ต้นแบบ · รุ่นทดลอง: มีทุก server ในทะเบียนทางการ อัปเดตทุก 30 นาที รีวิวและบัญชีผู้ใช้จะมาในขั้นถัดไป
PopNx MCPที่รวม MCP สำหรับคนใช้ AI · อธิบายเป็นภาษาคน

BioMCP-TS

โดย yeyuan98รุ่น 1.4.3i★ –iรันบนเครื่อง
ชื่อใน registryio.github.yeyuan98/biomcp-ts

ติดตั้ง

ภาพรวม

คำอธิบายจากผู้ทำ (ภาษาอังกฤษตามต้นฉบับ)

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

สามเสาของ PopNx MCP

สามเรื่องนี้ไม่รวมเป็นคะแนนเดียว เพราะความเห็น การวัด และความนิยม เป็นคนละเรื่องกัน

ใช้ทำอะไรได้

ตัวนี้ยังไม่ได้เรียบเรียงเป็นภาษาไทย ด้านล่างคือข้อเท็จจริงที่เราอ่านจาก registry

  • การเชื่อมต่อ: รันบนเครื่อง
  • ช่องทาง (transport): stdio
  • หมวด: คลินิกและสุขภาพ
  • ต้องใส่ค่าเหล่านี้: NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

ติดตั้ง

เลือกโปรแกรม AI ที่คุณใช้ แล้วคัดลอกค่าตั้งไปวาง

ก่อนติดตั้ง

  • ผลตรวจเบื้องต้น: ผ่าน 1 จาก 1 ข้อ
  • รันในเครื่องคุณด้วยสิทธิ์ของผู้ใช้คุณ (ไฟล์ อินเทอร์เน็ต แอปต่าง ๆ)
  • ค่าที่คุณต้องใส่เอง: ANALYSIS_BIOWASM, ANALYSIS_R, DB_TYPE, NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

ค่าที่ติดป้ายความลับคือกุญแจของบัญชีคุณ อย่าส่งให้ใคร และอย่าวางในแชต

ต้องเตรียมก่อน

  • npmติดตั้ง Node.js (มีคำสั่ง npx) ในเครื่อง

คุณใช้แอปไหน

เลือกแอปด้านบน เราจำไว้ให้ ครั้งหน้าปุ่มจะขึ้นว่า “ติดตั้งลง …”

เปิด Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config แล้ววางค่านี้ในไฟล์ claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "ใส่ค่าของคุณ",
        "ANALYSIS_R": "ใส่ค่าของคุณ",
        "DB_TYPE": "ใส่ค่าของคุณ",
        "NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "S2_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "OPENFDA_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "ONCOKB_TOKEN": "ใส่ค่าของคุณ",
        "DISGENET_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ"
      }
    }
  }
}

พิมพ์คำสั่งนี้ใน Terminal

claude mcp add biomcp-ts --env ANALYSIS_BIOWASM='ใส่ค่าของคุณ' --env ANALYSIS_R='ใส่ค่าของคุณ' --env DB_TYPE='ใส่ค่าของคุณ' --env NCBI_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' --env S2_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' --env OPENFDA_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' --env ONCOKB_TOKEN='ใส่ค่าของคุณ' --env DISGENET_API_KEY='ใส่ค่าของคุณ' -- npx -y biomcp

เติมค่าที่เว้นว่างไว้ก่อนรัน

เปิดใน Cursor

หรือคัดลอกค่าตั้งเอง

วางในไฟล์ .cursor/mcp.json ของโปรเจกต์ หรือ ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "ใส่ค่าของคุณ",
        "ANALYSIS_R": "ใส่ค่าของคุณ",
        "DB_TYPE": "ใส่ค่าของคุณ",
        "NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "S2_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "OPENFDA_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "ONCOKB_TOKEN": "ใส่ค่าของคุณ",
        "DISGENET_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ"
      }
    }
  }
}

เบราว์เซอร์จะถามก่อนเปิดแอป จากนั้นแอปแสดงค่าตั้งให้ตรวจแล้วกดยืนยัน ช่อง key เว้นว่างไว้ให้คุณใส่เอง

เปิดใน VS Code

หรือคัดลอกค่าตั้งเอง

วางในไฟล์ .vscode/mcp.json ของโปรเจกต์

{
  "servers": {
    "biomcp-ts": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "ใส่ค่าของคุณ",
        "ANALYSIS_R": "ใส่ค่าของคุณ",
        "DB_TYPE": "ใส่ค่าของคุณ",
        "NCBI_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "S2_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "OPENFDA_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ",
        "ONCOKB_TOKEN": "ใส่ค่าของคุณ",
        "DISGENET_API_KEY": "ใส่ค่าของคุณ"
      }
    }
  }
}

เบราว์เซอร์จะถามก่อนเปิดแอป จากนั้นแอปแสดงค่าตั้งให้ตรวจแล้วกดยืนยัน ช่อง key เว้นว่างไว้ให้คุณใส่เอง

ตัวนี้รันในเครื่องคุณ แต่ ChatGPT ต่อได้เฉพาะ server บนอินเทอร์เน็ต ลองเลือกแอปอื่น

ตัวเลือกเก็บในคุกกี้บนเครื่องนี้ ไม่ต้องมีบัญชี

ค่าที่ต้องใส่เอง

  • ANALYSIS_BIOWASM env
    Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
  • ANALYSIS_R env
    Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
  • DB_TYPE env
    Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools
  • NCBI_API_KEY ความลับ env
    Higher NCBI E-utilities rate limits (3 -> 10 req/s)
  • S2_API_KEY ความลับ env
    Higher Semantic Scholar rate limits
  • OPENFDA_API_KEY ความลับ env
    Higher OpenFDA rate limits
  • ONCOKB_TOKEN ความลับ env
    Required by the variant_oncokb tool (OncoKB annotations)
  • DISGENET_API_KEY ความลับ env
    Required for DisGeNET disease-gene associations

ค่าตั้งนี้สร้างจากข้อมูลใน registry ของผู้ทำ ถ้าไม่ตรงกับ README ให้เชื่อ README

ทำอะไรได้บ้าง

รันในเครื่องคุณ รายการเครื่องมือจะขึ้นในแอป AI หลังติดตั้ง

ผลตรวจเบื้องต้นi

เราตรวจจากข้อมูลที่ใครก็เปิดดูได้ ยังไม่ได้อ่านโค้ด ข้อที่ไม่เกี่ยวกับตัวนี้ไม่นับในตัวหาร · ตรวจเมื่อ 9 พ.ย. 2569

  • ✓ ผ่าน

    ตัวตนผู้ทำตรงกับ repo

    ชื่อใน registry ยืนยันด้วยบัญชี GitHub yeyuan98 ซึ่งเป็นเจ้าของ repo

  • … ยังไม่ตรวจ

    ยังมีคนดูแล

    ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub

  • … ยังไม่ตรวจ

    มีสัญญาอนุญาต (license)

    ยังไม่ได้อ่านข้อมูล repo จาก GitHub

  • – ไม่เกี่ยว

    endpoint ตอบ

    ตัวนี้รันบนเครื่องคุณ ไม่มี endpoint บนอินเทอร์เน็ต

  • – ไม่เกี่ยว

    ล็อกอินแบบ OAuth

    ตัวนี้รันบนเครื่อง ใช้ค่าที่ตั้งในเครื่องแทน

  • … ยังไม่ตรวจ

    คำอธิบายเครื่องมือไม่มีคำสั่งแอบแฝง

    รันในเครื่องคุณ เราอ่านรายการเครื่องมือได้เฉพาะตัวที่มี endpoint บนอินเทอร์เน็ต

เทียบกับตัวอื่นในหมวด คลินิกและสุขภาพi

  • ดาวมากกว่า 0% ของอีก 1032 ตัวในหมวดนี้
  • ส่งรุ่นใหม่เข้า registry ล่าสุดกว่า 37% ของอีก 1032 ตัวในหมวดนี้
  • ผลตรวจเบื้องต้นดีกว่าหรือเท่ากับ 100% ของอีก 1032 ตัวในหมวดนี้

เทียบกับทุก server ที่ยังใช้งานในหมวดนี้ทั้งทะเบียน ดาวนับเฉพาะเมื่อผู้ลงทะเบียนเป็นเจ้าของ repo

คำถามที่พบบ่อย

BioMCP-TS ปลอดภัยไหม?

จากการตรวจเบื้องต้นของเรา ผ่าน 1 จาก 1 ข้อที่ตรวจได้ เรายังไม่ได้อ่านโค้ด ก่อนใส่กุญแจหรือ token ให้ดูว่า server ขอสิทธิ์อะไร และเลือกกุญแจที่ทำได้เท่าที่จำเป็น

ต้องใช้กุญแจหรือรหัสอะไรบ้าง?

ต้องใส่ค่าเหล่านี้: NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

ตัวนี้รันบนเครื่องหรือบนคลาวด์?

รันบนเครื่องของคุณ โปรแกรม AI จะเปิด server ขึ้นมาเองเมื่อใช้ ข้อมูลไม่ต้องผ่านเซิร์ฟเวอร์ของผู้ทำ (ยกเว้นตัวที่ไปเรียกบริการออนไลน์ต่อ)

ยังมีคนดูแลอยู่ไหม?

repo บน GitHub มีการแก้โค้ดล่าสุด – และส่งรุ่นล่าสุด (1.4.3) เข้า registry 2 เดือนที่ผ่านมา

ใช้กับโปรแกรมไหนได้บ้าง?

โปรแกรมที่รองรับ MCP เช่น Claude Desktop, Claude Code, Cursor และ VS Code ตัวนี้ต้องมี Node.js ในเครื่องด้วย

มีตัวไหนใช้แทนได้บ้าง?

ในหมวดเดียวกันมี Mirobody, FHIR MCP Server, Google Health MCP

ตัวที่ใช้แทนได้

server หมวดเดียวกันจากผู้ทำคนอื่น เรียงตามดาว

อ่านการ์ด:↓ ดาวน์โหลดต่อสัปดาห์i★ ดาว GitHubiสามเสา: รีวิว · ผลตรวจ · การใช้งานiอัปเดต = วันที่ส่งรุ่นล่าสุดเข้า registryi

Mirobody

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

โดย thetahealthกำลังโต↓ 290/สัปดาห์★ 1.4Kอัปเดต เมื่อวาน

รันบนเครื่อง✓ thetahealth.ai

FHIR MCP Server

MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications

โดย wso2กำลังโต↓ 823/สัปดาห์★ 137อัปเดต 11 วันที่ผ่านมา

รันบนเครื่อง

Google Health MCP

Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents

โดย davidmosiahกำลังโต↓ 1K/สัปดาห์★ 79อัปเดต 4 เดือนที่ผ่านมา

รันบนเครื่อง

README จากผู้ทำ

เปิดอ่าน README

ส่วนนี้คัดจาก repo ของผู้ทำตามต้นฉบับ PopNx MCP ไม่ได้ตรวจหรือรับรองเนื้อหา ตัด HTML รูปภาพ และสคริปต์ออกแล้ว ลิงก์จะพาออกนอกเว็บ

BioMCP

Highlights

Democratizing agentic access to bioinformatics and biopharmaceutical databases and analyses.

  • Section-based federated access to 50+ bioinformatics, pharmaceutical, and patent databases
  • Optional toolboxes for local database curation and dependency-free analysis with Bioconductor and SAM/BED/BCFtools — no R installation, C toolchain, or containers
  • Concrete example vignettes, developed fully in the open

Install

npx -y biomcp doctor   # diagnose a machine: Node gate, config health, feature gates, peer deps

npx biomcp # zero-config stdio MCP server (this is what MCP clients run); Node >= 22.13

Setup is guided in [docs/AGENT-INSTALL.md](docs/AGENT-INSTALL.md) — a one-minute start, copy-paste config entries for Claude Desktop, Claude Code, Codex, and OpenCode (one canonical pinned command covering every feature), biomcp doctor as the single troubleshooting entry point, and agent-friendly paths for API keys and optional features.

Multiple agents on one machine: biomcp enforces arXiv's Terms-of-Use rate limit (1 request / 3 s) per process. When running multiple biomcp MCP instances on one machine (e.g., one stdio instance per agent), rate limits are not coordinated across processes, and arXiv's TOU applies to all your machines in aggregate. For multi-agent single-machine deployments, run a single shared biomcp serve daemon (see docs/SELF-HOSTING.md) so all agents share one process and one global rate limiter.

Available Tools

Full tool schemas (params, enums, defaults) live in src/server/README.md.

Gene (7)
ToolDescription
gene_searchSearch genes by symbol, name, or keyword with chromosome filter
gene_getGet detailed gene info by HGNC symbol with optional sections (core, pathways, protein, ontology, go, interactions, expression, protein_atlas, constraint, druggability, dosage_sensitivity, clinical_evidence, disease_associations, diseases, funding). Set smart=true to auto-resolve gene aliases (e.g., "HER2" → "ERBB2")
gene_diseasesGet diseases associated with a gene (DisGeNET / OpenTargets)
gene_drugsFind drugs targeting a gene (OpenTargets; envelope { results, warnings?, errors? } — OpenTargets failures and unresolved genes ride in errors[], never as inline rows)
gene_trialsFind clinical trials for a gene
gene_articlesFind articles about a gene (federated across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, LitSense; envelope { results, warnings?, errors? } — per-backend failures ride in errors)
gene_enrichPathway enrichment analysis for a gene list (Reactome)
Variant (4)
ToolDescription
variant_searchSearch variants by rsid, HGVS, gene, ClinVar significance, frequency, CADD
variant_getGet detailed variant info with optional sections (frequency, predictions, clinical; alphagenome_scores currently returns an unavailability error pending reimplementation)
variant_oncokbGet OncoKB cancer variant annotations (requires ONCOKB_TOKEN)
variant_trialsFind clinical trials for a variant
Drug (3)
ToolDescription
drug_searchSearch drugs by name, mechanism, or keyword (envelope { results, hint? } — when nothing matches, hint points mechanism/target queries at gene_drugs)
drug_getGet detailed drug info with optional sections (us_regulatory, who_regulatory, safety, targets, indications, adverse_events — FDA FAERS reactions ranked by report count; WHO PQ listing lookup, ~650 global-health priority products)
drug_trialsFind clinical trials for a drug
Disease (4)
ToolDescription
disease_searchSearch diseases by name, phenotype, or keyword (envelope { results, warnings?, errors? })
disease_getGet detailed disease info by ID (DOID, MONDO, OMIM, etc.) with optional sections (gene_associations, phenotypes, pathways)
disease_drugsGet drugs for a disease (OpenTargets; envelope { results, warnings?, errors? } — OpenTargets failures and unresolved diseases ride in errors[], never as inline rows)
disease_trialsGet clinical trials for a disease (ClinicalTrials.gov; envelope { results, warnings?, errors? })
Article (4)
ToolDescription
article_searchFederated literature search across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, and LitSense with optional date range filtering; source: "preprint_only" switches to bioRxiv+medRxiv preprints only (abstracts, citation counts, date filtering). Result records carry journal_issn
article_getGet detailed article info by identifier (PMID, PMCID, DOI, or bioRxiv/medRxiv preprint DOI) with optional sections: fulltext (the complete article text when freely readable in PMC/Europe PMC — open-access AND free-to-read articles; by default (fulltext_output="file") written to a server-side markdown file with the reply carrying file_path + an outline of headings with line numbers and char counts for selective Read/Grep, keeping body text out of the agent context; fulltext_output="inline" returns capped text sections via fulltext_max_chars, default 40000), oa (open-access/license metadata and links: status open_access/free_to_read/paywalled/not_in_pmc/unknown, license, pmc/pdf/doi links), annotations, graph (citation graph), citation (fast/full citation data; Europe PMC citations for preprints). all excludes fulltext. Preprint records include all versions, license, category, funders, JATS full-text URL (link only — use preprint_fulltext for the text), and published-version mapping. The record carries journal_issn
preprint_fulltextOn-demand bioRxiv/medRxiv preprint full text (JATS XML parsed to sections), by preprint DOI with optional version (default: latest). Strictly on-demand (never during search), downloads are paced (≥3 s spacing), cached per (doi, version) — JATS per version is immutable — and license-aware (cc_by → cc by + CC URL on every reply; the per-article license governs reuse). www.biorxiv.org rate-limits aggressively: on a 429/Cloudflare verdict all downloads pause ≥60 s (Retry-After honored) and calls during the cooldown get an honest rate_limited envelope with retry_after_sec; cached copies keep serving instantly. output="file" (default) writes a server-side markdown file (file_path + outline); output="inline" returns capped sections (fulltext_max_chars). Corpus-scale: use the bioRxiv/medRxiv monthly S3 buckets (https://www.biorxiv.org/tdm)
journal_metricsOpenAlex journal quality metrics (2yr mean citedness — an open-access impact-factor alternative), h-index, quality lists; by name, NLM abbreviation, or ISSN
Trial (2)
ToolDescription
trial_searchSearch clinical trials by condition, intervention, status, or phase. Cursor-based pagination via page_token
trial_getGet detailed trial info by NCT ID with optional sections (eligibility, locations, outcomes)
Utility (2)
ToolDescription
discoverFree-text concept resolution across all entity types
batch_getRetrieve multiple entities in parallel
Structural Biology (1)
ToolDescription
pdbSearch PDB structures, get entry metadata with optional sections (polymer entities, ligands, assembly, experiment, citation), and download structure files (mmCIF/PDB)
Patents (2)
ToolDescription
patent_searchSearch patents worldwide (US, EP, WO, JP, 100+ authorities) with assignee/inventor/CPC/status/date filters and relevance ranking (sort_by). Quote exact multi-word concepts (e.g. "flow cytometry"). Foundational prior art is auto-discovered via co-citation mining (seminal_prior_art; disable with seminal: false). Default backends: USPTO Public Search full-text (US, keyless, relevance-ranked) + EPO OPS (worldwide, keyed); uspto_odp (US bibliographic metadata) and google_patents (best-effort) available via source
patent_getGet patent details by publication number with sections: abstract, claims (US fulltext via USPTO Public Search; EP/WO via EPO OPS when configured, otherwise Google Patents pages), citations (forward + backward), family, classifications
GEO (2)
ToolDescription
geo_searchSearch NCBI GEO for functional genomics studies (expression microarrays, RNA-seq, single-cell series) by entry type (GSE/GSM/GPL/GDS) and organism; results carry cross-links (bioproject, pubmed_ids; sra_project when NCBI links the SRA study — otherwise geo_get's sra field) for chaining
geo_getGet the full SOFT record for a GEO series/sample/platform: summary, organisms, sample preview (≤20), supplementary file URLs, and cross-references; optionally download the first supplementary file. GDS curated DataSets return structured guidance ({ accession, guidance, see_also: { series, sample } }) pointing at the underlying GSE/GSM instead of a record
SRA (2)
ToolDescription
sra_searchSearch NCBI's Sequence Read Archive for sequencing experiments and runs by free text, accession, or field syntax; returns experiment/study/sample accessions with library strategy and run counts
sra_getGet full details for an SRA accession: run (SRR/ERR/DRR — instrument, spots, bases, size), experiment (SRX/ERX/DRX — library design), study (SRP/ERP/DRP — experiment list), or sample (SRS/ERS/DRS); NCBI SRA indexes NCBI, ENA, and DDBJ accessions alike
GenBank (3)
ToolDescription
genbank_searchSearch NCBI nucleotide records (GenBank/RefSeq/INSDC) by plain terms, accession, or field syntax; results include accession.version, definition, length, organism, topology
genbank_getFetch a GenBank/RefSeq record as GenBank flat file or FASTA; whole records capped at 2 Mb — larger records require a seq_start/seq_stop region (up to 10 Mb, reverse-strand via strand=2)
genbank_genesMap a GenBank/RefSeq accession to its NCBI Gene IDs (elink nuccore→gene) for bridging into gene tools
GTEx (2)
ToolDescription
gtex_expressionGet median gene expression across GTEx tissues (Analysis v10, 54 tissue sites, TPM, highest first); accepts HGNC symbol or Ensembl gene ID, with optional single-tissue filter
gtex_eqtlGet significant cis-eQTL associations for a gene in a specific GTEx tissue (v10): variant_id, p_value, NES, slope, sorted by ascending p-value
Ensembl (4)
ToolDescription

| `e

ตัดมาแค่ช่วงต้น อ่านต่อใน repo

ถาม PopNx