biomedmcp

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

• 接続方法: パソコンでもクラウドでも
• トランスポート: stdio, Streamable HTTP
• カテゴリ: クリニック・健康

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

必要なもの

• クラウドで動くインストール不要。インターネット経由でつながります
• PyPIPythonのuvのインストール（uvxコマンドに必要）

どのアプリを使っていますか？

https://biomedmcp.unibiointelligence.com/mcp

{
  "mcpServers": {
    "biomedmcp": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biomedmcp",
        "mcp",
        "--transport",
        "stdio"
      ],
      "env": {
        "UBI_PROFILE": "your-value"
      }
    }
  }
}

claude mcp add --transport http biomedmcp https://biomedmcp.unibiointelligence.com/mcp

claude mcp add biomedmcp --env UBI_PROFILE=your-value -- uvx biomedmcp mcp --transport stdio

{
  "mcpServers": {
    "biomedmcp": {
      "url": "https://biomedmcp.unibiointelligence.com/mcp"
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "biomedmcp": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biomedmcp",
        "mcp",
        "--transport",
        "stdio"
      ],
      "env": {
        "UBI_PROFILE": "your-value"
      }
    }
  }
}

{
  "servers": {
    "biomedmcp": {
      "type": "http",
      "url": "https://biomedmcp.unibiointelligence.com/mcp"
    }
  }
}

{
  "servers": {
    "biomedmcp": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biomedmcp",
        "mcp",
        "--transport",
        "stdio"
      ],
      "env": {
        "UBI_PROFILE": "your-value"
      }
    }
  }
}

https://biomedmcp.unibiointelligence.com/mcp

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

自分で入力する値

• UBI_PROFILE env

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

使えるアプリ

このサーバーのつなぎ方と、各アプリの公式ドキュメントに基づきます。2026年11月10日に確認。

インターネット経由でつなげるアプリ

ClaudeChatGPTGooseLM StudioMsty StudioCherry StudioCursorVS Code + GitHub CopilotVisual StudioWindsurf (Devin Desktop)ZedKiroClineContinueJetBrains AI AssistantClaude CodeCodex CLIGemini CLIOpenCodenodecodeWarpLibreChatOpen WebUIRaycast

パソコン上で動かせるアプリ

ClaudeGooseLM StudioMsty StudioCherry StudioCursorVS Code + GitHub CopilotVisual StudioWindsurf (Devin Desktop)ZedKiroClineContinueJetBrains AI AssistantClaude CodeCodex CLIGemini CLIOpenCodenodecodeWarpLibreChatRaycast

すべてのアプリと長所・短所 →

できること

ツールの名前と説明は、サーバーが2026年11月10日に返したそのままの内容です。書いたのは作者で、私たちではありません。プレーンテキストとして表示しています。

• search_records

  Search genes, proteins, drugs, diseases, phenotypes, pathways, variants, pharmacogenomics, GWAS, diagnostics, adverse events, studies, patents or authors by text; returns IDs for get_record (variants: get_variant_evidence). Papers: search_literature. Trials: search_trials. Patent

• get_record

  Fetch one record by ID with optional evidence sections, e.g. gene expression/eqtl/diseases/druggability, drug label/safety, article fulltext, trial eligibility, protein domains/structures. Variants: get_variant_evidence. List an entity's sections with get_capabilities(entity=...)

• search_literature

  Search papers across PubMed, Europe PMC, PubTator and LitSense with date, author, journal, article-type and open-access filters. Deduplicates across sources and reports each source's outcome. Read abstracts or full text with get_record(entity=article). e.g. {"query":"PCSK9 LDL ch

• search_trials

  Search clinical trials (ClinicalTrials.gov, NCI) by condition, intervention, phase and recruitment status. Read arms, eligibility or outcomes with get_record(entity=trial). Does not assess an individual's eligibility. e.g. {"query":"familial hypercholesterolemia","filters":{"stat

• get_variant_evidence

  Get evidence for one variant (rsID, gene + protein change, HGVS or chr:pos:ref:alt). Defaults: ClinVar, gnomAD population, CIViC; add predictions (AlphaMissense), eve, cosmic, oncokb, hotspots, gwas or cbioportal. Ambiguous assembly or transcript is reported, not guessed; predict

• analyze_study

  Analyze an installed public cancer genomics study: gene_profile, mutation_cohort, survival, compare, co_occurrence, filter_cohort, top_mutated. List installed studies with get_capabilities(source=study); ubi_synthetic is invented demo data. Report sample denominators and exclusio

• resolve_entity

  Map a name, alias or ambiguous identifier to exact species-qualified IDs before joining evidence. Returns candidates when ambiguous; a provider match score alone is not identity. Skip when you already hold an exact ID. e.g. {"entity":"gene","query":"LDL receptor","species":9606}

• find_related

  List records linked to one record. gene/drug/disease: articles, trials. variant: articles, structure. article: citations, references, recommendations, authors, entities. author: articles. Record attributes are get_record sections, not relations. e.g. {"entity":"article","id":"PMI

• build_dossier

  Build a multi-section dossier in one call: verified identity, default record sections and top related papers, with citations and per-source outcomes. Workflows: target_dossier, model_input_bundle (gene), drug_review, disease_landscape, pathway_review, variant_dossier, negative_ev

• query_source

  Run a source-specific operation that other tools do not cover, e.g. ChEMBL bioactivities, Ensembl coordinates, PDB structure quality, OmniPath interactions, NCBI Datasets genomes, ncbi-records for GenBank/GEO/SRA. Read get_capabilities(source=...) for operations and params first.

• run_batch

  Run up to ten independent read calls in parallel with one quota reservation; each result keeps its own outcome. build_dossier and utilities are not batchable. e.g. {"calls":[{"operation":"get_record","arguments":{"entity":"gene","id":"PCSK9","species":9606}}]}

• get_capabilities

  List enabled sources, entity sections, dossier workflows and source operations with exact parameter schemas. Narrow with source or entity; diagnose=true probes source health. Examples: biomedmcp://guide. e.g. {}

• get_quota

  Show remaining research allowance and reset times; signed-in accounts get higher limits. e.g. {}

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月11日にチェック

• ✓ 合格

  作者とリポジトリが一致

  レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント unibio-intelligence で確認済みです

• ✓ 合格

  今もメンテナンスされている

  コードの最終更新：一昨日

• … 未チェック

  ライセンスがある

  このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません

• ✓ 合格

  エンドポイントが応答する

  250ミリ秒で応答（HTTP 200）

• – 対象外

  OAuthでサインイン

  サインイン不要

• ✓ 合格

  ツールの説明に隠れた指示がない

  13件のツールの説明を読み、AIへの隠れた指示は見つかりませんでした

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

• このカテゴリのほかの1067件のうち76%よりスターが多い
• このカテゴリのほかの1067件のうち90%より最近レジストリに公開
• 基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの1067件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：↓ 週あたりのダウンロードi★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

作者のREADME

python -m pip install biomedmcp==0.2.5

UBI_PROFILE=local biomedmcp get_record '{"entity":"gene","id":"LDLR","species":9606,"sections":["expression"]}'

<!-- public-call-examples:end -->

UBI_PROFILE=local biomedmcp-server --transport http --host 127.0.0.1 --port 8000