Brainkb
What it does
MCP server for querying BrainKB, a knowledge base for neuroscience knowledge graphs.
- Connects Läuft in der Cloud
- Account or key No key needed
- Category Suche & KI-Gedächtnis
Installation
Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.
4/4 Prüfungen bestanden · Was du fragst, läuft über den Server des Anbieters (mcp.brainkb.org) · ✓ Befehle geprüft am 13. Nov. 2026
Zuerst: Welche KI nutzt du?
Wähle deine App, dann erscheinen die Schritte unten.
Klappt mit Claude · etwa 2 Min.
Kein Schlüssel, nichts zu installieren · Einmal auf claude.ai oder in der Desktop-App einrichten, dann im Chat nutzen · kostenlose Konten können 1 hinzufügen · bei Team/Enterprise fügt ein Owner ihn hinzu
Öffne die Connectors-Seite von Claude
CustomizeConnectors
Klicke „Add“ → „Custom“ → „Web“ und fülle diese 2 Felder aus
Kopiere jeden Wert in das gleichnamige Feld in Claude und klicke Continue
Name · NameBrainkbRemote MCP server URL · Adressehttps://mcp.brainkb.org/mcpKlicke auf der von Claude erkannten Anmelde-Seite auf Continue · wähle bei Authentication, was der Anbieter angibt (Sign in now, Sign in when needed oder No sign in), dann Add
Im Chat einschalten
+ConnectorsBrainkb
Ausprobieren
Nutze Brainkb und sag mir, was du für mich tun kannst; zeig mir dann eine Sache✓ Wenn Claude sagt, dass es Brainkb nutzt, oder ein Werkzeug von Brainkb in der Antwort zeigt, bist du verbunden
Menünamen am 11. Nov. 2026 mit der Hilfe von Anthropic abgeglichen · dein Bildschirm kann je nach App-Version leicht abweichen
Klappt mit ChatGPT je nach Tarif
Volles MCP: ChatGPT Business, Enterprise oder Edu im Web · Pro: verbindet mit Lese-/Abrufrechten, Werkzeuge, die Daten ändern, gehen evtl. nicht · Plus: in der Doku nicht bestätigt; siehst du auf der Plugins-Seite eine Option für eigene MCP-Server, kannst du es versuchen · nur Web
In ChatGPT im Web die Seite zum Hinzufügen von MCP öffnen
Plugins+Add custom MCP server
Name und Adresse eintragen
Namen eingeben, Adresse unter Connection einfügen, Risikohinweis abhaken und Create as a plugin klicken
Name · NameBrainkbConnection · Adressehttps://mcp.brainkb.org/mcpBrainkb im Chat auswählen
Neuen Chat öffnen und vor dem Tippen Brainkb aus deinen Plugins wählen
Ausprobieren
Nutze Brainkb und sag mir, was du für mich tun kannst; zeig mir dann eine Sache✓ Wenn ChatGPT sagt, dass es Brainkb nutzt, oder ein Werkzeug von Brainkb in der Antwort zeigt, bist du verbunden
Menünamen am 11. Nov. 2026 mit der Hilfe von OpenAI abgeglichen · dein Bildschirm kann je nach App-Version leicht abweichen
Klappt mit Claude Code · etwa 2 Min.
Kein Schlüssel, nichts zu installieren
Terminal öffnen
Mac: Command+Leertaste drücken und Terminal tippen · Windows: PowerShell öffnen
Diesen Befehl einfügen und Enter drücken
claude mcp add --transport http --scope user brainkb https://mcp.brainkb.org/mcp/mcp in Claude Code eingeben
Brainkb sollte in der Liste als verbunden erscheinen
Ausprobieren
Nutze Brainkb und sag mir, was du für mich tun kannst; zeig mir dann eine Sache✓ Wenn Claude Code sagt, dass es Brainkb nutzt, oder ein Werkzeug von Brainkb in der Antwort zeigt, bist du verbunden
Menünamen am 11. Nov. 2026 mit der Hilfe von Anthropic abgeglichen · dein Bildschirm kann je nach App-Version leicht abweichen
Klappt mit Cursor · etwa 2 Min.
Kein Schlüssel, nichts zu installieren
KI-Chat in Cursor im Agent-Modus öffnen
Ausprobieren
Nutze Brainkb und sag mir, was du für mich tun kannst; zeig mir dann eine Sache✓ Wenn Cursor sagt, dass es Brainkb nutzt, oder ein Werkzeug von Brainkb in der Antwort zeigt, bist du verbunden
Menünamen am 11. Nov. 2026 mit der Hilfe von Cursor abgeglichen · dein Bildschirm kann je nach App-Version leicht abweichen
Klappt mit VS Code · etwa 2 Min.
Kein Schlüssel, nichts zu installieren
Mit diesem Button VS Code öffnen
VS Code fragt nach einer Bestätigung; klicke Install
KI-Chat in VS Code im Agent-Modus öffnen
Ausprobieren
Nutze Brainkb und sag mir, was du für mich tun kannst; zeig mir dann eine Sache✓ Wenn VS Code sagt, dass es Brainkb nutzt, oder ein Werkzeug von Brainkb in der Antwort zeigt, bist du verbunden
Menünamen am 11. Nov. 2026 mit der Hilfe von VS Code abgeglichen · dein Bildschirm kann je nach App-Version leicht abweichen
Andere Apps mit MCP, etwa Windsurf, Zed oder Gemini CLI, fügen Server unterschiedlich hinzu. Sieh in der App-Liste nach
Adresse für Apps, die über das Web verbinden
https://mcp.brainkb.org/mcpJSON-Einstellungen stehen unten unter „Für Entwickler“
Für Entwickler: Terminal-Befehle und JSON-Einstellungen
Über das Web
Claude Code
claude mcp add --transport http --scope user brainkb https://mcp.brainkb.org/mcpCursor (~/.cursor/mcp.json)
{
"mcpServers": {
"brainkb": {
"url": "https://mcp.brainkb.org/mcp"
}
}
}VS Code (mcp.json)
{
"servers": {
"brainkb": {
"type": "http",
"url": "https://mcp.brainkb.org/mcp"
}
}
}Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.
Auf einen Blick
Welche Apps ihn nutzen können
Basierend darauf, wie sich dieser Server verbindet, und auf der eigenen Doku jeder App, geprüft am 10. Nov. 2026.
Verbinden sich über das Internet in
ClaudeChatGPTGooseLM StudioMsty StudioCherry StudioCursorVS Code + GitHub CopilotVisual StudioWindsurf (Devin Desktop)ZedKiroClineContinueJetBrains AI AssistantClaude CodeCodex CLIGemini CLIOpenCodenodecodeWarpLibreChatOpen WebUIRaycast
Was er kann
Tool-Namen und -Beschreibungen genau so, wie der Server sie am 12. Nov. 2026 gemeldet hat. Geschrieben hat sie der Entwickler, nicht wir; wir zeigen sie als reinen Text.
brainkb_loginAuthenticate to BrainKB with the user's credentials and cache the JWT for THIS session only (isolated per caller). The password/token are never echoed. Uses single sign-on: one login mints a refresh token, cached for THIS session, which is exchanged on demand for per-service acce
brainkb_globus_loginStart an OAuth login (Globus / ORCID / GitHub) for THIS session — use this instead of brainkb_login when the user signs in with Globus rather than a password. Returns a URL to open in a browser; after signing in, the page shows a short one-time code — pass it to brainkb_finish_lo
brainkb_finish_loginComplete an OAuth login started with brainkb_globus_login by exchanging the one-time code shown in the browser for a session token. The code is single-use and never echoed back.
brainkb_logoutForget the cached token for this session.
brainkb_whoamiReport the current caller's auth state (email, authenticated, and when the cached session expires). When signed in it also returns base_url — the backend THIS SERVER talks to, which on a hosted deployment is an internal address and says nothing about the caller's own machine.
brainkb_create_tokenGenerate a Personal Access Token (PAT) for browser-free auth. Requires you to be logged in already (brainkb_login or brainkb_globus_login). The token is shown ONCE and never again — copy it and set it as BRAINKB_TOKEN in your MCP/skill config; then no login or browser is needed u
brainkb_list_tokensList your Personal Access Tokens (metadata only — the secret is never shown): id, name, prefix, created/last-used/expiry, and whether each is active/revoked/expired. Use the id with brainkb_revoke_token.
brainkb_revoke_tokenRevoke one of your Personal Access Tokens by id (see brainkb_list_tokens). Takes effect immediately — the next call using that token fails.
brainkb_use_tokenUse a Personal Access Token (brainkb_pat_...) for THIS session — an alternative to setting BRAINKB_TOKEN in the config. Validates the token, then caches it so subsequent calls authenticate with it. The token is never echoed.
brainkb_list_spacesList spaces the user can see (their own/member spaces + public ones), each annotated with THIS caller's permission so you know what they may do: - your_role: 'owner' | 'editor' | 'viewer' | null (their space membership, including a role inherited from a parent space) - role_inher
brainkb_create_spaceCreate a workspace/space, or a subspace inside one. The caller becomes owner. slug: lowercase/hyphen id, **globally unique** — if it's already taken the call returns 409 (pick another slug). visibility: 'private' or 'public' (set per space: a private space may hold a public subsp
brainkb_get_spaceA space's details: graphs, members (direct, plus `inherited_members` with the parent space each comes from), visibility, `parent_slug`, `ancestors` (root first) and direct `subspaces` — only the ones the caller may see — and the caller's `your_role` / `role_inherited`. Public spa
brainkb_space_treeA space and every subspace below it (any depth), nested: each node has slug, name, visibility, the caller's role and whether it's inherited from a parent, and its graph count. Only subspaces the caller may see are included.
brainkb_set_space_visibilitySet a space 'public' (anyone, even anonymous, can read) or 'private' (members only). Owner only. Everything in a public space is public: making a space public also makes all its subspaces public, and a subspace of a public space cannot be made private (409). Under a private space
brainkb_update_spaceRename a space, change its description, and/or give it a new slug. Owner/manager only. Pass only what changes; description="" clears it. `new_slug` (lowercase letters, digits and hyphens, 3-64 chars) moves the space's IRI and every graph whose IRI is built from the old slug (http
brainkb_delete_spacePERMANENTLY delete a space and everything in it. SuperAdmin only; irreversible. Drops the space's named graphs and the ingestion-history (delta) graphs that hold copies of their data, removes the graphs' registry entries and the space's RDF manifest, and deletes the space with it
brainkb_add_space_memberAdd/update a space member. role: 'owner' | 'editor' | 'viewer'. Owner only.
brainkb_add_space_graphRegister a named graph and bind it to a space, so ingest/read on that graph are governed by the space's membership and visibility. Owner/editor only. The named_graph_iri is **globally unique** — one graph belongs to exactly one space. If it's already registered (to any space) the
brainkb_ingest_textIngest raw RDF text (Turtle / N-Triples / JSON-LD, auto-detected) into a named graph. Returns a job_id; ingestion runs in the background — poll with brainkb_job_status. The graph must be registered (see brainkb_add_space_graph) and the caller must have write access to its space.
brainkb_list_uploadsList RDF files YOU have staged with POST /upload but not yet ingested. Shows each upload_id, its size, sha256 and when it expires. Only your own uploads are visible.
brainkb_upload_statusState of one of your staged/submitted uploads. `state` is `staged` (waiting for brainkb_ingest_upload), `submitting` (the server is streaming it to the ingest API), `submitted` (accepted — `job_id` is set, poll brainkb_job_status) or `failed` (the staged bytes were KEPT, so retry
brainkb_discard_uploadDelete one of your staged uploads without ingesting it.
brainkb_ingest_uploadIngest a file you staged with `POST /upload` into a named graph. This is the route for a large local file: your HTTP client streams the bytes straight to this server over HTTPS, then you name the resulting upload_id here. The server reads its own staged copy and posts it to the i
brainkb_ingest_filesIngest local RDF files (ttl/nt/nq/rdf/owl/jsonld/json) into a named graph. Returns a job_id; runs in the background — poll with brainkb_job_status.
brainkb_synthscholar_ingestIngest a SynthScholar review — the output directory of a run (the folder holding review.json and review.ttl, as the synthscholar skill writes it) — into a space you may write to (see brainkb_list_writable_spaces; you need to be its owner or an editor). A review is unique per spac
brainkb_synthscholar_list_reviewsIngested SynthScholar reviews you can read (public spaces: anyone): id, title, research question, space, graph, included count, when ingested, ingest job. `q` filters on text in the title or research question.
brainkb_synthscholar_studiesThe included studies of an ingested review, filtered. `q`: text in title, authors, journal, DOI, PMID or keywords. `full_text`: true = read in full, false = abstract only. `source`: full-text route (europe_pmc, unpaywall, ezproxy, arxiv, …). `rob`: risk-of-bias rating (low, high,
brainkb_synthscholar_screeningThe screening audit trail of an ingested review: every decision with its stage (title_abstract | full_text), decision (include | exclude), what it was judged on (title_abstract | full_text | abstract_only), the full-text route and the reason. Filter by any of those, by text or cr
brainkb_synthscholar_evidenceEvidence spans of an ingested review: the quoted text its claims rest on, with the study, section, relevance, and whether the quote was matched verbatim in the source (`grounded`). Filter by text, claim type, PMID or grounding.
brainkb_synthscholar_recordsPer-study records an ingested review produced. `kind`: `charting` (the data-charting form's answers per study), `appraisal` (critical appraisal by domain) or `narrative` (narrative synthesis rows: design, methods, outcomes, limitations). `q`: text in the answers (e.g. "neo4j" fin
brainkb_synthscholar_textAn ingested review's own text: `abstract`, `introduction`, `synthesis`, `bias`, `limitations`, `conclusions`, `research_question`, `search_queries` or `per_group` (the per-group analysis) — or all of them when `section` is empty.
brainkb_synthscholar_find_studyWhich ingested reviews (that you can read) include or screened a study — by DOI, PMID or part of its title (6+ characters) — and what happened to it in each: included (read in full or from the abstract) or each screening decision with its reason.
brainkb_synthscholar_get_reviewOne ingested review: summary, its graph and space, the files kept (path, kind, media type, size, sha256), the run's search log and verification, the screening basis and full-text retrieval. Long texts and the per-study list are left out here — read them from the graph or the revi
brainkb_list_jobsList the user's ingest jobs (newest first) with status and progress.
brainkb_job_statusDetailed status of one ingest job: status, progress %, current file/stage, per-file failures, and (when complete) a summary.
brainkb_recover_jobAttempt to recover a stuck/errored ingest job (marks it recoverable/errored).
brainkb_searchFull-text search over the knowledge graphs, access-filtered by space visibility. Pass `space` to scope to one workspace, omit for a full search. No login needed: an unauthenticated caller searches public spaces only. Anonymous/other users never see private-space data.
brainkb_read_spaceRead all RDF (JSON-LD) in a space's graphs. Public spaces are readable by anyone without logging in (read-only); private spaces require login and membership. Don't ask the user to log in just to read a public space.
brainkb_list_writable_spacesSpaces the caller can ingest into, each with its graphs (and descriptions) and `parent_slug` for subspaces — decided by the same checks ingestion uses: owner/ editor membership (including a role inherited from a parent space), a space write access rule, or Admin/SuperAdmin. `can_
brainkb_list_registered_graphsList registered named graphs visible to the caller (private-space graphs the caller can't access are hidden).
brainkb_sparqlRun an arbitrary SPARQL query. Requires an Admin/SuperAdmin role (the sparql_admin capability) — for ordinary questions prefer brainkb_search, brainkb_read_space, or the provenance/delta tools, which need no admin role. Large results come back a page at a time. A SELECT without i
brainkb_qa_listFind a canned question BrainKB can answer, then run it with brainkb_qa_run. Prefer these over writing SPARQL: they are vetted against BrainKB's actual vocabulary. Discovery is two steps, so you never read every query at once: 1. brainkb_qa_list() -> the menu: each category's name
brainkb_qa_runRun a canned question from brainkb_qa_list by id. `params` maps parameter names to values; they are validated and escaped, never spliced in raw. Runs through the same SPARQL endpoint as brainkb_sparql, so it needs the same role. Results page the same way: a query without its own
brainkb_provenance_jobPROV-O provenance bundle (JSON-LD) for one ingest job.
brainkb_provenance_graphPROV-O ingestion/activity history (JSON-LD) for a named graph.
brainkb_deltaThe exact triples a job added (its delta), as JSON-LD.
brainkb_delta_historyA named graph's change history: one entry per ingest delta (job, triple count, timestamp), newest first.
brainkb_delta_compareCompare two jobs' deltas: A-only / B-only / shared triple counts + triples.
brainkb_capabilities(Admin only) Show a user's roles, effective capabilities, and delegated grants. Useful to check why someone can/can't create team spaces, ingest, etc.
brainkb_grant_capability(Admin only) Delegate a capability to a user — e.g. 'create_team_space' or 'manage_team_space' so a Curator/Lab Member can create/manage team spaces. Grantable: create_private_space, create_team_space, manage_team_space, ingest, recover, read_private (NOT the admin-only 'grant'/'
brainkb_revoke_capability(Admin only) Revoke a previously granted capability from a user.
brainkb_list_capabilities(Admin only) Catalog of all KG capabilities, which are delegatable ('grantable'), which are admin-only, and a description of each. Use this to see the available permission options before granting to a user or group/role.
brainkb_role_capabilities(Admin only) List the capabilities granted to a role/group (e.g. 'uk_collaborator', 'Lab Member').
brainkb_grant_role_capability(Admin only) Grant a capability to a whole role/group so EVERY member gets it — e.g. give a custom group 'uk_collaborator' the 'ingest' or 'create_private_space' capability. Grantable: create_private_space, create_team_space, manage_team_space, ingest, recover, read_private (NOT
brainkb_revoke_role_capability(Admin only) Revoke a capability from a role/group.
brainkb_list_access_rulesList a space's fine-grained access rules (member/manager of the space).
brainkb_add_access_rule(Space manager) Restrict a space action to a subject. action: 'read' | 'write' | 'manage'. subject_type: 'global_role' (e.g. 'Admin','Lab Member') | 'member' (an email) | 'space_role' ('viewer'|'editor'|'owner', matched as >=). When rules exist for an action, only matching caller
brainkb_remove_access_rule(Space manager) Delete a fine-grained access rule by its id (see brainkb_list_access_rules).
brainkb_list_reserved_graphs(Admin/SuperAdmin) List reserved named graphs: graph IRIs, or every IRI under a prefix, that only an Admin/SuperAdmin — or, when reserved for a space, that space's managers/editors — may register or bind. Includes the built-in system reservations (BrainKB's metadata and provenanc
brainkb_reserve_graph(Admin/SuperAdmin) Reserve a named graph so other users can't create it. match_type 'exact' reserves one graph IRI; 'prefix' reserves every IRI starting with it (e.g. 'https://brainkb.org/graph/allen/'). Give a `reason` — it is shown to anyone who is refused. Optional `space_slug
Basischecksi
Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 13. Nov. 2026
- ✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde über die Domain brainkb.org bestätigt (die Registry prüft, wem die Domain gehört)
- ✓ Bestanden
Wird noch gepflegt
Code zuletzt geändert: vor 10 Tagen
- – Nicht zutreffend
Hat eine Lizenz
Nicht relevant: Cloud-Server des Inhabers von brainkb.org; du führst keinen Code aus dem Repo aus
- ✓ Bestanden
Endpunkt antwortet
Antwort in 548 ms (HTTP 200)
- – Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Keine Anmeldung nötig
- ✓ Bestanden
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Wir haben 60 Tool-Beschreibungen gelesen und keine versteckten Anweisungen an die KI gefunden
Diskussion
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- Mehr Sterne als 90 % der anderen 6045 Server in dieser Kategorie
- Neuer in der Registry veröffentlicht als 23 % der anderen 6045 Server in dieser Kategorie
- Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 6045 Server in dieser Kategorie
Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.
Häufige Fragen
Ist Brainkb sicher?
Er hat 4 von 4 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.
Welche Schlüssel oder Codes braucht er?
Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.
Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?
Er läuft in der Cloud des Entwicklers. Du verbindest dich übers Internet, ohne etwas zu installieren, aber was du sendest, läuft über die Server des Entwicklers.
Wird er noch gepflegt?
Das GitHub-Repo wurde zuletzt vor 10 Tagen geändert, und die neueste Version (0.1.0) kam vor 4 Monaten in die Registry.
Welche Apps können ihn nutzen?
Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Er verbindet sich per URL und funktioniert daher auch in Apps mit Remote-MCP, etwa ChatGPT im Web (volles MCP ab Business; Pro nur lesend).
Was kann ich stattdessen nutzen?
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Codebase knowledge graph for AI agents — 162 languages, sub-ms queries, 99% fewer tokens.
Ruflo
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README vom Entwickler
Keine README im Repo gefunden