BioMCP-TS

Name: BioMCP-TS
Author: yeyuan98

作者：yeyuan98バージョン 1.4.3i★ 12iパソコンで動く

レジストリ名io.github.yeyuan98/biomcp-ts

インストール方法

What it does

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

Connects パソコンで動く
Account or key Needs NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY
Category クリニック・健康

インストール

使っているAIアプリを選んで、設定をコピーしてください。

チェック 3/3 合格 · あなたのパソコンで動きます · ✓ コマンド確認済み 2026年11月14日

まず：どの AI を使っていますか？

ClaudeWeb · アプリ · スマホChatGPTWebClaude CodeターミナルCursorコードエディタVS Codeコードエディタその他その他のアプリ

使っているアプリを選ぶと、下に手順が表示されます。

Claude につなげますが、先に準備が必要です

BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ） · パソコン版 Claude アプリ（Windows または Mac）のみ。Web やスマホでは使えません

Node.js を入れる
1 回だけ。Node.js が必要なすべてのサーバーで使えます
Node.js のダウンロードページを開く ↗
完了
BioMCP-TS に登録してキーを作る
提供元のサイトで登録し、次の手順で使う API キーを作ります。料金や無料プランは提供元のサイトで確認してください。
BioMCP-TS のサイトを開く ↗
完了
パソコン版 Claude アプリの設定ファイルを開く
SettingsDeveloperEdit Config
完了

この設定を貼り付けて保存

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

キーはアプリの入力欄にだけ貼り付け、チャットに貼ったり人に送ったりしないでください

完了

Claude を終了してもう一度開く
完了
試してみる
BioMCP-TS を使って、私に何ができるか教えて、1 つやってみせて
✓ Claude が BioMCP-TS を使っていると言うか、回答に BioMCP-TS のツール名が出れば接続成功です

追加の設定 3 項目（入力しなくても使えます）

上のコマンドはこれらがなくても動きます。変えたいときだけ作者の説明に沿って追加してください。

ANALYSIS_BIOWASM Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
ANALYSIS_R Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
DB_TYPE Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools

説明は英語の原文のままです。

メニュー名は 2026年11月11日に Anthropic のヘルプページで確認 · アプリのバージョンにより画面が少し違うことがあります

ChatGPT はまだ BioMCP-TS につなげません

BioMCP-TS はパソコンに入れて使うものですが、ChatGPT は Web 上で動くサーバーにしかつなげません

代わりにできること

A · BioMCP-TS につなげるアプリを使う

Claude の手順 →BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ） · パソコン版 Claude アプリ（Windows または Mac）のみ。Web やスマホでは使えません
Claude Code の手順 →BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ）
Cursor の手順 →BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ）
VS Code の手順 →BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ）

B · クリニック・健康の中で ChatGPT につなげる別のサーバー

同じカテゴリでよく使われているものから、キーなしでアドレスだけでつなげるものを選びました

Claude Code につなげますが、先に準備が必要です

BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ）

Node.js を入れる
1 回だけ。Node.js が必要なすべてのサーバーで使えます
Node.js のダウンロードページを開く ↗
完了
BioMCP-TS に登録してキーを作る
提供元のサイトで登録し、次の手順で使う API キーを作ります。料金や無料プランは提供元のサイトで確認してください。
BioMCP-TS のサイトを開く ↗
完了
ターミナルを開く
Mac：Command+スペースで Terminal と入力 · Windows：PowerShell を開く
完了
4
このコマンドを貼り付けて Enter
```
claude mcp add --scope user biomcp-ts --env NCBI_API_KEY=your-value --env S2_API_KEY=your-value --env OPENFDA_API_KEY=your-value --env ONCOKB_TOKEN=your-value --env DISGENET_API_KEY=your-value -- npx -y biomcp
```
Enter の前に「your-value」を自分のキーに書き換えてください
キーはアプリの入力欄にだけ貼り付け、チャットに貼ったり人に送ったりしないでください
完了
Claude Code で /mcp と入力
BioMCP-TS が一覧にあり、接続済みと表示されれば OK です
完了
試してみる
BioMCP-TS を使って、私に何ができるか教えて、1 つやってみせて
✓ Claude Code が BioMCP-TS を使っていると言うか、回答に BioMCP-TS のツール名が出れば接続成功です

追加の設定 3 項目（入力しなくても使えます）

上のコマンドはこれらがなくても動きます。変えたいときだけ作者の説明に沿って追加してください。

ANALYSIS_BIOWASM Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
ANALYSIS_R Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
DB_TYPE Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools

説明は英語の原文のままです。

メニュー名は 2026年11月11日に Anthropic のヘルプページで確認 · アプリのバージョンにより画面が少し違うことがあります

Cursor につなげますが、先に準備が必要です

BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ）

Node.js を入れる
1 回だけ。Node.js が必要なすべてのサーバーで使えます
Node.js のダウンロードページを開く ↗
完了
BioMCP-TS に登録してキーを作る
提供元のサイトで登録し、次の手順で使う API キーを作ります。料金や無料プランは提供元のサイトで確認してください。
BioMCP-TS のサイトを開く ↗
完了
このボタンで Cursor を開く
Cursor で開く
Cursor がインストールの確認をするので Install を押します
完了
キーを入力
BioMCP-TS の設定で NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY が空です。自分のキーを入れて保存します
キーはアプリの入力欄にだけ貼り付け、チャットに貼ったり人に送ったりしないでください
完了
Cursor の AI チャットを Agent モードで開く
完了
試してみる
BioMCP-TS を使って、私に何ができるか教えて、1 つやってみせて
✓ Cursor が BioMCP-TS を使っていると言うか、回答に BioMCP-TS のツール名が出れば接続成功です

追加の設定 3 項目（入力しなくても使えます）

上のコマンドはこれらがなくても動きます。変えたいときだけ作者の説明に沿って追加してください。

ANALYSIS_BIOWASM Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
ANALYSIS_R Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
DB_TYPE Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools

説明は英語の原文のままです。

メニュー名は 2026年11月11日に Cursor のヘルプページで確認 · アプリのバージョンにより画面が少し違うことがあります

VS Code につなげますが、先に準備が必要です

BioMCP-TS のキーが必要です（提供元のサイトで作成） · 先にパソコンへ Node.js を入れてください（1 回だけ）

Node.js を入れる
1 回だけ。Node.js が必要なすべてのサーバーで使えます
Node.js のダウンロードページを開く ↗
完了
BioMCP-TS に登録してキーを作る
提供元のサイトで登録し、次の手順で使う API キーを作ります。料金や無料プランは提供元のサイトで確認してください。
BioMCP-TS のサイトを開く ↗
完了
このボタンで VS Code を開く
VS Code で開く
VS Code がインストールの確認をするので Install を押します
完了
キーを入力
BioMCP-TS の設定で NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY が空です。自分のキーを入れて保存します
キーはアプリの入力欄にだけ貼り付け、チャットに貼ったり人に送ったりしないでください
完了
VS Code の AI チャットを Agent モードで開く
完了
試してみる
BioMCP-TS を使って、私に何ができるか教えて、1 つやってみせて
✓ VS Code が BioMCP-TS を使っていると言うか、回答に BioMCP-TS のツール名が出れば接続成功です

追加の設定 3 項目（入力しなくても使えます）

上のコマンドはこれらがなくても動きます。変えたいときだけ作者の説明に沿って追加してください。

ANALYSIS_BIOWASM Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
ANALYSIS_R Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
DB_TYPE Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools

説明は英語の原文のままです。

メニュー名は 2026年11月11日に VS Code のヘルプページで確認 · アプリのバージョンにより画面が少し違うことがあります

Windsurf、Zed、Gemini CLI など MCP を使える他のアプリは追加方法がそれぞれ違います。アプリ一覧で確認してください

MCP を使えるアプリをすべて見る →

JSON 設定は下の「開発者向け」にあります

つまずいたら？BioMCP-TS を使っている人に聞いてみましょう💬 ディスカッション →

開発者向け：ターミナルのコマンドと JSON 設定

パソコンにインストール

Claude Code

claude mcp add --scope user biomcp-ts --env NCBI_API_KEY=your-value --env S2_API_KEY=your-value --env OPENFDA_API_KEY=your-value --env ONCOKB_TOKEN=your-value --env DISGENET_API_KEY=your-value -- npx -y biomcp

Claude Desktop (claude_desktop_config.json)

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

Cursor (~/.cursor/mcp.json)

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

VS Code (mcp.json)

{
  "servers": {
    "biomcp-ts": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

自分で入力する値

ANALYSIS_BIOWASM env
Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
ANALYSIS_R env
Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
DB_TYPE env
Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools
NCBI_API_KEY 秘密必須 env
Higher NCBI E-utilities rate limits (3 -> 10 req/s)
S2_API_KEY 秘密必須 env
Higher Semantic Scholar rate limits
OPENFDA_API_KEY 秘密必須 env
Higher OpenFDA rate limits
ONCOKB_TOKEN 秘密必須 env
Required by the variant_oncokb tool (OncoKB annotations)
DISGENET_API_KEY 秘密必須 env
Required for DisGeNET disease-gene associations

説明は英語の原文のままです。

この設定は、作者のレジストリ登録情報から作成しています。READMEと違う場合は、READMEに従ってください。

ひと目でわかる

GitHubスター i: 12
週あたりのダウンロードi: 200/週
ライセンス i: Apache-2.0
接続方法: パソコンで動く
トランスポート: stdio
最新バージョンi: 1.4.3
カテゴリi: クリニック・健康
レジストリ公開日i: 2026年9月14日
コードの最終更新i: 2026年11月13日
作者: yeyuan98
パッケージ: npm: biomcp
リポジトリ: yeyuan98/biomcp-ts
ウェブサイト: github.com
レジストリでの状態: 有効

使えるアプリ

このサーバーのつなぎ方と、各アプリの公式ドキュメントに基づきます。2026年11月10日に確認。

パソコン上で動かせるアプリ

Claude Goose LM Studio Msty Studio Cherry Studio Cursor VS Code + GitHub Copilot Visual Studio Windsurf (Devin Desktop)Zed Kiro Cline Continue JetBrains AI Assistant Claude Code Codex CLI Gemini CLI OpenCode nodecode Warp LibreChat Raycast

すべてのアプリと長所・短所 →

できること

パソコンで動くサーバーです。インストールすると、ツール一覧がAIアプリに表示されます。

基本チェックi

誰でも見られる情報をチェックしており、コードは読んでいません。当てはまらない項目は数に入れていません。 · 2026年11月14日にチェック

✓ 合格
作者とリポジトリが一致
レジストリ名は、リポジトリを所有するGitHubアカウント yeyuan98 で確認済みです
✓ 合格
今もメンテナンスされている
コードの最終更新：昨日
✓ 合格
ライセンスがある
Apache-2.0を使用
– 対象外
エンドポイントが応答する
これはパソコンで動くため、インターネット上のエンドポイントはありません
– 対象外
OAuthでサインイン
パソコンで動き、代わりにローカルの設定を使います
… 未チェック
ツールの説明に隠れた指示がない
パソコンで動くサーバーです。ツール一覧を読み取れるのは、インターネット上のエンドポイントがある場合だけです

話し合い

質問、コツの共有、使えないことの報告ができます。「役に立った」の多い順です。

まだ投稿はありません。最初の質問や共有をどうぞ。

ここの投稿は利用者によるもので、PopNx チームのものではありません。

Google でログインして投稿

ユーザーレビュー

まだレビューはありません

Google でログインしてレビューを書く

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

このカテゴリのほかの1108件のうち96%よりスターが多い
このカテゴリのほかの1108件のうち33%より最近レジストリに公開
基本チェックの結果が、このカテゴリのほかの1108件のうち100%と同じかそれ以上

レジストリでこのカテゴリにある有効なすべてのサーバーと比較しています。スターは、公開者がリポジトリの所有者である場合だけ数えます。

よくある質問

BioMCP-TSは安全ですか？

当てはまる基本チェック3項目のうち3項目に合格しました。コードは読んでいません。キーやトークンを追加する前に、サーバーがどんなアクセスを求めているかを確認し、必要な権限だけを持つキーを使ってください。

どんなキーやコードが必要ですか？

入力が必要なもの：NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

パソコンで動きますか、それともクラウドですか？

あなたのパソコンで動きます。必要なときにAIアプリが起動し、データは作者のサーバーを通りません（サーバー自体がオンラインサービスを呼び出す場合を除きます）。

今もメンテナンスされていますか？

GitHubリポジトリの最終更新は昨日、最新バージョン（1.4.3）がレジストリに届いたのは2 か月前です。

どのアプリで使えますか？

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、VS CodeなどのMCP対応アプリで使えます。パソコンにNode.jsも必要です。

代わりに使えるものは？

同じカテゴリには：Medplum MCP, Mirobody, Apple Health

同じカテゴリのほかの候補

同じカテゴリで、ほかの作者が作ったサーバー。スターの多い順。

カードの見方：↓ 週あたりのダウンロードi★ GitHubスターi3つの柱：レビュー · チェック · 利用状況i更新＝最新バージョンをレジストリに公開した日i

Medplum MCP

Securely access and manage FHIR healthcare data stored in Medplum.

作者：medplum広く使われている★ 27934 か月前更新

クラウドで動く✓ 提供元 · medplum.com

接続方法

Mirobody

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

作者：thetahealth成長中↓ 290/週★ 14944 日前更新

パソコンで動く✓ thetahealth.ai

インストール

Apple Health

Local-first Apple Health MCP server for questions about your sleep, workouts and heart data.

作者：neiltron成長中↓ 106/週★ 5752 か月前更新

パソコンで動く

インストール

作者のREADME

READMEを開く

作者のリポジトリから書かれたとおりにコピーしたものです。PopNx MCPは内容を確認・推奨していません。HTML、画像、スクリプトは取り除いています。リンクはこのサイトの外へ移動します。

BioMCP

Highlights

Democratizing agentic access to bioinformatics and biopharmaceutical databases and analyses.

Section-based federated access to 50+ bioinformatics, pharmaceutical, and patent databases
Optional toolboxes for local database curation and dependency-free analysis with Bioconductor and SAM/BED/BCFtools — no R installation, C toolchain, or containers
Concrete example vignettes, developed fully in the open

Install

npx -y biomcp doctor   # diagnose a machine: Node gate, config health, feature gates, peer deps

npx biomcp # zero-config stdio MCP server (this is what MCP clients run); Node >= 22.13

Setup is guided in [docs/AGENT-INSTALL.md](docs/AGENT-INSTALL.md) — a one-minute start, copy-paste config entries for Claude Desktop, Claude Code, Codex, and OpenCode (one canonical pinned command covering every feature), biomcp doctor as the single troubleshooting entry point, and agent-friendly paths for API keys and optional features.

Multiple agents on one machine: biomcp enforces arXiv's Terms-of-Use rate limit (1 request / 3 s) per process. When running multiple biomcp MCP instances on one machine (e.g., one stdio instance per agent), rate limits are not coordinated across processes, and arXiv's TOU applies to all your machines in aggregate. For multi-agent single-machine deployments, run a single shared biomcp serve daemon (see docs/SELF-HOSTING.md) so all agents share one process and one global rate limiter.

Available Tools

Full tool schemas (params, enums, defaults) live in src/server/README.md.

Gene (7)

Tool	Description
`gene_search`	Search genes by symbol, name, or keyword with chromosome filter
`gene_get`	Get detailed gene info by HGNC symbol with optional sections (core, pathways, protein, ontology, go, interactions, expression, protein_atlas, constraint, druggability, dosage_sensitivity, clinical_evidence, disease_associations, diseases, funding). Set `smart=true` to auto-resolve gene aliases (e.g., "HER2" → "ERBB2")
`gene_diseases`	Get diseases associated with a gene (DisGeNET / OpenTargets)
`gene_drugs`	Find drugs targeting a gene (OpenTargets; envelope `{ results, warnings?, errors? }` — OpenTargets failures and unresolved genes ride in `errors[]`, never as inline rows)
`gene_trials`	Find clinical trials for a gene
`gene_articles`	Find articles about a gene (federated across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, LitSense; envelope `{ results, warnings?, errors? }` — per-backend failures ride in `errors`)
`gene_enrich`	Pathway enrichment analysis for a gene list (Reactome)

Variant (4)

Tool	Description
`variant_search`	Search variants by rsid, HGVS, gene, ClinVar significance, frequency, CADD
`variant_get`	Get detailed variant info with optional sections (frequency, predictions, clinical; `alphagenome_scores` currently returns an unavailability error pending reimplementation)
`variant_oncokb`	Get OncoKB cancer variant annotations (requires `ONCOKB_TOKEN`)
`variant_trials`	Find clinical trials for a variant

Drug (3)

Tool	Description
`drug_search`	Search drugs by name, mechanism, or keyword (envelope `{ results, hint? }` — when nothing matches, `hint` points mechanism/target queries at gene_drugs)
`drug_get`	Get detailed drug info with optional sections (us_regulatory, who_regulatory, safety, targets, indications, adverse_events — FDA FAERS reactions ranked by report count; WHO PQ listing lookup, ~650 global-health priority products)
`drug_trials`	Find clinical trials for a drug

Disease (4)

Tool	Description
`disease_search`	Search diseases by name, phenotype, or keyword (envelope `{ results, warnings?, errors? }`)
`disease_get`	Get detailed disease info by ID (DOID, MONDO, OMIM, etc.) with optional sections (gene_associations, phenotypes, pathways)
`disease_drugs`	Get drugs for a disease (OpenTargets; envelope `{ results, warnings?, errors? }` — OpenTargets failures and unresolved diseases ride in `errors[]`, never as inline rows)
`disease_trials`	Get clinical trials for a disease (ClinicalTrials.gov; envelope `{ results, warnings?, errors? }`)

Article (4)

Tool	Description
`article_search`	Federated literature search across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, and LitSense with optional date range filtering; `source: "preprint_only"` switches to bioRxiv+medRxiv preprints only (abstracts, citation counts, date filtering). Result records carry `journal_issn`
`article_get`	Get detailed article info by identifier (PMID, PMCID, DOI, or bioRxiv/medRxiv preprint DOI) with optional sections: `fulltext` (the complete article text when freely readable in PMC/Europe PMC — open-access AND free-to-read articles; by default (`fulltext_output="file"`) written to a server-side markdown file with the reply carrying `file_path` + an outline of headings with line numbers and char counts for selective Read/Grep, keeping body text out of the agent context; `fulltext_output="inline"` returns capped text sections via `fulltext_max_chars`, default 40000), `oa` (open-access/license metadata and links: status open_access/free_to_read/paywalled/not_in_pmc/unknown, license, pmc/pdf/doi links), `annotations`, `graph` (citation graph), `citation` (fast/full citation data; Europe PMC citations for preprints). `all` excludes fulltext. Preprint records include all versions, license, category, funders, JATS full-text URL (link only — use `preprint_fulltext` for the text), and published-version mapping. The record carries `journal_issn`
`preprint_fulltext`	On-demand bioRxiv/medRxiv preprint full text (JATS XML parsed to sections), by preprint DOI with optional version (default: latest). Strictly on-demand (never during search), downloads are paced (≥3 s spacing), cached per (doi, version) — JATS per version is immutable — and license-aware (`cc_by` → `cc by` + CC URL on every reply; the per-article license governs reuse). www.biorxiv.org rate-limits aggressively: on a 429/Cloudflare verdict all downloads pause ≥60 s (Retry-After honored) and calls during the cooldown get an honest `rate_limited` envelope with `retry_after_sec`; cached copies keep serving instantly. `output="file"` (default) writes a server-side markdown file (`file_path` + outline); `output="inline"` returns capped sections (`fulltext_max_chars`). Corpus-scale: use the bioRxiv/medRxiv monthly S3 buckets (https://www.biorxiv.org/tdm)
`journal_metrics`	OpenAlex journal quality metrics (2yr mean citedness — an open-access impact-factor alternative), h-index, quality lists; by name, NLM abbreviation, or ISSN

Trial (2)

Tool	Description
`trial_search`	Search clinical trials by condition, intervention, status, or phase. Cursor-based pagination via `page_token`
`trial_get`	Get detailed trial info by NCT ID with optional sections (eligibility, locations, outcomes)

Utility (2)

Tool	Description
`discover`	Free-text concept resolution across all entity types
`batch_get`	Retrieve multiple entities in parallel

Structural Biology (1)

Tool	Description
`pdb`	Search PDB structures, get entry metadata with optional sections (polymer entities, ligands, assembly, experiment, citation), and download structure files (mmCIF/PDB)

Patents (2)

Tool Description

patent_search Search patents worldwide (US, EP, WO, JP, 100+ authorities) with assignee/inventor/CPC/status/date filters and relevance ranking (sort_by). Quote exact multi-word concepts (e.g. "flow cytometry"). Foundational prior art is auto-discovered via co-citation mining (seminal_prior_art; disable with seminal: false). Default backends: USPTO Public Search full-text (US, keyless, relevance-ranked) + EPO OPS (worldwide, keyed); uspto_odp (US bibliographic metadata) and google_patents (best-effort) available via source

patent_get Get patent details by publication number with sections: abstract, claims (US fulltext via USPTO Public Search; EP/WO via EPO OPS when configured, otherwise Google Patents pages), citations (forward + backward), family, classifications

GEO (2)

Tool	Description
`geo_search`	Search NCBI GEO for functional genomics studies (expression microarrays, RNA-seq, single-cell series) by entry type (GSE/GSM/GPL/GDS) and organism; results carry cross-links (bioproject, pubmed_ids; sra_project when NCBI links the SRA study — otherwise geo_get's sra field) for chaining
`geo_get`	Get the full SOFT record for a GEO series/sample/platform: summary, organisms, sample preview (≤20), supplementary file URLs, and cross-references; optionally download the first supplementary file. GDS curated DataSets return structured guidance (`{ accession, guidance, see_also: { series, sample } }`) pointing at the underlying GSE/GSM instead of a record

SRA (2)

Tool	Description
`sra_search`	Search NCBI's Sequence Read Archive for sequencing experiments and runs by free text, accession, or field syntax; returns experiment/study/sample accessions with library strategy and run counts
`sra_get`	Get full details for an SRA accession: run (SRR/ERR/DRR — instrument, spots, bases, size), experiment (SRX/ERX/DRX — library design), study (SRP/ERP/DRP — experiment list), or sample (SRS/ERS/DRS); NCBI SRA indexes NCBI, ENA, and DDBJ accessions alike

GenBank (3)

Tool	Description
`genbank_search`	Search NCBI nucleotide records (GenBank/RefSeq/INSDC) by plain terms, accession, or field syntax; results include accession.version, definition, length, organism, topology
`genbank_get`	Fetch a GenBank/RefSeq record as GenBank flat file or FASTA; whole records capped at 2 Mb — larger records require a `seq_start`/`seq_stop` region (up to 10 Mb, reverse-strand via `strand=2`)
`genbank_genes`	Map a GenBank/RefSeq accession to its NCBI Gene IDs (elink nuccore→gene) for bridging into gene tools

GTEx (2)

Tool	Description
`gtex_expression`	Get median gene expression across GTEx tissues (Analysis v10, 54 tissue sites, TPM, highest first); accepts HGNC symbol or Ensembl gene ID, with optional single-tissue filter
`gtex_eqtl`	Get significant cis-eQTL associations for a gene in a specific GTEx tissue (v10): variant_id, p_value, NES, slope, sorted by ascending p-value

Ensembl (4)

Tool	Description

| `e

冒頭だけを表示しています。続きはリポジトリで読めます

BioMCP-TS

What it does

インストール

Node.js を入れる

BioMCP-TS に登録してキーを作る

パソコン版 Claude アプリの設定ファイルを開く

この設定を貼り付けて保存

Claude を終了してもう一度開く

試してみる

代わりにできること

Node.js を入れる

BioMCP-TS に登録してキーを作る

ターミナルを開く

このコマンドを貼り付けて Enter

Claude Code で /mcp と入力

試してみる

Node.js を入れる

BioMCP-TS に登録してキーを作る

このボタンで Cursor を開く

キーを入力

Cursor の AI チャットを Agent モードで開く

試してみる

Node.js を入れる

BioMCP-TS に登録してキーを作る

このボタンで VS Code を開く

キーを入力

VS Code の AI チャットを Agent モードで開く

試してみる

パソコンにインストール

自分で入力する値

ひと目でわかる

使えるアプリ

できること

基本チェックi

作者とリポジトリが一致

今もメンテナンスされている

ライセンスがある

エンドポイントが応答する

OAuthでサインイン

ツールの説明に隠れた指示がない

話し合い

ユーザーレビュー

クリニック・健康のほかのサーバーとの比較i

よくある質問

同じカテゴリのほかの候補

Medplum MCP

Mirobody

Apple Health

作者のREADME

BioMCP

Highlights

Install

Available Tools

Gene (7)

Variant (4)

Drug (3)

Disease (4)

Article (4)

Trial (2)

Utility (2)

Structural Biology (1)

Patents (2)

GEO (2)

SRA (2)

GenBank (3)

GTEx (2)

Ensembl (4)