AMR (antimicrobial resistance)

Name: AMR (antimicrobial resistance)
Author: pabloestepaa

作者：pabloestepaa版本 0.1.4i★ –i在你的电脑上运行

注册名称io.github.pabloestepaa/amr-mcp

安装

概览

作者提供的说明（英文原文）

Antimicrobial resistance genes, sequences and literature from NCBI and UniProt

PopNx MCP 的三大支柱

这三项永远不会合并成一个分数：意见、测量和人气是不同的东西。

用户评价i暂无评价评价功能将在后续阶段与账户功能一起开放
我们的基础检查i1 项中通过 1 项依据公开信息检查；尚未扫描代码
使用情况i起步阶段↓ 785/周 · ★ –

它能帮你做什么

我们还没有为它写通俗的介绍。下面是我们从注册中心读取到的事实。

连接方式: 在你的电脑上运行
传输方式: stdio
分类: 其他
你需要填写：NCBI_API_KEY

安装

选择你使用的 AI 应用，然后复制设置。

安装之前

基础检查：1 项中通过 1 项
在你的电脑上运行，拥有你的用户账户的权限（文件、网络、应用）。
需要你自己填写： NCBI_API_KEY, NCBI_EMAIL

标为机密的值是你账户的钥匙。千万不要分享给别人，也不要粘贴到聊天里。

你需要

PyPI已安装 Python 的 uv（用于 uvx 命令）

你用的是哪个应用？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

在上方选择你的应用。我们会记住它，下次按钮会显示“安装到 …”。

打开 Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config，把下面的内容粘贴到 claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

在终端中运行这条命令

claude mcp add amr --env NCBI_API_KEY=your-value --env NCBI_EMAIL=your-value -- uvx amr-mcp

运行前请先填写空着的值。

在 Cursor 中打开

或者自己复制设置

粘贴到项目中的 .cursor/mcp.json，或 ~/.cursor/mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

浏览器会先询问是否打开应用，然后应用会显示设置并请你确认。密钥的值会留空，由你自己填写。

在 VS Code 中打开

或者自己复制设置

粘贴到项目中的 .vscode/mcp.json

{
  "servers": {
    "amr": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

浏览器会先询问是否打开应用，然后应用会显示设置并请你确认。密钥的值会留空，由你自己填写。

这个服务器在你的电脑上运行，而 ChatGPT 只能连接互联网上的服务器。请选择其他应用。

你的选择通过 Cookie 保存在这台设备上，无需账户。

需要你填写的值

NCBI_API_KEY 机密 env
Optional free NCBI API key; raises the rate limit from 3 to 10 requests/s
NCBI_EMAIL env
Optional contact e-mail sent to NCBI with each request

这些设置是根据作者在注册中心的条目生成的。如果 README 的写法不同，请以 README 为准。

它能做什么

它在你的电脑上运行；安装后，工具列表会显示在你的 AI 应用中。

基础检查i

我们检查的是任何人都能看到的信息；我们没有阅读代码。不适用的检查项不计入总数。 · 检查于 2026年11月8日

✓ 通过
作者与仓库一致
注册名称已通过 GitHub 账户 pabloestepaa 验证，该账户拥有此仓库
… 尚未检查
仍在维护
我们还没有从 GitHub 读取这个仓库
… 尚未检查
有许可证
我们还没有从 GitHub 读取这个仓库
– 不适用
端点有响应
它在你的电脑上运行，没有互联网端点
– 不适用
使用 OAuth 登录
在你的电脑上运行，改用本地设置
… 尚未检查
工具描述中没有隐藏指令
它在你的电脑上运行；我们只能读取互联网端点的工具列表

与“其他”中的其他服务器比较i

星标数多于此分类中其他 18594 个服务器的 0%
发布到注册中心的时间比此分类中其他 18594 个服务器的 94% 更新
基础检查结果等于或优于此分类中其他 18594 个服务器的 100%

与注册中心里这个分类中所有活跃的服务器比较。只有当发布者拥有该仓库时，星标数才计入。

常见问题

AMR (antimicrobial resistance) 安全吗？

它在 1 项适用的基础检查中通过了 1 项。我们没有阅读代码。在添加密钥或令牌之前，请先看看这个服务器要求哪些权限，并使用只具备所需权限的密钥。

它需要哪些密钥或代码？

你需要填写：NCBI_API_KEY

它在我的电脑上运行还是在云端？

它在你的电脑上运行。你的 AI 应用会在需要时启动它，数据不会经过作者的服务器（除非它自己调用在线服务）。

它还在维护吗？

GitHub 仓库最后更新于–，最新版本（0.1.4）于前天进入注册中心。

哪些应用可以使用它？

支持 MCP 的应用，例如 Claude Desktop、Claude Code、Cursor 和 VS Code。你的电脑上还需要有 Python (uv)。

有什么可以替代它？

同一分类中有：Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Commonly

替代选择

同一分类中其他作者的服务器，按星标数排序。

如何看卡片：↓ 每周下载量i★ GitHub 星标i三大支柱：评价 · 检查 · 使用情况i更新 = 最新版本发布到注册中心的时间i

Spec Driven Development

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

作者：formulahendry起步阶段↓ 66/周★ 44014个月前更新

在你的电脑上运行

安装

Remote Desktop Commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

作者：desktop-commander正在增长★ 2113天前更新

在云端运行✓ desktopcommander.app

安装

Commonly

Read Commonly pods and post as a Commonly agent you create, with a token from your Commonly account.

作者：Team-Commonly正在增长↓ 4908/周今天更新

在你的电脑上运行

安装

作者的 README

打开 README

按原文从作者的仓库复制。PopNx MCP 没有审查或背书其内容。HTML、图片和脚本已被移除。链接会离开本站。

amr-mcp

An MCP server that lets AI assistants (Claude, Codex, Cursor…) query antimicrobial resistance (AMR) data from public, free sources:

NCBI Reference Gene Catalog, the curated database behind AMRFinderPlus: ~11,500 AMR genes, point mutations, stress and virulence genes
NCBI E-utilities: protein and nucleotide sequences, PubMed references
UniProtKB: protein function, keywords and cross-references
AMRFinderPlus (optional, if installed locally): screen your own genomes

All data sources are public domain or freely accessible; no API keys are required.

Demo

Claude Code answering the first example question below: the server looks up blaKPC-2 in the catalog, counts the species NCBI has found it in, pulls the protein sequence and resolves the original paper.

Example questions

Which species carry the KPC-2 carbapenemase, what is the original paper describing it, and what does its protein sequence look like?

Summarise the carbapenemase gene families in the catalog and how many variants each has.

Give me the protein sequence of mcr-1.1 and its UniProt function annotation.

Run AMRFinderPlus on ~/data/isolate_17.fasta as *Escherichia* and explain the hits by drug class.

Tools

Tool	What it does
`search_amr_genes`	Search by text, drug class, subclass, organism or element type; `group_by_family` for broad searches
`get_amr_gene`	Exact record for an allele (`blaKPC-2`) or summary of a family (`blaKPC`)
`list_drug_classes`	Drug classes and how many catalog entries each has
`catalog_info`	Catalog version and size
`fetch_sequence`	Protein or nucleotide FASTA from NCBI by accession
`get_protein_hosts`	Species in which NCBI has sequenced an exact protein (Identical Protein Groups)
`get_pubmed_references`	Title, journal, authors and DOI for PubMed IDs
`search_uniprot` / `get_uniprot_entry`	UniProtKB search and entry details
`run_amrfinder`	Run a local AMRFinderPlus install on a FASTA file

Installation

Run it with uv (no install step needed), or pip install amr-mcp.

Claude Code

claude mcp add amr -- uvx amr-mcp

Claude Desktop

Add to claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "uvx", "args": ["amr-mcp"] } } }

Without uv: pipx

pipx install amr-mcp

which amr-mcp # e.g. /Users/you/.local/bin/amr-mcp

Then use that absolute path as the command, for example in claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "/Users/you/.local/bin/amr-mcp" } } }

Desktop apps don't inherit your shell's PATH, so if Claude Desktop can't start the server, use the absolute path for the command (this applies to uvx too: run which uvx to get it).

Agent skill (optional)

skills/amr-research/SKILL.md tells the agent when to reach for these tools and how to chain them (gene → hosts → sequence → paper, family overviews, genome screening), plus the pitfalls to avoid. It works with any agent that reads SKILL.md files (Claude Code, Cursor, Codex, Copilot…):

npx skills add pabloestepaa/amr-mcp

Or copy the folder by hand, e.g. to ~/.claude/skills/amr-research/ for Claude Code. The skill uses the MCP server above, so install that too.

Configuration

Variable	Purpose
`NCBI_API_KEY`	Optional, free. Raises the NCBI rate limit from 3 to 10 requests/s
`NCBI_EMAIL`	Optional. Contact e-mail NCBI asks tools to send
`AMR_MCP_CACHE_DIR`	Where the catalog is cached (default `~/.cache/amr-mcp`, refreshed every 30 days)

To enable run_amrfinder: conda install -c bioconda ncbi-amrfinderplus && amrfinder -u.

Development

python -m venv .venv && .venv/bin/pip install -e ".[dev]"

.venv/bin/pytest -m "not network" # offline tests .venv/bin/pytest # also hits the live NCBI/UniProt APIs

Data licensing

The NCBI Reference Gene Catalog and NCBI sequence data are US government works in the public domain. UniProt data is available under CC BY 4.0. Please cite the original sources when you publish results:

Feldgarden M, et al. *AMRFinderPlus and the Reference Gene Catalog facilitate examination of the genomic links among antimicrobial resistance, stress response, and virulence.* Sci Rep. 2021.
The UniProt Consortium. *UniProt: the Universal Protein Knowledgebase.* Nucleic Acids Res.

License

MIT

Developed with AI assistance (Claude Code); all code reviewed and tested by the author.