Cytoscape Desktop MCP

Name: Cytoscape Desktop MCP
Author: cytoscape

제작자: cytoscape버전 1.0.3i★ –i내 컴퓨터에서 실행

레지스트리 이름io.github.cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

설치

개요

제작자가 쓴 설명(영어 원문)

Drive a running Cytoscape Desktop to load, lay out, and style biological networks.

PopNx MCP의 세 기둥

이 세 가지는 절대 하나의 점수로 합치지 않아요. 의견, 측정, 인기는 서로 다른 것이니까요.

사용자 의견i아직 리뷰가 없어요리뷰는 다음 단계에서 계정 기능과 함께 열려요
우리의 기본 점검i1개 중 1개 통과공개된 정보로 점검했으며, 코드는 아직 스캔하지 않았어요
사용 정도i아주 새로움↓ 38/주 · ★ –

할 수 있는 일

이 서버는 아직 쉬운 말로 된 요약을 쓰지 못했어요. 아래는 레지스트리에서 읽어 온 사실이에요.

연결 방식: 내 컴퓨터에서 실행
전송 방식: stdio
카테고리: 기타

설치

쓰고 있는 AI 앱을 고른 다음 설정을 복사하세요.

설치하기 전에

기본 점검: 1개 중 1개 통과
내 컴퓨터에서 내 사용자 계정의 권한(파일, 네트워크, 앱)으로 실행돼요.
직접 입력할 값: CYREST_PORT

필요한 것

npmNode.js 설치(npx 명령어용)

어떤 앱을 쓰세요?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

위에서 앱을 고르세요. 기억해 두었다가 다음부터는 버튼에 “…에 설치”라고 표시해요.

제작자의 .mcpb 파일 다운로드

링크는 제작자의 파일로 바로 연결돼요. 우리가 보관하거나 다시 패키징하지 않아요. 파일을 열면 Claude Desktop이 설치해요.

터미널에서 이 명령어를 실행하세요

claude mcp add cytoscape-desktop-bridge --env CYREST_PORT=your-value -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge

실행하기 전에 빈 값을 채워 주세요.

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "cytoscape-desktop-bridge": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
      ],
      "env": {
        "CYREST_PORT": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

이 서버는 내 컴퓨터에서 실행되는데, ChatGPT는 인터넷에 있는 서버에만 연결할 수 있어요. 다른 앱을 고르세요.

선택한 앱은 이 기기의 쿠키에만 저장돼요. 계정은 필요 없어요.

직접 입력할 값

CYREST_PORT env
Port Cytoscape Desktop's REST interface listens on (Edit > Preferences > REST API)

이 설정은 제작자의 레지스트리 정보로 만들었어요. README와 다르면 README를 따르세요.

할 수 있는 일

내 컴퓨터에서 실행돼요. 설치하면 AI 앱에 도구 목록이 나타나요.

기본 점검i

누구나 볼 수 있는 정보를 점검했고, 코드는 읽지 않았어요. 해당하지 않는 항목은 개수에서 뺐어요. · 2026년 11월 8일 점검

✓ 통과
제작자와 저장소 일치
레지스트리 이름이 GitHub 계정 cytoscape 기준으로 확인되었고, 이 계정이 저장소를 소유하고 있어요
… 아직 점검 안 함
계속 관리되고 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
… 아직 점검 안 함
라이선스 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
– 해당 없음
엔드포인트 응답
내 컴퓨터에서 실행되는 서버라 인터넷 엔드포인트가 없어요
– 해당 없음
OAuth로 로그인
내 컴퓨터에서 실행되며, 대신 로컬 설정을 사용해요
… 아직 점검 안 함
도구 설명에 숨겨진 지시 없음
내 컴퓨터에서 실행돼요. 도구 목록은 인터넷 엔드포인트가 있는 서버에서만 읽을 수 있어요

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

이 카테고리의 다른 서버 18486개 중 0%보다 스타가 많아요
이 카테고리의 다른 서버 18486개 중 20%보다 최근에 레지스트리에 공개됐어요
기본 점검 결과가 이 카테고리의 다른 서버 18486개 중 100%와 같거나 더 좋아요

레지스트리에서 이 카테고리의 활성 서버 전체와 비교했어요. 스타는 게시자가 저장소를 소유한 경우에만 세요.

자주 묻는 질문

Cytoscape Desktop MCP, 안전한가요?

해당하는 기본 점검 1개 중 1개를 통과했어요. 코드는 읽지 않았어요. 키나 토큰을 넣기 전에 서버가 어떤 권한을 요구하는지 확인하고, 꼭 필요한 권한만 있는 키를 쓰세요.

어떤 키나 코드가 필요한가요?

레지스트리에 필수 키가 나와 있지 않아요. 다만 처음 쓸 때 로그인을 요구하는 서버도 있어요.

내 컴퓨터에서 실행되나요, 클라우드에서 실행되나요?

내 컴퓨터에서 실행돼요. AI 앱이 필요할 때 실행하고, 데이터는 제작자의 서버를 거치지 않아요(서버 자체가 온라인 서비스를 호출하는 경우는 제외).

아직 관리되고 있나요?

GitHub 저장소는 마지막으로 – 변경됐고, 최신 버전(1.0.3)은 3개월 전 레지스트리에 올라왔어요.

어떤 앱에서 쓸 수 있나요?

Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code처럼 MCP를 지원하는 앱에서 쓸 수 있어요. 내 컴퓨터에 MCPB, Node.js도 있어야 해요.

대신 쓸 수 있는 건 뭐가 있나요?

같은 카테고리에는: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Compose Preview Catalogs

대안

같은 카테고리에서 다른 제작자가 만든 서버예요. 스타 순으로 정렬했어요.

카드 보는 법:↓ 주간 다운로드i★ GitHub 스타i세 기둥: 리뷰 · 점검 · 사용 정도i업데이트 = 최신 버전을 레지스트리에 공개한 날i

Spec Driven Development

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

제작자: formulahendry초기↓ 66/주★ 44014개월 전 업데이트

내 컴퓨터에서 실행

설치

Remote Desktop Commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

제작자: desktop-commander성장 중★ 2113일 전 업데이트

클라우드에서 실행✓ desktopcommander.app

설치

Compose Preview Catalogs

Browse, inspect and render Jetpack Compose Material 3 and Wear component catalogs.

제작자: yschimke아주 새로움오늘 업데이트

클라우드에서 실행

설치

제작자의 README

README 열기

제작자의 저장소에서 쓰인 그대로 가져왔어요. PopNx MCP가 검토하거나 보증한 내용이 아니에요. HTML, 이미지, 스크립트는 제거했어요. 링크를 누르면 이 사이트를 벗어나요.

Cytoscape MCP Server

An embedded Model Context Protocol (MCP) server for Cytoscape Desktop, packaged as a Cytoscape App. AI clients such as Claude Desktop connect to Cytoscape over HTTP and invoke tools that control the desktop application directly — loading networks, setting active views, and more.

NOTE: This app is experimental. The interface and available tools are subject to change.

Architecture

How It Works

Once installed, the app publishes an MCP endpoint inside Cytoscape's existing CyREST HTTP server — AI clients connect to the MCP endpoint with Streamable HTTP transport and call MCP tools which drive activity on the Cytoscape desktop display.

The app also adds two visual indicators to the Cytoscape Desktop UI:

MCP toolbar button

a bold MCP button in the bottom-left status bar. The label is green when the MCP server is running and red when it is not. Clicking it opens the Agent Configuration dialog which displays the full MCP url and connection instructions for all supported agents.

Task History entries

every MCP tool invocation is recorded in Cytoscape's Task History panel (View > Show Task History), so you can see exactly which tools an agent called and when.

AI Agent──► HTTP──► http://localhost:{rest.port}/mcp ──► Cytoscape Desktop

└── load network from NDEx or file └── get loaded network views └── set current network view └── create network view

Requirements

Cytoscape 3.10 or above
Internet connection (for loading networks from NDEx)
An MCP-compatible AI client that also supports the Streamable HTTP transport(not SSE which is deprecated as of 02/2025) (e.g. Claude Desktop)

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install Cytoscape MCP Server from the App Store — this is the MCP server itself, and everything else on this page depends on it being installed and running:

https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapemcpserver

Or from inside Cytoscape: Apps > App Manager, search for Cytoscape MCP Server, and install.

Install a JAR manually

Alternatively, get the app jar:

Download the latest cytoscape-mcp- .jar from the Releases page.
or Build the jar

Then:

Open Cytoscape Desktop.
Navigate to Apps > App Manager > Install from File.
Select the file path to the MCP App JAR and restart Cytoscape if prompted.

After startup, the MCP status can be viewed via the MCP button in the status bar.

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

See docs/AgentConfiguration.md for step-by-step setup instructions for Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot (VS Code), GitHub Copilot CLI, and OpenAI Codex CLI.

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Most agents will have a /mcp command or UI settings panel which will show status of connection to the MCP server and a list of tools currently published by this server, check to see if it is denoted as 'connected'.
Check the MCP health endpoint

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/health

Replace {rest.port} with Cytoscape's CyREST port (shown in the Agent Configuration dialog). You should see {"status":"ok","transport":"mcp-streamable-http"}. A "connection refused" error means Cytoscape is not running or the port is wrong.

Use external MCP introspection tools against the Desktop MCP server running at http://localhost:{rest.port}/mcp to validate or view current tools catalog - modelcontextprotocol/inspector

Building from source

If you want to build the app jar directly from source instead of using release jars.

Requirements:

Java 17 with JDK
Git
Make

git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp

cd cytoscape-desktop-mcp make install

The JAR is produced at build/libs/cytoscape-mcp- .jar.

For a full list of build targets:

make help

Release tags

Two components ship from this repo on separate tag namespaces:

Component	Tag	Produces
Cytoscape App (the MCP server)	`vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp- .jar`, plus a convenience copy of the `.mcpb`
MCPB bridge (`claude-extension/`)	`mcpb-vX.Y.Z`	`cytoscape-mcp.mcpb`, and publishes to npm and the MCP Registry

The bridge is versioned independently of the app because the bridge is distinctly separate deliverable with separate source tree for it to provide a stdio-to-http transport bridge that some agents may use. See registry/README.md for the release runbook.

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

The MCP server provides a human-readable catalog of every tool registered on the server formatted as Markdown with complete MCP Protocol JSON schema definitions for each tool's input and output. You can obtain the catalog through multiple options:

When the app is loaded in Desktop, at runtime the MCP server exposes /mcp/manifest endpoint which can be retrieved by browser or command line

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest

After any build locally, make build will generate the MCP manifest based on current code into a static file at build/generated/manifest/MCPManifest.md for same review.
Static copy of the catalog is also stored in repo at MCPManifest.md

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Invoking the tools requires some prompt engineering to provide key words or phrases which will activate the LLM to choose usage of a tool. Check out MCPManifest.md which contains 3 to 4 examples of Prompt snippets on each tool's description as reference of how to trigger LLM activation.

an example of a simple prompt which will lead the LLM to reason over the available tools as a whole and orchestrate their usage as building blocks into a sequence to reach the requested end result:

   > open a network using cytoscape desktop

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Properties are editable at runtime via Edit > Preferences > Properties > cytoscapemcp:

Property	Default	Description
`mcp.ndexbaseurl`	`https://www.ndexbio.org`	NDEx base URL (takes effect immediately)

Documentation

Full documentation is in the docs/ directory:

Agent Configuration — connecting Claude Desktop, Claude Code, GitHub Copilot, Codex CLI, and others
User Manual — configuration reference and available tools
Tutorial — end-to-end walkthrough: install, connect, load a network
FAQ — common questions and troubleshooting

COPYRIGHT AND LICENSE

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Acknowledgements

TODO: denote funding sources

Cytoscape Desktop MCP

개요

PopNx MCP의 세 기둥

할 수 있는 일

설치

설치하기 전에

직접 입력할 값

할 수 있는 일

기본 점검i

제작자와 저장소 일치

계속 관리되고 있음

라이선스 있음

엔드포인트 응답

OAuth로 로그인

도구 설명에 숨겨진 지시 없음

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

자주 묻는 질문

대안

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Compose Preview Catalogs

제작자의 README

Cytoscape MCP Server

Architecture

How It Works

MCP toolbar button

Task History entries

Requirements

Try it!

Install from the Cytoscape App Store (recommended)

Install a JAR manually

Connecting an Agent to Cytoscape Desktop MCP

Cytoscape Desktop MCP Diagnostics

Building from source

Release tags

Cytoscape Desktop MCP Tool Catalog

Activate Cytoscape Desktop MCP tools from Agent prompts:

Cytoscape Desktop MCP Configuration properties

Documentation

COPYRIGHT AND LICENSE

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