ChatSpatial

Name: ChatSpatial
Author: cafferychen777

제작자: cafferychen777버전 1.6.0i★ –i내 컴퓨터에서 실행

레지스트리 이름io.github.cafferychen777/chatspatial

설치

개요

제작자가 쓴 설명(영어 원문)

Schema-enforced spatial transcriptomics analysis with 20 tools and 67 methods via MCP

PopNx MCP의 세 기둥

이 세 가지는 절대 하나의 점수로 합치지 않아요. 의견, 측정, 인기는 서로 다른 것이니까요.

사용자 의견i아직 리뷰가 없어요리뷰는 다음 단계에서 계정 기능과 함께 열려요
우리의 기본 점검i1개 중 1개 통과공개된 정보로 점검했으며, 코드는 아직 스캔하지 않았어요
사용 정도i아주 새로움↓ 232/주 · ★ –

할 수 있는 일

이 서버는 아직 쉬운 말로 된 요약을 쓰지 못했어요. 아래는 레지스트리에서 읽어 온 사실이에요.

연결 방식: 내 컴퓨터에서 실행
전송 방식: stdio
카테고리: 기타

설치

쓰고 있는 AI 앱을 고른 다음 설정을 복사하세요.

설치하기 전에

기본 점검: 1개 중 1개 통과
내 컴퓨터에서 내 사용자 계정의 권한(파일, 네트워크, 앱)으로 실행돼요.
레지스트리에 입력해야 할 키가 나와 있지 않아요.

필요한 것

PyPIPython의 uv 설치(uvx 명령어용)

어떤 앱을 쓰세요?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

위에서 앱을 고르세요. 기억해 두었다가 다음부터는 버튼에 “…에 설치”라고 표시해요.

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config를 열고 claude_desktop_config.json에 이 내용을 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "chatspatial": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

터미널에서 이 명령어를 실행하세요

claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial server

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "chatspatial": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "chatspatial": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

이 서버는 내 컴퓨터에서 실행되는데, ChatGPT는 인터넷에 있는 서버에만 연결할 수 있어요. 다른 앱을 고르세요.

선택한 앱은 이 기기의 쿠키에만 저장돼요. 계정은 필요 없어요.

이 설정은 제작자의 레지스트리 정보로 만들었어요. README와 다르면 README를 따르세요.

할 수 있는 일

내 컴퓨터에서 실행돼요. 설치하면 AI 앱에 도구 목록이 나타나요.

기본 점검i

누구나 볼 수 있는 정보를 점검했고, 코드는 읽지 않았어요. 해당하지 않는 항목은 개수에서 뺐어요. · 2026년 11월 8일 점검

✓ 통과
제작자와 저장소 일치
레지스트리 이름이 GitHub 계정 cafferychen777 기준으로 확인되었고, 이 계정이 저장소를 소유하고 있어요
… 아직 점검 안 함
계속 관리되고 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
… 아직 점검 안 함
라이선스 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
– 해당 없음
엔드포인트 응답
내 컴퓨터에서 실행되는 서버라 인터넷 엔드포인트가 없어요
– 해당 없음
OAuth로 로그인
내 컴퓨터에서 실행되며, 대신 로컬 설정을 사용해요
… 아직 점검 안 함
도구 설명에 숨겨진 지시 없음
내 컴퓨터에서 실행돼요. 도구 목록은 인터넷 엔드포인트가 있는 서버에서만 읽을 수 있어요

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

이 카테고리의 다른 서버 18444개 중 0%보다 스타가 많아요
이 카테고리의 다른 서버 18444개 중 70%보다 최근에 레지스트리에 공개됐어요
기본 점검 결과가 이 카테고리의 다른 서버 18444개 중 100%와 같거나 더 좋아요

레지스트리에서 이 카테고리의 활성 서버 전체와 비교했어요. 스타는 게시자가 저장소를 소유한 경우에만 세요.

자주 묻는 질문

ChatSpatial, 안전한가요?

해당하는 기본 점검 1개 중 1개를 통과했어요. 코드는 읽지 않았어요. 키나 토큰을 넣기 전에 서버가 어떤 권한을 요구하는지 확인하고, 꼭 필요한 권한만 있는 키를 쓰세요.

어떤 키나 코드가 필요한가요?

레지스트리에 필수 키가 나와 있지 않아요. 다만 처음 쓸 때 로그인을 요구하는 서버도 있어요.

내 컴퓨터에서 실행되나요, 클라우드에서 실행되나요?

내 컴퓨터에서 실행돼요. AI 앱이 필요할 때 실행하고, 데이터는 제작자의 서버를 거치지 않아요(서버 자체가 온라인 서비스를 호출하는 경우는 제외).

아직 관리되고 있나요?

GitHub 저장소는 마지막으로 – 변경됐고, 최신 버전(1.6.0)은 18일 전 레지스트리에 올라왔어요.

어떤 앱에서 쓸 수 있나요?

Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code처럼 MCP를 지원하는 앱에서 쓸 수 있어요. 내 컴퓨터에 Python (uv)도 있어야 해요.

대신 쓸 수 있는 건 뭐가 있나요?

같은 카테고리에는: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Egovframe Scaffold MCP

대안

같은 카테고리에서 다른 제작자가 만든 서버예요. 스타 순으로 정렬했어요.

카드 보는 법:↓ 주간 다운로드i★ GitHub 스타i세 기둥: 리뷰 · 점검 · 사용 정도i업데이트 = 최신 버전을 레지스트리에 공개한 날i

Spec Driven Development

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

제작자: formulahendry초기↓ 66/주★ 44014개월 전 업데이트

내 컴퓨터에서 실행

설치

Remote Desktop Commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

제작자: desktop-commander성장 중★ 2113일 전 업데이트

클라우드에서 실행✓ desktopcommander.app

설치

Egovframe Scaffold MCP

eGovFrame (전자정부 표준프레임워크) projects: templates, components, CRUD, build, 5.x migration, dependencies

제작자: EricSeokgon초기↓ 1.4천/주오늘 업데이트

내 컴퓨터에서 실행

설치

제작자의 README

README 열기

제작자의 저장소에서 쓰인 그대로 가져왔어요. PopNx MCP가 검토하거나 보증한 내용이 아니에요. HTML, 이미지, 스크립트는 제거했어요. 링크를 누르면 이 사이트를 벗어나요.

ChatSpatial

MCP server for spatial transcriptomics analysis via natural language

ChatSpatial replaces ad-hoc LLM code generation with schema-enforced orchestration. Instead of generating arbitrary scripts, the LLM selects tools and parameters from a curated registry, making spatial transcriptomics workflows more reproducible across sessions and clients.

ChatSpatial exposes 20 schema-validated MCP tools that orchestrate 67 spatial transcriptomics methods across 13 analytical categories. The tools are the stable natural-language interface; the methods are the analysis backends selected through tool parameters.

The server implements MCP 2026-07-28 through the official Python SDK v2 and continues to serve 2025-11-25 clients through SDK-managed protocol negotiation. STDIO remains the secure local default; Streamable HTTP is available for explicitly configured HTTP deployments.

Start Here

Install uv once, then register ChatSpatial without creating or managing a Python environment:

Codex:

codex mcp add chatspatial -- uvx --from chatspatial chatspatial server

Claude Code:

claude mcp add --scope user chatspatial -- \

uvx --from chatspatial chatspatial server

uvx creates an isolated environment on first launch and reuses its cache on later launches. Restart the MCP client after adding the server.

The command above installs the standard runtime. To make all 15 composable Python method families available in the same isolated MCP environment, use:

uvx --from 'chatspatial[full]' chatspatial server

full includes CellRank, FastCCC, the maintained spatial-domain and registration backends, annotation, enrichment, and the other portable Python families. R bridges, AESTETIK, and rctd-py remain separate because they have system, platform, or large-runtime requirements. See the installation guide before enabling those families.

Then:

Run your first analysis — Quick Start
Choose optional method families or a persistent environment — Installation Guide
Configure another MCP client — Configuration Guide
Reproduce the manuscript key results without an LLM — Reproduction image

Docker quick start:

docker pull cafferyyang777/chatspatial:latest

Minimal example prompt:

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and plot gene expression at the spatial coordinates

The Quick Start provides a downloadable sample and a Leiden workflow that runs with the standard installation. Its sample has spatial coordinates but no H&E image. SpaGCN requires the optional spatial-domains extra.

If you use Docker, mount host data to /data and prompt with the container path, for example /data/spatial_data.h5ad.

ChatSpatial works with any MCP-compatible client — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode, and other MCP-capable tools.

Capabilities

Current coverage includes 67 methods across 13 analytical categories, exposed through 20 MCP tools. Supports 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.

Category	Example methods
Data Loading & Preprocessing	Scanpy I/O, QC, Normalization, HVG, PCA, Neighbors
Visualization	Spatial plots, Embedding plots, Gene expression overlays
Spatial Domain Identification	SpaGCN, STAGATE, GraphST, BANKSY, AESTETIK, Leiden, Louvain
Deconvolution	FlashDeconv, Cell2location, RCTD (spacexr or rctd-py), DestVI, Stereoscope, SPOTlight, Tangram, CARD
Cell-Cell Communication	LIANA+, CellPhoneDB, CellChat (`cellchat_r`), FastCCC
Cell Type Annotation	Tangram, scANVI, CellAssign, mLLMCelltype, scType, SingleR, marker-score and threshold rules
Differential Expression	Wilcoxon, t-test, Logistic Regression, pyDESeq2
Trajectory Inference	CellRank, Palantir, DPT
RNA Velocity	scVelo, VeloVI
Spatial Statistics	Moran's I, Local Moran, Geary's C, Getis-Ord Gi*, Ripley's K, Co-occurrence, Neighborhood Enrichment, Centrality Scores, Local Join Count, Network Properties
Enrichment Analysis	GSEA, ORA, Enrichr, ssGSEA, Spatial EnrichMap
Spatially Variable Genes	SpatialDE, SPARK-X, FlashS
Multi-sample Integration	Harmony, BBKNN, Scanorama, scVI
CNV Analysis	InferCNVPy, Numbat
Spatial Registration	PASTE, STalign

Documentation

Guide	Use this when...
Installation	You need optional methods or a persistent Python environment
Docker	You want a reproducible container runtime or local dependency resolution fails
Configuration	You need exact MCP client syntax or the runtime path model
Quick Start	ChatSpatial is installed and you want the first successful analysis
Concepts	You need to choose an analysis strategy from a biological question
Examples	You want copy-pasteable natural-language workflow prompts
Methods Reference	You need canonical tool names, method names, parameters, and defaults
Troubleshooting	Setup, data loading, or analysis behavior is not working
Full Docs	You want the complete documentation site

Reproducibility

Each release publishes a reproduction image under the -repro tag. It re-executes the DLPFC spatial-domain and OSCC CARD deconvolution tool calls recorded during the manuscript experiments, without calling any LLM, and compares the results with the reported values:

docker run --rm -v "$PWD/out:/outputs" \

cafferyyang777/chatspatial@sha256:ac3ba1ed8235c3d53ca72005d8ad2556cac007f5ddb932ae3e1d1241fa2cf9d8 \ chatspatial-reproduce

reproducibility/ contains the image definition and describes what it checks. The experiment and analysis scripts for the manuscript are in ChatSpatial-Reproducibility.

Citation

If you use ChatSpatial in your research, please cite:

@article{Yang2026.02.26.708361,

author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun}, title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics}, elocation-id = {2026.02.26.708361}, year = {2026}, doi = {10.64898/2026.02.26.708361}, publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory}, URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361}, journal = {bioRxiv} }

ChatSpatial orchestrates many excellent third-party methods. Please also cite the original tools your analysis used.

Contributing

Documentation improvements, bug reports, and new analysis methods are all welcome. See CONTRIBUTING.md.

MIT License · GitHub · Issues

ChatSpatial

개요

PopNx MCP의 세 기둥

할 수 있는 일

설치

설치하기 전에

할 수 있는 일

기본 점검i

제작자와 저장소 일치

계속 관리되고 있음

라이선스 있음

엔드포인트 응답

OAuth로 로그인

도구 설명에 숨겨진 지시 없음

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

자주 묻는 질문

대안

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Egovframe Scaffold MCP

제작자의 README

ChatSpatial

Start Here

Capabilities

Documentation

Reproducibility

Citation

Contributing