Mirobody
Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.
คำอธิบายจากผู้ทำ (ภาษาอังกฤษตามต้นฉบับ)
Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.
สามเรื่องนี้ไม่รวมเป็นคะแนนเดียว เพราะความเห็น การวัด และความนิยม เป็นคนละเรื่องกัน
ตัวนี้ยังไม่ได้เรียบเรียงเป็นภาษาไทย ด้านล่างคือข้อเท็จจริงที่เราอ่านจาก registry
เลือกโปรแกรม AI ที่คุณใช้ แล้วคัดลอกค่าตั้งไปวาง
ANALYSIS_BIOWASM, ANALYSIS_R, DB_TYPE, NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEYค่าที่ติดป้ายความลับคือกุญแจของบัญชีคุณ อย่าส่งให้ใคร และอย่าวางในแชต
ต้องเตรียมก่อน
คุณใช้แอปไหน
เลือกแอปด้านบน เราจำไว้ให้ ครั้งหน้าปุ่มจะขึ้นว่า “ติดตั้งลง …”
เปิด Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config แล้ววางค่านี้ในไฟล์ claude_desktop_config.json
{
"mcpServers": {
"biomcp-ts": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"biomcp"
],
"env": {
"ANALYSIS_BIOWASM": "ใส่ค่าของคุณ",
"ANALYSIS_R": "ใส่ค่าของคุณ",
"DB_TYPE": "ใส่ค่าของคุณ",
"NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"S2_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"OPENFDA_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"ONCOKB_TOKEN": "ใส่ค่าของคุณ",
"DISGENET_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ"
}
}
}
}พิมพ์คำสั่งนี้ใน Terminal
claude mcp add biomcp-ts --env ANALYSIS_BIOWASM='ใส่ค่าของคุณ' --env ANALYSIS_R='ใส่ค่าของคุณ' --env DB_TYPE='ใส่ค่าของคุณ' --env NCBI_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' --env S2_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' --env OPENFDA_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' --env ONCOKB_TOKEN='ใส่ค่าของคุณ' --env DISGENET_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' -- npx -y biomcpเติมค่าที่เว้นว่างไว้ก่อนรัน
วางในไฟล์ .cursor/mcp.json ของโปรเจกต์ หรือ ~/.cursor/mcp.json
{
"mcpServers": {
"biomcp-ts": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"biomcp"
],
"env": {
"ANALYSIS_BIOWASM": "ใส่ค่าของคุณ",
"ANALYSIS_R": "ใส่ค่าของคุณ",
"DB_TYPE": "ใส่ค่าของคุณ",
"NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"S2_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"OPENFDA_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"ONCOKB_TOKEN": "ใส่ค่าของคุณ",
"DISGENET_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ"
}
}
}
}เบราว์เซอร์จะถามก่อนเปิดแอป จากนั้นแอปแสดงค่าตั้งให้ตรวจแล้วกดยืนยัน ช่อง key เว้นว่างไว้ให้คุณใส่เอง
วางในไฟล์ .vscode/mcp.json ของโปรเจกต์
{
"servers": {
"biomcp-ts": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"biomcp"
],
"env": {
"ANALYSIS_BIOWASM": "ใส่ค่าของคุณ",
"ANALYSIS_R": "ใส่ค่าของคุณ",
"DB_TYPE": "ใส่ค่าของคุณ",
"NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"S2_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"OPENFDA_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
"ONCOKB_TOKEN": "ใส่ค่าของคุณ",
"DISGENET_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ"
}
}
}
}เบราว์เซอร์จะถามก่อนเปิดแอป จากนั้นแอปแสดงค่าตั้งให้ตรวจแล้วกดยืนยัน ช่อง key เว้นว่างไว้ให้คุณใส่เอง
ตัวนี้รันในเครื่องคุณ แต่ ChatGPT ต่อได้เฉพาะ server บนอินเทอร์เน็ต ลองเลือกแอปอื่น
ตัวเลือกเก็บในคุกกี้บนเครื่องนี้ ไม่ต้องมีบัญชี
ANALYSIS_BIOWASM envANALYSIS_R envDB_TYPE envค่าตั้งนี้สร้างจากข้อมูลใน registry ของผู้ทำ ถ้าไม่ตรงกับ README ให้เชื่อ README
รันในเครื่องคุณ รายการเครื่องมือจะขึ้นในแอป AI หลังติดตั้ง
เราตรวจจากข้อมูลที่ใครก็เปิดดูได้ ยังไม่ได้อ่านโค้ด ข้อที่ไม่เกี่ยวกับตัวนี้ไม่นับในตัวหาร · ตรวจเมื่อ 9 พ.ย. 2569
ชื่อใน registry ยืนยันด้วยบัญชี GitHub yeyuan98 ซึ่งเป็นเจ้าของ repo
ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub
ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub
ตัวนี้รันบนเครื่องคุณ ไม่มี endpoint บนอินเทอร์เน็ต
ตัวนี้รันบนเครื่อง ใช้ค่าที่ตั้งในเครื่องแทน
รันในเครื่องคุณ เราอ่านรายการเครื่องมือได้เฉพาะตัวที่มี endpoint บนอินเทอร์เน็ต
เทียบกับทุก server ที่ยังใช้งานในหมวดนี้ทั้งทะเบียน ดาวนับเฉพาะเมื่อผู้ลงทะเบียนเป็นเจ้าของ repo
จากการตรวจเบื้องต้นของเรา ผ่าน 1 จาก 1 ข้อที่ตรวจได้ เรายังไม่ได้อ่านโค้ด ก่อนใส่กุญแจหรือ token ให้ดูว่า server ขอสิทธิ์อะไร และเลือกกุญแจที่ทำได้เท่าที่จำเป็น
ต้องใส่ค่าเหล่านี้: NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY
รันบนเครื่องของคุณ โปรแกรม AI จะเปิด server ขึ้นมาเองเมื่อใช้ ข้อมูลไม่ต้องผ่านเซิร์ฟเวอร์ของผู้ทำ (ยกเว้นตัวที่ไปเรียกบริการออนไลน์ต่อ)
repo บน GitHub มีการแก้โค้ดล่าสุด – และส่งรุ่นล่าสุด (1.4.3) เข้า registry 2 เดือนที่ผ่านมา
โปรแกรมที่รองรับ MCP เช่น Claude Desktop, Claude Code, Cursor และ VS Code ตัวนี้ต้องมี Node.js ในเครื่องด้วย
ในหมวดเดียวกันมี Mirobody, FHIR MCP Server, Google Health MCP
server หมวดเดียวกันจากผู้ทำคนอื่น เรียงตามดาว
อ่านการ์ด:↓ ดาวน์โหลดต่อสัปดาห์i★ ดาว GitHubiสามเสา: รีวิว · ผลตรวจ · การใช้งานiอัปเดต = วันที่ส่งรุ่นล่าสุดเข้า registryi
Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.
MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications
Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents
ส่วนนี้คัดจาก repo ของผู้ทำตามต้นฉบับ PopNx MCP ไม่ได้ตรวจหรือรับรองเนื้อหา ตัด HTML รูปภาพ และสคริปต์ออกแล้ว ลิงก์จะพาออกนอกเว็บ
Democratizing agentic access to bioinformatics and biopharmaceutical databases and analyses.
npx -y biomcp doctor # diagnose a machine: Node gate, config health, feature gates, peer deps
npx biomcp # zero-config stdio MCP server (this is what MCP clients run); Node >= 22.13
Setup is guided in [docs/AGENT-INSTALL.md](docs/AGENT-INSTALL.md) — a one-minute start, copy-paste config entries for Claude Desktop, Claude Code, Codex, and OpenCode (one canonical pinned command covering every feature), biomcp doctor as the single troubleshooting entry point, and agent-friendly paths for API keys and optional features.
Multiple agents on one machine: biomcp enforces arXiv's Terms-of-Use rate limit (1 request / 3 s) per process. When running multiple biomcp MCP instances on one machine (e.g., one stdio instance per agent), rate limits are not coordinated across processes, and arXiv's TOU applies to all your machines in aggregate. For multi-agent single-machine deployments, run a single shared biomcp serve daemon (see docs/SELF-HOSTING.md) so all agents share one process and one global rate limiter.
Full tool schemas (params, enums, defaults) live in src/server/README.md.
| Tool | Description |
|---|---|
gene_search | Search genes by symbol, name, or keyword with chromosome filter |
gene_get | Get detailed gene info by HGNC symbol with optional sections (core, pathways, protein, ontology, go, interactions, expression, protein_atlas, constraint, druggability, dosage_sensitivity, clinical_evidence, disease_associations, diseases, funding). Set smart=true to auto-resolve gene aliases (e.g., "HER2" → "ERBB2") |
gene_diseases | Get diseases associated with a gene (DisGeNET / OpenTargets) |
gene_drugs | Find drugs targeting a gene (OpenTargets; envelope { results, warnings?, errors? } — OpenTargets failures and unresolved genes ride in errors[], never as inline rows) |
gene_trials | Find clinical trials for a gene |
gene_articles | Find articles about a gene (federated across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, LitSense; envelope { results, warnings?, errors? } — per-backend failures ride in errors) |
gene_enrich | Pathway enrichment analysis for a gene list (Reactome) |
| Tool | Description |
|---|---|
variant_search | Search variants by rsid, HGVS, gene, ClinVar significance, frequency, CADD |
variant_get | Get detailed variant info with optional sections (frequency, predictions, clinical; alphagenome_scores currently returns an unavailability error pending reimplementation) |
variant_oncokb | Get OncoKB cancer variant annotations (requires ONCOKB_TOKEN) |
variant_trials | Find clinical trials for a variant |
| Tool | Description |
|---|---|
drug_search | Search drugs by name, mechanism, or keyword (envelope { results, hint? } — when nothing matches, hint points mechanism/target queries at gene_drugs) |
drug_get | Get detailed drug info with optional sections (us_regulatory, who_regulatory, safety, targets, indications, adverse_events — FDA FAERS reactions ranked by report count; WHO PQ listing lookup, ~650 global-health priority products) |
drug_trials | Find clinical trials for a drug |
| Tool | Description |
|---|---|
disease_search | Search diseases by name, phenotype, or keyword (envelope { results, warnings?, errors? }) |
disease_get | Get detailed disease info by ID (DOID, MONDO, OMIM, etc.) with optional sections (gene_associations, phenotypes, pathways) |
disease_drugs | Get drugs for a disease (OpenTargets; envelope { results, warnings?, errors? } — OpenTargets failures and unresolved diseases ride in errors[], never as inline rows) |
disease_trials | Get clinical trials for a disease (ClinicalTrials.gov; envelope { results, warnings?, errors? }) |
| Tool | Description |
|---|---|
article_search | Federated literature search across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, and LitSense with optional date range filtering; source: "preprint_only" switches to bioRxiv+medRxiv preprints only (abstracts, citation counts, date filtering). Result records carry journal_issn |
article_get | Get detailed article info by identifier (PMID, PMCID, DOI, or bioRxiv/medRxiv preprint DOI) with optional sections: fulltext (the complete article text when freely readable in PMC/Europe PMC — open-access AND free-to-read articles; by default (fulltext_output="file") written to a server-side markdown file with the reply carrying file_path + an outline of headings with line numbers and char counts for selective Read/Grep, keeping body text out of the agent context; fulltext_output="inline" returns capped text sections via fulltext_max_chars, default 40000), oa (open-access/license metadata and links: status open_access/free_to_read/paywalled/not_in_pmc/unknown, license, pmc/pdf/doi links), annotations, graph (citation graph), citation (fast/full citation data; Europe PMC citations for preprints). all excludes fulltext. Preprint records include all versions, license, category, funders, JATS full-text URL (link only — use preprint_fulltext for the text), and published-version mapping. The record carries journal_issn |
preprint_fulltext | On-demand bioRxiv/medRxiv preprint full text (JATS XML parsed to sections), by preprint DOI with optional version (default: latest). Strictly on-demand (never during search), downloads are paced (≥3 s spacing), cached per (doi, version) — JATS per version is immutable — and license-aware (cc_by → cc by + CC URL on every reply; the per-article license governs reuse). www.biorxiv.org rate-limits aggressively: on a 429/Cloudflare verdict all downloads pause ≥60 s (Retry-After honored) and calls during the cooldown get an honest rate_limited envelope with retry_after_sec; cached copies keep serving instantly. output="file" (default) writes a server-side markdown file (file_path + outline); output="inline" returns capped sections (fulltext_max_chars). Corpus-scale: use the bioRxiv/medRxiv monthly S3 buckets (https://www.biorxiv.org/tdm) |
journal_metrics | OpenAlex journal quality metrics (2yr mean citedness — an open-access impact-factor alternative), h-index, quality lists; by name, NLM abbreviation, or ISSN |
| Tool | Description |
|---|---|
trial_search | Search clinical trials by condition, intervention, status, or phase. Cursor-based pagination via page_token |
trial_get | Get detailed trial info by NCT ID with optional sections (eligibility, locations, outcomes) |
| Tool | Description |
|---|---|
discover | Free-text concept resolution across all entity types |
batch_get | Retrieve multiple entities in parallel |
| Tool | Description |
|---|---|
pdb | Search PDB structures, get entry metadata with optional sections (polymer entities, ligands, assembly, experiment, citation), and download structure files (mmCIF/PDB) |
| Tool | Description |
|---|---|
patent_search | Search patents worldwide (US, EP, WO, JP, 100+ authorities) with assignee/inventor/CPC/status/date filters and relevance ranking (sort_by). Quote exact multi-word concepts (e.g. "flow cytometry"). Foundational prior art is auto-discovered via co-citation mining (seminal_prior_art; disable with seminal: false). Default backends: USPTO Public Search full-text (US, keyless, relevance-ranked) + EPO OPS (worldwide, keyed); uspto_odp (US bibliographic metadata) and google_patents (best-effort) available via source |
patent_get | Get patent details by publication number with sections: abstract, claims (US fulltext via USPTO Public Search; EP/WO via EPO OPS when configured, otherwise Google Patents pages), citations (forward + backward), family, classifications |
| Tool | Description |
|---|---|
geo_search | Search NCBI GEO for functional genomics studies (expression microarrays, RNA-seq, single-cell series) by entry type (GSE/GSM/GPL/GDS) and organism; results carry cross-links (bioproject, pubmed_ids; sra_project when NCBI links the SRA study — otherwise geo_get's sra field) for chaining |
geo_get | Get the full SOFT record for a GEO series/sample/platform: summary, organisms, sample preview (≤20), supplementary file URLs, and cross-references; optionally download the first supplementary file. GDS curated DataSets return structured guidance ({ accession, guidance, see_also: { series, sample } }) pointing at the underlying GSE/GSM instead of a record |
| Tool | Description |
|---|---|
sra_search | Search NCBI's Sequence Read Archive for sequencing experiments and runs by free text, accession, or field syntax; returns experiment/study/sample accessions with library strategy and run counts |
sra_get | Get full details for an SRA accession: run (SRR/ERR/DRR — instrument, spots, bases, size), experiment (SRX/ERX/DRX — library design), study (SRP/ERP/DRP — experiment list), or sample (SRS/ERS/DRS); NCBI SRA indexes NCBI, ENA, and DDBJ accessions alike |
| Tool | Description |
|---|---|
genbank_search | Search NCBI nucleotide records (GenBank/RefSeq/INSDC) by plain terms, accession, or field syntax; results include accession.version, definition, length, organism, topology |
genbank_get | Fetch a GenBank/RefSeq record as GenBank flat file or FASTA; whole records capped at 2 Mb — larger records require a seq_start/seq_stop region (up to 10 Mb, reverse-strand via strand=2) |
genbank_genes | Map a GenBank/RefSeq accession to its NCBI Gene IDs (elink nuccore→gene) for bridging into gene tools |
| Tool | Description |
|---|---|
gtex_expression | Get median gene expression across GTEx tissues (Analysis v10, 54 tissue sites, TPM, highest first); accepts HGNC symbol or Ensembl gene ID, with optional single-tissue filter |
gtex_eqtl | Get significant cis-eQTL associations for a gene in a specific GTEx tissue (v10): variant_id, p_value, NES, slope, sorted by ascending p-value |
| Tool | Description |
|---|
| `e
ตัดมาแค่ช่วงต้น อ่านต่อใน repo