BioMCP-TS

Name: BioMCP-TS
Author: yeyuan98

de yeyuan98versión 1.4.3i★ 12iSe ejecuta en tu computadora

Nombre en el registroio.github.yeyuan98/biomcp-ts

Cómo instalar

What it does

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

Connects Se ejecuta en tu computadora
Account or key Needs NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY
Category Clínicas y salud

Instalación

Elige la app de IA que usas y copia la configuración.

Pasó 3/3 revisiones · Funciona en tu computadora · ✓ Comandos revisados el 13 nov 2026

Primero: ¿qué IA usas?

ClaudeWeb · app · móvilChatGPTWebClaude CodeTerminalCursorEditor de códigoVS CodeEditor de códigoOtrasOtras apps

Elige tu app y los pasos aparecen abajo.

Funciona con Claude, pero hay que preparar algo antes

Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez) · Solo en la app de Claude para computadora (Windows o Mac), no en la web ni en el móvil

Instala Node.js
Una sola vez; sirve para todos los servidores que necesitan Node.js
Abrir la página de descarga de Node.js ↗
Hecho
Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS
Abre el sitio del autor, crea una cuenta y una clave de API para el siguiente paso. Consulta precios y planes gratis en su sitio.
Abrir el sitio de BioMCP-TS ↗
Hecho
Abre el archivo de configuración de la app de Claude de escritorio
SettingsDeveloperEdit Config
Hecho

Pega esta configuración y guarda el archivo

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "your-value",
        "ANALYSIS_R": "your-value",
        "DB_TYPE": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

Pega la clave solo en el campo de la app; nunca en un chat ni se la envíes a nadie

Hecho

Cierra Claude y vuelve a abrirlo
Hecho
Pruébalo
Usa BioMCP-TS y dime qué puedes hacer por mí; luego muéstrame una cosa
✓ Si Claude dice que está usando BioMCP-TS o muestra una herramienta de BioMCP-TS en la respuesta, ya está conectado

Nombres de menú comprobados con la ayuda de Anthropic el 11 nov 2026 · tu pantalla puede variar un poco según la versión

ChatGPT todavía no puede conectar BioMCP-TS

BioMCP-TS se instala en tu computadora, pero ChatGPT solo conecta servidores que funcionan en la web

Lo que puedes hacer en su lugar

A · Usa una app que pueda conectar BioMCP-TS

Pasos para Claude →Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez) · Solo en la app de Claude para computadora (Windows o Mac), no en la web ni en el móvil
Pasos para Claude Code →Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez)
Pasos para Cursor →Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez)
Pasos para VS Code →Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez)

B · Otros en Clínicas y salud que funcionan con ChatGPT

Elegidos entre los más usados de la misma categoría, solo los que se conectan con una dirección y sin clave

Funciona con Claude Code, pero hay que preparar algo antes

Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez)

Instala Node.js
Una sola vez; sirve para todos los servidores que necesitan Node.js
Abrir la página de descarga de Node.js ↗
Hecho
Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS
Abre el sitio del autor, crea una cuenta y una clave de API para el siguiente paso. Consulta precios y planes gratis en su sitio.
Abrir el sitio de BioMCP-TS ↗
Hecho
Abre la Terminal
Mac: pulsa Command+Espacio y escribe Terminal · Windows: abre PowerShell
Hecho

Pega este comando y pulsa Enter

claude mcp add --scope user biomcp-ts --env ANALYSIS_BIOWASM=your-value --env ANALYSIS_R=your-value --env DB_TYPE=your-value --env NCBI_API_KEY=your-value --env S2_API_KEY=your-value --env OPENFDA_API_KEY=your-value --env ONCOKB_TOKEN=your-value --env DISGENET_API_KEY=your-value -- npx -y biomcp

Cambia “your-value” por tu clave antes de pulsar Enter

Pega la clave solo en el campo de la app; nunca en un chat ni se la envíes a nadie

Hecho

Escribe /mcp en Claude Code
Deberías ver BioMCP-TS en la lista como conectado
Hecho
Pruébalo
Usa BioMCP-TS y dime qué puedes hacer por mí; luego muéstrame una cosa
✓ Si Claude Code dice que está usando BioMCP-TS o muestra una herramienta de BioMCP-TS en la respuesta, ya está conectado

Nombres de menú comprobados con la ayuda de Anthropic el 11 nov 2026 · tu pantalla puede variar un poco según la versión

Funciona con Cursor, pero hay que preparar algo antes

Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez)

Instala Node.js
Una sola vez; sirve para todos los servidores que necesitan Node.js
Abrir la página de descarga de Node.js ↗
Hecho
Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS
Abre el sitio del autor, crea una cuenta y una clave de API para el siguiente paso. Consulta precios y planes gratis en su sitio.
Abrir el sitio de BioMCP-TS ↗
Hecho
Pulsa este botón para abrir Cursor
Abrir en Cursor
Cursor te pedirá confirmar; pulsa Install
Hecho
Escribe tu clave
En la configuración de BioMCP-TS, ANALYSIS_BIOWASM, ANALYSIS_R, DB_TYPE, NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY está vacío; añade tu clave y guarda
Pega la clave solo en el campo de la app; nunca en un chat ni se la envíes a nadie
Hecho
Abre el chat de IA de Cursor en modo Agent
Hecho
Pruébalo
Usa BioMCP-TS y dime qué puedes hacer por mí; luego muéstrame una cosa
✓ Si Cursor dice que está usando BioMCP-TS o muestra una herramienta de BioMCP-TS en la respuesta, ya está conectado

Nombres de menú comprobados con la ayuda de Cursor el 11 nov 2026 · tu pantalla puede variar un poco según la versión

Funciona con VS Code, pero hay que preparar algo antes

Necesitas una clave de BioMCP-TS (créala en el sitio del autor) · Instala Node.js en tu computadora primero (una sola vez)

Instala Node.js
Una sola vez; sirve para todos los servidores que necesitan Node.js
Abrir la página de descarga de Node.js ↗
Hecho
Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS
Abre el sitio del autor, crea una cuenta y una clave de API para el siguiente paso. Consulta precios y planes gratis en su sitio.
Abrir el sitio de BioMCP-TS ↗
Hecho
Pulsa este botón para abrir VS Code
Abrir en VS Code
VS Code te pedirá confirmar; pulsa Install
Hecho
Escribe tu clave
En la configuración de BioMCP-TS, ANALYSIS_BIOWASM, ANALYSIS_R, DB_TYPE, NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY está vacío; añade tu clave y guarda
Pega la clave solo en el campo de la app; nunca en un chat ni se la envíes a nadie
Hecho
Abre el chat de IA de VS Code en modo Agent
Hecho
Pruébalo
Usa BioMCP-TS y dime qué puedes hacer por mí; luego muéstrame una cosa
✓ Si VS Code dice que está usando BioMCP-TS o muestra una herramienta de BioMCP-TS en la respuesta, ya está conectado

Nombres de menú comprobados con la ayuda de VS Code el 11 nov 2026 · tu pantalla puede variar un poco según la versión

Otras apps que usan MCP, como Windsurf, Zed o Gemini CLI, añaden servidores de forma distinta. Míralo en la lista de apps

Ver todas las apps que usan MCP →

La configuración JSON está en “Para desarrolladores”, abajo

¿Te atascaste? Pregunta a quien usa BioMCP-TS💬 Conversación →

Para desarrolladores: comandos de Terminal y configuración JSON

Instalado en tu computadora

Claude Code

claude mcp add --scope user biomcp-ts --env ANALYSIS_BIOWASM=your-value --env ANALYSIS_R=your-value --env DB_TYPE=your-value --env NCBI_API_KEY=your-value --env S2_API_KEY=your-value --env OPENFDA_API_KEY=your-value --env ONCOKB_TOKEN=your-value --env DISGENET_API_KEY=your-value -- npx -y biomcp

Claude Desktop (claude_desktop_config.json)

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "your-value",
        "ANALYSIS_R": "your-value",
        "DB_TYPE": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

Cursor (~/.cursor/mcp.json)

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "your-value",
        "ANALYSIS_R": "your-value",
        "DB_TYPE": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

VS Code (mcp.json)

{
  "servers": {
    "biomcp-ts": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "your-value",
        "ANALYSIS_R": "your-value",
        "DB_TYPE": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

Valores que debes completar

ANALYSIS_BIOWASM env
Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
ANALYSIS_R env
Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
DB_TYPE env
Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools
NCBI_API_KEY secreto env
Higher NCBI E-utilities rate limits (3 -> 10 req/s)
S2_API_KEY secreto env
Higher Semantic Scholar rate limits
OPENFDA_API_KEY secreto env
Higher OpenFDA rate limits
ONCOKB_TOKEN secreto env
Required by the variant_oncokb tool (OncoKB annotations)
DISGENET_API_KEY secreto env
Required for DisGeNET disease-gene associations

Esta configuración se genera a partir de la ficha del creador en el registro. Si el README dice otra cosa, sigue el README.

De un vistazo

Estrellas de GitHub i: 12
Descargas por semanai: 200/sem
Licencia i: Apache-2.0
Conexión: Se ejecuta en tu computadora
Transporte: stdio
Última versióni: 1.4.3
Categoríai: Clínicas y salud
Publicado en el registroi: 14 sept 2026
Último cambio de códigoi: 13 nov 2026
Creador: yeyuan98
Paquetes: npm: biomcp
Repo: yeyuan98/biomcp-ts
Sitio web: github.com
Estado en el registro: Activo

Qué apps pueden usarlo

Según cómo se conecta este servidor y la documentación de cada app, comprobado el 10 nov 2026.

Se ejecutan en tu computadora en

Claude Goose LM Studio Msty Studio Cherry Studio Cursor VS Code + GitHub Copilot Visual Studio Windsurf (Devin Desktop)Zed Kiro Cline Continue JetBrains AI Assistant Claude Code Codex CLI Gemini CLI OpenCode nodecode Warp LibreChat Raycast

Todas las apps, con ventajas y desventajas →

Qué puede hacer

Se ejecuta en tu computadora; la lista de herramientas aparece en tu app de IA después de instalarlo.

Revisiones básicasi

Revisamos información que cualquiera puede ver; no hemos leído el código. Las revisiones que no aplican no se cuentan. · Revisado el 14 nov 2026

✓ Superada
El creador coincide con el repo
El nombre en el registro se verificó con la cuenta de GitHub yeyuan98, dueña del repo
✓ Superada
Sigue en mantenimiento
Último cambio de código: ayer
✓ Superada
Tiene licencia
Usa Apache-2.0
– No aplica
El endpoint responde
Este se ejecuta en tu computadora; no hay endpoint en internet
– No aplica
Inicio de sesión con OAuth
Se ejecuta en tu computadora y usa ajustes locales en su lugar
… Aún sin revisar
Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas
Se ejecuta en tu computadora; solo podemos leer listas de herramientas de endpoints en internet

Conversación

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Comparado con otros en Clínicas y saludi

Más estrellas que el 96% de los otros 1106 servidores de esta categoría
Publicado en el registro más recientemente que el 33% de los otros 1106 servidores de esta categoría
Revisiones básicas iguales o mejores que el 100% de los otros 1106 servidores de esta categoría

Comparado con todos los servidores activos de esta categoría en el registro. Las estrellas solo cuentan cuando quien lo publica es dueño del repo.

Preguntas frecuentes

¿Es seguro BioMCP-TS?

Superó 3 de 3 revisiones básicas aplicables. No hemos leído el código. Antes de agregar una clave o un token, revisa qué acceso pide el servidor y usa una clave que tenga solo los permisos que necesitas.

¿Qué claves o códigos necesita?

Debes completar: NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

¿Se ejecuta en mi computadora o en la nube?

Se ejecuta en tu computadora. Tu app de IA lo inicia cuando hace falta, y los datos no pasan por los servidores del creador (a menos que el propio servidor llame a un servicio en línea).

¿Sigue en mantenimiento?

El repo de GitHub cambió por última vez ayer, y la última versión (1.4.3) llegó al registro hace 2 meses.

¿Qué apps pueden usarlo?

Las apps compatibles con MCP, como Claude Desktop, Claude Code, Cursor y VS Code. También necesitas Node.js en tu computadora.

¿Qué puedo usar en su lugar?

En la misma categoría: Medplum MCP, Mirobody, Apple Health

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Cómo leer una tarjeta:↓ Descargas por semanai★ Estrellas de GitHubiTres pilares: reseñas · revisiones · usoiActualizado = fecha en que se publicó la última versión en el registroi

Medplum MCP

Securely access and manage FHIR healthcare data stored in Medplum.

de medplumMuy usado★ 2,8 milActualizado hace 4 meses

Se ejecuta en la nube✓ del servicio · medplum.com

Cómo conectar

Mirobody

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

de thetahealthEn crecimiento↓ 290/sem★ 1,5 milActualizado hace 4 días

Se ejecuta en tu computadora✓ thetahealth.ai

Instalar

Apple Health

Local-first Apple Health MCP server for questions about your sleep, workouts and heart data.

de neiltronEn crecimiento↓ 106/sem★ 575Actualizado hace 2 meses

Se ejecuta en tu computadora

Instalar

README del creador

Abrir el README

Copiado tal cual del repo del creador. PopNx MCP no lo ha revisado ni lo respalda. Se quitaron HTML, imágenes y scripts. Los enlaces llevan fuera de este sitio.

BioMCP

Highlights

Democratizing agentic access to bioinformatics and biopharmaceutical databases and analyses.

Section-based federated access to 50+ bioinformatics, pharmaceutical, and patent databases
Optional toolboxes for local database curation and dependency-free analysis with Bioconductor and SAM/BED/BCFtools — no R installation, C toolchain, or containers
Concrete example vignettes, developed fully in the open

Install

npx -y biomcp doctor   # diagnose a machine: Node gate, config health, feature gates, peer deps

npx biomcp # zero-config stdio MCP server (this is what MCP clients run); Node >= 22.13

Setup is guided in [docs/AGENT-INSTALL.md](docs/AGENT-INSTALL.md) — a one-minute start, copy-paste config entries for Claude Desktop, Claude Code, Codex, and OpenCode (one canonical pinned command covering every feature), biomcp doctor as the single troubleshooting entry point, and agent-friendly paths for API keys and optional features.

Multiple agents on one machine: biomcp enforces arXiv's Terms-of-Use rate limit (1 request / 3 s) per process. When running multiple biomcp MCP instances on one machine (e.g., one stdio instance per agent), rate limits are not coordinated across processes, and arXiv's TOU applies to all your machines in aggregate. For multi-agent single-machine deployments, run a single shared biomcp serve daemon (see docs/SELF-HOSTING.md) so all agents share one process and one global rate limiter.

Available Tools

Full tool schemas (params, enums, defaults) live in src/server/README.md.

Gene (7)

Tool	Description
`gene_search`	Search genes by symbol, name, or keyword with chromosome filter
`gene_get`	Get detailed gene info by HGNC symbol with optional sections (core, pathways, protein, ontology, go, interactions, expression, protein_atlas, constraint, druggability, dosage_sensitivity, clinical_evidence, disease_associations, diseases, funding). Set `smart=true` to auto-resolve gene aliases (e.g., "HER2" → "ERBB2")
`gene_diseases`	Get diseases associated with a gene (DisGeNET / OpenTargets)
`gene_drugs`	Find drugs targeting a gene (OpenTargets; envelope `{ results, warnings?, errors? }` — OpenTargets failures and unresolved genes ride in `errors[]`, never as inline rows)
`gene_trials`	Find clinical trials for a gene
`gene_articles`	Find articles about a gene (federated across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, LitSense; envelope `{ results, warnings?, errors? }` — per-backend failures ride in `errors`)
`gene_enrich`	Pathway enrichment analysis for a gene list (Reactome)

Variant (4)

Tool	Description
`variant_search`	Search variants by rsid, HGVS, gene, ClinVar significance, frequency, CADD
`variant_get`	Get detailed variant info with optional sections (frequency, predictions, clinical; `alphagenome_scores` currently returns an unavailability error pending reimplementation)
`variant_oncokb`	Get OncoKB cancer variant annotations (requires `ONCOKB_TOKEN`)
`variant_trials`	Find clinical trials for a variant

Drug (3)

Tool	Description
`drug_search`	Search drugs by name, mechanism, or keyword (envelope `{ results, hint? }` — when nothing matches, `hint` points mechanism/target queries at gene_drugs)
`drug_get`	Get detailed drug info with optional sections (us_regulatory, who_regulatory, safety, targets, indications, adverse_events — FDA FAERS reactions ranked by report count; WHO PQ listing lookup, ~650 global-health priority products)
`drug_trials`	Find clinical trials for a drug

Disease (4)

Tool	Description
`disease_search`	Search diseases by name, phenotype, or keyword (envelope `{ results, warnings?, errors? }`)
`disease_get`	Get detailed disease info by ID (DOID, MONDO, OMIM, etc.) with optional sections (gene_associations, phenotypes, pathways)
`disease_drugs`	Get drugs for a disease (OpenTargets; envelope `{ results, warnings?, errors? }` — OpenTargets failures and unresolved diseases ride in `errors[]`, never as inline rows)
`disease_trials`	Get clinical trials for a disease (ClinicalTrials.gov; envelope `{ results, warnings?, errors? }`)

Article (4)

Tool	Description
`article_search`	Federated literature search across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, and LitSense with optional date range filtering; `source: "preprint_only"` switches to bioRxiv+medRxiv preprints only (abstracts, citation counts, date filtering). Result records carry `journal_issn`
`article_get`	Get detailed article info by identifier (PMID, PMCID, DOI, or bioRxiv/medRxiv preprint DOI) with optional sections: `fulltext` (the complete article text when freely readable in PMC/Europe PMC — open-access AND free-to-read articles; by default (`fulltext_output="file"`) written to a server-side markdown file with the reply carrying `file_path` + an outline of headings with line numbers and char counts for selective Read/Grep, keeping body text out of the agent context; `fulltext_output="inline"` returns capped text sections via `fulltext_max_chars`, default 40000), `oa` (open-access/license metadata and links: status open_access/free_to_read/paywalled/not_in_pmc/unknown, license, pmc/pdf/doi links), `annotations`, `graph` (citation graph), `citation` (fast/full citation data; Europe PMC citations for preprints). `all` excludes fulltext. Preprint records include all versions, license, category, funders, JATS full-text URL (link only — use `preprint_fulltext` for the text), and published-version mapping. The record carries `journal_issn`
`preprint_fulltext`	On-demand bioRxiv/medRxiv preprint full text (JATS XML parsed to sections), by preprint DOI with optional version (default: latest). Strictly on-demand (never during search), downloads are paced (≥3 s spacing), cached per (doi, version) — JATS per version is immutable — and license-aware (`cc_by` → `cc by` + CC URL on every reply; the per-article license governs reuse). www.biorxiv.org rate-limits aggressively: on a 429/Cloudflare verdict all downloads pause ≥60 s (Retry-After honored) and calls during the cooldown get an honest `rate_limited` envelope with `retry_after_sec`; cached copies keep serving instantly. `output="file"` (default) writes a server-side markdown file (`file_path` + outline); `output="inline"` returns capped sections (`fulltext_max_chars`). Corpus-scale: use the bioRxiv/medRxiv monthly S3 buckets (https://www.biorxiv.org/tdm)
`journal_metrics`	OpenAlex journal quality metrics (2yr mean citedness — an open-access impact-factor alternative), h-index, quality lists; by name, NLM abbreviation, or ISSN

Trial (2)

Tool	Description
`trial_search`	Search clinical trials by condition, intervention, status, or phase. Cursor-based pagination via `page_token`
`trial_get`	Get detailed trial info by NCT ID with optional sections (eligibility, locations, outcomes)

Utility (2)

Tool	Description
`discover`	Free-text concept resolution across all entity types
`batch_get`	Retrieve multiple entities in parallel

Structural Biology (1)

Tool	Description
`pdb`	Search PDB structures, get entry metadata with optional sections (polymer entities, ligands, assembly, experiment, citation), and download structure files (mmCIF/PDB)

Patents (2)

Tool Description

patent_search Search patents worldwide (US, EP, WO, JP, 100+ authorities) with assignee/inventor/CPC/status/date filters and relevance ranking (sort_by). Quote exact multi-word concepts (e.g. "flow cytometry"). Foundational prior art is auto-discovered via co-citation mining (seminal_prior_art; disable with seminal: false). Default backends: USPTO Public Search full-text (US, keyless, relevance-ranked) + EPO OPS (worldwide, keyed); uspto_odp (US bibliographic metadata) and google_patents (best-effort) available via source

patent_get Get patent details by publication number with sections: abstract, claims (US fulltext via USPTO Public Search; EP/WO via EPO OPS when configured, otherwise Google Patents pages), citations (forward + backward), family, classifications

GEO (2)

Tool	Description
`geo_search`	Search NCBI GEO for functional genomics studies (expression microarrays, RNA-seq, single-cell series) by entry type (GSE/GSM/GPL/GDS) and organism; results carry cross-links (bioproject, pubmed_ids; sra_project when NCBI links the SRA study — otherwise geo_get's sra field) for chaining
`geo_get`	Get the full SOFT record for a GEO series/sample/platform: summary, organisms, sample preview (≤20), supplementary file URLs, and cross-references; optionally download the first supplementary file. GDS curated DataSets return structured guidance (`{ accession, guidance, see_also: { series, sample } }`) pointing at the underlying GSE/GSM instead of a record

SRA (2)

Tool	Description
`sra_search`	Search NCBI's Sequence Read Archive for sequencing experiments and runs by free text, accession, or field syntax; returns experiment/study/sample accessions with library strategy and run counts
`sra_get`	Get full details for an SRA accession: run (SRR/ERR/DRR — instrument, spots, bases, size), experiment (SRX/ERX/DRX — library design), study (SRP/ERP/DRP — experiment list), or sample (SRS/ERS/DRS); NCBI SRA indexes NCBI, ENA, and DDBJ accessions alike

GenBank (3)

Tool	Description
`genbank_search`	Search NCBI nucleotide records (GenBank/RefSeq/INSDC) by plain terms, accession, or field syntax; results include accession.version, definition, length, organism, topology
`genbank_get`	Fetch a GenBank/RefSeq record as GenBank flat file or FASTA; whole records capped at 2 Mb — larger records require a `seq_start`/`seq_stop` region (up to 10 Mb, reverse-strand via `strand=2`)
`genbank_genes`	Map a GenBank/RefSeq accession to its NCBI Gene IDs (elink nuccore→gene) for bridging into gene tools

GTEx (2)

Tool	Description
`gtex_expression`	Get median gene expression across GTEx tissues (Analysis v10, 54 tissue sites, TPM, highest first); accepts HGNC symbol or Ensembl gene ID, with optional single-tissue filter
`gtex_eqtl`	Get significant cis-eQTL associations for a gene in a specific GTEx tissue (v10): variant_id, p_value, NES, slope, sorted by ascending p-value

Ensembl (4)

Tool	Description

| `e

Solo se muestra el principio; lee el resto en el repo

BioMCP-TS

What it does

Instalación

Instala Node.js

Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS

Abre el archivo de configuración de la app de Claude de escritorio

Pega esta configuración y guarda el archivo

Cierra Claude y vuelve a abrirlo

Pruébalo

Lo que puedes hacer en su lugar

Instala Node.js

Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS

Abre la Terminal

Pega este comando y pulsa Enter

Escribe /mcp en Claude Code

Pruébalo

Instala Node.js

Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS

Pulsa este botón para abrir Cursor

Escribe tu clave

Abre el chat de IA de Cursor en modo Agent

Pruébalo

Instala Node.js

Regístrate y crea una clave de BioMCP-TS

Pulsa este botón para abrir VS Code

Escribe tu clave

Abre el chat de IA de VS Code en modo Agent

Pruébalo

Instalado en tu computadora

Valores que debes completar

De un vistazo

Qué apps pueden usarlo

Qué puede hacer

Revisiones básicasi

El creador coincide con el repo

Sigue en mantenimiento

Tiene licencia

El endpoint responde

Inicio de sesión con OAuth

Sin instrucciones ocultas en las descripciones de herramientas

Conversación

Reseñas de usuarios

Comparado con otros en Clínicas y saludi

Preguntas frecuentes

Otros de la misma categoría

Medplum MCP

Mirobody

Apple Health

README del creador

BioMCP

Highlights

Install

Available Tools

Gene (7)

Variant (4)

Drug (3)

Disease (4)

Article (4)

Trial (2)

Utility (2)

Structural Biology (1)

Patents (2)

GEO (2)

SRA (2)

GenBank (3)

GTEx (2)

Ensembl (4)