AMR (antimicrobial resistance)

Name: AMR (antimicrobial resistance)
Author: pabloestepaa

제작자: pabloestepaa버전 0.1.4i★ –i내 컴퓨터에서 실행

레지스트리 이름io.github.pabloestepaa/amr-mcp

설치

개요

제작자가 쓴 설명(영어 원문)

Antimicrobial resistance genes, sequences and literature from NCBI and UniProt

PopNx MCP의 세 기둥

이 세 가지는 절대 하나의 점수로 합치지 않아요. 의견, 측정, 인기는 서로 다른 것이니까요.

사용자 의견i아직 리뷰가 없어요리뷰는 다음 단계에서 계정 기능과 함께 열려요
우리의 기본 점검i1개 중 1개 통과공개된 정보로 점검했으며, 코드는 아직 스캔하지 않았어요
사용 정도i아직 측정 안 함★ –

할 수 있는 일

이 서버는 아직 쉬운 말로 된 요약을 쓰지 못했어요. 아래는 레지스트리에서 읽어 온 사실이에요.

연결 방식: 내 컴퓨터에서 실행
전송 방식: stdio
카테고리: 기타
입력해야 할 값: NCBI_API_KEY

설치

쓰고 있는 AI 앱을 고른 다음 설정을 복사하세요.

설치하기 전에

기본 점검: 1개 중 1개 통과
내 컴퓨터에서 내 사용자 계정의 권한(파일, 네트워크, 앱)으로 실행돼요.
직접 입력할 값: NCBI_API_KEY, NCBI_EMAIL

비밀로 표시된 값은 내 계정의 열쇠예요. 절대 다른 사람과 공유하거나 채팅에 붙여 넣지 마세요.

필요한 것

PyPIPython의 uv 설치(uvx 명령어용)

어떤 앱을 쓰세요?

ClaudeClaude CodeCursorVS CodeChatGPT

위에서 앱을 고르세요. 기억해 두었다가 다음부터는 버튼에 “…에 설치”라고 표시해요.

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config를 열고 claude_desktop_config.json에 이 내용을 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

터미널에서 이 명령어를 실행하세요

claude mcp add amr --env NCBI_API_KEY=your-value --env NCBI_EMAIL=your-value -- uvx amr-mcp

실행하기 전에 빈 값을 채워 주세요.

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "amr": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "amr": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "amr-mcp"
      ],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "NCBI_EMAIL": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

이 서버는 내 컴퓨터에서 실행되는데, ChatGPT는 인터넷에 있는 서버에만 연결할 수 있어요. 다른 앱을 고르세요.

선택한 앱은 이 기기의 쿠키에만 저장돼요. 계정은 필요 없어요.

직접 입력할 값

NCBI_API_KEY 비밀 env
Optional free NCBI API key; raises the rate limit from 3 to 10 requests/s
NCBI_EMAIL env
Optional contact e-mail sent to NCBI with each request

이 설정은 제작자의 레지스트리 정보로 만들었어요. README와 다르면 README를 따르세요.

할 수 있는 일

내 컴퓨터에서 실행돼요. 설치하면 AI 앱에 도구 목록이 나타나요.

기본 점검i

누구나 볼 수 있는 정보를 점검했고, 코드는 읽지 않았어요. 해당하지 않는 항목은 개수에서 뺐어요. · 2026년 11월 7일 점검

✓ 통과
제작자와 저장소 일치
레지스트리 이름이 GitHub 계정 pabloestepaa 기준으로 확인되었고, 이 계정이 저장소를 소유하고 있어요
… 아직 점검 안 함
계속 관리되고 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
… 아직 점검 안 함
라이선스 있음
아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요
– 해당 없음
엔드포인트 응답
내 컴퓨터에서 실행되는 서버라 인터넷 엔드포인트가 없어요
– 해당 없음
OAuth로 로그인
내 컴퓨터에서 실행되며, 대신 로컬 설정을 사용해요
… 아직 점검 안 함
도구 설명에 숨겨진 지시 없음
내 컴퓨터에서 실행돼요. 도구 목록은 인터넷 엔드포인트가 있는 서버에서만 읽을 수 있어요

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

이 카테고리의 다른 서버 18354개 중 0%보다 스타가 많아요
이 카테고리의 다른 서버 18354개 중 97%보다 최근에 레지스트리에 공개됐어요
기본 점검 결과가 이 카테고리의 다른 서버 18354개 중 100%와 같거나 더 좋아요

레지스트리에서 이 카테고리의 활성 서버 전체와 비교했어요. 스타는 게시자가 저장소를 소유한 경우에만 세요.

자주 묻는 질문

AMR (antimicrobial resistance), 안전한가요?

해당하는 기본 점검 1개 중 1개를 통과했어요. 코드는 읽지 않았어요. 키나 토큰을 넣기 전에 서버가 어떤 권한을 요구하는지 확인하고, 꼭 필요한 권한만 있는 키를 쓰세요.

어떤 키나 코드가 필요한가요?

입력해야 할 값: NCBI_API_KEY

내 컴퓨터에서 실행되나요, 클라우드에서 실행되나요?

내 컴퓨터에서 실행돼요. AI 앱이 필요할 때 실행하고, 데이터는 제작자의 서버를 거치지 않아요(서버 자체가 온라인 서비스를 호출하는 경우는 제외).

아직 관리되고 있나요?

GitHub 저장소는 마지막으로 – 변경됐고, 최신 버전(0.1.4)은 어제 레지스트리에 올라왔어요.

어떤 앱에서 쓸 수 있나요?

Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code처럼 MCP를 지원하는 앱에서 쓸 수 있어요. 내 컴퓨터에 Python (uv)도 있어야 해요.

대신 쓸 수 있는 건 뭐가 있나요?

같은 카테고리에는: Spec Driven Development, Remote Desktop Commander, Qemu MCP

대안

같은 카테고리에서 다른 제작자가 만든 서버예요. 스타 순으로 정렬했어요.

카드 보는 법:★ GitHub 스타i세 기둥: 리뷰 · 점검 · 사용 정도i업데이트 = 최신 버전을 레지스트리에 공개한 날i

Spec Driven Development

제작자: formulahendry

MCP Server that facilitates spec-driven development workflows, not just Vibe Coding.

내 컴퓨터에서 실행★ 440MIT14개월 전 업데이트

설치

Remote Desktop Commander

제작자: desktop-commander

Remote Desktop Commander: use files, terminal and processes on your own computers from any AI app.

클라우드에서 실행★ 211그저께 업데이트

설치

Qemu MCP

제작자: 0xmortuex

Boot and drive QEMU VMs from an AI agent: keys, screenshots, serial. No guest agent.

내 컴퓨터에서 실행오늘 업데이트

설치

제작자의 README

README 열기

제작자의 저장소에서 쓰인 그대로 가져왔어요. PopNx MCP가 검토하거나 보증한 내용이 아니에요. HTML, 이미지, 스크립트는 제거했어요. 링크를 누르면 이 사이트를 벗어나요.

amr-mcp

An MCP server that lets AI assistants (Claude, Codex, Cursor…) query antimicrobial resistance (AMR) data from public, free sources:

NCBI Reference Gene Catalog, the curated database behind AMRFinderPlus: ~11,500 AMR genes, point mutations, stress and virulence genes
NCBI E-utilities: protein and nucleotide sequences, PubMed references
UniProtKB: protein function, keywords and cross-references
AMRFinderPlus (optional, if installed locally): screen your own genomes

All data sources are public domain or freely accessible; no API keys are required.

Demo

Claude Code answering the first example question below: the server looks up blaKPC-2 in the catalog, counts the species NCBI has found it in, pulls the protein sequence and resolves the original paper.

Example questions

Which species carry the KPC-2 carbapenemase, what is the original paper describing it, and what does its protein sequence look like?

Summarise the carbapenemase gene families in the catalog and how many variants each has.

Give me the protein sequence of mcr-1.1 and its UniProt function annotation.

Run AMRFinderPlus on ~/data/isolate_17.fasta as *Escherichia* and explain the hits by drug class.

Tools

Tool	What it does
`search_amr_genes`	Search by text, drug class, subclass, organism or element type; `group_by_family` for broad searches
`get_amr_gene`	Exact record for an allele (`blaKPC-2`) or summary of a family (`blaKPC`)
`list_drug_classes`	Drug classes and how many catalog entries each has
`catalog_info`	Catalog version and size
`fetch_sequence`	Protein or nucleotide FASTA from NCBI by accession
`get_protein_hosts`	Species in which NCBI has sequenced an exact protein (Identical Protein Groups)
`get_pubmed_references`	Title, journal, authors and DOI for PubMed IDs
`search_uniprot` / `get_uniprot_entry`	UniProtKB search and entry details
`run_amrfinder`	Run a local AMRFinderPlus install on a FASTA file

Installation

Run it with uv (no install step needed), or pip install amr-mcp.

Claude Code

claude mcp add amr -- uvx amr-mcp

Claude Desktop

Add to claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "uvx", "args": ["amr-mcp"] } } }

Without uv: pipx

pipx install amr-mcp

which amr-mcp # e.g. /Users/you/.local/bin/amr-mcp

Then use that absolute path as the command, for example in claude_desktop_config.json:

"mcpServers": { "amr": { "command": "/Users/you/.local/bin/amr-mcp" } } }

Desktop apps don't inherit your shell's PATH, so if Claude Desktop can't start the server, use the absolute path for the command (this applies to uvx too: run which uvx to get it).

Agent skill (optional)

skills/amr-research/SKILL.md tells the agent when to reach for these tools and how to chain them (gene → hosts → sequence → paper, family overviews, genome screening), plus the pitfalls to avoid. It works with any agent that reads SKILL.md files (Claude Code, Cursor, Codex, Copilot…):

npx skills add pabloestepaa/amr-mcp

Or copy the folder by hand, e.g. to ~/.claude/skills/amr-research/ for Claude Code. The skill uses the MCP server above, so install that too.

Configuration

Variable	Purpose
`NCBI_API_KEY`	Optional, free. Raises the NCBI rate limit from 3 to 10 requests/s
`NCBI_EMAIL`	Optional. Contact e-mail NCBI asks tools to send
`AMR_MCP_CACHE_DIR`	Where the catalog is cached (default `~/.cache/amr-mcp`, refreshed every 30 days)

To enable run_amrfinder: conda install -c bioconda ncbi-amrfinderplus && amrfinder -u.

Development

python -m venv .venv && .venv/bin/pip install -e ".[dev]"

.venv/bin/pytest -m "not network" # offline tests .venv/bin/pytest # also hits the live NCBI/UniProt APIs

Data licensing

The NCBI Reference Gene Catalog and NCBI sequence data are US government works in the public domain. UniProt data is available under CC BY 4.0. Please cite the original sources when you publish results:

Feldgarden M, et al. *AMRFinderPlus and the Reference Gene Catalog facilitate examination of the genomic links among antimicrobial resistance, stress response, and virulence.* Sci Rep. 2021.
The UniProt Consortium. *UniProt: the Universal Protein Knowledgebase.* Nucleic Acids Res.

License

MIT

Developed with AI assistance (Claude Code); all code reviewed and tested by the author.

AMR (antimicrobial resistance)

개요

PopNx MCP의 세 기둥

할 수 있는 일

설치

설치하기 전에

직접 입력할 값

할 수 있는 일

기본 점검i

제작자와 저장소 일치

계속 관리되고 있음

라이선스 있음

엔드포인트 응답

OAuth로 로그인

도구 설명에 숨겨진 지시 없음

기타 카테고리의 다른 서버와 비교i

자주 묻는 질문

대안

Spec Driven Development

Remote Desktop Commander

Qemu MCP

제작자의 README

amr-mcp

Demo

Example questions

Tools

Installation

Claude Code

Claude Desktop

Without uv: pipx

Agent skill (optional)

Configuration

Development

Data licensing

License