AMR (antimicrobial resistance)

Name: AMR (antimicrobial resistance)
Author: pabloestepaa

โดย pabloestepaaรุ่น 0.1.4i★ –iรันบนเครื่อง

ชื่อใน registryio.github.pabloestepaa/amr-mcp

ติดตั้ง

ภาพรวม

คำอธิบายจากผู้ทำ (ภาษาอังกฤษตามต้นฉบับ)

Antimicrobial resistance genes, sequences and literature from NCBI and UniProt

สามเสาของ PopNx MCP

สามเรื่องนี้ไม่รวมเป็นคะแนนเดียว เพราะความเห็น การวัด และความนิยม เป็นคนละเรื่องกัน

เสียงผู้ใช้iยังไม่มีรีวิวรีวิวเปิดพร้อมระบบบัญชีในขั้นถัดไป
ผลตรวจเบื้องต้นของเราiผ่าน 1 จาก 1 ข้อตรวจจากข้อมูลที่เปิดอยู่ ยังไม่ได้สแกนโค้ด
การใช้งานiยังไม่ได้วัด★ –

ใช้ทำอะไรได้

ตัวนี้ยังไม่ได้เรียบเรียงเป็นภาษาไทย ด้านล่างคือข้อเท็จจริงที่เราอ่านจาก registry

การเชื่อมต่อ: รันบนเครื่อง
ช่องทาง (transport): stdio
หมวด: อื่น ๆ
ต้องใส่ค่าเหล่านี้: NCBI_API_KEY

ติดตั้ง

เลือกโปรแกรม AI ที่คุณใช้ แล้วคัดลอกค่าตั้งไปวาง

ก่อนติดตั้ง

ผลตรวจเบื้องต้น: ผ่าน 1 จาก 1 ข้อ
รันในเครื่องคุณด้วยสิทธิ์ของผู้ใช้คุณ (ไฟล์ อินเทอร์เน็ต แอปต่าง ๆ)
ค่าที่คุณต้องใส่เอง: NCBI_API_KEY, NCBI_EMAIL

ค่าที่ติดป้ายความลับคือกุญแจของบัญชีคุณ อย่าส่งให้ใคร และอย่าวางในแชต

ต้องเตรียมก่อน

PyPIติดตั้ง uv ของ Python (มีคำสั่ง uvx) ในเครื่อง

คุณใช้แอปไหน

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

เลือกแอปด้านบน เราจำไว้ให้ ครั้งหน้าปุ่มจะขึ้นว่า “ติดตั้งลง …”

เปิด Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config แล้ววางค่านี้ในไฟล์ claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "NCBI_EMAIL": "ใส่ค่าของคุณ"
      }
    }
  }
}

พิมพ์คำสั่งนี้ใน Terminal

claude mcp add amr --env NCBI_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' --env NCBI_EMAIL='ใส่ค่าของคุณ' -- uvx amr-mcp

เติมค่าที่เว้นว่างไว้ก่อนรัน

เปิดใน Cursor

หรือคัดลอกค่าตั้งเอง

วางในไฟล์ .cursor/mcp.json ของโปรเจกต์ หรือ ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "NCBI_EMAIL": "ใส่ค่าของคุณ"
      }
    }
  }
}

เบราว์เซอร์จะถามก่อนเปิดแอป จากนั้นแอปแสดงค่าตั้งให้ตรวจแล้วกดยืนยัน ช่อง key เว้นว่างไว้ให้คุณใส่เอง

เปิดใน VS Code

หรือคัดลอกค่าตั้งเอง

วางในไฟล์ .vscode/mcp.json ของโปรเจกต์

{
  "servers": {
    "amr": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "NCBI_EMAIL": "ใส่ค่าของคุณ"
      }
    }
  }
}

ตัวนี้รันในเครื่องคุณ แต่ ChatGPT ต่อได้เฉพาะ server บนอินเทอร์เน็ต ลองเลือกแอปอื่น

ตัวเลือกเก็บในคุกกี้บนเครื่องนี้ ไม่ต้องมีบัญชี

ค่าที่ต้องใส่เอง

NCBI_API_KEY ความลับ env
Optional free NCBI API key; raises the rate limit from 3 to 10 requests/s
NCBI_EMAIL env
Optional contact e-mail sent to NCBI with each request

ค่าตั้งนี้สร้างจากข้อมูลใน registry ของผู้ทำ ถ้าไม่ตรงกับ README ให้เชื่อ README

ทำอะไรได้บ้าง

รันในเครื่องคุณ รายการเครื่องมือจะขึ้นในแอป AI หลังติดตั้ง

ผลตรวจเบื้องต้นi

เราตรวจจากข้อมูลที่ใครก็เปิดดูได้ ยังไม่ได้อ่านโค้ด ข้อที่ไม่เกี่ยวกับตัวนี้ไม่นับในตัวหาร · ตรวจเมื่อ 7 พ.ย. 2569

✓ ผ่าน
ตัวตนผู้ทำตรงกับ repo
ชื่อใน registry ยืนยันด้วยบัญชี GitHub pabloestepaa ซึ่งเป็นเจ้าของ repo
… ยังไม่ตรวจ
ยังมีคนดูแล
ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub
… ยังไม่ตรวจ
มีสัญญาอนุญาต (license)
ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub
– ไม่เกี่ยว
endpoint ตอบ
ตัวนี้รันบนเครื่องคุณ ไม่มี endpoint บนอินเทอร์เน็ต
– ไม่เกี่ยว
ล็อกอินแบบ OAuth
ตัวนี้รันบนเครื่อง ใช้ค่าที่ตั้งในเครื่องแทน
… ยังไม่ตรวจ
คำอธิบายเครื่องมือไม่มีคำสั่งแอบแฝง
รันในเครื่องคุณ เราอ่านรายการเครื่องมือได้เฉพาะตัวที่มี endpoint บนอินเทอร์เน็ต

เทียบกับตัวอื่นในหมวด อื่น ๆi

ดาวมากกว่า 0% ของอีก 18334 ตัวในหมวดนี้
ส่งรุ่นใหม่เข้า registry ล่าสุดกว่า 97% ของอีก 18334 ตัวในหมวดนี้
ผลตรวจเบื้องต้นดีกว่าหรือเท่ากับ 100% ของอีก 18334 ตัวในหมวดนี้

เทียบกับทุก server ที่ยังใช้งานในหมวดนี้ทั้งทะเบียน ดาวนับเฉพาะเมื่อผู้ลงทะเบียนเป็นเจ้าของ repo

คำถามที่พบบ่อย

AMR (antimicrobial resistance) ปลอดภัยไหม?

จากการตรวจเบื้องต้นของเรา ผ่าน 1 จาก 1 ข้อที่ตรวจได้ เรายังไม่ได้อ่านโค้ด ก่อนใส่กุญแจหรือ token ให้ดูว่า server ขอสิทธิ์อะไร และเลือกกุญแจที่ทำได้เท่าที่จำเป็น

ต้องใช้กุญแจหรือรหัสอะไรบ้าง?

ต้องใส่ค่าเหล่านี้: NCBI_API_KEY

ตัวนี้รันบนเครื่องหรือบนคลาวด์?

รันบนเครื่องของคุณ โปรแกรม AI จะเปิด server ขึ้นมาเองเมื่อใช้ ข้อมูลไม่ต้องผ่านเซิร์ฟเวอร์ของผู้ทำ (ยกเว้นตัวที่ไปเรียกบริการออนไลน์ต่อ)

ยังมีคนดูแลอยู่ไหม?

repo บน GitHub มีการแก้โค้ดล่าสุด – และส่งรุ่นล่าสุด (0.1.4) เข้า registry เมื่อวาน

ใช้กับโปรแกรมไหนได้บ้าง?

โปรแกรมที่รองรับ MCP เช่น Claude Desktop, Claude Code, Cursor และ VS Code ตัวนี้ต้องมี Python (uv) ในเครื่องด้วย

มีตัวไหนใช้แทนได้บ้าง?

ในหมวดเดียวกันมี Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, ProAgentStore

ตัวที่ใช้แทนได้

server หมวดเดียวกันจากผู้ทำคนอื่น เรียงตามดาว

อ่านการ์ด:★ ดาว GitHubiสามเสา: รีวิว · ผลตรวจ · การใช้งานiอัปเดต = วันที่ส่งรุ่นล่าสุดเข้า registryi

Spec Driven Development

โดย formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

รันบนเครื่อง★ 440MITอัปเดต 14 เดือนที่ผ่านมา

ติดตั้ง

Remote Desktop Commander

โดย desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

รันบนคลาวด์★ 211อัปเดต เมื่อวานซืน

ติดตั้ง

ProAgentStore

โดย ProAgentStore

MCP-first control plane for ProAgentStore agents and private instances.

รันบนคลาวด์อัปเดต วันนี้

ติดตั้ง

README จากผู้ทำ

เปิดอ่าน README

ส่วนนี้คัดจาก repo ของผู้ทำตามต้นฉบับ PopNx MCP ไม่ได้ตรวจหรือรับรองเนื้อหา ตัด HTML รูปภาพ และสคริปต์ออกแล้ว ลิงก์จะพาออกนอกเว็บ

amr-mcp

An MCP server that lets AI assistants (Claude, Codex, Cursor…) query antimicrobial resistance (AMR) data from public, free sources:

NCBI Reference Gene Catalog, the curated database behind AMRFinderPlus: ~11,500 AMR genes, point mutations, stress and virulence genes
NCBI E-utilities: protein and nucleotide sequences, PubMed references
UniProtKB: protein function, keywords and cross-references
AMRFinderPlus (optional, if installed locally): screen your own genomes

All data sources are public domain or freely accessible; no API keys are required.

Demo

Claude Code answering the first example question below: the server looks up blaKPC-2 in the catalog, counts the species NCBI has found it in, pulls the protein sequence and resolves the original paper.

Example questions

Which species carry the KPC-2 carbapenemase, what is the original paper describing it, and what does its protein sequence look like?

Summarise the carbapenemase gene families in the catalog and how many variants each has.

Give me the protein sequence of mcr-1.1 and its UniProt function annotation.

Run AMRFinderPlus on ~/data/isolate_17.fasta as *Escherichia* and explain the hits by drug class.

Tools

Tool	What it does
`search_amr_genes`	Search by text, drug class, subclass, organism or element type; `group_by_family` for broad searches
`get_amr_gene`	Exact record for an allele (`blaKPC-2`) or summary of a family (`blaKPC`)
`list_drug_classes`	Drug classes and how many catalog entries each has
`catalog_info`	Catalog version and size
`fetch_sequence`	Protein or nucleotide FASTA from NCBI by accession
`get_protein_hosts`	Species in which NCBI has sequenced an exact protein (Identical Protein Groups)
`get_pubmed_references`	Title, journal, authors and DOI for PubMed IDs
`search_uniprot` / `get_uniprot_entry`	UniProtKB search and entry details
`run_amrfinder`	Run a local AMRFinderPlus install on a FASTA file

Installation

Run it with uv (no install step needed), or pip install amr-mcp.

Claude Code

claude mcp add amr -- uvx amr-mcp

Claude Desktop

Add to claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "uvx", "args": ["amr-mcp"] } } }

Without uv: pipx

pipx install amr-mcp

which amr-mcp # e.g. /Users/you/.local/bin/amr-mcp

Then use that absolute path as the command, for example in claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "/Users/you/.local/bin/amr-mcp" } } }

Desktop apps don't inherit your shell's PATH, so if Claude Desktop can't start the server, use the absolute path for the command (this applies to uvx too: run which uvx to get it).

Agent skill (optional)

skills/amr-research/SKILL.md tells the agent when to reach for these tools and how to chain them (gene → hosts → sequence → paper, family overviews, genome screening), plus the pitfalls to avoid. It works with any agent that reads SKILL.md files (Claude Code, Cursor, Codex, Copilot…):

npx skills add pabloestepaa/amr-mcp

Or copy the folder by hand, e.g. to ~/.claude/skills/amr-research/ for Claude Code. The skill uses the MCP server above, so install that too.

Configuration

Variable	Purpose
`NCBI_API_KEY`	Optional, free. Raises the NCBI rate limit from 3 to 10 requests/s
`NCBI_EMAIL`	Optional. Contact e-mail NCBI asks tools to send
`AMR_MCP_CACHE_DIR`	Where the catalog is cached (default `~/.cache/amr-mcp`, refreshed every 30 days)

To enable run_amrfinder: conda install -c bioconda ncbi-amrfinderplus && amrfinder -u.

Development

python -m venv .venv && .venv/bin/pip install -e ".[dev]"

.venv/bin/pytest -m "not network" # offline tests .venv/bin/pytest # also hits the live NCBI/UniProt APIs

Data licensing

The NCBI Reference Gene Catalog and NCBI sequence data are US government works in the public domain. UniProt data is available under CC BY 4.0. Please cite the original sources when you publish results:

Feldgarden M, et al. *AMRFinderPlus and the Reference Gene Catalog facilitate examination of the genomic links among antimicrobial resistance, stress response, and virulence.* Sci Rep. 2021.
The UniProt Consortium. *UniProt: the Universal Protein Knowledgebase.* Nucleic Acids Res.

License

MIT

Developed with AI assistance (Claude Code); all code reviewed and tested by the author.

AMR (antimicrobial resistance)

ภาพรวม

สามเสาของ PopNx MCP

ใช้ทำอะไรได้

ติดตั้ง

ก่อนติดตั้ง

ค่าที่ต้องใส่เอง

ทำอะไรได้บ้าง

ผลตรวจเบื้องต้นi

ตัวตนผู้ทำตรงกับ repo

ยังมีคนดูแล

มีสัญญาอนุญาต (license)

endpoint ตอบ

ล็อกอินแบบ OAuth

คำอธิบายเครื่องมือไม่มีคำสั่งแอบแฝง

เทียบกับตัวอื่นในหมวด อื่น ๆi

คำถามที่พบบ่อย

ตัวที่ใช้แทนได้

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

ProAgentStore

README จากผู้ทำ

amr-mcp

Demo

Example questions

Tools

Installation

Claude Code

Claude Desktop

Without uv: pipx

Agent skill (optional)

Configuration

Development

Data licensing

License