Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Name: Folklore Clinical Variant Interpretation MCP
Author: helena-bioinformatics

作者：helena-bioinformaticsバージョン 2.0.0i★ –iクラウドで動く

レジストリ名io.github.helena-bioinformatics/folklore

インストール

概要

作者による説明（英語の原文）

Germline ACMG/AMP classification, genes, disease associations, literature and API-key case analysis.

PopNx MCPの3つの柱

この3つを1つのスコアにまとめることはしません。意見、測定、人気はそれぞれ別のものだからです。

利用者の声iレビューはまだありませんレビューは今後のステップで、アカウント機能と一緒に始まります
私たちの基本チェックi3項目中3項目に合格公開情報からチェック。コードはまだスキャンしていません
利用状況i未計測★ –

できること

このサーバーのやさしい解説はまだ書いていません。以下はレジストリから読み取った事実です。

接続方法: クラウドで動く
トランスポート: Streamable HTTP
カテゴリ: その他

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

インストールの前に

基本チェック：3項目中3項目に合格
作者のサーバーで動きます。あなたが頼んだ内容は、作者のサーバーを通ります。
できること：11件（ツール） classify_germline_variant, search_variant_literature, get_publication_details, search_literature_corpus …
レジストリには、入力が必要なキーは載っていません。

必要なもの

クラウドで動くインストール不要。インターネット経由でつながります

どのアプリを使っていますか？

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

上でアプリを選んでください。選んだアプリを覚えておくので、次からはボタンに「…にインストール」と表示されます。

ウェブ、デスクトップ、モバイルのClaudeで使えます：

Settings → Connectors を開く
Add custom connector を押す
下のアドレスを貼り付けて Add を押す
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

ターミナルでこれを実行します

claude mcp add --transport http folklore https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Cursorで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .cursor/mcp.json、または ~/.cursor/mcp.json に貼り付けます

{
  "mcpServers": {
    "folklore": {
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

ブラウザがアプリを開いてよいか確認し、そのあとアプリが設定を表示して確認を求めます。キーの値は空欄のままなので、自分で入力してください。

VS Codeで開く

または、設定を自分でコピーする

プロジェクトの .vscode/mcp.json に貼り付けます

{
  "servers": {
    "folklore": {
      "type": "http",
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

ChatGPTがつなげるのは、インターネット上のサーバーだけです：

ウェブ版のChatGPTを開き → Settings → Connectors (Apps)
Create または Add を押す（プランによっては、先に Advanced で Developer mode をオンにする必要があります）
下のアドレスを貼り付け、名前を付けて保存する
サインインを求められたら、作者のサービスにサインインする

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

メニューの名前は、プランや時期によって少し違うことがあります。

選んだアプリは、この端末のCookieに保存されます。アカウントは不要です。

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

できること

ツールの名前と説明は、サーバーが2026年11月7日に返したそのままの内容です。書いたのは作者で、私たちではありません。プレーンテキストとして表示しています。

classify_germline_variant
Classify one GRCh38 germline nuclear SNV or simple indel smaller than 50 bp under ACMG/AMP. Accepts genomic, coding or protein HGVS, coordinates, SPDI, rsID or a returned canonical key. Returns normalized identity, automated classification, applied criteria, ClinVar assertions, p
search_variant_literature
Resolve one GRCh38 germline variant and retrieve publications from the PubMed-derived genetics corpus. Exact variant mentions rank ahead of broader gene associations. Returns match types, source links, corpus provenance and retrieval time.
get_publication_details
Retrieve one PMID from the PubMed-derived genetics corpus, including title, abstract, authors, journal, publication types, MeSH terms, gene and variant mentions, retraction status and PubMed/PMC links.
search_literature_corpus
Search the genetics Literature Corpus by question, PMID, DOI, PMCID, gene, variant, phenotype, HPO or OMIM concept. Known publication identifiers provide exact anchors. Returns ranked publications, match types, scores and source links.
support_helena
Retrieve Helena Good campaign, rules, manifest and MCP connection URLs.
get_gene_disease_associations
Find diseases associated with an exact gene symbol or HGNC identifier. Returns ClinGen gene-disease validity assertions, relation-specific inheritance, source reports and snapshot provenance, including conflicting and limited assertions.
search_disease_genes
Find genes associated with an exact MONDO identifier or disease-name search. Returns ClinGen validity assertions with inheritance, source reports and snapshot provenance. Name searches can return multiple disease identities.
resolve_gene
Resolve a human gene symbol, previous symbol, alias, HGNC, Ensembl or NCBI Gene identifier. Returns exact, alias, ambiguous, not_found or withdrawn status with candidates and identity_snapshot_id. Use a selected HGNC gene_id and snapshot_id with get_gene_profile. Gene-plus-HGVS a
get_gene_profile
Read the selected gene_id and immutable snapshot_id from resolve_gene. Returns overview, disease validity, dosage, mechanisms, transcripts, native assemblies, constraint, ClinVar summaries and consequences, expression, GWAS, phenotypes and protein/pathways with source assertions,
get_gene_section
Read a gene-profile section using gene_id, snapshot_id and its returned opaque cursor. Returns source records, assembly/release, coverage, totals, count units and provenance. snapshot_unavailable requires a fresh resolution/profile request.
search_gene_literature
Retrieve a live publication capture for a resolved gene_id and snapshot_id. Returns source links, match labels, capture time/hash, degradation and gene/snapshot/sort-bound cursors. This capture is separate from the immutable reference snapshot and contains no abstracts.

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月7日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント helena-bioinformatics で確認済みです
… 未チェック
今もメンテナンスされている
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
… 未チェック
ライセンスがある
このリポジトリはまだGitHubから読み取っていません
✓ 合格
エンドポイントが応答する
447ミリ秒で応答（HTTP 200）
– 対象外
OAuthでサインイン
サインイン不要
✓ 合格
ツールの説明に隠れた指示がない
11件のツールの説明を読み、AIへの隠れた指示は見つかりませんでした

その他のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの32683件のうち0%よりスターが多い
このカテゴリのほかの32683件のうち96%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの32683件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

Folklore Clinical Variant Interpretation MCPは安全ですか？

当てはまる基本チェック3項目のうち3項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

レジストリには必須のキーは載っていません。ただし、最初に使うときにサインインを求めるサーバーもあります。

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

作者のクラウドで動きます。インストール不要でインターネット経由でつながりますが、送った内容は作者のサーバーを通ります。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は–、最新バージョン（2.0.0）がレジストリに届いたのは昨日です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。URLでつながるので、リモートMCPサーバーに対応したアプリ（開発者モードのChatGPTなど）でも使えます。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, MCP Server Autocad Lisp Helper

代わりの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Spec Driven Development

作者：formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

パソコンで動く★ 440MIT14 か月前更新

インストール

Remote Desktop Commander

作者：desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

クラウドで動く★ 211一昨日更新

インストール

MCP Server Autocad Lisp Helper

作者：radwanalmsora

High-precision static analysis and debug server for AutoCAD AutoLISP (.lsp) files.

パソコンで動く今日更新

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

One hosted MCP server for public scientific queries and authenticated case workflows.

Endpoint: https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Version 2.0.0

Connect your MCP client directly to this Streamable HTTP endpoint. No local Folklore server is required. Anonymous callers receive 11 public tools. Send your Folklore API key in the Authorization Bearer header to access 18 additional case, source and result tools at the same endpoint. Invalid supplied credentials fail authentication; they do not select the anonymous catalog.

Create a key in your Folklore account for the selected account and sources. Keep it in your client's secret store, never in prompts, tool arguments or URLs. The selected account's native subscription capabilities, usage limits and eligible credits govern processing. A key does not grant funded compute.

See case workflows, the 18 authenticated tool schemas and the public task recipes.

Classify a variant

Connect your MCP client to:

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Access is anonymous. Call classify_germline_variant:

{"name":"classify_germline_variant","arguments":{"assembly":"GRCh38","query":"NM_007294.4:c.68_69del"}}

Input: one public GRCh38 nuclear germline SNV or simple indel smaller than 50 bp. Accepted notation includes supported HGVS, SPDI, rsID and genomic coordinates. Preserve transcript versions and reference alleles.

A resolved identity with successful interpretation includes automated ACMG/AMP classification, reported criteria, annotations, source evidence and provenance. Submitted ClinVar assertions retain their own source attribution alongside the Folklore classification. A VUS is a classification outcome.

Status	Next step
`resolved`	Read interpretation status, then classification and evidence.
`ambiguous`	Present candidates for an explicit allele choice.
`not_found`	Report the source-scoped miss.
`invalid_request`	Supply a corrected supported expression.
`unsupported`	Select a workflow for the requested variant type or assembly.
`resolution_unavailable`	Inspect the typed error and retry policy.

Interpretation status is success or unavailable. Transport, JSON-RPC, MCP and adapter errors have separate fields. See typed outcomes.

Scientific tools

Tool	Operation
`classify_germline_variant`	Resolve, classify and assess one supported germline variant.
`search_variant_literature`	Retrieve publications linked to a resolved variant.
`get_publication_details`	Retrieve the bibliographic record and abstract for a PMID.
`search_literature_corpus`	Search publications by scientific question or public identifier.
`get_gene_disease_associations`	Retrieve ClinGen assertions for an exact gene symbol or HGNC identifier.
`search_disease_genes`	Retrieve ClinGen assertions by MONDO identifier or disease-name substring.
`resolve_gene`	Resolve a human gene symbol, alias or stable identifier.
`get_gene_profile`	Read the selected HGNC gene at its returned snapshot.
`get_gene_section`	Continue one profile section using its cursor.
`search_gene_literature`	Retrieve a separate live publication capture for the selected gene.

ClinGen results preserve assertion-level disease identity, inheritance, validity assessment, panel, date and source links. Profile sections retain provider, assembly, release, units and pagination. Gene literature has its own capture identity. Follow gene-disease and gene-profile contracts for exact inputs.

support_helena provides links to the separate Helena Good service when the user asks about supporting Helena. An optional MCP App renders variant results.

Connect an agent or application

The hosted server uses stateless Streamable HTTP and MCP 2026-07-28. Requests carry matching protocol metadata and routing headers. Supported methods include server/discover, tools/list, tools/call, prompts/list, prompts/get, resources/list and resources/read.

Direct Streamable HTTP
OpenAI Agents SDK
Biomni
Biorouter
Dify, n8n, Galaxy, KNIME
Notebook workflow

The compatibility guide records protocol/client observations. All clients sharing egress use the same rate budget.

Agent Skill and workflow prompts

Install the portable Agent Skill using the installation guide. It routes pathogenicity, VUS, ClinVar, population-frequency, gene-disease and literature tasks to the hosted tools. The skill source includes OpenAI interface metadata.

Workflow prompts compose tool operations for classification, VUS assessment, ACMG/AMP explanation, identity verification and variant-literature comparison. Each accepts one public variant expression.

Run the adapter

The Apache-2.0 adapter implements MCP transport, public API clients and validated response projection. Folklore's scientific authorities produce normalization, annotation, evidence aggregation and classification.

python3.12 -m venv .venv

. .venv/bin/activate pip install -e '.[dev]' FOLKLORE_MCP_ENABLED=true \ FOLKLORE_LITERATURE_ENABLED=true \ FOLKLORE_GENE_DISEASE_ENABLED=true \ FOLKLORE_PUBLIC_GENE_ENABLED=true \ folklore-mcp

Capabilities are enabled through the flags above. Gene literature requires both public-gene and literature capabilities. The default upstream is https://api.helena.bio; local contract tests support localhost and 127.0.0.1. The standalone HTTP image uses Dockerfile.adapter; Dockerfile provides the pinned stdio bridge.

Verify and measure

pytest

ruff check . ruff format --check . python3 ops/reconcile_discovery.py

The read-only reconciler compares runtime, Server Card and Official Registry state, with separate aggregator observations. python3 ops/public_smoke.py checks discovery, prompts and resources.

Public measurement sources: variant interpretation, 100-case agent discovery, 60-query search discovery and genomic discovery cohort.

Registry and citation

Registry name: io.github.helena-bioinformatics/folklore
Publisher: Helena Bioinformatics
Website: https://folklore.helena.bio
Task routing metadata
Per-tool task contracts
Security reporting
Source boundary
Citation metadata

The immutable MCP adapter 1.6.0 archive is 10.5281/zenodo.23817704, from signed tag folklore-mcp-v1.6.0 at 55a332c6dd6bd4650e921c12ac145b8e0f90476a. The Biorouter-tag archive is 10.5281/zenodo.23818207.

License

Apache License 2.0. See LICENSE and NOTICE.

Automated variant classifications support qualified professional review and are not patient diagnoses or treatment recommendations.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

概要

PopNx MCPの3つの柱

できること

インストール

インストールの前に

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

その他のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

代わりの候補

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

MCP Server Autocad Lisp Helper

作者のREADME

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Classify a variant

Scientific tools

Connect an agent or application

Agent Skill and workflow prompts

Run the adapter

Verify and measure

Registry and citation

License