Spec Driven Development
作者：formulahendry
MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.
パソコンで動く★ 440MIT14 か月前更新
インストール
Molecular MCP
概要
作者による説明（英語の原文）
GPU-accelerated MCP server for molecular dynamics, N-body simulations, and particle systems
PopNx MCPの3つの柱
この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。
- 利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
- 私たちの基本チェックi1項目中1項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
- 利用状況i未計測★ –
できること
このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。
- 接続方法: パソコンで動く
- トランスポート: stdio
- カテゴリ: その他
インストール
使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。
インストールの前に
- 基本チェック：1項目中1項目に合格
- あなたのパソコンで、あなたのユーザーと同じ権限（ファイル、ネットワーク、アプリ）で動きます。
- レジストリには、入力が必要なキーは載っていません。
必要なもの
- PyPIPythonのuvのインストール（uvxコマンドに必要）
どのアプリを使っていますか？
上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。
Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config を開き、claude_desktop_config.json にこれを貼り付けます
{
"mcpServers": {
"molecular": {
"command": "uvx",
"args": [
"scicomp-molecular-mcp"
]
}
}
}ターミナルでこれを実行します
claude mcp add molecular -- uvx scicomp-molecular-mcpまたは、設定を自分でコピーする
プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます
{
"mcpServers": {
"molecular": {
"command": "uvx",
"args": [
"scicomp-molecular-mcp"
]
}
}
}ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。
または、設定を自分でコピーする
プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます
{
"servers": {
"molecular": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"scicomp-molecular-mcp"
]
}
}
}ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。
これはパソコンで動くサーバーですが、ChatGPTがつなげるのはインターネット上のサーバーだけです。ほかのアプリを選んでください。
選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。
この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。
できること
パソコンで動くサーバーです。インストールすると、ツール一覧がAIアプリに表示されます。
基本チェックi
誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月7日にチェック
- ✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント andylbrummer で確認済みです
- … 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
- … 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
- – 対象外
エンドポイントが応答する
これはパソコンで動くため、インターネット上のエンドポイントはありません
- – 対象外
OAuthでサインイン
パソコンで動き、代わりにローカルの設定を使います
- … 未チェック
ツールの説明に隠れた指示がない
パソコンで動くサーバーです。ツール一覧を読み取れるのは、インターネット上のエンドポイントがある場合だけです
その他のほかのサーバーとの比較i
- このカテゴリのほかの32715件のうち0%よりスターが多い
- このカテゴリのほかの32715件のうち1%より最近レジストリに公開
- 基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの32715件のうち100%と同じかそれ以上
レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。
よくある質問
Molecular MCPは安全ですか？
当てはまる基本チェック1項目のうち1項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。
どんなキーやコードが必要ですか？
レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。
パソコンで動きますか、それともクラウドですか？
あなたのパソコンで動きます。必要なときにAIアプリが起動し、データは作者のサーバーを通りません（サーバー自体がオンラインサービスを呼び出す場合を除きます）。
今もメンテナンスされていますか？
GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（0.1.6）がレジストリに届いたのは10 か月前です。
どのアプリで使えますか？
Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。パソコンにPython (uv)も必要です。
代わりに使えるものは？
同じカテゴリには：Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, First Sale Scout
代わりの候補
同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。
カードの見方：★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i
Remote Desktop Commander
作者：desktop-commander
Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.
クラウドで動く★ 211一昨日更新
インストール
First Sale Scout
作者：firstsale.pro
Playbooks and a 14-day checklist for founders winning their first paying customers.
クラウドで動く今日更新
インストール
作者のREADME
READMEを開く
作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。
scicomp-molecular-mcp
mcp-name: io.github.andylbrummer/molecular-mcp
MCP server for classical molecular dynamics simulations.
Overview
This server provides tools for molecular dynamics simulations with support for various ensembles and interaction potentials:
- Particle systems - Create and manage systems of interacting particles
- Interaction potentials - Lennard-Jones and Coulomb interactions
- Ensembles - NVE (microcanonical), NVT (canonical), NPT (isothermal-isobaric)
- Analysis tools - Radial distribution functions, mean squared displacement, phase transitions
- Visualization - Trajectory rendering and density field visualization
- GPU acceleration - Optional CUDA acceleration for large systems
Installation & Usage
# Run directly with uvx (no installation required)uvx scicomp-molecular-mcp
Or install with pip
pip install scicomp-molecular-mcp
With GPU support
pip install scicomp-molecular-mcp[gpu]
Run as command
scicomp-molecular-mcp
Available Tools
System Setup
create_particles- Initialize particle system with temperatureadd_potential- Add Lennard-Jones or Coulomb interactions
Simulation
run_md- NVE ensemble (constant energy, volume)run_nvt- NVT ensemble (constant temperature, volume)run_npt- NPT ensemble (constant temperature, pressure)get_trajectory- Retrieve simulation trajectory data
Analysis
compute_rdf- Radial distribution function analysiscompute_msd- Mean squared displacementanalyze_temperature- Thermodynamic propertiesdetect_phase_transition- Identify phase transitionsdensity_field- Compute density field visualization
Visualization
render_trajectory- Animate particle trajectories
Configuration
Enable GPU acceleration with environment variable:
MCP_USE_GPU=1 scicomp-molecular-mcpExamples
🎬 Visual Demos
Spectacular animated demonstrations:
- Galaxy Collision - N-body gravitational dynamics
Run demos with Claude:
claude -p "Simulate two galaxies colliding" \--allowedTools "mcpmolecular-mcp*"
📖 Code Examples
Practical tutorials in EXAMPLES.md:
- Simple liquid simulation with Lennard-Jones
- Temperature & pressure control
- Diffusion coefficient calculation
- Ionic systems with Coulomb interactions
📚 Full Documentation
See the API documentation for complete reference.
Part of Math-Physics-ML MCP System
Part of a comprehensive system for scientific computing. See the documentation for the complete ecosystem.