Cytoscape Desktop MCP

Name: Cytoscape Desktop MCP
Author: cytoscape

作者：cytoscapeバージョン 1.0.3i★ –iパソコンで動く

レジストリ名io.github.cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

Drive a running Cytoscape Desktop to load, lay out, and style biological networks.

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi1項目中1項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況iとても新しい↓ 38/週 · ★ –

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: パソコンで動く
トランスポート: stdio
カテゴリ: その他

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：1項目中1項目に合格
あなたのパソコンで、あなたのユーザーと同じ権限（ファイル、ネットワーク、アプリ）で動きます。
自分で入力するもの： CYREST_PORT

必要なもの

npmNode.jsのインストール（npxコマンドに必要）

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

作者の .mcpb ファイルをダウンロード

リンク先は作者自身のファイルです。私たちが置いたり再パッケージしたりしたものではありません。ファイルを開くと、Claude Desktopがインストールします。

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add cytoscape-desktop-bridge --env CYREST_PORT=your-value -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

動かす前に、空欄の値を入力してください。

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

これはパソコンで動くサーバーですが、ChatGPTがつなげるのはインターネット上のサーバーだけです。ほかのアプリを選んでください。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

自分で入力する値

CYREST_PORT env
Port Cytoscape Desktop's REST interface listens on (Edit > Preferences > REST API)

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

パソコンで動くサーバーです。インストールすると、ツール一覧がAIアプリに表示されます。

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月8日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント cytoscape で確認済みです
… 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
… 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
– 対象外
エンドポイントが応答する
これはパソコンで動くため、インターネット上のエンドポイントはありません
– 対象外
OAuthでサインイン
パソコンで動き、代わりにローカルの設定を使います
… 未チェック
ツールの説明に隠れた指示がない
パソコンで動くサーバーです。ツール一覧を読み取れるのは、インターネット上のエンドポイントがある場合だけです

その他のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの18610件のうち0%よりスターが多い
このカテゴリのほかの18610件のうち20%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの18610件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

Cytoscape Desktop MCPは安全ですか？

当てはまる基本チェック1項目のうち1項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

あなたのパソコンで動きます。必要なときにAIアプリが起動し、データは作者のサーバーを通りません（サーバー自体がオンラインサービスを呼び出す場合を除きます）。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（1.0.3）がレジストリに届いたのは3 か月前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。パソコンにMCPB, Node.jsも必要です。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Alion: company, startup and market intelligence

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：↓ 週あたりのダウンロードi★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Spec Driven Development

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

作者：formulahendry初期↓ 66/週★ 44014 か月前更新

パソコンで動く

インストール

Remote Desktop Commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

作者：desktop-commander成長中★ 2113 日前更新

クラウドで動く✓ desktopcommander.app

インストール

Alion: company, startup and market intelligence

Companies, jobs, pay and people; check counterparties, register agents, write to companies.

作者：alion.io初期今日更新

パソコンでもクラウドでも✓ alion.io

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

Cytoscape MCP Server

An embedded Model Context Protocol (MCP) server for Cytoscape Desktop, packaged as a Cytoscape App. AI clients such as Claude Desktop connect to Cytoscape over HTTP and invoke tools that control the desktop application directly — loading networks, setting active views, and more.

NOTE: This app is experimental. The interface and available tools are subject to change.

Architecture

How It Works

Once installed, the app publishes an MCP endpoint inside Cytoscape's existing CyREST HTTP server — AI clients connect to the MCP endpoint with Streamable HTTP transport and call MCP tools which drive activity on the Cytoscape desktop display.

The app also adds two visual indicators to the Cytoscape Desktop UI:

MCP toolbar button

a bold MCP button in the bottom-left status bar. The label is green when the MCP server is running and red when it is not. Clicking it opens the Agent Configuration dialog which displays the full MCP url and connection instructions for all supported agents.

Task History entries

every MCP tool invocation is recorded in Cytoscape's Task History panel (View > Show Task History), so you can see exactly which tools an agent called and when.

AI Agent──► HTTP──► http://localhost:{rest.port}/mcp ──► Cytoscape Desktop

└── load network from NDEx or file └── get loaded network views └── set current network view └── create network view

Requirements

Cytoscape 3.10 or above
Internet connection (for loading networks from NDEx)
An MCP-compatible AI client that also supports the Streamable HTTP transport(not SSE which is deprecated as of 02/2025) (e.g. Claude Desktop)

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install Cytoscape MCP Server from the App Store — this is the MCP server itself, and everything else on this page depends on it being installed and running:

https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapemcpserver

Or from inside Cytoscape: Apps > App Manager, search for Cytoscape MCP Server, and install.

Install a JAR manually

Alternatively, get the app jar:

Download the latest cytoscape-mcp- .jar from the Releases page.
or Build the jar

Then:

Open Cytoscape Desktop.
Navigate to Apps > App Manager > Install from File.
Select the file path to the MCP App JAR and restart Cytoscape if prompted.

After startup, the MCP status can be viewed via the MCP button in the status bar.

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

See docs/AgentConfiguration.md for step-by-step setup instructions for Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot (VS Code), GitHub Copilot CLI, and OpenAI Codex CLI.

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Most agents will have a /mcp command or UI settings panel which will show status of connection to the MCP server and a list of tools currently published by this server, check to see if it is denoted as 'connected'.
Check the MCP health endpoint

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/health

Replace {rest.port} with Cytoscape's CyREST port (shown in the Agent Configuration dialog). You should see {"status":"ok","transport":"mcp-streamable-http"}. A "connection refused" error means Cytoscape is not running or the port is wrong.

Use external MCP introspection tools against the Desktop MCP server running at http://localhost:{rest.port}/mcp to validate or view current tools catalog - modelcontextprotocol/inspector

Building from source

If you want to build the app jar directly from source instead of using release jars.

Requirements:

Java 17 with JDK
Git
Make

git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp

cd cytoscape-desktop-mcp make install

The JAR is produced at build/libs/cytoscape-mcp- .jar.

For a full list of build targets:

make help

Release tags

Two components ship from this repo on separate tag namespaces:

Component	Tag	Produces
Cytoscape App (the MCP server)	`vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp- .jar`, plus a convenience copy of the `.mcpb`
MCPB bridge (`claude-extension/`)	`mcpb-vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp.mcpb`, and publishes to npm and the MCP Registry

The bridge is versioned independently of the app because the bridge is distinctly separate deliverable with separate source tree for it to provide a stdio-to-http transport bridge that some agents may use. See registry/README.md for the release runbook.

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

The MCP server provides a human-readable catalog of every tool registered on the server formatted as Markdown with complete MCP Protocol JSON schema definitions for each tool's input and output. You can obtain the catalog through multiple options:

When the app is loaded in Desktop, at runtime the MCP server exposes /mcp/manifest endpoint which can be retrieved by browser or command line

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest

After any build locally, make build will generate the MCP manifest based on current code into a static file at build/generated/manifest/MCPManifest.md for same review.
Static copy of the catalog is also stored in repo at MCPManifest.md

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Invoking the tools requires some prompt engineering to provide key words or phrases which will activate the LLM to choose usage of a tool. Check out MCPManifest.md which contains 3 to 4 examples of Prompt snippets on each tool's description as reference of how to trigger LLM activation.

an example of a simple prompt which will lead the LLM to reason over the available tools as a whole and orchestrate their usage as building blocks into a sequence to reach the requested end result:

   > open a network using cytoscape desktop

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Properties are editable at runtime via Edit > Preferences > Properties > cytoscapemcp:

Property	Default	Description
`mcp.ndexbaseurl`	`https://www.ndexbio.org`	NDEx base URL (takes effect immediately)

Documentation

Full documentation is in the docs/ directory:

Agent Configuration — connecting Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot, Codex CLI, and others
User Manual — configuration reference and available tools
Tutorial — end-to-end walkthrough: install, connect, load a network
FAQ — common questions and troubleshooting

COPYRIGHT AND LICENSE

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Acknowledgements

TODO: denote funding sources

Cytoscape Desktop MCP

概要

PopNx MCPの3つの柱

できること

インストール

インストールの前に

自分で入力する値

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

その他のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Alion: company, startup and market intelligence

作者のREADME

Cytoscape MCP Server

Architecture

How It Works

MCP toolbar button

Task History entries

Requirements

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install a JAR manually

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Building from source

Release tags

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Documentation

COPYRIGHT AND LICENSE

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