Pubmed MCP Server

Name: Pubmed MCP Server
Author: cyanheads

作者：cyanheadsバージョン 2.12.0i★ –iパソコンでもクラウドでも

レジストリ名io.github.cyanheads/pubmed-mcp-server

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

Search PubMed/Europe PMC, fetch articles and full text (PMC/EPMC/Unpaywall), citations, MeSH terms.

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi3項目中3項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況i未計測★ –

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: パソコンでもクラウドでも
トランスポート: stdio, Streamable HTTP
カテゴリ: クリニック・健康

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：3項目中3項目に合格
作者のサーバーで動きます。あなたが頼んだ内容は、作者のサーバーを通ります。
できること：12件（ツール） pubmed_search_articles, pubmed_fetch_articles, pubmed_fetch_fulltext, pubmed_format_citations …
自分で入力するもの： MCP_LOG_LEVEL, NCBI_API_KEY, NCBI_ADMIN_EMAIL, UNPAYWALL_EMAIL

必要なもの

クラウドで動くインストール不要。インターネット経由でつながります
npmNode.jsのインストール（npxコマンドに必要）

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

ウェブ、デスクトップ、モバイルのClaudeで使えます：

Settings → Connectors を開く
Add custom connector を押す
下のアドレスを貼り付けて Add を押す
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

または、パソコンで動かす

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config を開き、claude_desktop_config.json にこれを貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubmed-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_ADMIN_EMAIL": "your-value",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add --transport http pubmed https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

または、パソコンで動かす

claude mcp add pubmed --env MCP_LOG_LEVEL=your-value --env NCBI_API_KEY=your-value --env NCBI_ADMIN_EMAIL=your-value --env UNPAYWALL_EMAIL=your-value -- npx -y @cyanheads/pubmed-mcp-server

動かす前に、空欄の値を入力してください。

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "url": "https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

または、パソコンで動かす

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubmed-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_ADMIN_EMAIL": "your-value",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "pubmed": {
      "type": "http",
      "url": "https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

または、パソコンで動かす

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "pubmed": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubmed-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_ADMIN_EMAIL": "your-value",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

ChatGPTがつなげるのは、インターネット上のサーバーだけです：

ウェブ版のChatGPTを開き → Settings → Connectors (Apps)
Create または Add を押す（プランによっては、先に Advanced で Developer mode をオンにする必要があります）
下のアドレスを貼り付け、名前を付けて保存する
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

メニューの名前は、プランや時期によって少し違うことがあります。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

自分で入力する値

MCP_LOG_LEVEL env
Sets the minimum log level for output (e.g., 'debug', 'info', 'warn').
NCBI_API_KEY env
NCBI API key for higher rate limits (10 req/s vs 3 req/s).
NCBI_ADMIN_EMAIL env
Contact email sent with NCBI requests (recommended by NCBI).
UNPAYWALL_EMAIL env
Contact email for Unpaywall. When set, pubmed_fetch_fulltext falls back to Unpaywall open-access copies for DOIs not in PMC.

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

ツールの名前と説明は、サーバーが2026年11月6日に返したそのままの内容です。書いたのは作者で、私たちではありません。プレーンテキストとして表示しています。

pubmed_search_articles
Search PubMed with full query syntax, filters, and date ranges. Returns PMIDs and optional brief summaries. Supports field-specific filters (author, journal, MeSH terms), common filters (language, species, free full text), and pagination via offset for paging through large result
pubmed_fetch_articles
Fetch full article metadata by PubMed IDs. Returns detailed article information including abstract, authors, journal, MeSH terms, linked retraction, erratum, and comment notices, and databank accessions such as trial registration IDs; grants and the members of a collective author
pubmed_fetch_fulltext
Fetch full-text articles from PubMed Central as structured sections — the body, then back matter such as acknowledgments, declarations, and appendices — with tables and references. When PMC misses, transparently falls back to Europe PMC `fullTextXML` (structured JATS for its open
pubmed_format_citations
Get formatted citations for PubMed articles in one or more formats (apa, mla, bibtex, ris, vancouver). Pass a single format as a string or multiple as an array. Retractions, errata, and expressions of concern NCBI links to an article come back in `notices`; Vancouver and APA also
pubmed_find_related
Find articles related to a source article — similar content (similar), articles citing this one (cited_by), or articles this one cites (references). Uses NCBI ELink as the primary source; falls back to Europe PMC then OpenAlex when NCBI is unavailable.
pubmed_spell_check
Spell-check a PubMed search query against NCBI ESpell and get the corrected query back. Use after a zero-hit or thin `pubmed_search_articles` result, or when a drug, gene, disease, or author name may be misspelled. Corrections are applied in place, so field tags, operators, spaci
pubmed_lookup_mesh
Search and explore the MeSH (Medical Subject Headings) controlled vocabulary. Returns descriptor records with tree numbers, scope notes, and entry terms, plus pagination via offset for paging past the maxResults cap.
pubmed_lookup_citation
Look up PubMed IDs from partial bibliographic citations. Useful when you have a reference (journal, year, volume, page, author) and need the PMID — deterministic citation matching, more reliable than free-text search for structured references. Each citation must include at least
pubmed_convert_ids
Convert between article identifiers (DOI, PMID, PMCID). Accepts up to 50 IDs of a single type per request. Only resolves articles indexed in PubMed Central — for articles not in PMC, use pubmed_search_articles instead.
pubmed_fetch_citation_metrics
Fetch NIH iCite citation metrics for PubMed articles: the Relative Citation Ratio (RCR), NIH percentile, citation count, citations per year, expected and field citation rates, the Approximate Potential to Translate (APT), the human, animal, and molecular/cellular shares of each a
pubmed_europepmc_search
Search Europe PMC, a broad open-access biomedical corpus. Surfaces preprints (`source: PPR`), patents (`source: PAT`), Agricola (`source: AGR`), plus everything in PubMed (`MED`) and PMC. Use when additional coverage is needed — preprints and EPMC-only OA records are the typical
pubmed_europepmc_fetch
Fetch complete Europe PMC records — including the full, untruncated abstract — addressed as `records: [{ source, epmcId }]`, an array even for one record. Pairs with `pubmed_europepmc_search`, which returns bounded `abstractSnippet` values and flags cut ones with `abstractTruncat

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月8日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント cyanheads で確認済みです
… 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
… 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
✓ 合格
エンドポイントが応答する
222ミリ秒で応答（HTTP 200）
– 対象外
OAuthでサインイン
サインイン不要
✓ 合格
ツールの説明に隠れた指示がない
12件のツールの説明を読み、AIへの隠れた指示は見つかりませんでした

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの1024件のうち0%よりスターが多い
このカテゴリのほかの1024件のうち85%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの1024件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

Pubmed MCP Serverは安全ですか？

当てはまる基本チェック3項目のうち3項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

どちらでも使えます。パソコンにインストールしても、クラウド版につないでもかまいません。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（2.12.0）がレジストリに届いたのは5 日前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。URLでつながるので、リモートMCPサーバーに対応したアプリ（開発者モードのChatGPTなど）でも使えます。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Mirobody, FHIR MCP Server, Google Health MCP

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Mirobody

作者：thetahealth

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

パソコンで動く★ 1,408Apache-2.0今日更新

インストール

FHIR MCP Server

作者：wso2

MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications

パソコンで動く★ 137Apache-2.010 日前更新

インストール

Google Health MCP

作者：davidmosiah

Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents

パソコンで動く★ 79MIT4 か月前更新

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

@cyanheads/pubmed-mcp-server Search PubMed/Europe PMC, fetch articles and full text (PMC/EPMC/Unpaywall), citations, MeSH terms via MCP. STDIO or Streamable HTTP. 12 Tools • 1 Resource • 1 Prompt

Public Hosted Server: https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

Overview

Biomedical literature from PubMed, PubMed Central, and Europe PMC. Search it, fetch metadata and full text, resolve identifiers and partial citations, format references, and ground queries in MeSH vocabulary. Runs as a stdio process, a local Streamable HTTP server, or the public hosted endpoint above. Ships the pubmed-guide agent skill (skill://pubmed-guide/SKILL.md), which MCP clients read for PubMed query syntax, DOI-to-PMID routes outside PMC, reference-list resolution, citation counts, and full-text misses.

Tools

Tool	Description
`pubmed_search_articles`	Search PubMed with full query syntax, structured filters, date ranges, and optional summaries
`pubmed_fetch_articles`	Fetch article metadata by PMID: abstract, authors, journal, MeSH terms, databank accessions such as trial registration IDs, grants, a collective author's investigators on request, linked retraction and correction notices
`pubmed_fetch_fulltext`	Fetch full text by PMID, PMCID, or DOI, falling back from PMC to Europe PMC to Unpaywall
`pubmed_europepmc_search`	Search Europe PMC for preprints, patents, Agricola, and open-access records PubMed doesn't carry
`pubmed_europepmc_fetch`	Fetch complete Europe PMC records, including the untruncated abstract, as `records: [{ source, epmcId }]`
`pubmed_fetch_citation_metrics`	Fetch NIH iCite citation metrics by PMID: Relative Citation Ratio, NIH percentile, citation counts and rates
`pubmed_format_citations`	Format citations in APA 7th, MLA 9th, BibTeX, RIS, or Vancouver (ICMJE/NLM), with linked retraction and correction notices
`pubmed_find_related`	Find similar articles, citing articles, or references for a PMID
`pubmed_spell_check`	Correct a misspelled PubMed query via NCBI ESpell
`pubmed_lookup_mesh`	Look up MeSH headings with tree numbers, scope notes, and entry terms
`pubmed_lookup_citation`	Resolve partial references, up to 25 at a time, to PMIDs via ECitMatch
`pubmed_convert_ids`	Convert between DOI, PMID, and PMCID via the PMC ID Converter

Resources

Resource	Description
`pubmed://database/info`	PubMed database metadata via EInfo (field list, record count, last update)

Prompts

Prompt	Description
`research_plan`	Generate a structured four-phase biomedical research plan

Capability reference

`pubmed_search_articles` tool

Full PubMed query syntax plus filters (author, journal, MeSH, publication type, language, species, abstract, free full text) and publication/modification/Entrez date ranges
query is optional: with an author, journal, MeSH, or publication-type filter, the filters alone make the search (a journal's output over a date range, for example)
Up to 1,000 results per page and offsets up to 9,998, or maxResults: 0 for the match count alone; summaryCount adds briefs for up to 50 hits. A larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue
Reports totalCount, the effectiveQuery PubMed ran, and the appliedFilters
Rejects blank filter values, impossible dates, and reversed date ranges before PubMed is called

`pubmed_fetch_articles` tool

Up to 200 PMIDs per call; misses are listed in unavailablePmids
Abstract, authors, journal, DOI, publication types, linked retraction/erratum/comment notices, and links; MeSH terms on by default, grants via includeGrants, and the members of a collective author (its InvestigatorList, thousands on some consortium trials) via includeInvestigators
A retracted, corrected, or questioned article opens with the same notice block as pubmed_format_citations, directly under its title
dataBanks lists the record's trial registrations and data deposits (ClinicalTrials.gov NCT IDs, GenBank and PDB accessions, Dryad DOIs) verbatim; search pubmed_search_articles for [si] to find other records citing one
recordType separates journal articles from Bookshelf chapters and books; opt-in maxResponseCharacters defers overflow to deferred.ids

`pubmed_fetch_fulltext` tool

pmcids, pmids, and dois in any mix, up to 50 distinct identifiers per call: the first 10 are fetched and the rest returned in overLimit for a follow-up call. Each is tried against PMC, then Europe PMC, then Unpaywall (needs UNPAYWALL_EMAIL); an article several of them name is fetched and returned once, and viaSource names the tier that answered
source: "pmc" returns sections (the body, then back matter such as acknowledgments, declarations, and appendices), tables, and figures; source: "unpaywall" returns a best-effort HTML or PDF text body
Europe PMC full text is fetched for records Europe PMC marks open access, preprints included; articles carry the licenses their PMC JATS states
Misses carry a typed reason and triedTiers; sections, maxSections, maxCharacters, overflowMode, and maxResponseCharacters bound the response, truncation reports what was cut, and sectionCap names the sections maxSections cut

`pubmed_europepmc_search` tool

Adds preprints (PPR), patents (PAT), and Agricola (AGR) to MED and PMC; defaults to MED, PMC, PPR
Cursor pagination via cursorMark / nextCursorMark, up to 100 per page; a larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue. Abstracts arrive as 400-character snippets
Optional sort of comma-separated asc|desc keys; relevance is the default order, and a sort Europe PMC cannot use fails as europepmc_invalid_input
Hits carry license and hasFullTextXml
Not registered when EUROPEPMC_ENABLED=false

`pubmed_europepmc_fetch` tool

Up to 25 records per call as records: [{ source, epmcId }], each pair copied from a search hit, with the full abstract, license, and hasFullTextXml; unresolved ids land in notFound; opt-in maxResponseCharacters defers overflow to deferred.records
Not registered when EUROPEPMC_ENABLED=false

`pubmed_fetch_citation_metrics` tool

Up to 1,000 PMIDs per call; the first 200 distinct are fetched and the rest returned in overLimit, PMIDs NIH iCite has no record for in unavailablePmids
Relative Citation Ratio (with a provisional flag), NIH percentile, citation count and rates, Approximate Potential to Translate, MeSH category shares, and clinical citations
iCite does not flag retractions; check pubmed_fetch_articles for notices
Source: NIH iCite

`pubmed_format_citations` tool

Up to 50 PMIDs per call, in any mix of apa, mla, bibtex, ris, and vancouver
Bookshelf records cite as edited books, each chapter dated by its own last revision or contribution date; PMIDs that can't be fetched are reported as unavailable
Vancouver writes page ranges in elided Citing Medicine form (1637-1645 → 1637-45); BibTeX issn and RIS SN carry the journal's linking ISSN, and RIS TI drops its trailing period
Retractions, errata, and expressions of concern NCBI links to an article come back as notices and are shown ahead of its citations; Vancouver adds a Retraction in: / Erratum in: note and APA a retraction parenthetical

`pubmed_find_related` tool

similar, cited_by, or references, up to 50 per page with offset pagination. A larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue
Falls back to Europe PMC, then OpenAlex, and names the provider that answered; fails as all_providers_failed if none can

`pubmed_spell_check` tool

Returns original, corrected, and hasSuggestion; corrections land in place, so field tags, operators, spacing, and gene symbols stay as written, and a single letter such as an author initial is never swapped for another
Values of indexed field tags (aged[mh], zhang y[au], free full text[sb]) are kept as written; free-text fields ([tiab], [ti], [tw]) are still corrected
Run it after a zero-hit or thin search, then retry pubmed_search_articles with corrected

`pubmed_lookup_mesh` tool

Descriptors by name or free-text term, with an exact heading match pinned first (the descriptor, for a drug-class heading); up to 50 per page, continued via nextOffset. A larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue
Records carry their MeSH unique ID (meshId, e.g. D000072657) beside the Entrez UID; includeDetails (default on) adds tree numbers, scope notes, and entry terms

`pubmed_lookup_citation` tool

Up to 25 partial citations per call; a journal or a four-digit year is required, and volume, first page, and author sharpen the match
Each is matched independently and comes back matched, not_found, or ambiguous, with recovery detail

`pubmed_convert_ids` tool

Up to 50 ids per call, all of one declared idType (doi, pmid, pmcid); only PMC-indexed articles resolve
One success or error row per id, in order, so a partial batch never fails

`pubmed://database/info` resource

Live EInfo call for the pubmed database, returned as application/json
count, lastUpdate, and fields[], whose names are the search tags pubmed_search_articles accepts

`research_plan` prompt

Arguments: title, goal, and keywords required; organism and includeAgentPrompts optional
Returns a four-phase

冒頭だけを表示しています。続きはリポジトリで読めます

Pubmed MCP Server

概要

PopNx MCPの3つの柱

できること

インストール

インストールの前に

または、パソコンで動かす

または、パソコンで動かす

または、パソコンで動かす

または、パソコンで動かす

自分で入力する値

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Mirobody

FHIR MCP Server

Google Health MCP

作者のREADME

Overview

Tools

Resources

Prompts

Capability reference

pubmed_search_articles tool

pubmed_fetch_articles tool

pubmed_fetch_fulltext tool

pubmed_europepmc_search tool

pubmed_europepmc_fetch tool

pubmed_fetch_citation_metrics tool

pubmed_format_citations tool

pubmed_find_related tool

pubmed_spell_check tool

pubmed_lookup_mesh tool

pubmed_lookup_citation tool

pubmed_convert_ids tool

pubmed://database/info resource

research_plan prompt

`pubmed_search_articles` tool

`pubmed_fetch_articles` tool

`pubmed_fetch_fulltext` tool

`pubmed_europepmc_search` tool

`pubmed_europepmc_fetch` tool

`pubmed_fetch_citation_metrics` tool

`pubmed_format_citations` tool

`pubmed_find_related` tool

`pubmed_spell_check` tool

`pubmed_lookup_mesh` tool

`pubmed_lookup_citation` tool

`pubmed_convert_ids` tool

`pubmed://database/info` resource

`research_plan` prompt