Ensembl MCP Server

Name: Ensembl MCP Server
Author: cyanheads

von cyanheadsVersion 0.7.1i★ –iComputer oder Cloud

Name in der Registryio.github.cyanheads/ensembl-mcp-server

Installieren

Überblick

Beschreibung vom Entwickler (englisches Original)

Look up genes, sequences, variants, homologs, and cross-database xrefs from Ensembl REST.

Die drei Säulen von PopNx MCP

Diese drei werden nie zu einer Punktzahl zusammengefasst: Meinungen, Messungen und Beliebtheit sind verschiedene Dinge.

Stimmen der NutzeriNoch keine BewertungenBewertungen starten in einem späteren Schritt zusammen mit Benutzerkonten
Unsere Basischecksi3 von 3 bestandenAnhand öffentlicher Informationen geprüft; Code noch nicht gescannt
NutzungiNoch nicht gemessen★ –

Was du damit machen kannst

Für diesen Server haben wir noch keine Zusammenfassung in einfacher Sprache geschrieben. Unten stehen die Fakten, die wir aus der Registry gelesen haben.

Verbindung: Computer oder Cloud
Transport: stdio, Streamable HTTP
Kategorie: Datenbanken & Datensätze

Installation

Wähle die KI-App, die du nutzt, und kopiere die Einstellungen.

Bevor du installierst

Basischecks: 3 von 3 bestanden
Läuft auf dem Server des Entwicklers: Was du fragst, läuft über dessen Server.
Kann 7 Dinge (Tools) ensembl_list_species, ensembl_lookup_gene, ensembl_get_sequence, ensembl_query_region …
Das trägst du selbst ein: ENSEMBL_BASE_URL, MCP_LOG_LEVEL

Du brauchst

Läuft in der CloudNichts zu installieren; die Verbindung läuft übers Internet
npmNode.js installiert (für den Befehl npx)

Welche App nutzt du?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

Wähle oben deine App. Wir merken sie uns, damit der Button beim nächsten Mal „In … installieren“ anzeigt.

Funktioniert in Claude im Web, auf dem Desktop und auf dem Handy:

Öffne Settings → Connectors
Tippe auf Add custom connector
Füge die Adresse unten ein und tippe auf Add
Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an

https://ensembl.caseyjhand.com/mcp

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Öffne Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config und füge dies in claude_desktop_config.json ein

{
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/ensembl-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "ENSEMBL_BASE_URL": "your-value",
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Führe das in deinem Terminal aus

claude mcp add --transport http ensembl https://ensembl.caseyjhand.com/mcp

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

claude mcp add ensembl --env ENSEMBL_BASE_URL=your-value --env MCP_LOG_LEVEL=your-value -- npx -y @cyanheads/ensembl-mcp-server

Trag die leeren Werte ein, bevor du ihn startest.

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "url": "https://ensembl.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

In Cursor öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .cursor/mcp.json in deinem Projekt oder in ~/.cursor/mcp.json einfügen

{
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/ensembl-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "ENSEMBL_BASE_URL": "your-value",
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "ensembl": {
      "type": "http",
      "url": "https://ensembl.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

In VS Code öffnen

Oder kopier die Einstellungen selbst

In .vscode/mcp.json in deinem Projekt einfügen

{
  "servers": {
    "ensembl": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/ensembl-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "ENSEMBL_BASE_URL": "your-value",
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value"
      }
    }
  }
}

Dein Browser fragt, ob er die App öffnen darf, dann zeigt die App die Einstellungen und bittet dich um Bestätigung. Schlüsselwerte bleiben leer, damit du sie selbst einträgst.

ChatGPT verbindet sich nur mit Servern im Internet:

Öffne ChatGPT im Web → Settings → Connectors (Apps)
Tippe auf Create oder Add (bei manchen Tarifen musst du zuerst Developer mode unter Advanced einschalten)
Füge die Adresse unten ein, gib ihr einen Namen und speichere
Wenn eine Anmeldung verlangt wird, melde dich beim Dienst des Entwicklers an

https://ensembl.caseyjhand.com/mcp

Menünamen können sich je nach Tarif und mit der Zeit leicht unterscheiden.

Deine Auswahl bleibt in einem Cookie auf diesem Gerät; kein Konto nötig.

Werte, die du selbst einträgst

ENSEMBL_BASE_URL env
Ensembl REST API base URL. Override to use GRCh37 endpoint or a local mirror.
MCP_LOG_LEVEL env
Sets the minimum log level for output (e.g., 'debug', 'info', 'warn').

Diese Einstellungen werden aus dem Registry-Eintrag des Entwicklers erzeugt. Wenn in der README etwas anderes steht, folge der README.

Was er kann

Tool-Namen und -Beschreibungen genau so, wie der Server sie am 7. Nov. 2026 gemeldet hat. Geschrieben hat sie der Entwickler, nicht wir; wir zeigen sie als reinen Text.

ensembl_list_species
List species supported by Ensembl with display name, common name, assembly, taxon ID, and division. Required discovery step — species names like homo_sapiens are opaque to non-biologists and are the input format every other Ensembl tool expects. Use nameContains to find a species
ensembl_lookup_gene
Resolve a gene by symbol + species (or by stable ID) to its Ensembl ID, genomic location (chr:start-end:strand), biotype, description, and transcript list. Entry point for most workflows — the stable ID and coordinates returned here are inputs to other tools. Accepts both symbol
ensembl_get_sequence
Fetch the DNA, cDNA, CDS, or protein sequence for a gene, transcript, protein, or genomic region. Returns a window of the sequence — the first 10,000 characters by default — with its stable ID, molecule type, and full length. When more follows the window, truncated is true and ne
ensembl_query_region
Find genomic features overlapping a chromosomal region: genes, transcripts, variants, regulatory elements, or exons. Returns each feature with its stable ID, type, location, biotype, and name, plus the genome assembly the coordinates are on. Useful for "what's in this locus?" and
ensembl_predict_variant
Predict the functional consequences of a sequence variant using the Ensembl Variant Effect Predictor (VEP). Accepts three input formats: HGVS notation (transcript-relative, e.g. ENST00000380152.8:c.2T>A, or genomic, e.g. 13:g.32316462T>A); region+allele (chr:start:end:strand/alle
ensembl_get_homology
Find orthologs and/or paralogs of a gene across species. Returns each homolog's stable ID, species, homology type (ortholog_one2one, ortholog_one2many, paralog_many2many, etc.), percId and percPos (percent identical and positive positions, over the target protein's length), and t
ensembl_get_xrefs
Retrieve cross-database references for a gene or feature — HGNC, UniProt, EntrezGene, OMIM, RefSeq, Reactome, and others. Returns each xref with its database name, primary ID, display ID, and description, plus how Ensembl assigned it (infoType, infoText) and its evidence codes (l

Basischecksi

Wir prüfen Informationen, die jeder sehen kann; den Code haben wir nicht gelesen. Checks, die nicht zutreffen, werden nicht mitgezählt. · Geprüft am 7. Nov. 2026

✓ Bestanden
Entwickler passt zum Repo
Der Registry-Name wurde mit dem GitHub-Konto cyanheads bestätigt, dem das Repo gehört
… Noch nicht geprüft
Wird noch gepflegt
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
… Noch nicht geprüft
Hat eine Lizenz
Dieses Repo haben wir noch nicht von GitHub gelesen
✓ Bestanden
Endpunkt antwortet
Antwort in 498 ms (HTTP 200)
– Nicht zutreffend
Anmeldung mit OAuth
Keine Anmeldung nötig
✓ Bestanden
Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen
Wir haben 7 Tool-Beschreibungen gelesen und keine versteckten Anweisungen an die KI gefunden

Im Vergleich mit anderen in Datenbanken & Datensätzei

Mehr Sterne als 0 % der anderen 1137 Server in dieser Kategorie
Neuer in der Registry veröffentlicht als 79 % der anderen 1137 Server in dieser Kategorie
Basischecks gleich gut wie oder besser als bei 100 % der anderen 1137 Server in dieser Kategorie

Verglichen mit allen aktiven Servern dieser Kategorie in der Registry. Sterne zählen nur, wenn dem Herausgeber das Repo gehört.

Häufige Fragen

Ist Ensembl MCP Server sicher?

Er hat 3 von 3 zutreffenden Basischecks bestanden. Den Code haben wir nicht gelesen. Bevor du einen Schlüssel oder Token hinzufügst, sieh nach, welche Zugriffe der Server verlangt, und nutze einen Schlüssel, der nur die Berechtigungen hat, die du brauchst.

Welche Schlüssel oder Codes braucht er?

Die Registry nennt keinen erforderlichen Schlüssel, manche Server bitten dich aber bei der ersten Nutzung, dich anzumelden.

Läuft er auf meinem Computer oder in der Cloud?

Beides geht: Installiere ihn auf deinem Computer oder verbinde dich mit der Cloud-Version.

Wird er noch gepflegt?

Das GitHub-Repo wurde zuletzt – geändert, und die neueste Version (0.7.1) kam vor 9 Tagen in die Registry.

Welche Apps können ihn nutzen?

Apps, die MCP unterstützen, etwa Claude Desktop, Claude Code, Cursor und VS Code. Er verbindet sich per URL, also funktionieren auch Apps, die Remote-MCP-Server akzeptieren, zum Beispiel ChatGPT im Entwicklermodus.

Was kann ich stattdessen nutzen?

In derselben Kategorie: Supabase, MongoDB MCP Server, Elasticsearch MCP Server

Alternativen

Server derselben Kategorie von anderen Entwicklern, sortiert nach Sternen.

So liest du eine Karte:★ GitHub-SterneiDrei Säulen: Bewertungen · Checks · NutzungiAktualisiert = neueste Version in der Registry veröffentlichti

Supabase

von supabase

MCP server for interacting with the Supabase platform

Computer oder Cloud★ 2.993Apache-2.0Aktualisiert gestern

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MongoDB MCP Server

von mongodb-js

MongoDB Model Context Protocol Server

Läuft auf deinem Computer★ 1.157Apache-2.0Aktualisiert vor 3 Tagen

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Elasticsearch MCP Server

von cr7258

MCP server for interacting with Elasticsearch

Läuft auf deinem Computer★ 315Apache-2.0Aktualisiert vor 14 Monaten

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README vom Entwickler

README öffnen

Unverändert aus dem Repo des Entwicklers übernommen. PopNx MCP hat den Inhalt weder geprüft noch empfiehlt es ihn. HTML, Bilder und Skripte wurden entfernt. Links führen von dieser Website weg.

@cyanheads/ensembl-mcp-server Look up genes, fetch sequences, predict variant consequences, find orthologs, and retrieve cross-database xrefs from Ensembl REST via MCP. STDIO or Streamable HTTP. 7 Tools • 4 Resources • 1 Prompt

Public Hosted Server: https://ensembl.caseyjhand.com/mcp

Overview

Gene, sequence, and variant data for vertebrates and other model organisms from the Ensembl REST API. Look up genes, fetch sequences, predict variant consequences, find orthologs, and cross-reference external databases.

Tools

Tool	Description
`ensembl_list_species`	List species supported by Ensembl with display name, common name, assembly, taxon ID, and division
`ensembl_lookup_gene`	Resolve a gene by symbol (synonyms and former symbols included) + species or by stable ID to its Ensembl ID, genomic location, biotype, and transcript list
`ensembl_get_sequence`	Fetch the DNA, cDNA, CDS, or protein sequence for a gene, transcript, protein, or genomic region
`ensembl_query_region`	Find genomic features (genes, transcripts, variants, regulatory elements, exons) overlapping a chromosomal region
`ensembl_predict_variant`	Predict functional consequences of a sequence variant using the Ensembl Variant Effect Predictor (VEP)
`ensembl_get_homology`	Find orthologs and/or paralogs of a gene across species with percent identity and taxonomy level
`ensembl_get_xrefs`	Retrieve cross-database references for a gene — HGNC, UniProt, EntrezGene, OMIM, RefSeq, Reactome, and others

Resources

Resource	Description
`ensembl://gene/{id}`	Gene record by stable ID (`ENSG…`) — location, biotype, description, and transcript list
`ensembl://transcript/{id}`	Transcript record by stable ID (`ENST…`) — parent gene, location, biotype, canonical flag, and length
`ensembl://species`	Supported Ensembl species for the endpoint default division (vertebrates on the default endpoint)
`ensembl://species/{division}`	Supported species in one division (`EnsemblVertebrates`, `EnsemblPlants`, `EnsemblFungi`, `EnsemblMetazoa`, `EnsemblProtists`)

The species resources return the first 50 species by internal name; the ensembl_list_species tool pages through the rest and filters by name.

Prompts

Prompt	Description
`ensembl_gene_dossier`	Structured workflow for assembling a complete gene profile: symbol → ID + location → sequence → variants → orthologs → xrefs

Capability reference

Ensembl's stable-ID endpoints answer a versioned ID (ENSG00000139618.19) as not found, so every tool and resource that takes an Ensembl stable ID drops a trailing .N from an ENS… ID before the request and returns the current version. HGVS input to ensembl_predict_variant (ENST00000380152.8:c.2T>A) keeps its version, and IDs from other sources (AT3G52430.1) are forwarded unchanged.

`ensembl_list_species` tool

Optional division (EnsemblVertebrates, EnsemblPlants, EnsemblFungi, EnsemblMetazoa, EnsemblProtists; omitted, the endpoint default — vertebrates, ~356 species on GRCh38) and nameContains, a substring match against name, display name, and common name
Returns the internal name every other tool expects (homo_sapiens), plus display name, common name, taxon ID, assembly, and division
Sorted by internal name and paged by offset (default 0) and max_results (default 50, 0 uncapped); totalCount reports every match, and nextOffset is where the next page starts when more follow

`ensembl_lookup_gene` tool

Exactly one of symbol (+ species, default homo_sapiens), id, ids, or symbols (up to 1,000 submitted items; first 20 distinct trimmed queries processed); expand_transcripts (default false) adds the transcript list with biotype and canonical flag
canonicalTranscript identifies the canonical transcript without expansion; transcript-ID lookups also return parentGeneId. Expanded transcripts include maneSelect RefSeq accessions when available (BRCA2: ENST00000380152.8, NM_000059.4)
A symbol that is not a current gene name falls back to synonyms and former symbols (HER2 → ERBB2), reported as matchedAlias; a name shared by several genes (MDR1) returns ambiguous with candidates to retry by id
A single lookup returns gene (or ambiguous); a batch returns ordered succeeded items carrying the submitted query, failed items with query, reason (not_found, ambiguous with candidates, or unavailable), error, and recovery, and omitted queries past the processing cap. Omitted queries are never requested or reported as failed; resubmit them separately. Errors: not_found, invalid_species, no_input, conflicting_input

`ensembl_get_sequence` tool

A stable ID (ENSG…/ENST…/ENSP…) or a region (species:chr:start-end, or chr:start-end with species; at most 10,000,000 bases); type is genomic (default), cdna, cds, or protein — cdna and cds from a transcript ID only, protein from a transcript or protein ID; expand_5prime/expand_3prime add flanking bases
Regions take a :1/:-1 strand suffix (1:1000000-1000020:-1 returns the reverse complement); the mitochondrion is MT in vertebrates (mitochondrion_genome in Drosophila, MtDNA in C. elegans), and M/chrM are rejected as invalid_region where they would not resolve to it
Returns a window set by offset (default 0) and max_length (default 10000, 0 uncapped); length is the full sequence length, and truncated/nextOffset say where to resume
Errors: not_found, type_mismatch (also a protein ID asked for genomic/cdna/cds, or a non-coding transcript asked for protein/cds), invalid_species, missing_species, invalid_region (also an id with a colon that is not a valid region)

`ensembl_query_region` tool

region as species:chr:start-end, or chr:start-end with species (at most 5,000,000 bases; reversed coordinates are rejected; mitochondrion naming as in ensembl_get_sequence); feature defaults to ["gene"] and also accepts transcript, variation, regulatory, exon; optional case-sensitive biotype filter (protein_coding, lncRNA). An empty filtered result suggests removing the filter without inferring the locus is intergenic
max_results caps the list (default 100, 0 uncapped) while totalCount reports the true count; assemblyName names the coordinates' assembly, and exon rows carry parentId and rank. Errors: invalid_region, invalid_species, missing_species

`ensembl_predict_variant` tool

variant as HGVS (transcript-relative or genomic), region+allele (chr:start:end:strand/allele), or a dbSNP rsID
Returns the most severe consequence, per-transcript impact (HIGH/MODERATE/LOW/MODIFIER), and colocated known variants with clinical significance. Errors: invalid_notation, not_found, invalid_species
Requests HGVS, canonical and MANE annotations on every input route. Consequences retain variantAllele, optional canonical/maneSelect, HGVS and available SIFT/PolyPhen prediction-score pairs; records retain alleleString
Colocated clinicalSignificance is aggregate, not a classification of the submitted allele. clinicalSignificanceByAllele preserves explicit per-allele terms and clinicalSignificanceReferenceAllele identifies their reference allele; absent annotations remain omitted
max_transcript_consequences and max_pubmed_ids_per_variant (default 10 each, 0 uncapped; include_all_colocated_pubmed lifts the PubMed cap) bound the result, while transcriptConsequencesTotal and pubmedTotal report the full counts

`ensembl_get_homology` tool

Exactly one of symbol (+ species, default homo_sapiens) or id; type is orthologues (default), paralogues, or all; optional target_species filter
A target_species outside the comparison Ensembl runs for the source species (a fly gene to homo_sapiens) is answered from Ensembl's pan-taxonomic comparison when it holds both species, with a notice saying so
max_results caps the list (default 25, 0 uncapped) while totalCount reports the true count. Errors: not_found, invalid_species (unknown species or target_species), target_not_compared (a target outside the source species' comparison that the pan-taxonomic comparison cannot answer), no_input, conflicting_input
Each row retains optional targetProteinId for ensembl_get_sequence with type:"protein". Optional targetSymbol comes from a lookup of the returned rows' distinct gene IDs, in chunks of at most 1,000, with one five-second budget bounded by the call's remaining deadline and no retries. Missing names or failed lookups retain every primary homolog with a notice; cancellation still aborts

`ensembl_get_xrefs` tool

id (ENSG…/ENST…/ENSP…) required; optional dbname filter (e.g. HGNC, Uniprot_gn, Uniprot/SWISSPROT for the reviewed UniProt accession on the translation, EntrezGene, MIM_GENE, RefSeq_mRNA, Reactome_gene for gene pathways, Reactome for translation pathways, GO)
Default all_levels:false queries the requested object's level. Set all_levels:true to include a gene's transcript and translation references, independently of dbname; for example, gene-level RefSeq_mRNA may need this or a transcript ID. Empty lists remain successful with totalCount:0. Errors: not_found
Each reference carries how Ensembl assigned it (infoType: DIRECT, DEPENDENT, PROJECTION, …; infoText: its source, such as UniProt or the ortholog a projection came from) and its evidence codes (linkageTypes, GO evidence such as IDA or IEA) when su

Nur der Anfang wird gezeigt; den Rest findest du im Repo

Ensembl MCP Server

Überblick

Die drei Säulen von PopNx MCP

Was du damit machen kannst

Installation

Bevor du installierst

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Oder führ ihn auf deinem Computer aus

Werte, die du selbst einträgst

Was er kann

Basischecksi

Entwickler passt zum Repo

Wird noch gepflegt

Hat eine Lizenz

Endpunkt antwortet

Anmeldung mit OAuth

Keine versteckten Anweisungen in Tool-Beschreibungen

Im Vergleich mit anderen in Datenbanken & Datensätzei

Häufige Fragen

Alternativen

Supabase

MongoDB MCP Server

Elasticsearch MCP Server

README vom Entwickler

Overview

Tools

Resources

Prompts

Capability reference

ensembl_list_species tool

ensembl_lookup_gene tool

ensembl_get_sequence tool

ensembl_query_region tool

ensembl_predict_variant tool

ensembl_get_homology tool

ensembl_get_xrefs tool

`ensembl_list_species` tool

`ensembl_lookup_gene` tool

`ensembl_get_sequence` tool

`ensembl_query_region` tool

`ensembl_predict_variant` tool

`ensembl_get_homology` tool

`ensembl_get_xrefs` tool