FHIR MCP Server

Name: FHIR MCP Server
Author: wso2

作者：wso2バージョン 0.11.0i★ 137iパソコンで動く

レジストリ名io.github.wso2/fhir-mcp-server

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi3項目中3項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況i成長中↓ 823/週 · ★ 137

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: パソコンで動く
トランスポート: stdio
カテゴリ: クリニック・健康
入力が必要なもの：FHIR_SERVER_BASE_URL

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：3項目中3項目に合格
あなたのパソコンで、あなたのユーザーと同じ権限（ファイル、ネットワーク、アプリ）で動きます。
自分で入力するもの： FHIR_SERVER_BASE_URL

必要なもの

PyPIPythonのuvのインストール（uvxコマンドに必要）

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config を開き、claude_desktop_config.json にこれを貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "fhir": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "fhir-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "FHIR_SERVER_BASE_URL": "your-value"
      }
    }
  }
}

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add fhir --env FHIR_SERVER_BASE_URL=your-value -- uvx fhir-mcp-server

動かす前に、空欄の値を入力してください。

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "fhir": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "fhir-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "FHIR_SERVER_BASE_URL": "your-value"
      }
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "fhir": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "fhir-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "FHIR_SERVER_BASE_URL": "your-value"
      }
    }
  }
}

これはパソコンで動くサーバーですが、ChatGPTがつなげるのはインターネット上のサーバーだけです。ほかのアプリを選んでください。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

自分で入力する値

FHIR_SERVER_BASE_URL 必須 env
Base URL of the FHIR Server (eg: https://hapi.fhir.org/baseR5)

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

パソコンで動くサーバーです。インストールすると、ツール一覧がAIアプリに表示されます。

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月9日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント wso2 で確認済みです
✓ 合格
今もメンテナンスされている
コードの最終更新：6 日前
✓ 合格
ライセンスがある
Apache-2.0を使用
– 対象外
エンドポイントが応答する
これはパソコンで動くため、インターネット上のエンドポイントはありません
– 対象外
OAuthでサインイン
パソコンで動き、代わりにローカルの設定を使います
… 未チェック
ツールの説明に隠れた指示がない
パソコンで動くサーバーです。ツール一覧を読み取れるのは、インターネット上のエンドポイントがある場合だけです

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの1031件のうち100%よりスターが多い
このカテゴリのほかの1031件のうち69%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの1031件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

FHIR MCP Serverは安全ですか？

当てはまる基本チェック3項目のうち3項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

入力が必要なもの：FHIR_SERVER_BASE_URL

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

あなたのパソコンで動きます。必要なときにAIアプリが起動し、データは作者のサーバーを通りません（サーバー自体がオンラインサービスを呼び出す場合を除きます）。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は6 日前、最新バージョン（0.11.0）がレジストリに届いたのは10 日前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。パソコンにPython (uv)も必要です。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Mirobody, Google Health MCP, Langcare MCP FHIR

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：↓ 週あたりのダウンロードi★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Mirobody

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

作者：thetahealth成長中↓ 290/週★ 1408昨日更新

パソコンで動く✓ thetahealth.ai

インストール

Google Health MCP

Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents

作者：davidmosiah成長中↓ 1024/週★ 794 か月前更新

パソコンで動く

インストール

Langcare MCP FHIR

An MCP FHIR server written in Go for EMR systems like Epic and Cerner

作者：langcare初期↓ 297/週★ 709 か月前更新

パソコンで動く

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

Model Context Protocol (MCP) Server for Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) APIs

Model Context Protocol (MCP) Server for Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) APIs
Table of Contents
Overview
Demo
Demo with HAPI FHIR server
Demo with EPIC Sandbox
Core Features
Prerequisites
Installation
Installing using PyPI Package
Installing from Source
Installing using Docker
Running the MCP Server with Docker
Using Docker Compose with WSO2 FHIR Server
Configuring any FHIR Server
Integration with MCP Clients
VS Code
Claude Desktop
MCP Inspector
Configuration
CLI Options
Environment Variables
Tools
Development \& Testing
Installing Development Dependencies
Running Tests

Overview

The FHIR MCP Server is a Model Context Protocol (MCP) server that provides seamless integration with FHIR APIs. Designed for developers, integrators, and healthcare innovators, this server acts as a bridge between modern AI/LLM tools and healthcare data, making it easy to search, retrieve, and analyze clinical information.

Demo

Demo with HAPI FHIR server

This video showcases the MCP server's functionality when connected to a public HAPI FHIR server. This example showcases direct interaction with an open FHIR server that does not require an authorization flow.

https://github.com/user-attachments/assets/cc6ac87e-8329-4da4-a090-2d76564a3abf

Demo with EPIC Sandbox

This video showcases the MCP server's capabilities within the Epic EHR ecosystem. It demonstrates the complete OAuth 2.0 Authorization Code Grant flow.

https://github.com/user-attachments/assets/96b433f1-3e53-4564-8466-65ab48d521de

Core Features

MCP-compatible transport: Serves FHIR via stdio, SSE, or streamable HTTP

SMART-on-FHIR based authentication support: Securely authenticate with FHIR servers and clients

Response Filtering using FHIRPath: Filter resources and bundles returned by read and search operations using custom FHIRPath expressions to retrieve only the fields needed for the task, reducing payload sizes.

Tool integration: Integratable with any MCP client such as VS Code, Claude Desktop, and MCP Inspector

Prerequisites

Python 3.8+
uv (for dependency management)
An accessible FHIR API server.

Installation

You can use the FHIR MCP Server by installing our Python package, or by cloning this repository.

Installing using PyPI Package

Configure Environment Variables:

To run the server, you must set FHIR_SERVER_BASE_URL.

To enable authorization: Set FHIR_SERVER_BASE_URL, FHIR_SERVER_CLIENT_ID, FHIR_SERVER_CLIENT_SECRET, and FHIR_SERVER_SCOPES. Authorization is enabled by default.
To disable authorization: Set FHIR_SERVER_DISABLE_AUTHORIZATION to True.

By default, the MCP server runs on [http://localhost:8000](http://localhost:8000), and you can customize the host and port using FHIR_MCP_HOST and FHIR_MCP_PORT.

You can set these by exporting them as environment variables like below or by creating a .env file (referencing .env.example).

`bash export FHIR_SERVER_BASE_URL="" export FHIR_SERVER_CLIENT_ID="" export FHIR_SERVER_CLIENT_SECRET="" export FHIR_SERVER_SCOPES=""

export FHIR_MCP_HOST="localhost" export FHIR_MCP_PORT="8000" `

Install the PyPI package and run the server

bash uvx fhir-mcp-server

Installing from Source

Clone the repository: bash git clone cd

Create a virtual environment and install dependencies: bash uv venv source .venv/bin/activate uv pip sync requirements.txt Or with pip: bash python -m venv .venv source .venv/bin/activate pip install -r requirements.txt

Configure Environment Variables: Copy the example file and customize if needed: bash cp .env.example .env

Run the server: bash uv run fhir-mcp-server

Installing using Docker

Running the MCP Server with Docker

You can run the MCP server using Docker for a consistent, isolated environment.

Note on Authorization: When running the MCP server locally via Docker or Docker Compose, authorization should be disabled by setting the environment variable, FHIR_SERVER_DISABLE_AUTHORIZATION=True . This would be fixed in the future releases.

Build the Docker Image or pull the docker image from the container registry:

Build from source: bash docker build -t fhir-mcp-server .
Pull from GitHub Container Registry: bash docker pull ghcr.io/wso2/fhir-mcp-server:latest latest is built from the main branch. To use a release, pull its version tag instead, for example ghcr.io/wso2/fhir-mcp-server:0.11.0.

Configure Environment Variables

Copy the example environment file and edit as needed:

`bash cp .env.example .env

Edit .env to set your FHIR server, client credentials, etc.

Alternatively, you can pass environment variables directly with -e flags or use Docker secrets for sensitive values. See the Configuration section for details on available environment variables.

Run the Container

bash docker run --env-file .env -p 8000:8000 ghcr.io/wso2/fhir-mcp-server:latest

This will start the server and expose it on port 8000. Adjust the port mapping as needed.

Using Docker Compose with WSO2 FHIR Server

For a quick setup that includes both the FHIR MCP server and the WSO2 FHIR Server (with PostgreSQL), use the provided docker-compose.yml. This sets up an instant development environment for testing FHIR operations.

Prerequisites:

Docker and Docker Compose installed.

Set the Database Credentials:

Copy the example environment file and set DB_PASSWORD in .env. If you already have a .env, add the DB_USER, DB_PASSWORD and DB_NAME lines from .env.example to it instead.

   cp .env.example .env

Docker Compose reads .env automatically. DB_USER and DB_NAME default to postgres if not set. .env is excluded from Git; use a secrets manager for production deployments.

Run the Stack:

   docker compose up -d

This command will:

Start a PostgreSQL database container.
Launch the FHIR Server (connected to PostgreSQL) listening on http://localhost:8080/fhir/r4.
Build and run the FHIR MCP server container listening on http://localhost:8000, with FHIR_SERVER_BASE_URL set to http://wso2-fhir-server:8080/fhir/r4.

Access the Services:

FHIR MCP Server: http://localhost:8000
FHIR Server: http://localhost:8080/fhir/r4
To stop run docker compose down.

docker compose down removes the database data; use docker compose stop to keep it between runs.

Configure Additional Environment Variables:

If you need to customize OAuth or other settings, adjust the env variables in the docker-compose.yml. The compose file sets basic configuration; refer to the Configuration section for full options.

Configuring any FHIR Server

To use a different FHIR server, run the FHIR MCP server container with FHIR_SERVER_BASE_URL pointing to that server. The example below uses the HAPI FHIR server. Stop the default stack first if it's already running (docker compose down), as both use ports 8000 and 8080.

Create a network and start the HAPI FHIR server:

   docker network create fhir-network

docker run -d --name hapi-fhir-server --network fhir-network -p 127.0.0.1:8080:8080 docker.io/hapiproject/hapi:v8.4.0-2

HAPI FHIR listens on http://localhost:8080/fhir. This uses its built-in database, so data is lost when the container is removed.

Build and run the FHIR MCP server container:

   docker build -t fhir-mcp-server .

docker run -d --name fhir-mcp-server-hapi --network fhir-network -p 127.0.0.1:8000:8000 -e FHIR_SERVER_BASE_URL=http://hapi-fhir-server:8080/fhir -e FHIR_MCP_HOST=0.0.0.0 -e FHIR_SERVER_DISABLE_AUTHORIZATION=True fhir-mcp-server

The FHIR MCP server listens on http://localhost:8000.

Stop and clean up:

   docker rm -f fhir-mcp-server-hapi hapi-fhir-server

docker network rm fhir-network

For any other FHIR server, set FHIR_SERVER_BASE_URL to its base URL. If the FHIR server runs on your host rather than in Docker, use http://host.docker.internal: /... instead of localhost. On Linux, also add --add-host=host.docker.internal:host-gateway to the docker run command, and make sure the FHIR server listens on an address reachable from containers (for example 0.0.0.0, not only 127.0.0.1).

Integration with MCP Clients

The FHIR MCP Server is designed for seamless integration with various MCP clients.

VS Code

Add the following JSON block to your MCP configuration file in VS Code (> V1.104). You can do this by pressing Ctrl + Shift + P and typing MCP: Open User Configuration.

Streamable HTTP STDIO SSE

"servers": {

"fhir": { "type": "http", "url": "http://localhost:8000/mcp", } }

</td>

"servers": {

"fhir": { "command": "uv", "args": [ "-

冒頭だけを表示しています。続きはリポジトリで読めます

FHIR MCP Server

概要

PopNx MCPの3つの柱

できること

インストール

インストールの前に

自分で入力する値

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Mirobody

Google Health MCP

Langcare MCP FHIR

作者のREADME

Model Context Protocol (MCP) Server for Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) APIs

Table of Contents

Overview

Demo

Demo with HAPI FHIR server

Demo with EPIC Sandbox

Core Features

Prerequisites

Installation

Installing using PyPI Package

Installing from Source

Installing using Docker

Running the MCP Server with Docker

Edit .env to set your FHIR server, client credentials, etc.

Using Docker Compose with WSO2 FHIR Server

Configuring any FHIR Server

Integration with MCP Clients

VS Code