Genefoundry

Name: Genefoundry
Author: berntpopp

作者：berntpoppバージョン 0.10.10i★ –iクラウドで動く

レジストリ名io.github.berntpopp/genefoundry

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

MCP gateway federating 22 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi3項目中3項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況i未計測★ –

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: クラウドで動く
トランスポート: Streamable HTTP
カテゴリ: クリニック・健康

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：3項目中3項目に合格
作者のサーバーで動きます。あなたが頼んだ内容は、作者のサーバーを通ります。
レジストリには、入力が必要なキーは載っていません。

必要なもの

クラウドで動くインストール不要。インターネット経由でつながります

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

ウェブ、デスクトップ、モバイルのClaudeで使えます：

Settings → Connectors を開く
Add custom connector を押す
下のアドレスを貼り付けて Add を押す
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://genefoundry.org/mcp

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add --transport http genefoundry https://genefoundry.org/mcp

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "genefoundry": {
      "url": "https://genefoundry.org/mcp"
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "genefoundry": {
      "type": "http",
      "url": "https://genefoundry.org/mcp"
    }
  }
}

ChatGPTがつなげるのは、インターネット上のサーバーだけです：

ウェブ版のChatGPTを開き → Settings → Connectors (Apps)
Create または Add を押す（プランによっては、先に Advanced で Developer mode をオンにする必要があります）
下のアドレスを貼り付け、名前を付けて保存する
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://genefoundry.org/mcp

メニューの名前は、プランや時期によって少し違うことがあります。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

このサーバーは、ツール一覧を表示する前にサインインを求めます。

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月7日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント berntpopp で確認済みです
… 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
… 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
✓ 合格
エンドポイントが応答する
830ミリ秒で応答（HTTP 401）
✓ 合格
OAuthでサインイン
OAuthでのサインインに対応しているため、AIアプリがログイン画面へ案内してくれます
… 未チェック
ツールの説明に隠れた指示がない
まだチェックしていません。エンドポイントをチェックするときにツール一覧を読み取ります

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの870件のうち0%よりスターが多い
このカテゴリのほかの870件のうち71%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの870件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

Genefoundryは安全ですか？

当てはまる基本チェック3項目のうち3項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

作者のクラウドで動きます。インストール不要でインターネット経由でつながりますが、送った内容は作者のサーバーを通ります。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（0.10.10）がレジストリに届いたのは9 日前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。URLでつながるので、リモートMCPサーバーに対応したアプリ（開発者モードのChatGPTなど）でも使えます。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Mirobody, FHIR MCP Server, Google Health MCP

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Mirobody

作者：thetahealth

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

パソコンで動く★ 1,408Apache-2.06 日前更新

インストール

FHIR MCP Server

作者：wso2

MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications

パソコンで動く★ 137Apache-2.09 日前更新

インストール

Google Health MCP

作者：davidmosiah

Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents

パソコンで動く★ 79MIT4 か月前更新

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

genefoundry-router

A thin FastMCP 3.x aggregator that federates the GeneFoundry *-link MCP fleet behind a single Streamable-HTTP endpoint. A host adds one server — genefoundry — and gets every biomedical backend with collision-free _ naming and search-based discovery.

[!IMPORTANT]

Research use only. Not clinical decision support. Do not use for diagnosis,

treatment, triage, or patient management.

Why

An MCP host that mounted all 21 backends directly would face a wall of several hundred tools — more than a model can reason over, and a guarantee of name collisions. The router collapses that into one endpoint and replaces the flat catalog with a search surface, so a model finds the right tool by intent instead of by scrolling.

It is a *client* to each backend and a *server* to hosts: it namespaces and shapes the surface, but never rewrites a backend's data. The caller's token is never forwarded upstream.

Quick start

The fleet is hosted — no install required:

claude mcp add --transport http genefoundry https://genefoundry.org/mcp

Health check: genefoundry.org/health.

To run your own against the live fleet (Python 3.14+, uv):

uv sync --group dev

cp .env.example .env # set GF_*_URL backend URLs and GF_AUTH_MODE uv run genefoundry-router run --host 127.0.0.1 --port 8000 curl -s localhost:8000/health | python -m json.tool

An offline fake fleet (make dev-fleet + make run-dev, or one-shot make test-e2e) runs the real router against impersonated backends over real Streamable-HTTP — no Docker, no network.

Tools

The router does not surface the federated catalog flat. A model sees three things:

Tool	Purpose
`search_tools`	Relevance search over the entire federated catalog
`call_tool`	Invoke a hit by its `_` name
pinned entry points	Each backend's front-door tool, always visible — declared per-backend as `entrypoints:` in `servers.yaml`

search_tools(query="splicing prediction")   # → spliceai_predict_splicing (+ schema)

call_tool(name="spliceai_predict_splicing", arguments={...})

Pinning makes each domain's canonical tool reachable deterministically rather than by relevance luck. See How discovery works — including the two traps that bite MCP clients.

Federated backends

22 backends, 285 tools, each surfaced namespaced — e.g. gnomad_search_genes.

Namespace	Domain	Data source	Tools	Repo
`pubtator`	Literature & entity annotation	PubTator3	35	pubtator-link
`gnomad`	Variant / gene / population frequency	gnomAD	22	gnomad-link
`orphanet`	Rare disease ontology & associations	Orphadata	19	orphanet-link
`clingen`	Gene–disease curation	ClinGen	17	clingen-link
`hpo`	Phenotype ontology & associations	Human Phenotype Ontology	17	hpo-link
`mavedb`	Variant-effect assay scores	MaveDB	15	mavedb-link
`uniprot`	Protein function	UniProt	15	uniprot-link
`clinpgx`	Pharmacogenomics / gene-drug guidelines	ClinPGx	13	clinpgx-link
`genereviews`	Gene–disease literature	GeneReviews	13	genereviews-link
`mgi`	Mouse phenotype & models	MGI	13	mgi-link
`mondo`	Disease ontology / cross-references	Mondo	13	mondo-link
`gencc`	Gene–disease curation	GenCC	12	gencc-link
`metadome`	Protein tolerance landscapes	MetaDome	11	metadome-link
`stringdb`	Protein–protein interaction networks	STRING	10	stringdb-link
`gtex`	Tissue expression	GTEx Portal	9	gtex-link
`hgnc`	Gene nomenclature	HGNC	9	hgnc-link
`panelapp`	Diagnostic gene panels & curation	PanelApp	9	panelapp-link
`autopvs1`	Variant ACMG PVS1	AutoPVS1	7	autopvs1-link
`spliceai`	Splicing prediction	SpliceAI Lookup	7	spliceailookup-link
`vep`	Variant annotation / consequence	Ensembl VEP	7	vep-link
`clinvar`	Variant clinical significance	ClinVar	6	clinvar-link
`litvar`	Variant literature	LitVar2	6	litvar-link

Data & provenance

The router serves no data of its own; each backend owns its sources, licences and citation guidance, and the router mirrors their disclaimers.

What it does own is integrity of the tool surface. A backend can serve a clean tool at review time and later change its definition — the channel for a rug pull. The router fingerprints every normalized tool definition and diffs the live fleet against a reviewed, packaged baseline (genefoundry_router/data/fleet-baseline.json), enforced at startup and on a schedule. See Deployment → drift detection.

Documentation

Configuration & authentication — every GF_* variable, the OAuth/JWT resource-server modes, and the startup guards.
Deployment — container release, digest pinning, rollback, and drift detection.
How discovery works — the search surface, entry-point pinning, and how discoverability is measured.
Design spec — the architecture and why it is shaped this way.
Fleet standards — Tool-Naming · Response-Envelope · MCP-Behaviour · Tool-Surface-Budget · Tool-Schema-Documentation · Container-Hardening · Versioning · README.

Contributing

See AGENTS.md for engineering conventions. make ci-local is the definition-of-done gate: format, lint, line budget, README standard, mypy, and tests.

License

MIT © Bernt Popp. Each federated backend carries the licence and citation terms of its upstream data source; see that backend's repository.

Genefoundry

概要

PopNx MCPの3つの柱

できること

インストール

インストールの前に

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Mirobody

FHIR MCP Server

Google Health MCP

作者のREADME

genefoundry-router

Why

Quick start

Tools

Federated backends

Data & provenance

Documentation

Contributing

License