Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Name: Folklore Clinical Variant Interpretation MCP
Author: helena-bioinformatics

제작자: helena-bioinformatics버전 2.0.0i★ –i클라우드에서 실행

레지스트리 이름io.github.helena-bioinformatics/folklore

설치

개요

제작자가 쓴 설명(영어 원문)

Germline ACMG/AMP classification, genes, disease associations, literature and API-key case analysis.

PopNx MCP의 세 기둥

이 세 가지는 절대 하나의 점수로 합치지 않아요. 의견, 측정, 인기는 서로 다른 것이니까요.

사용자 의견i아직 리뷰가 없어요리뷰는 다음 단계에서 계정 기능과 함께 열려요
우리의 기본 점검i3개 중 3개 통과공개된 정보로 점검했으며, 코드는 아직 스캔하지 않았어요
사용 정도i아직 측정 안 함★ –

할 수 있는 일

이 서버는 아직 쉬운 말로 된 요약을 쓰지 못했어요. 아래는 레지스트리에서 읽어 온 사실이에요.

연결 방식: 클라우드에서 실행
전송 방식: Streamable HTTP
카테고리: 기타

설치

쓰고 있는 AI 앱을 고른 다음 설정을 복사하세요.

설치하기 전에

기본 점검: 3개 중 3개 통과
제작자의 서버에서 실행돼요. 내가 요청한 내용은 제작자의 서버를 거쳐요.
할 수 있는 일 11가지(도구) classify_germline_variant, search_variant_literature, get_publication_details, search_literature_corpus …
레지스트리에 입력해야 할 키가 나와 있지 않아요.

필요한 것

클라우드에서 실행설치할 것 없음. 인터넷으로 연결돼요

어떤 앱을 쓰세요?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

위에서 앱을 고르세요. 기억해 두었다가 다음부터는 버튼에 “…에 설치”라고 표시해요.

웹, 데스크톱, 모바일의 Claude에서 쓸 수 있어요:

Settings → Connectors 열기
Add custom connector 누르기
아래 주소를 붙여 넣고 Add 누르기
로그인하라고 하면 제작자의 서비스에 로그인하기

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

터미널에서 이 명령어를 실행하세요

claude mcp add --transport http folklore https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "folklore": {
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "folklore": {
      "type": "http",
      "url": "https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp"
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

ChatGPT는 인터넷에 있는 서버에만 연결할 수 있어요:

웹에서 ChatGPT 열기 → Settings → Connectors (Apps)
Create 또는 Add 누르기(일부 요금제는 먼저 Advanced에서 Developer mode를 켜야 해요)
아래 주소를 붙여 넣고 이름을 정한 뒤 저장하기
로그인하라고 하면 제작자의 서비스에 로그인하기

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

메뉴 이름은 요금제나 시기에 따라 조금 다를 수 있어요.

선택한 앱은 이 기기의 쿠키에만 저장돼요. 계정은 필요 없어요.

이 설정은 제작자의 레지스트리 정보로 만들었어요. README와 다르면 README를 따르세요.

할 수 있는 일

도구 이름과 설명은 서버가 2026년 11월 7일에 알려 준 그대로예요. 우리가 아니라 제작자가 쓴 글이고, 일반 텍스트로만 보여 드려요.

classify_germline_variant
Classify one GRCh38 germline nuclear SNV or simple indel smaller than 50 bp under ACMG/AMP. Accepts genomic, coding or protein HGVS, coordinates, SPDI, rsID or a returned canonical key. Returns normalized identity, automated classification, applied criteria, ClinVar assertions, p
search_variant_literature
Resolve one GRCh38 germline variant and retrieve publications from the PubMed-derived genetics corpus. Exact variant mentions rank ahead of broader gene associations. Returns match types, source links, corpus provenance and retrieval time.
get_publication_details
Retrieve one PMID from the PubMed-derived genetics corpus, including title, abstract, authors, journal, publication types, MeSH terms, gene and variant mentions, retraction status and PubMed/PMC links.
search_literature_corpus
Search the genetics Literature Corpus by question, PMID, DOI, PMCID, gene, variant, phenotype, HPO or OMIM concept. Known publication identifiers provide exact anchors. Returns ranked publications, match types, scores and source links.
support_helena
Retrieve Helena Good campaign, rules, manifest and MCP connection URLs.
get_gene_disease_associations
Find diseases associated with an exact gene symbol or HGNC identifier. Returns ClinGen gene-disease validity assertions, relation-specific inheritance, source reports and snapshot provenance, including conflicting and limited assertions.
search_disease_genes
Find genes associated with an exact MONDO identifier or disease-name search. Returns ClinGen validity assertions with inheritance, source reports and snapshot provenance. Name searches can return multiple disease identities.
resolve_gene
Resolve a human gene symbol, previous symbol, alias, HGNC, Ensembl or NCBI Gene identifier. Returns exact, alias, ambiguous, not_found or withdrawn status with candidates and identity_snapshot_id. Use a selected HGNC gene_id and snapshot_id with get_gene_profile. Gene-plus-HGVS a
get_gene_profile
Read the selected gene_id and immutable snapshot_id from resolve_gene. Returns overview, disease validity, dosage, mechanisms, transcripts, native assemblies, constraint, ClinVar summaries and consequences, expression, GWAS, phenotypes and protein/pathways with source assertions,
get_gene_section
Read a gene-profile section using gene_id, snapshot_id and its returned opaque cursor. Returns source records, assembly/release, coverage, totals, count units and provenance. snapshot_unavailable requires a fresh resolution/profile request.
search_gene_literature
Retrieve a live publication capture for a resolved gene_id and snapshot_id. Returns source links, match labels, capture time/hash, degradation and gene/snapshot/sort-bound cursors. This capture is separate from the immutable reference snapshot and contains no abstracts.

기본 점검i

누구나 볼 수 있는 정보를 점검했고, 코드는 읽지 않았어요. 해당하지 않는 항목은 개수에서 뺐어요. · 2026년 11월 7일 점검

✓ 통과
제작자와 저장소 일치
레지스트리 이름이 GitHub 계정 helena-bioinformatics 기준으로 확인되었고, 이 계정이 저장소를 소유하고 있어요
… 아직 점검 안 함
계속 관리되고 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
… 아직 점검 안 함
라이선스 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
✓ 통과
엔드포인트 응답
447ms 만에 응답(HTTP 200)
– 해당 없음
OAuth로 로그인
로그인 필요 없음
✓ 통과
도구 설명에 숨겨진 지시 없음
도구 설명 11개를 읽었고, AI에게 보내는 숨겨진 지시는 없었어요

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

이 카테고리의 다른 서버 32655개 중 0%보다 스타가 많아요
이 카테고리의 다른 서버 32655개 중 96%보다 최근에 레지스트리에 공개됐어요
기본 점검 결과가 이 카테고리의 다른 서버 32655개 중 100%와 같거나 더 좋아요

레지스트리에서 이 카테고리의 활성 서버 전체와 비교했어요. 스타는 게시자가 저장소를 소유한 경우에만 세요.

자주 묻는 질문

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP, 안전한가요?

해당하는 기본 점검 3개 중 3개를 통과했어요. 코드는 읽지 않았어요. 키나 토큰을 넣기 전에 서버가 어떤 권한을 요구하는지 확인하고, 꼭 필요한 권한만 있는 키를 쓰세요.

어떤 키나 코드가 필요한가요?

레지스트리에 필수 키가 나와 있지 않아요. 다만 처음 쓸 때 로그인을 요구하는 서버도 있어요.

내 컴퓨터에서 실행되나요, 클라우드에서 실행되나요?

제작자의 클라우드에서 실행돼요. 설치 없이 인터넷으로 연결하지만, 보내는 내용은 제작자의 서버를 거쳐요.

아직 관리되고 있나요?

GitHub 저장소는 마지막으로 – 변경됐고, 최신 버전(2.0.0)은 어제 레지스트리에 올라왔어요.

어떤 앱에서 쓸 수 있나요?

Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code처럼 MCP를 지원하는 앱에서 쓸 수 있어요. URL로 연결되기 때문에, 원격 MCP 서버를 지원하는 앱(예: 개발자 모드의 ChatGPT)에서도 쓸 수 있어요.

대신 쓸 수 있는 건 뭐가 있나요?

같은 카테고리에는: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, SuperCollider

대안

같은 카테고리에서 다른 제작자가 만든 서버예요. 스타 순으로 정렬했어요.

카드 보는 법:★ GitHub 스타i세 기둥: 리뷰 · 점검 · 사용 정도i업데이트 = 최신 버전을 레지스트리에 공개한 날i

Spec Driven Development

제작자: formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

내 컴퓨터에서 실행★ 440MIT14개월 전 업데이트

설치

Remote Desktop Commander

제작자: desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

클라우드에서 실행★ 211그저께 업데이트

설치

SuperCollider

제작자: Tok

Make sound with SuperCollider: synths, drums, chords, melodies and soundscapes over OSC.

내 컴퓨터에서 실행오늘 업데이트

설치

제작자의 README

README 열기

제작자의 저장소에서 쓰인 그대로 가져왔어요. PopNx MCP가 검토하거나 보증한 내용이 아니에요. HTML, 이미지, 스크립트는 제거했어요. 링크를 누르면 이 사이트를 벗어나요.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

One hosted MCP server for public scientific queries and authenticated case workflows.

Endpoint: https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Version 2.0.0

Connect your MCP client directly to this Streamable HTTP endpoint. No local Folklore server is required. Anonymous callers receive 11 public tools. Send your Folklore API key in the Authorization Bearer header to access 18 additional case, source and result tools at the same endpoint. Invalid supplied credentials fail authentication; they do not select the anonymous catalog.

Create a key in your Folklore account for the selected account and sources. Keep it in your client's secret store, never in prompts, tool arguments or URLs. The selected account's native subscription capabilities, usage limits and eligible credits govern processing. A key does not grant funded compute.

See case workflows, the 18 authenticated tool schemas and the public task recipes.

Classify a variant

Connect your MCP client to:

https://api.helena.bio/folklore/v1/mcp

Access is anonymous. Call classify_germline_variant:

{"name":"classify_germline_variant","arguments":{"assembly":"GRCh38","query":"NM_007294.4:c.68_69del"}}

Input: one public GRCh38 nuclear germline SNV or simple indel smaller than 50 bp. Accepted notation includes supported HGVS, SPDI, rsID and genomic coordinates. Preserve transcript versions and reference alleles.

A resolved identity with successful interpretation includes automated ACMG/AMP classification, reported criteria, annotations, source evidence and provenance. Submitted ClinVar assertions retain their own source attribution alongside the Folklore classification. A VUS is a classification outcome.

Status	Next step
`resolved`	Read interpretation status, then classification and evidence.
`ambiguous`	Present candidates for an explicit allele choice.
`not_found`	Report the source-scoped miss.
`invalid_request`	Supply a corrected supported expression.
`unsupported`	Select a workflow for the requested variant type or assembly.
`resolution_unavailable`	Inspect the typed error and retry policy.

Interpretation status is success or unavailable. Transport, JSON-RPC, MCP and adapter errors have separate fields. See typed outcomes.

Scientific tools

Tool	Operation
`classify_germline_variant`	Resolve, classify and assess one supported germline variant.
`search_variant_literature`	Retrieve publications linked to a resolved variant.
`get_publication_details`	Retrieve the bibliographic record and abstract for a PMID.
`search_literature_corpus`	Search publications by scientific question or public identifier.
`get_gene_disease_associations`	Retrieve ClinGen assertions for an exact gene symbol or HGNC identifier.
`search_disease_genes`	Retrieve ClinGen assertions by MONDO identifier or disease-name substring.
`resolve_gene`	Resolve a human gene symbol, alias or stable identifier.
`get_gene_profile`	Read the selected HGNC gene at its returned snapshot.
`get_gene_section`	Continue one profile section using its cursor.
`search_gene_literature`	Retrieve a separate live publication capture for the selected gene.

ClinGen results preserve assertion-level disease identity, inheritance, validity assessment, panel, date and source links. Profile sections retain provider, assembly, release, units and pagination. Gene literature has its own capture identity. Follow gene-disease and gene-profile contracts for exact inputs.

support_helena provides links to the separate Helena Good service when the user asks about supporting Helena. An optional MCP App renders variant results.

Connect an agent or application

The hosted server uses stateless Streamable HTTP and MCP 2026-07-28. Requests carry matching protocol metadata and routing headers. Supported methods include server/discover, tools/list, tools/call, prompts/list, prompts/get, resources/list and resources/read.

Direct Streamable HTTP
OpenAI Agents SDK
Biomni
Biorouter
Dify, n8n, Galaxy, KNIME
Notebook workflow

The compatibility guide records protocol/client observations. All clients sharing egress use the same rate budget.

Agent Skill and workflow prompts

Install the portable Agent Skill using the installation guide. It routes pathogenicity, VUS, ClinVar, population-frequency, gene-disease and literature tasks to the hosted tools. The skill source includes OpenAI interface metadata.

Workflow prompts compose tool operations for classification, VUS assessment, ACMG/AMP explanation, identity verification and variant-literature comparison. Each accepts one public variant expression.

Run the adapter

The Apache-2.0 adapter implements MCP transport, public API clients and validated response projection. Folklore's scientific authorities produce normalization, annotation, evidence aggregation and classification.

python3.12 -m venv .venv

. .venv/bin/activate pip install -e '.[dev]' FOLKLORE_MCP_ENABLED=true \ FOLKLORE_LITERATURE_ENABLED=true \ FOLKLORE_GENE_DISEASE_ENABLED=true \ FOLKLORE_PUBLIC_GENE_ENABLED=true \ folklore-mcp

Capabilities are enabled through the flags above. Gene literature requires both public-gene and literature capabilities. The default upstream is https://api.helena.bio; local contract tests support localhost and 127.0.0.1. The standalone HTTP image uses Dockerfile.adapter; Dockerfile provides the pinned stdio bridge.

Verify and measure

pytest

ruff check . ruff format --check . python3 ops/reconcile_discovery.py

The read-only reconciler compares runtime, Server Card and Official Registry state, with separate aggregator observations. python3 ops/public_smoke.py checks discovery, prompts and resources.

Public measurement sources: variant interpretation, 100-case agent discovery, 60-query search discovery and genomic discovery cohort.

Registry and citation

Registry name: io.github.helena-bioinformatics/folklore
Publisher: Helena Bioinformatics
Website: https://folklore.helena.bio
Task routing metadata
Per-tool task contracts
Security reporting
Source boundary
Citation metadata

The immutable MCP adapter 1.6.0 archive is 10.5281/zenodo.23817704, from signed tag folklore-mcp-v1.6.0 at 55a332c6dd6bd4650e921c12ac145b8e0f90476a. The Biorouter-tag archive is 10.5281/zenodo.23818207.

License

Apache License 2.0. See LICENSE and NOTICE.

Automated variant classifications support qualified professional review and are not patient diagnoses or treatment recommendations.

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

개요

PopNx MCP의 세 기둥

할 수 있는 일

설치

설치하기 전에

할 수 있는 일

기본 점검i

제작자와 저장소 일치

계속 관리되고 있음

라이선스 있음

엔드포인트 응답

OAuth로 로그인

도구 설명에 숨겨진 지시 없음

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

자주 묻는 질문

대안

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

SuperCollider

제작자의 README

Folklore Clinical Variant Interpretation MCP

Classify a variant

Scientific tools

Connect an agent or application

Agent Skill and workflow prompts

Run the adapter

Verify and measure

Registry and citation

License