GWAS Bioinformatics MCP Server

Name: GWAS Bioinformatics MCP Server
Author: zaeyasa

作者：zaeyasaバージョン 1.0.2i★ –iパソコンで動く

レジストリ名io.github.zaeyasa/gwas-mcp

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

Access 30+ bioinformatics tools from 14 databases.

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi1項目中1項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況iとても新しい↓ 73/週 · ★ –

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: パソコンで動く
トランスポート: stdio
カテゴリ: データベース・データセット

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：1項目中1項目に合格
あなたのパソコンで、あなたのユーザーと同じ権限（ファイル、ネットワーク、アプリ）で動きます。
レジストリには、入力が必要なキーは載っていません。

必要なもの

PyPIPythonのuvのインストール（uvxコマンドに必要）

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config を開き、claude_desktop_config.json にこれを貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "gwas": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "gwas-mcp"
      ]
    }
  }
}

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add gwas -- uvx gwas-mcp

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "gwas": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "gwas-mcp"
      ]
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "gwas": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "gwas-mcp"
      ]
    }
  }
}

これはパソコンで動くサーバーですが、ChatGPTがつなげるのはインターネット上のサーバーだけです。ほかのアプリを選んでください。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

パソコンで動くサーバーです。インストールすると、ツール一覧がAIアプリに表示されます。

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月9日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント zaeyasa で確認済みです
… 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
… 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
– 対象外
エンドポイントが応答する
これはパソコンで動くため、インターネット上のエンドポイントはありません
– 対象外
OAuthでサインイン
パソコンで動き、代わりにローカルの設定を使います
… 未チェック
ツールの説明に隠れた指示がない
パソコンで動くサーバーです。ツール一覧を読み取れるのは、インターネット上のエンドポイントがある場合だけです

データベース・データセットのほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの1153件のうち0%よりスターが多い
このカテゴリのほかの1153件のうち4%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの1153件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

GWAS Bioinformatics MCP Serverは安全ですか？

当てはまる基本チェック1項目のうち1項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

あなたのパソコンで動きます。必要なときにAIアプリが起動し、データは作者のサーバーを通りません（サーバー自体がオンラインサービスを呼び出す場合を除きます）。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（1.0.2）がレジストリに届いたのは9 か月前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。パソコンにPython (uv)も必要です。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Supabase, MongoDB MCP Server, Elasticsearch MCP Server

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：↓ 週あたりのダウンロードi★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Supabase

MCP server for interacting with the Supabase platform

作者：supabase広く使われている↓ 23.5万/週★ 29933 日前更新

パソコンでもクラウドでも✓ supabase.com

インストール

MongoDB MCP Server

MongoDB Model Context Protocol Server

作者：mongodb-js広く使われている↓ 15.7万/週★ 11575 日前更新

パソコンで動く

インストール

Elasticsearch MCP Server

MCP server for interacting with Elasticsearch

作者：cr7258成長中↓ 2711/週★ 31514 か月前更新

パソコンで動く

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

🧬 GWAS-MCP: Bioinformatics MCP Server

A powerful Model Context Protocol (MCP) server for GWAS and bioinformatics research. Seamlessly integrates with Claude Desktop and other MCP clients to provide AI-powered access to major biological databases.

✨ Features

🔬 Protein & Gene Lookup

UniProt - Search proteins by name, gene, or ID
Ensembl - Gene information and variant details
NCBI Gene - Comprehensive gene database

🧪 Clinical & Variants

ClinVar - Clinical variant interpretations (pathogenic/benign)
GWAS Catalog - Genome-wide association studies
GTEx - Expression quantitative trait loci (eQTL)

🔗 Protein Interactions & Networks

STRING - Protein-protein interactions
InterPro - Protein domains and families

🏗️ Structures & Pathways

AlphaFold - AI-predicted protein structures
PDB - Experimental 3D structures
KEGG - Metabolic and signaling pathways

💊 Drug Discovery

Open Targets - Drug target validation & disease associations
PharmGKB - Pharmacogenomics & drug-gene interactions

🏥 Genetic Diseases

OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man

🚀 Quick Start

Installation

pip install gwas-mcp

Claude Desktop Configuration

Add to your claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "gwas-bioinformatics": { "command": "python", "args": ["-m", "gwas_mcp.server"] } } }

Config file location:

Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

Restart Claude Desktop

After adding the configuration, restart Claude Desktop to load the MCP server.

🛠️ Available Tools

Protein & Gene Tools

Tool	Description
`search_uniprot`	Search UniProt by protein name, gene, or ID
`get_protein_details`	Get detailed protein info (function, domains, GO terms)
`search_ncbi_gene`	Search NCBI Gene database
`search_ensembl_gene`	Get gene location and details from Ensembl
`get_variant_info`	Get SNP/variant info by rsID
`get_interpro_domains`	Get protein domain information

Clinical & Variant Tools

Tool	Description
`search_clinvar`	Search ClinVar for clinical variants
`get_clinvar_variant`	Get clinical interpretation for a variant
`annotate_snps`	Annotate SNPs with functional consequences
`query_gwas_catalog`	Query GWAS Catalog for associations
`get_eqtl_data`	Get eQTL data from GTEx

Protein Interaction Tools

Tool	Description
`get_protein_interactions`	Find interacting proteins (STRING)
`get_interaction_network`	Get network between multiple proteins
`get_functional_enrichment`	Pathway/GO enrichment analysis

Structure & Pathway Tools

Tool	Description
`get_alphafold_structure`	Get AI-predicted structure
`search_alphafold`	Search AlphaFold database
`search_pdb_structures`	Search PDB for 3D structures
`get_pdb_structure`	Get PDB structure details
`search_kegg_pathway`	Search KEGG pathways
`get_kegg_pathway`	Get pathway genes and details
`get_gene_pathways`	Find pathways for a gene

Drug Discovery Tools

Tool	Description
`get_drug_targets`	Find drugs targeting a gene (Open Targets)
`get_disease_associations`	Get disease associations with scores
`search_open_targets`	Search genes, diseases, or drugs
`search_pharmgkb`	Search PharmGKB database
`get_drug_gene_interactions`	Get drug-gene interactions

Genetic Disease Tools

Tool	Description
`search_omim`	Search OMIM for genetic diseases
`get_gene_diseases`	Get all diseases for a gene

💬 Example Prompts

Once configured, ask Claude naturally:

Protein & Gene Queries

"Get information about the BRCA1 gene"

"Search UniProt for hemoglobin"

"What protein has UniProt ID P53_HUMAN?"

Clinical Variants

"Is the BRCA1 variant rs80357906 pathogenic?"

"Search ClinVar for TP53 variants"

Protein Interactions

"What proteins interact with TP53?"

"Find functional enrichment for BRCA1, ATM, and CHEK2"

Structures & Pathways

"Get the AlphaFold structure for TP53"

"What pathways is BRCA1 involved in?"

"Search PDB for insulin structures"

Drug Discovery

"What drugs target EGFR?"

"What diseases is BRAF associated with?"

Genetic Diseases

"Search OMIM for cystic fibrosis"

"What diseases are linked to the CFTR gene?"

⚡ Performance Features

Smart Caching - API responses cached for 1 hour to improve speed
Async Operations - All API calls are non-blocking
Error Handling - Graceful handling of API failures

🔧 Development

From Source

# Clone the repository

git clone https://github.com/zaeyasa/gwas-mcp.git cd gwas-mcp

Install dependencies

pip install -e .

Run the server

python -m gwas_mcp.server

Project Structure

gwas-mcp/

├── src/ │ └── gwas_mcp/ │ ├── server.py # Main MCP server │ ├── tools/ │ │ ├── protein_tools.py # UniProt, NCBI, Ensembl │ │ ├── clinical_tools.py # ClinVar, STRING │ │ ├── structure_tools.py # PDB, KEGG, PharmGKB │ │ └── advanced_tools.py # AlphaFold, Open Targets, OMIM │ └── resources/ │ └── db_resources.py # Database resources ├── pyproject.toml ├── README.md └── LICENSE

📊 Supported Databases

Database	Type	Description
UniProt	Protein	Protein sequences and annotations
Ensembl	Gene/Variant	Genome browser and variant data
NCBI Gene	Gene	Gene information database
ClinVar	Clinical	Clinical variant interpretations
GWAS Catalog	GWAS	Genome-wide association studies
GTEx	Expression	Expression QTL data
STRING	Interactions	Protein-protein interactions
InterPro	Domains	Protein families and domains
AlphaFold	Structure	AI-predicted structures
PDB	Structure	Experimental 3D structures
KEGG	Pathways	Metabolic and signaling pathways
Open Targets	Drug Discovery	Drug targets and disease associations
PharmGKB	Pharmacogenomics	Drug-gene interactions
OMIM	Diseases	Genetic disease database

🤝 Contributing

Contributions are welcome! Please feel free to submit a Pull Request.

Fork the repository
Create your feature branch (git checkout -b feature/amazing-feature)
Commit your changes (git commit -m 'Add amazing feature')
Push to the branch (git push origin feature/amazing-feature)
Open a Pull Request

📄 License

This project is licensed under the MIT License - see the LICENSE file for details.

🙏 Acknowledgments

Model Context Protocol - The MCP specification
Anthropic - Claude AI and MCP development
All the amazing bioinformatics databases that make this possible

📬 Contact

GitHub: @zaeyasa

Made with ❤️ for the bioinformatics community

GWAS Bioinformatics MCP Server

概要

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できること

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インストールの前に

できること

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作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

データベース・データセットのほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Supabase

MongoDB MCP Server

Elasticsearch MCP Server

作者のREADME

🧬 GWAS-MCP: Bioinformatics MCP Server

✨ Features

🔬 Protein & Gene Lookup

🧪 Clinical & Variants

🔗 Protein Interactions & Networks

🏗️ Structures & Pathways

💊 Drug Discovery

🏥 Genetic Diseases

🚀 Quick Start

Installation

Claude Desktop Configuration

Restart Claude Desktop

🛠️ Available Tools

Protein & Gene Tools

Clinical & Variant Tools

Protein Interaction Tools

Structure & Pathway Tools

Drug Discovery Tools

Genetic Disease Tools

💬 Example Prompts

Protein & Gene Queries

Clinical Variants

Protein Interactions

Structures & Pathways

Drug Discovery

Genetic Diseases

⚡ Performance Features

🔧 Development

From Source

Install dependencies

Run the server

Project Structure

📊 Supported Databases

🤝 Contributing

📄 License

🙏 Acknowledgments

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