Pubmed MCP Server

Name: Pubmed MCP Server
Author: cyanheads

제작자: cyanheads버전 2.12.0i★ –i컴퓨터 또는 클라우드

레지스트리 이름io.github.cyanheads/pubmed-mcp-server

설치

개요

제작자가 쓴 설명(영어 원문)

Search PubMed/Europe PMC, fetch articles and full text (PMC/EPMC/Unpaywall), citations, MeSH terms.

PopNx MCP의 세 기둥

이 세 가지는 절대 하나의 점수로 합치지 않아요. 의견, 측정, 인기는 서로 다른 것이니까요.

사용자 의견i아직 리뷰가 없어요리뷰는 다음 단계에서 계정 기능과 함께 열려요
우리의 기본 점검i3개 중 3개 통과공개된 정보로 점검했으며, 코드는 아직 스캔하지 않았어요
사용 정도i아직 측정 안 함★ –

할 수 있는 일

이 서버는 아직 쉬운 말로 된 요약을 쓰지 못했어요. 아래는 레지스트리에서 읽어 온 사실이에요.

연결 방식: 컴퓨터 또는 클라우드
전송 방식: stdio, Streamable HTTP
카테고리: 클리닉 및 건강

설치

쓰고 있는 AI 앱을 고른 다음 설정을 복사하세요.

설치하기 전에

기본 점검: 3개 중 3개 통과
제작자의 서버에서 실행돼요. 내가 요청한 내용은 제작자의 서버를 거쳐요.
할 수 있는 일 12가지(도구) pubmed_search_articles, pubmed_fetch_articles, pubmed_fetch_fulltext, pubmed_format_citations …
직접 입력할 값: MCP_LOG_LEVEL, NCBI_API_KEY, NCBI_ADMIN_EMAIL, UNPAYWALL_EMAIL

필요한 것

클라우드에서 실행설치할 것 없음. 인터넷으로 연결돼요
npmNode.js 설치(npx 명령어용)

어떤 앱을 쓰세요?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

위에서 앱을 고르세요. 기억해 두었다가 다음부터는 버튼에 “…에 설치”라고 표시해요.

웹, 데스크톱, 모바일의 Claude에서 쓸 수 있어요:

Settings → Connectors 열기
Add custom connector 누르기
아래 주소를 붙여 넣고 Add 누르기
로그인하라고 하면 제작자의 서비스에 로그인하기

https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config를 열고 claude_desktop_config.json에 이 내용을 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubmed-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_ADMIN_EMAIL": "your-value",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

터미널에서 이 명령어를 실행하세요

claude mcp add --transport http pubmed https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

claude mcp add pubmed --env MCP_LOG_LEVEL=your-value --env NCBI_API_KEY=your-value --env NCBI_ADMIN_EMAIL=your-value --env UNPAYWALL_EMAIL=your-value -- npx -y @cyanheads/pubmed-mcp-server

실행하기 전에 빈 값을 채워 주세요.

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "url": "https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubmed-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_ADMIN_EMAIL": "your-value",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "pubmed": {
      "type": "http",
      "url": "https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "pubmed": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "@cyanheads/pubmed-mcp-server"
      ],
      "env": {
        "MCP_LOG_LEVEL": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_ADMIN_EMAIL": "your-value",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

ChatGPT는 인터넷에 있는 서버에만 연결할 수 있어요:

웹에서 ChatGPT 열기 → Settings → Connectors (Apps)
Create 또는 Add 누르기(일부 요금제는 먼저 Advanced에서 Developer mode를 켜야 해요)
아래 주소를 붙여 넣고 이름을 정한 뒤 저장하기
로그인하라고 하면 제작자의 서비스에 로그인하기

https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

메뉴 이름은 요금제나 시기에 따라 조금 다를 수 있어요.

선택한 앱은 이 기기의 쿠키에만 저장돼요. 계정은 필요 없어요.

직접 입력할 값

MCP_LOG_LEVEL env
Sets the minimum log level for output (e.g., 'debug', 'info', 'warn').
NCBI_API_KEY env
NCBI API key for higher rate limits (10 req/s vs 3 req/s).
NCBI_ADMIN_EMAIL env
Contact email sent with NCBI requests (recommended by NCBI).
UNPAYWALL_EMAIL env
Contact email for Unpaywall. When set, pubmed_fetch_fulltext falls back to Unpaywall open-access copies for DOIs not in PMC.

이 설정은 제작자의 레지스트리 정보로 만들었어요. README와 다르면 README를 따르세요.

할 수 있는 일

도구 이름과 설명은 서버가 2026년 11월 6일에 알려 준 그대로예요. 우리가 아니라 제작자가 쓴 글이고, 일반 텍스트로만 보여 드려요.

pubmed_search_articles
Search PubMed with full query syntax, filters, and date ranges. Returns PMIDs and optional brief summaries. Supports field-specific filters (author, journal, MeSH terms), common filters (language, species, free full text), and pagination via offset for paging through large result
pubmed_fetch_articles
Fetch full article metadata by PubMed IDs. Returns detailed article information including abstract, authors, journal, MeSH terms, linked retraction, erratum, and comment notices, and databank accessions such as trial registration IDs; grants and the members of a collective author
pubmed_fetch_fulltext
Fetch full-text articles from PubMed Central as structured sections — the body, then back matter such as acknowledgments, declarations, and appendices — with tables and references. When PMC misses, transparently falls back to Europe PMC `fullTextXML` (structured JATS for its open
pubmed_format_citations
Get formatted citations for PubMed articles in one or more formats (apa, mla, bibtex, ris, vancouver). Pass a single format as a string or multiple as an array. Retractions, errata, and expressions of concern NCBI links to an article come back in `notices`; Vancouver and APA also
pubmed_find_related
Find articles related to a source article — similar content (similar), articles citing this one (cited_by), or articles this one cites (references). Uses NCBI ELink as the primary source; falls back to Europe PMC then OpenAlex when NCBI is unavailable.
pubmed_spell_check
Spell-check a PubMed search query against NCBI ESpell and get the corrected query back. Use after a zero-hit or thin `pubmed_search_articles` result, or when a drug, gene, disease, or author name may be misspelled. Corrections are applied in place, so field tags, operators, spaci
pubmed_lookup_mesh
Search and explore the MeSH (Medical Subject Headings) controlled vocabulary. Returns descriptor records with tree numbers, scope notes, and entry terms, plus pagination via offset for paging past the maxResults cap.
pubmed_lookup_citation
Look up PubMed IDs from partial bibliographic citations. Useful when you have a reference (journal, year, volume, page, author) and need the PMID — deterministic citation matching, more reliable than free-text search for structured references. Each citation must include at least
pubmed_convert_ids
Convert between article identifiers (DOI, PMID, PMCID). Accepts up to 50 IDs of a single type per request. Only resolves articles indexed in PubMed Central — for articles not in PMC, use pubmed_search_articles instead.
pubmed_fetch_citation_metrics
Fetch NIH iCite citation metrics for PubMed articles: the Relative Citation Ratio (RCR), NIH percentile, citation count, citations per year, expected and field citation rates, the Approximate Potential to Translate (APT), the human, animal, and molecular/cellular shares of each a
pubmed_europepmc_search
Search Europe PMC, a broad open-access biomedical corpus. Surfaces preprints (`source: PPR`), patents (`source: PAT`), Agricola (`source: AGR`), plus everything in PubMed (`MED`) and PMC. Use when additional coverage is needed — preprints and EPMC-only OA records are the typical
pubmed_europepmc_fetch
Fetch complete Europe PMC records — including the full, untruncated abstract — addressed as `records: [{ source, epmcId }]`, an array even for one record. Pairs with `pubmed_europepmc_search`, which returns bounded `abstractSnippet` values and flags cut ones with `abstractTruncat

기본 점검i

누구나 볼 수 있는 정보를 점검했고, 코드는 읽지 않았어요. 해당하지 않는 항목은 개수에서 뺐어요. · 2026년 11월 8일 점검

✓ 통과
제작자와 저장소 일치
레지스트리 이름이 GitHub 계정 cyanheads 기준으로 확인되었고, 이 계정이 저장소를 소유하고 있어요
… 아직 점검 안 함
계속 관리되고 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
… 아직 점검 안 함
라이선스 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
✓ 통과
엔드포인트 응답
222ms 만에 응답(HTTP 200)
– 해당 없음
OAuth로 로그인
로그인 필요 없음
✓ 통과
도구 설명에 숨겨진 지시 없음
도구 설명 12개를 읽었고, AI에게 보내는 숨겨진 지시는 없었어요

클리닉 및 건강 카테고리의 다른 서버와 비교i

이 카테고리의 다른 서버 1022개 중 0%보다 스타가 많아요
이 카테고리의 다른 서버 1022개 중 85%보다 최근에 레지스트리에 공개됐어요
기본 점검 결과가 이 카테고리의 다른 서버 1022개 중 100%와 같거나 더 좋아요

레지스트리에서 이 카테고리의 활성 서버 전체와 비교했어요. 스타는 게시자가 저장소를 소유한 경우에만 세요.

자주 묻는 질문

Pubmed MCP Server, 안전한가요?

해당하는 기본 점검 3개 중 3개를 통과했어요. 코드는 읽지 않았어요. 키나 토큰을 넣기 전에 서버가 어떤 권한을 요구하는지 확인하고, 꼭 필요한 권한만 있는 키를 쓰세요.

어떤 키나 코드가 필요한가요?

레지스트리에 필수 키가 나와 있지 않아요. 다만 처음 쓸 때 로그인을 요구하는 서버도 있어요.

내 컴퓨터에서 실행되나요, 클라우드에서 실행되나요?

둘 다 가능해요. 내 컴퓨터에 설치해도 되고, 클라우드 버전에 연결해도 돼요.

아직 관리되고 있나요?

GitHub 저장소는 마지막으로 – 변경됐고, 최신 버전(2.12.0)은 4일 전 레지스트리에 올라왔어요.

어떤 앱에서 쓸 수 있나요?

Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code처럼 MCP를 지원하는 앱에서 쓸 수 있어요. URL로 연결되기 때문에, 원격 MCP 서버를 지원하는 앱(예: 개발자 모드의 ChatGPT)에서도 쓸 수 있어요.

대신 쓸 수 있는 건 뭐가 있나요?

같은 카테고리에는: Mirobody, FHIR MCP Server, Google Health MCP

대안

같은 카테고리에서 다른 제작자가 만든 서버예요. 스타 순으로 정렬했어요.

카드 보는 법:★ GitHub 스타i세 기둥: 리뷰 · 점검 · 사용 정도i업데이트 = 최신 버전을 레지스트리에 공개한 날i

Mirobody

제작자: thetahealth

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

내 컴퓨터에서 실행★ 1,408Apache-2.0오늘 업데이트

설치

FHIR MCP Server

제작자: wso2

MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications

내 컴퓨터에서 실행★ 137Apache-2.09일 전 업데이트

설치

Google Health MCP

제작자: davidmosiah

Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents

내 컴퓨터에서 실행★ 79MIT4개월 전 업데이트

설치

제작자의 README

README 열기

제작자의 저장소에서 쓰인 그대로 가져왔어요. PopNx MCP가 검토하거나 보증한 내용이 아니에요. HTML, 이미지, 스크립트는 제거했어요. 링크를 누르면 이 사이트를 벗어나요.

@cyanheads/pubmed-mcp-server Search PubMed/Europe PMC, fetch articles and full text (PMC/EPMC/Unpaywall), citations, MeSH terms via MCP. STDIO or Streamable HTTP. 12 Tools • 1 Resource • 1 Prompt

Public Hosted Server: https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

Overview

Biomedical literature from PubMed, PubMed Central, and Europe PMC. Search it, fetch metadata and full text, resolve identifiers and partial citations, format references, and ground queries in MeSH vocabulary. Runs as a stdio process, a local Streamable HTTP server, or the public hosted endpoint above. Ships the pubmed-guide agent skill (skill://pubmed-guide/SKILL.md), which MCP clients read for PubMed query syntax, DOI-to-PMID routes outside PMC, reference-list resolution, citation counts, and full-text misses.

Tools

Tool	Description
`pubmed_search_articles`	Search PubMed with full query syntax, structured filters, date ranges, and optional summaries
`pubmed_fetch_articles`	Fetch article metadata by PMID: abstract, authors, journal, MeSH terms, databank accessions such as trial registration IDs, grants, a collective author's investigators on request, linked retraction and correction notices
`pubmed_fetch_fulltext`	Fetch full text by PMID, PMCID, or DOI, falling back from PMC to Europe PMC to Unpaywall
`pubmed_europepmc_search`	Search Europe PMC for preprints, patents, Agricola, and open-access records PubMed doesn't carry
`pubmed_europepmc_fetch`	Fetch complete Europe PMC records, including the untruncated abstract, as `records: [{ source, epmcId }]`
`pubmed_fetch_citation_metrics`	Fetch NIH iCite citation metrics by PMID: Relative Citation Ratio, NIH percentile, citation counts and rates
`pubmed_format_citations`	Format citations in APA 7th, MLA 9th, BibTeX, RIS, or Vancouver (ICMJE/NLM), with linked retraction and correction notices
`pubmed_find_related`	Find similar articles, citing articles, or references for a PMID
`pubmed_spell_check`	Correct a misspelled PubMed query via NCBI ESpell
`pubmed_lookup_mesh`	Look up MeSH headings with tree numbers, scope notes, and entry terms
`pubmed_lookup_citation`	Resolve partial references, up to 25 at a time, to PMIDs via ECitMatch
`pubmed_convert_ids`	Convert between DOI, PMID, and PMCID via the PMC ID Converter

Resources

Resource	Description
`pubmed://database/info`	PubMed database metadata via EInfo (field list, record count, last update)

Prompts

Prompt	Description
`research_plan`	Generate a structured four-phase biomedical research plan

Capability reference

`pubmed_search_articles` tool

Full PubMed query syntax plus filters (author, journal, MeSH, publication type, language, species, abstract, free full text) and publication/modification/Entrez date ranges
query is optional: with an author, journal, MeSH, or publication-type filter, the filters alone make the search (a journal's output over a date range, for example)
Up to 1,000 results per page and offsets up to 9,998, or maxResults: 0 for the match count alone; summaryCount adds briefs for up to 50 hits. A larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue
Reports totalCount, the effectiveQuery PubMed ran, and the appliedFilters
Rejects blank filter values, impossible dates, and reversed date ranges before PubMed is called

`pubmed_fetch_articles` tool

Up to 200 PMIDs per call; misses are listed in unavailablePmids
Abstract, authors, journal, DOI, publication types, linked retraction/erratum/comment notices, and links; MeSH terms on by default, grants via includeGrants, and the members of a collective author (its InvestigatorList, thousands on some consortium trials) via includeInvestigators
A retracted, corrected, or questioned article opens with the same notice block as pubmed_format_citations, directly under its title
dataBanks lists the record's trial registrations and data deposits (ClinicalTrials.gov NCT IDs, GenBank and PDB accessions, Dryad DOIs) verbatim; search pubmed_search_articles for [si] to find other records citing one
recordType separates journal articles from Bookshelf chapters and books; opt-in maxResponseCharacters defers overflow to deferred.ids

`pubmed_fetch_fulltext` tool

pmcids, pmids, and dois in any mix, up to 50 distinct identifiers per call: the first 10 are fetched and the rest returned in overLimit for a follow-up call. Each is tried against PMC, then Europe PMC, then Unpaywall (needs UNPAYWALL_EMAIL); an article several of them name is fetched and returned once, and viaSource names the tier that answered
source: "pmc" returns sections (the body, then back matter such as acknowledgments, declarations, and appendices), tables, and figures; source: "unpaywall" returns a best-effort HTML or PDF text body
Europe PMC full text is fetched for records Europe PMC marks open access, preprints included; articles carry the licenses their PMC JATS states
Misses carry a typed reason and triedTiers; sections, maxSections, maxCharacters, overflowMode, and maxResponseCharacters bound the response, truncation reports what was cut, and sectionCap names the sections maxSections cut

`pubmed_europepmc_search` tool

Adds preprints (PPR), patents (PAT), and Agricola (AGR) to MED and PMC; defaults to MED, PMC, PPR
Cursor pagination via cursorMark / nextCursorMark, up to 100 per page; a larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue. Abstracts arrive as 400-character snippets
Optional sort of comma-separated asc|desc keys; relevance is the default order, and a sort Europe PMC cannot use fails as europepmc_invalid_input
Hits carry license and hasFullTextXml
Not registered when EUROPEPMC_ENABLED=false

`pubmed_europepmc_fetch` tool

Up to 25 records per call as records: [{ source, epmcId }], each pair copied from a search hit, with the full abstract, license, and hasFullTextXml; unresolved ids land in notFound; opt-in maxResponseCharacters defers overflow to deferred.records
Not registered when EUROPEPMC_ENABLED=false

`pubmed_fetch_citation_metrics` tool

Up to 1,000 PMIDs per call; the first 200 distinct are fetched and the rest returned in overLimit, PMIDs NIH iCite has no record for in unavailablePmids
Relative Citation Ratio (with a provisional flag), NIH percentile, citation count and rates, Approximate Potential to Translate, MeSH category shares, and clinical citations
iCite does not flag retractions; check pubmed_fetch_articles for notices
Source: NIH iCite

`pubmed_format_citations` tool

Up to 50 PMIDs per call, in any mix of apa, mla, bibtex, ris, and vancouver
Bookshelf records cite as edited books, each chapter dated by its own last revision or contribution date; PMIDs that can't be fetched are reported as unavailable
Vancouver writes page ranges in elided Citing Medicine form (1637-1645 → 1637-45); BibTeX issn and RIS SN carry the journal's linking ISSN, and RIS TI drops its trailing period
Retractions, errata, and expressions of concern NCBI links to an article come back as notices and are shown ahead of its citations; Vancouver adds a Retraction in: / Erratum in: note and APA a retraction parenthetical

`pubmed_find_related` tool

similar, cited_by, or references, up to 50 per page with offset pagination. A larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue
Falls back to Europe PMC, then OpenAlex, and names the provider that answered; fails as all_providers_failed if none can

`pubmed_spell_check` tool

Returns original, corrected, and hasSuggestion; corrections land in place, so field tags, operators, spacing, and gene symbols stay as written, and a single letter such as an author initial is never swapped for another
Values of indexed field tags (aged[mh], zhang y[au], free full text[sb]) are kept as written; free-text fields ([tiab], [ti], [tw]) are still corrected
Run it after a zero-hit or thin search, then retry pubmed_search_articles with corrected

`pubmed_lookup_mesh` tool

Descriptors by name or free-text term, with an exact heading match pinned first (the descriptor, for a drug-class heading); up to 50 per page, continued via nextOffset. A larger page size is served at the cap with a notice naming where to continue
Records carry their MeSH unique ID (meshId, e.g. D000072657) beside the Entrez UID; includeDetails (default on) adds tree numbers, scope notes, and entry terms

`pubmed_lookup_citation` tool

Up to 25 partial citations per call; a journal or a four-digit year is required, and volume, first page, and author sharpen the match
Each is matched independently and comes back matched, not_found, or ambiguous, with recovery detail

`pubmed_convert_ids` tool

Up to 50 ids per call, all of one declared idType (doi, pmid, pmcid); only PMC-indexed articles resolve
One success or error row per id, in order, so a partial batch never fails

`pubmed://database/info` resource

Live EInfo call for the pubmed database, returned as application/json
count, lastUpdate, and fields[], whose names are the search tags pubmed_search_articles accepts

`research_plan` prompt

Arguments: title, goal, and keywords required; organism and includeAgentPrompts optional
Returns a four-phase

앞부분만 보여 드려요. 나머지는 저장소에서 읽어 보세요

Pubmed MCP Server

개요

PopNx MCP의 세 기둥

할 수 있는 일

설치

설치하기 전에

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

또는 내 컴퓨터에서 실행하기

직접 입력할 값

할 수 있는 일

기본 점검i

제작자와 저장소 일치

계속 관리되고 있음

라이선스 있음

엔드포인트 응답

OAuth로 로그인

도구 설명에 숨겨진 지시 없음

클리닉 및 건강 카테고리의 다른 서버와 비교i

자주 묻는 질문

대안

Mirobody

FHIR MCP Server

Google Health MCP

제작자의 README

Overview

Tools

Resources

Prompts

Capability reference

pubmed_search_articles tool

pubmed_fetch_articles tool

pubmed_fetch_fulltext tool

pubmed_europepmc_search tool

pubmed_europepmc_fetch tool

pubmed_fetch_citation_metrics tool

pubmed_format_citations tool

pubmed_find_related tool

pubmed_spell_check tool

pubmed_lookup_mesh tool

pubmed_lookup_citation tool

pubmed_convert_ids tool

pubmed://database/info resource

research_plan prompt

`pubmed_search_articles` tool

`pubmed_fetch_articles` tool

`pubmed_fetch_fulltext` tool

`pubmed_europepmc_search` tool

`pubmed_europepmc_fetch` tool

`pubmed_fetch_citation_metrics` tool

`pubmed_format_citations` tool

`pubmed_find_related` tool

`pubmed_spell_check` tool

`pubmed_lookup_mesh` tool

`pubmed_lookup_citation` tool

`pubmed_convert_ids` tool

`pubmed://database/info` resource

`research_plan` prompt