GWAS Bioinformatics MCP Server

Name: GWAS Bioinformatics MCP Server
Author: zaeyasa

제작자: zaeyasa버전 1.0.2i★ –i내 컴퓨터에서 실행

레지스트리 이름io.github.zaeyasa/gwas-mcp

설치

개요

제작자가 쓴 설명(영어 원문)

Access 30+ bioinformatics tools from 14 databases.

PopNx MCP의 세 기둥

이 세 가지는 절대 하나의 점수로 합치지 않아요. 의견, 측정, 인기는 서로 다른 것이니까요.

사용자 의견i아직 리뷰가 없어요리뷰는 다음 단계에서 계정 기능과 함께 열려요
우리의 기본 점검i1개 중 1개 통과공개된 정보로 점검했으며, 코드는 아직 스캔하지 않았어요
사용 정도i아주 새로움↓ 73/주 · ★ –

할 수 있는 일

이 서버는 아직 쉬운 말로 된 요약을 쓰지 못했어요. 아래는 레지스트리에서 읽어 온 사실이에요.

연결 방식: 내 컴퓨터에서 실행
전송 방식: stdio
카테고리: 데이터베이스 및 데이터셋

설치

쓰고 있는 AI 앱을 고른 다음 설정을 복사하세요.

설치하기 전에

기본 점검: 1개 중 1개 통과
내 컴퓨터에서 내 사용자 계정의 권한(파일, 네트워크, 앱)으로 실행돼요.
레지스트리에 입력해야 할 키가 나와 있지 않아요.

필요한 것

PyPIPython의 uv 설치(uvx 명령어용)

어떤 앱을 쓰세요?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

위에서 앱을 고르세요. 기억해 두었다가 다음부터는 버튼에 “…에 설치”라고 표시해요.

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config를 열고 claude_desktop_config.json에 이 내용을 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "gwas": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "gwas-mcp"
      ]
    }
  }
}

터미널에서 이 명령어를 실행하세요

claude mcp add gwas -- uvx gwas-mcp

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "gwas": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "gwas-mcp"
      ]
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "gwas": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "gwas-mcp"
      ]
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

이 서버는 내 컴퓨터에서 실행되는데, ChatGPT는 인터넷에 있는 서버에만 연결할 수 있어요. 다른 앱을 고르세요.

선택한 앱은 이 기기의 쿠키에만 저장돼요. 계정은 필요 없어요.

이 설정은 제작자의 레지스트리 정보로 만들었어요. README와 다르면 README를 따르세요.

할 수 있는 일

내 컴퓨터에서 실행돼요. 설치하면 AI 앱에 도구 목록이 나타나요.

기본 점검i

누구나 볼 수 있는 정보를 점검했고, 코드는 읽지 않았어요. 해당하지 않는 항목은 개수에서 뺐어요. · 2026년 11월 8일 점검

✓ 통과
제작자와 저장소 일치
레지스트리 이름이 GitHub 계정 zaeyasa 기준으로 확인되었고, 이 계정이 저장소를 소유하고 있어요
… 아직 점검 안 함
계속 관리되고 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
… 아직 점검 안 함
라이선스 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
– 해당 없음
엔드포인트 응답
내 컴퓨터에서 실행되는 서버라 인터넷 엔드포인트가 없어요
– 해당 없음
OAuth로 로그인
내 컴퓨터에서 실행되며, 대신 로컬 설정을 사용해요
… 아직 점검 안 함
도구 설명에 숨겨진 지시 없음
내 컴퓨터에서 실행돼요. 도구 목록은 인터넷 엔드포인트가 있는 서버에서만 읽을 수 있어요

데이터베이스 및 데이터셋 카테고리의 다른 서버와 비교i

이 카테고리의 다른 서버 1146개 중 0%보다 스타가 많아요
이 카테고리의 다른 서버 1146개 중 4%보다 최근에 레지스트리에 공개됐어요
기본 점검 결과가 이 카테고리의 다른 서버 1146개 중 100%와 같거나 더 좋아요

레지스트리에서 이 카테고리의 활성 서버 전체와 비교했어요. 스타는 게시자가 저장소를 소유한 경우에만 세요.

자주 묻는 질문

GWAS Bioinformatics MCP Server, 안전한가요?

해당하는 기본 점검 1개 중 1개를 통과했어요. 코드는 읽지 않았어요. 키나 토큰을 넣기 전에 서버가 어떤 권한을 요구하는지 확인하고, 꼭 필요한 권한만 있는 키를 쓰세요.

어떤 키나 코드가 필요한가요?

레지스트리에 필수 키가 나와 있지 않아요. 다만 처음 쓸 때 로그인을 요구하는 서버도 있어요.

내 컴퓨터에서 실행되나요, 클라우드에서 실행되나요?

내 컴퓨터에서 실행돼요. AI 앱이 필요할 때 실행하고, 데이터는 제작자의 서버를 거치지 않아요(서버 자체가 온라인 서비스를 호출하는 경우는 제외).

아직 관리되고 있나요?

GitHub 저장소는 마지막으로 – 변경됐고, 최신 버전(1.0.2)은 9개월 전 레지스트리에 올라왔어요.

어떤 앱에서 쓸 수 있나요?

Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code처럼 MCP를 지원하는 앱에서 쓸 수 있어요. 내 컴퓨터에 Python (uv)도 있어야 해요.

대신 쓸 수 있는 건 뭐가 있나요?

같은 카테고리에는: Supabase, MongoDB MCP Server, Elasticsearch MCP Server

대안

같은 카테고리에서 다른 제작자가 만든 서버예요. 스타 순으로 정렬했어요.

카드 보는 법:↓ 주간 다운로드i★ GitHub 스타i세 기둥: 리뷰 · 점검 · 사용 정도i업데이트 = 최신 버전을 레지스트리에 공개한 날i

Supabase

MCP server for interacting with the Supabase platform

제작자: supabase널리 사용됨↓ 23.5만/주★ 3천그저께 업데이트

컴퓨터 또는 클라우드✓ supabase.com

설치

MongoDB MCP Server

MongoDB Model Context Protocol Server

제작자: mongodb-js널리 사용됨↓ 15.7만/주★ 1.2천4일 전 업데이트

내 컴퓨터에서 실행

설치

Elasticsearch MCP Server

MCP server for interacting with Elasticsearch

제작자: cr7258성장 중↓ 2.7천/주★ 31514개월 전 업데이트

내 컴퓨터에서 실행

설치

제작자의 README

README 열기

제작자의 저장소에서 쓰인 그대로 가져왔어요. PopNx MCP가 검토하거나 보증한 내용이 아니에요. HTML, 이미지, 스크립트는 제거했어요. 링크를 누르면 이 사이트를 벗어나요.

🧬 GWAS-MCP: Bioinformatics MCP Server

A powerful Model Context Protocol (MCP) server for GWAS and bioinformatics research. Seamlessly integrates with Claude Desktop and other MCP clients to provide AI-powered access to major biological databases.

✨ Features

🔬 Protein & Gene Lookup

UniProt - Search proteins by name, gene, or ID
Ensembl - Gene information and variant details
NCBI Gene - Comprehensive gene database

🧪 Clinical & Variants

ClinVar - Clinical variant interpretations (pathogenic/benign)
GWAS Catalog - Genome-wide association studies
GTEx - Expression quantitative trait loci (eQTL)

🔗 Protein Interactions & Networks

STRING - Protein-protein interactions
InterPro - Protein domains and families

🏗️ Structures & Pathways

AlphaFold - AI-predicted protein structures
PDB - Experimental 3D structures
KEGG - Metabolic and signaling pathways

💊 Drug Discovery

Open Targets - Drug target validation & disease associations
PharmGKB - Pharmacogenomics & drug-gene interactions

🏥 Genetic Diseases

OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man

🚀 Quick Start

Installation

pip install gwas-mcp

Claude Desktop Configuration

Add to your claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "gwas-bioinformatics": { "command": "python", "args": ["-m", "gwas_mcp.server"] } } }

Config file location:

Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

Restart Claude Desktop

After adding the configuration, restart Claude Desktop to load the MCP server.

🛠️ Available Tools

Protein & Gene Tools

Tool	Description
`search_uniprot`	Search UniProt by protein name, gene, or ID
`get_protein_details`	Get detailed protein info (function, domains, GO terms)
`search_ncbi_gene`	Search NCBI Gene database
`search_ensembl_gene`	Get gene location and details from Ensembl
`get_variant_info`	Get SNP/variant info by rsID
`get_interpro_domains`	Get protein domain information

Clinical & Variant Tools

Tool	Description
`search_clinvar`	Search ClinVar for clinical variants
`get_clinvar_variant`	Get clinical interpretation for a variant
`annotate_snps`	Annotate SNPs with functional consequences
`query_gwas_catalog`	Query GWAS Catalog for associations
`get_eqtl_data`	Get eQTL data from GTEx

Protein Interaction Tools

Tool	Description
`get_protein_interactions`	Find interacting proteins (STRING)
`get_interaction_network`	Get network between multiple proteins
`get_functional_enrichment`	Pathway/GO enrichment analysis

Structure & Pathway Tools

Tool	Description
`get_alphafold_structure`	Get AI-predicted structure
`search_alphafold`	Search AlphaFold database
`search_pdb_structures`	Search PDB for 3D structures
`get_pdb_structure`	Get PDB structure details
`search_kegg_pathway`	Search KEGG pathways
`get_kegg_pathway`	Get pathway genes and details
`get_gene_pathways`	Find pathways for a gene

Drug Discovery Tools

Tool	Description
`get_drug_targets`	Find drugs targeting a gene (Open Targets)
`get_disease_associations`	Get disease associations with scores
`search_open_targets`	Search genes, diseases, or drugs
`search_pharmgkb`	Search PharmGKB database
`get_drug_gene_interactions`	Get drug-gene interactions

Genetic Disease Tools

Tool	Description
`search_omim`	Search OMIM for genetic diseases
`get_gene_diseases`	Get all diseases for a gene

💬 Example Prompts

Once configured, ask Claude naturally:

Protein & Gene Queries

"Get information about the BRCA1 gene"

"Search UniProt for hemoglobin"

"What protein has UniProt ID P53_HUMAN?"

Clinical Variants

"Is the BRCA1 variant rs80357906 pathogenic?"

"Search ClinVar for TP53 variants"

Protein Interactions

"What proteins interact with TP53?"

"Find functional enrichment for BRCA1, ATM, and CHEK2"

Structures & Pathways

"Get the AlphaFold structure for TP53"

"What pathways is BRCA1 involved in?"

"Search PDB for insulin structures"

Drug Discovery

"What drugs target EGFR?"

"What diseases is BRAF associated with?"

Genetic Diseases

"Search OMIM for cystic fibrosis"

"What diseases are linked to the CFTR gene?"

⚡ Performance Features

Smart Caching - API responses cached for 1 hour to improve speed
Async Operations - All API calls are non-blocking
Error Handling - Graceful handling of API failures

🔧 Development

From Source

# Clone the repository

git clone https://github.com/zaeyasa/gwas-mcp.git cd gwas-mcp

Install dependencies

pip install -e .

Run the server

python -m gwas_mcp.server

Project Structure

gwas-mcp/

├── src/ │ └── gwas_mcp/ │ ├── server.py # Main MCP server │ ├── tools/ │ │ ├── protein_tools.py # UniProt, NCBI, Ensembl │ │ ├── clinical_tools.py # ClinVar, STRING │ │ ├── structure_tools.py # PDB, KEGG, PharmGKB │ │ └── advanced_tools.py # AlphaFold, Open Targets, OMIM │ └── resources/ │ └── db_resources.py # Database resources ├── pyproject.toml ├── README.md └── LICENSE

📊 Supported Databases

Database	Type	Description
UniProt	Protein	Protein sequences and annotations
Ensembl	Gene/Variant	Genome browser and variant data
NCBI Gene	Gene	Gene information database
ClinVar	Clinical	Clinical variant interpretations
GWAS Catalog	GWAS	Genome-wide association studies
GTEx	Expression	Expression QTL data
STRING	Interactions	Protein-protein interactions
InterPro	Domains	Protein families and domains
AlphaFold	Structure	AI-predicted structures
PDB	Structure	Experimental 3D structures
KEGG	Pathways	Metabolic and signaling pathways
Open Targets	Drug Discovery	Drug targets and disease associations
PharmGKB	Pharmacogenomics	Drug-gene interactions
OMIM	Diseases	Genetic disease database

🤝 Contributing

Contributions are welcome! Please feel free to submit a Pull Request.

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Create your feature branch (git checkout -b feature/amazing-feature)
Commit your changes (git commit -m 'Add amazing feature')
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📄 License

This project is licensed under the MIT License - see the LICENSE file for details.

🙏 Acknowledgments

Model Context Protocol - The MCP specification
Anthropic - Claude AI and MCP development
All the amazing bioinformatics databases that make this possible

📬 Contact

GitHub: @zaeyasa

Made with ❤️ for the bioinformatics community

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할 수 있는 일

기본 점검i

제작자와 저장소 일치

계속 관리되고 있음

라이선스 있음

엔드포인트 응답

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도구 설명에 숨겨진 지시 없음

데이터베이스 및 데이터셋 카테고리의 다른 서버와 비교i

자주 묻는 질문

대안

Supabase

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🔬 Protein & Gene Lookup

🧪 Clinical & Variants

🔗 Protein Interactions & Networks

🏗️ Structures & Pathways

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🏥 Genetic Diseases

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🛠️ Available Tools

Protein & Gene Tools

Clinical & Variant Tools

Protein Interaction Tools

Structure & Pathway Tools

Drug Discovery Tools

Genetic Disease Tools

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Clinical Variants

Protein Interactions

Structures & Pathways

Drug Discovery

Genetic Diseases

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From Source

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