ChatSpatial

Name: ChatSpatial
Author: cafferychen777

作者：cafferychen777バージョン 1.6.0i★ –iパソコンで動く

レジストリ名io.github.cafferychen777/chatspatial

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

Schema-enforced spatial transcriptomics analysis with 20 tools and 67 methods via MCP

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi1項目中1項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況iとても新しい↓ 232/週 · ★ –

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: パソコンで動く
トランスポート: stdio
カテゴリ: その他

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：1項目中1項目に合格
あなたのパソコンで、あなたのユーザーと同じ権限（ファイル、ネットワーク、アプリ）で動きます。
レジストリには、入力が必要なキーは載っていません。

必要なもの

PyPIPythonのuvのインストール（uvxコマンドに必要）

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config を開き、claude_desktop_config.json にこれを貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "chatspatial": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial server

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "chatspatial": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "chatspatial": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

これはパソコンで動くサーバーですが、ChatGPTがつなげるのはインターネット上のサーバーだけです。ほかのアプリを選んでください。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

パソコンで動くサーバーです。インストールすると、ツール一覧がAIアプリに表示されます。

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月8日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント cafferychen777 で確認済みです
… 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
… 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
– 対象外
エンドポイントが応答する
これはパソコンで動くため、インターネット上のエンドポイントはありません
– 対象外
OAuthでサインイン
パソコンで動き、代わりにローカルの設定を使います
… 未チェック
ツールの説明に隠れた指示がない
パソコンで動くサーバーです。ツール一覧を読み取れるのは、インターネット上のエンドポイントがある場合だけです

その他のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの18499件のうち0%よりスターが多い
このカテゴリのほかの18499件のうち69%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの18499件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

ChatSpatialは安全ですか？

当てはまる基本チェック1項目のうち1項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

あなたのパソコンで動きます。必要なときにAIアプリが起動し、データは作者のサーバーを通りません（サーバー自体がオンラインサービスを呼び出す場合を除きます）。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（1.6.0）がレジストリに届いたのは19 日前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。パソコンにPython (uv)も必要です。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, SolveHub

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：↓ 週あたりのダウンロードi★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Spec Driven Development

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

作者：formulahendry初期↓ 66/週★ 44014 か月前更新

パソコンで動く

インストール

Remote Desktop Commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

作者：desktop-commander成長中★ 2113 日前更新

クラウドで動く✓ desktopcommander.app

インストール

SolveHub

CAPTCHA and anti-bot solving for Turnstile, DataDome, Akamai, PerimeterX and Imperva.

作者：seencxyとても新しい今日更新

パソコンで動く

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

ChatSpatial

MCP server for spatial transcriptomics analysis via natural language

ChatSpatial replaces ad-hoc LLM code generation with schema-enforced orchestration. Instead of generating arbitrary scripts, the LLM selects tools and parameters from a curated registry, making spatial transcriptomics workflows more reproducible across sessions and clients.

ChatSpatial exposes 20 schema-validated MCP tools that orchestrate 67 spatial transcriptomics methods across 13 analytical categories. The tools are the stable natural-language interface; the methods are the analysis backends selected through tool parameters.

The server implements MCP 2026-07-28 through the official Python SDK v2 and continues to serve 2025-11-25 clients through SDK-managed protocol negotiation. STDIO remains the secure local default; Streamable HTTP is available for explicitly configured HTTP deployments.

Start Here

Install uv once, then register ChatSpatial without creating or managing a Python environment:

Codex:

codex mcp add chatspatial -- uvx --from chatspatial chatspatial server

Claude Code:

claude mcp add --scope user chatspatial -- \

uvx --from chatspatial chatspatial server

uvx creates an isolated environment on first launch and reuses its cache on later launches. Restart the MCP client after adding the server.

The command above installs the standard runtime. To make all 15 composable Python method families available in the same isolated MCP environment, use:

uvx --from 'chatspatial[full]' chatspatial server

full includes CellRank, FastCCC, the maintained spatial-domain and registration backends, annotation, enrichment, and the other portable Python families. R bridges, AESTETIK, and rctd-py remain separate because they have system, platform, or large-runtime requirements. See the installation guide before enabling those families.

Then:

Run your first analysis — Quick Start
Choose optional method families or a persistent environment — Installation Guide
Configure another MCP client — Configuration Guide
Reproduce the manuscript key results without an LLM — Reproduction image

Docker quick start:

docker pull cafferyyang777/chatspatial:latest

Minimal example prompt:

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and plot gene expression at the spatial coordinates

The Quick Start provides a downloadable sample and a Leiden workflow that runs with the standard installation. Its sample has spatial coordinates but no H&E image. SpaGCN requires the optional spatial-domains extra.

If you use Docker, mount host data to /data and prompt with the container path, for example /data/spatial_data.h5ad.

ChatSpatial works with any MCP-compatible client — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode, and other MCP-capable tools.

Capabilities

Current coverage includes 67 methods across 13 analytical categories, exposed through 20 MCP tools. Supports 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.

Category	Example methods
Data Loading & Preprocessing	Scanpy I/O, QC, Normalization, HVG, PCA, Neighbors
Visualization	Spatial plots, Embedding plots, Gene expression overlays
Spatial Domain Identification	SpaGCN, STAGATE, GraphST, BANKSY, AESTETIK, Leiden, Louvain
Deconvolution	FlashDeconv, Cell2location, RCTD (spacexr or rctd-py), DestVI, Stereoscope, SPOTlight, Tangram, CARD
Cell-Cell Communication	LIANA+, CellPhoneDB, CellChat (`cellchat_r`), FastCCC
Cell Type Annotation	Tangram, scANVI, CellAssign, mLLMCelltype, scType, SingleR, marker-score and threshold rules
Differential Expression	Wilcoxon, t-test, Logistic Regression, pyDESeq2
Trajectory Inference	CellRank, Palantir, DPT
RNA Velocity	scVelo, VeloVI
Spatial Statistics	Moran's I, Local Moran, Geary's C, Getis-Ord Gi*, Ripley's K, Co-occurrence, Neighborhood Enrichment, Centrality Scores, Local Join Count, Network Properties
Enrichment Analysis	GSEA, ORA, Enrichr, ssGSEA, Spatial EnrichMap
Spatially Variable Genes	SpatialDE, SPARK-X, FlashS
Multi-sample Integration	Harmony, BBKNN, Scanorama, scVI
CNV Analysis	InferCNVPy, Numbat
Spatial Registration	PASTE, STalign

Documentation

Guide	Use this when...
Installation	You need optional methods or a persistent Python environment
Docker	You want a reproducible container runtime or local dependency resolution fails
Configuration	You need exact MCP client syntax or the runtime path model
Quick Start	ChatSpatial is installed and you want the first successful analysis
Concepts	You need to choose an analysis strategy from a biological question
Examples	You want copy-pasteable natural-language workflow prompts
Methods Reference	You need canonical tool names, method names, parameters, and defaults
Troubleshooting	Setup, data loading, or analysis behavior is not working
Full Docs	You want the complete documentation site

Reproducibility

Each release publishes a reproduction image under the -repro tag. It re-executes the DLPFC spatial-domain and OSCC CARD deconvolution tool calls recorded during the manuscript experiments, without calling any LLM, and compares the results with the reported values:

docker run --rm -v "$PWD/out:/outputs" \

cafferyyang777/chatspatial@sha256:ac3ba1ed8235c3d53ca72005d8ad2556cac007f5ddb932ae3e1d1241fa2cf9d8 \ chatspatial-reproduce

reproducibility/ contains the image definition and describes what it checks. The experiment and analysis scripts for the manuscript are in ChatSpatial-Reproducibility.

Citation

If you use ChatSpatial in your research, please cite:

@article{Yang2026.02.26.708361,

author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun}, title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics}, elocation-id = {2026.02.26.708361}, year = {2026}, doi = {10.64898/2026.02.26.708361}, publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory}, URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361}, journal = {bioRxiv} }

ChatSpatial orchestrates many excellent third-party methods. Please also cite the original tools your analysis used.

Contributing

Documentation improvements, bug reports, and new analysis methods are all welcome. See CONTRIBUTING.md.

MIT License · GitHub · Issues

ChatSpatial

概要

PopNx MCPの3つの柱

できること

インストール

インストールの前に

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

その他のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

SolveHub

作者のREADME

ChatSpatial

Start Here

Capabilities

Documentation

Reproducibility

Citation

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