Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Name: Folklore Clinical Variant Interpretation MCP
Author: helena-bioinformatics

โดย helena-bioinformaticsรุ่น 2.0.0i★ –iรันบนคลาวด์

ชื่อใน registryio.github.helena-bioinformatics/folklore

ติดตั้ง

ภาพรวม

คำอธิบายจากผู้ทำ (ภาษาอังกฤษตามต้นฉบับ)

Germline ACMG/AMP classification, genes, disease associations, literature and API-key case analysis.

สามเสาของ PopNx MCP

สามเรื่องนี้ไม่รวมเป็นคะแนนเดียว เพราะความเห็น การวัด และความนิยม เป็นคนละเรื่องกัน

เสียงผู้ใช้iยังไม่มีรีวิวรีวิวเปิดพร้อมระบบบัญชีในขั้นถัดไป
ผลตรวจเบื้องต้นของเราiผ่าน 3 จาก 3 ข้อตรวจจากข้อมูลที่เปิดอยู่ ยังไม่ได้สแกนโค้ด
การใช้งานiยังไม่ได้วัด★ –

ใช้ทำอะไรได้

ตัวนี้ยังไม่ได้เรียบเรียงเป็นภาษาไทย ด้านล่างคือข้อเท็จจริงที่เราอ่านจาก registry

การเชื่อมต่อ: รันบนคลาวด์
ช่องทาง (transport): Streamable HTTP
หมวด: อื่น ๆ

ติดตั้ง

เลือกโปรแกรม AI ที่คุณใช้ แล้วคัดลอกค่าตั้งไปวาง

ก่อนติดตั้ง

ผลตรวจเบื้องต้น: ผ่าน 3 จาก 3 ข้อ
รันบนเครื่องของผู้ทำ สิ่งที่คุณถามจะผ่านเครื่องของเขา
ทำได้ 11 อย่าง (เครื่องมือ) classify_germline_variant, search_variant_literature, get_publication_details, search_literature_corpus …
ทะเบียนไม่ได้ระบุ key ที่ต้องใส่

ต้องเตรียมก่อน

รันบนคลาวด์ไม่ต้องลงโปรแกรมเพิ่ม ต่อผ่านอินเทอร์เน็ตได้เลย

คุณใช้แอปไหน

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

เลือกแอปด้านบน เราจำไว้ให้ ครั้งหน้าปุ่มจะขึ้นว่า “ติดตั้งลง …”

ใช้ได้ทั้ง Claude บนเว็บ แอปคอมพิวเตอร์ และมือถือ:

เปิด Settings → Connectors
กด Add custom connector
วางที่อยู่ด้านล่างแล้วกด Add
ถ้าให้ล็อกอิน ให้ล็อกอินกับผู้ทำ

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

พิมพ์คำสั่งนี้ใน Terminal

claude mcp add --transport http folklore https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

เปิดใน Cursor

หรือคัดลอกค่าตั้งเอง

วางในไฟล์ .cursor/mcp.json ของโปรเจกต์ หรือ ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "folklore": {
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

เบราว์เซอร์จะถามก่อนเปิดแอป จากนั้นแอปแสดงค่าตั้งให้ตรวจแล้วกดยืนยัน ช่อง key เว้นว่างไว้ให้คุณใส่เอง

เปิดใน VS Code

หรือคัดลอกค่าตั้งเอง

วางในไฟล์ .vscode/mcp.json ของโปรเจกต์

{
  "servers": {
    "folklore": {
      "type": "http",
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

ChatGPT ต่อได้เฉพาะ server ที่อยู่บนอินเทอร์เน็ต:

เปิด ChatGPT บนเว็บ → Settings → Connectors (Apps)
กด Create หรือ Add (บางแพ็กเกจต้องเปิด Developer mode ใน Advanced ก่อน)
วางที่อยู่ด้านล่าง ตั้งชื่อ แล้วบันทึก
ถ้าให้ล็อกอิน ให้ล็อกอินกับผู้ทำ

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

ชื่อเมนูอาจต่างกันเล็กน้อยตามแพ็กเกจและรุ่นของแอป

ตัวเลือกเก็บในคุกกี้บนเครื่องนี้ ไม่ต้องมีบัญชี

ค่าตั้งนี้สร้างจากข้อมูลใน registry ของผู้ทำ ถ้าไม่ตรงกับ README ให้เชื่อ README

ทำอะไรได้บ้าง

ชื่อและคำอธิบายเครื่องมือตามที่ server ตอบมาเมื่อ 6 พ.ย. 2569 ผู้ทำเป็นคนเขียน ไม่ใช่เรา แสดงเป็นข้อความล้วน

classify_germline_variant
Classify one GRCh38 germline nuclear SNV or simple indel smaller than 50 bp under ACMG/AMP. Accepts genomic, coding or protein HGVS, coordinates, SPDI, rsID or a returned canonical key. Returns normalized identity, automated classification, applied criteria, ClinVar assertions, p
search_variant_literature
Resolve one GRCh38 germline variant and retrieve publications from the PubMed-derived genetics corpus. Exact variant mentions rank ahead of broader gene associations. Returns match types, source links, corpus provenance and retrieval time.
get_publication_details
Retrieve one PMID from the PubMed-derived genetics corpus, including title, abstract, authors, journal, publication types, MeSH terms, gene and variant mentions, retraction status and PubMed/PMC links.
search_literature_corpus
Search the genetics Literature Corpus by question, PMID, DOI, PMCID, gene, variant, phenotype, HPO or OMIM concept. Known publication identifiers provide exact anchors. Returns ranked publications, match types, scores and source links.
support_helena
Retrieve Helena Good campaign, rules, manifest and MCP connection URLs.
get_gene_disease_associations
Find diseases associated with an exact gene symbol or HGNC identifier. Returns ClinGen gene-disease validity assertions, relation-specific inheritance, source reports and snapshot provenance, including conflicting and limited assertions.
search_disease_genes
Find genes associated with an exact MONDO identifier or disease-name search. Returns ClinGen validity assertions with inheritance, source reports and snapshot provenance. Name searches can return multiple disease identities.
resolve_gene
Resolve a human gene symbol, previous symbol, alias, HGNC, Ensembl or NCBI Gene identifier. Returns exact, alias, ambiguous, not_found or withdrawn status with candidates and identity_snapshot_id. Use a selected HGNC gene_id and snapshot_id with get_gene_profile. Gene-plus-HGVS a
get_gene_profile
Read the selected gene_id and immutable snapshot_id from resolve_gene. Returns overview, disease validity, dosage, mechanisms, transcripts, native assemblies, constraint, ClinVar summaries and consequences, expression, GWAS, phenotypes and protein/pathways with source assertions,
get_gene_section
Read a gene-profile section using gene_id, snapshot_id and its returned opaque cursor. Returns source records, assembly/release, coverage, totals, count units and provenance. snapshot_unavailable requires a fresh resolution/profile request.
search_gene_literature
Retrieve a live publication capture for a resolved gene_id and snapshot_id. Returns source links, match labels, capture time/hash, degradation and gene/snapshot/sort-bound cursors. This capture is separate from the immutable reference snapshot and contains no abstracts.

ผลตรวจเบื้องต้นi

เราตรวจจากข้อมูลที่ใครก็เปิดดูได้ ยังไม่ได้อ่านโค้ด ข้อที่ไม่เกี่ยวกับตัวนี้ไม่นับในตัวหาร · ตรวจเมื่อ 7 พ.ย. 2569

✓ ผ่าน
ตัวตนผู้ทำตรงกับ repo
ชื่อใน registry ยืนยันด้วยบัญชี GitHub helena-bioinformatics ซึ่งเป็นเจ้าของ repo
… ยังไม่ตรวจ
ยังมีคนดูแล
ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub
… ยังไม่ตรวจ
มีสัญญาอนุญาต (license)
ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub
✓ ผ่าน
endpoint ตอบ
ตอบกลับใน 651 ms (HTTP 200)
– ไม่เกี่ยว
ล็อกอินแบบ OAuth
ไม่ต้องล็อกอิน
✓ ผ่าน
คำอธิบายเครื่องมือไม่มีคำสั่งแอบแฝง
อ่านคำอธิบายเครื่องมือ 11 ตัวแล้ว ไม่พบคำสั่งแอบแฝงถึง AI

เทียบกับตัวอื่นในหมวด อื่น ๆi

ดาวมากกว่า 0% ของอีก 32583 ตัวในหมวดนี้
ส่งรุ่นใหม่เข้า registry ล่าสุดกว่า 96% ของอีก 32583 ตัวในหมวดนี้
ผลตรวจเบื้องต้นดีกว่าหรือเท่ากับ 100% ของอีก 32583 ตัวในหมวดนี้

เทียบกับทุก server ที่ยังใช้งานในหมวดนี้ทั้งทะเบียน ดาวนับเฉพาะเมื่อผู้ลงทะเบียนเป็นเจ้าของ repo

คำถามที่พบบ่อย

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP ปลอดภัยไหม?

จากการตรวจเบื้องต้นของเรา ผ่าน 3 จาก 3 ข้อที่ตรวจได้ เรายังไม่ได้อ่านโค้ด ก่อนใส่กุญแจหรือ token ให้ดูว่า server ขอสิทธิ์อะไร และเลือกกุญแจที่ทำได้เท่าที่จำเป็น

ต้องใช้กุญแจหรือรหัสอะไรบ้าง?

registry ไม่ได้ระบุว่าต้องใช้กุญแจ แต่บางตัวจะขอให้ล็อกอินตอนใช้ครั้งแรก

ตัวนี้รันบนเครื่องหรือบนคลาวด์?

รันบนคลาวด์ของผู้ทำ ต่อผ่านอินเทอร์เน็ตได้เลย ไม่ต้องลงโปรแกรม แต่ข้อมูลที่ส่งให้จะผ่านเซิร์ฟเวอร์ของผู้ทำ

ยังมีคนดูแลอยู่ไหม?

repo บน GitHub มีการแก้โค้ดล่าสุด – และส่งรุ่นล่าสุด (2.0.0) เข้า registry เมื่อวาน

ใช้กับโปรแกรมไหนได้บ้าง?

โปรแกรมที่รองรับ MCP เช่น Claude Desktop, Claude Code, Cursor และ VS Code ตัวนี้ต่อผ่าน URL จึงใช้กับโปรแกรมที่รับ remote MCP ได้ เช่น ChatGPT ที่เปิดโหมดนักพัฒนา

มีตัวไหนใช้แทนได้บ้าง?

ในหมวดเดียวกันมี Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, sync. labs

ตัวที่ใช้แทนได้

server หมวดเดียวกันจากผู้ทำคนอื่น เรียงตามดาว

อ่านการ์ด:★ ดาว GitHubiสามเสา: รีวิว · ผลตรวจ · การใช้งานiอัปเดต = วันที่ส่งรุ่นล่าสุดเข้า registryi

Spec Driven Development

โดย formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

รันบนเครื่อง★ 440MITอัปเดต 14 เดือนที่ผ่านมา

ติดตั้ง

Remote Desktop Commander

โดย desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

รันบนคลาวด์★ 211อัปเดต เมื่อวาน

ติดตั้ง

sync. labs

โดย synchronicity-labs

Lipsync videos, dub them into other languages, make talking videos and open sync. Studio.

บนเครื่องหรือคลาวด์อัปเดต วันนี้

ติดตั้ง

README จากผู้ทำ

เปิดอ่าน README

ส่วนนี้คัดจาก repo ของผู้ทำตามต้นฉบับ PopNx MCP ไม่ได้ตรวจหรือรับรองเนื้อหา ตัด HTML รูปภาพ และสคริปต์ออกแล้ว ลิงก์จะพาออกนอกเว็บ

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

One hosted MCP server for public scientific queries and authenticated case workflows.

Endpoint: https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Version 2.0.0

Connect your MCP client directly to this Streamable HTTP endpoint. No local Folklore server is required. Anonymous callers receive 11 public tools. Send your Folklore API key in the Authorization Bearer header to access 18 additional case, source and result tools at the same endpoint. Invalid supplied credentials fail authentication; they do not select the anonymous catalog.

Create a key in your Folklore account for the selected account and sources. Keep it in your client's secret store, never in prompts, tool arguments or URLs. The selected account's native subscription capabilities, usage limits and eligible credits govern processing. A key does not grant funded compute.

See case workflows, the 18 authenticated tool schemas and the public task recipes.

Classify a variant

Connect your MCP client to:

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Access is anonymous. Call classify_germline_variant:

{"name":"classify_germline_variant","arguments":{"assembly":"GRCh38","query":"NM_007294.4:c.68_69del"}}

Input: one public GRCh38 nuclear germline SNV or simple indel smaller than 50 bp. Accepted notation includes supported HGVS, SPDI, rsID and genomic coordinates. Preserve transcript versions and reference alleles.

A resolved identity with successful interpretation includes automated ACMG/AMP classification, reported criteria, annotations, source evidence and provenance. Submitted ClinVar assertions retain their own source attribution alongside the Folklore classification. A VUS is a classification outcome.

Status	Next step
`resolved`	Read interpretation status, then classification and evidence.
`ambiguous`	Present candidates for an explicit allele choice.
`not_found`	Report the source-scoped miss.
`invalid_request`	Supply a corrected supported expression.
`unsupported`	Select a workflow for the requested variant type or assembly.
`resolution_unavailable`	Inspect the typed error and retry policy.

Interpretation status is success or unavailable. Transport, JSON-RPC, MCP and adapter errors have separate fields. See typed outcomes.

Scientific tools

Tool	Operation
`classify_germline_variant`	Resolve, classify and assess one supported germline variant.
`search_variant_literature`	Retrieve publications linked to a resolved variant.
`get_publication_details`	Retrieve the bibliographic record and abstract for a PMID.
`search_literature_corpus`	Search publications by scientific question or public identifier.
`get_gene_disease_associations`	Retrieve ClinGen assertions for an exact gene symbol or HGNC identifier.
`search_disease_genes`	Retrieve ClinGen assertions by MONDO identifier or disease-name substring.
`resolve_gene`	Resolve a human gene symbol, alias or stable identifier.
`get_gene_profile`	Read the selected HGNC gene at its returned snapshot.
`get_gene_section`	Continue one profile section using its cursor.
`search_gene_literature`	Retrieve a separate live publication capture for the selected gene.

ClinGen results preserve assertion-level disease identity, inheritance, validity assessment, panel, date and source links. Profile sections retain provider, assembly, release, units and pagination. Gene literature has its own capture identity. Follow gene-disease and gene-profile contracts for exact inputs.

support_helena provides links to the separate Helena Good service when the user asks about supporting Helena. An optional MCP App renders variant results.

Connect an agent or application

The hosted server uses stateless Streamable HTTP and MCP 2026-07-28. Requests carry matching protocol metadata and routing headers. Supported methods include server/discover, tools/list, tools/call, prompts/list, prompts/get, resources/list and resources/read.

Direct Streamable HTTP
OpenAI Agents SDK
Biomni
Biorouter
Dify, n8n, Galaxy, KNIME
Notebook workflow

The compatibility guide records protocol/client observations. All clients sharing egress use the same rate budget.

Agent Skill and workflow prompts

Install the portable Agent Skill using the installation guide. It routes pathogenicity, VUS, ClinVar, population-frequency, gene-disease and literature tasks to the hosted tools. The skill source includes OpenAI interface metadata.

Workflow prompts compose tool operations for classification, VUS assessment, ACMG/AMP explanation, identity verification and variant-literature comparison. Each accepts one public variant expression.

Run the adapter

The Apache-2.0 adapter implements MCP transport, public API clients and validated response projection. Folklore's scientific authorities produce normalization, annotation, evidence aggregation and classification.

python3.12 -m venv .venv

. .venv/bin/activate pip install -e '.[dev]' FOLKLORE_MCP_ENABLED=true \ FOLKLORE_LITERATURE_ENABLED=true \ FOLKLORE_GENE_DISEASE_ENABLED=true \ FOLKLORE_PUBLIC_GENE_ENABLED=true \ folklore-mcp

Capabilities are enabled through the flags above. Gene literature requires both public-gene and literature capabilities. The default upstream is https://api.helena.bio; local contract tests support localhost and 127.0.0.1. The standalone HTTP image uses Dockerfile.adapter; Dockerfile provides the pinned stdio bridge.

Verify and measure

pytest

ruff check . ruff format --check . python3 ops/reconcile_discovery.py

The read-only reconciler compares runtime, Server Card and Official Registry state, with separate aggregator observations. python3 ops/public_smoke.py checks discovery, prompts and resources.

Public measurement sources: variant interpretation, 100-case agent discovery, 60-query search discovery and genomic discovery cohort.

Registry and citation

Registry name: io.github.helena-bioinformatics/folklore
Publisher: Helena Bioinformatics
Website: https://folklore.helena.bio
Task routing metadata
Per-tool task contracts
Security reporting
Source boundary
Citation metadata

The immutable MCP adapter 1.6.0 archive is 10.5281/zenodo.23817704, from signed tag folklore-mcp-v1.6.0 at 55a332c6dd6bd4650e921c12ac145b8e0f90476a. The Biorouter-tag archive is 10.5281/zenodo.23818207.

License

Apache License 2.0. See LICENSE and NOTICE.

Automated variant classifications support qualified professional review and are not patient diagnoses or treatment recommendations.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

ภาพรวม

สามเสาของ PopNx MCP

ใช้ทำอะไรได้

ติดตั้ง

ก่อนติดตั้ง

ทำอะไรได้บ้าง

ผลตรวจเบื้องต้นi

ตัวตนผู้ทำตรงกับ repo

ยังมีคนดูแล

มีสัญญาอนุญาต (license)

endpoint ตอบ

ล็อกอินแบบ OAuth

คำอธิบายเครื่องมือไม่มีคำสั่งแอบแฝง

เทียบกับตัวอื่นในหมวด อื่น ๆi

คำถามที่พบบ่อย

ตัวที่ใช้แทนได้

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

sync. labs

README จากผู้ทำ

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Classify a variant

Scientific tools

Connect an agent or application

Agent Skill and workflow prompts

Run the adapter

Verify and measure

Registry and citation

License