`plugin.json`, `mcp.json`	Agent Plugin manifest for Cursor and other Agent Plugins clients (skills found in `skills/`).
`assets/logo.svg`	Plugin logo, a vector version of `apps/mcp/public/icon.png`.
`server.json`, `glama.json`	MCP Registry entry (published by `.github/workflows/publish-mcp-registry.yml`) and Glama maintainer claim.

pnpm test        # 190 tests, all replaying recorded API responses

pnpm typecheck

Open data only

Every source this server calls has an open API and open metadata. Nothing paywalled is fetched or stored. Embedded CSL styles are CC BY-SA 3.0; details in NOTICE.md.

Privacy

What the hosted server receives and keeps: https://pho.chat/tools/privacy/

Contributing and license

Issues and pull requests are welcome; read CONTRIBUTING.md first. Security reports: SECURITY.md.

Code is MIT. Built by Phở, a research workspace for doctors and scientists.

*Tiếng Việt: Phở Research Tools là máy chủ MCP mã nguồn mở giúp trợ lý AI tự kiểm tra tài liệu tham khảo (xác minh trích dẫn, kiểm tra rút bài, định dạng, vẽ sơ đồ PRISMA 2020), chỉ dùng dữ liệu khoa học mở.*

Phở Research Tools

概要

PopNx MCPの3つの柱

できること

インストール

インストールの前に

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

検索・AIの記憶のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Context7

Codebase Memory

Exa

作者のREADME

Phở Research Tools

Use the hosted server (no install)

Hand a whole research question to Phở's agent

Verified Citations skill

Claude Code (plugin: skill + MCP server in one step)

Cursor (Agent Plugin: skill + MCP server in one step)

skills.sh (Claude Code, Cursor, Codex, Gemini CLI and other agents)

ClawHub (OpenClaw)

Claude.ai, ChatGPT and others

Run it yourself

Repository layout

Open data only

Privacy

Contributing and license