프로토타입 · 미리 보기: 공식 레지스트리의 모든 서버를 담고 있으며 30분마다 동기화해요. 리뷰와 계정 기능은 다음 단계에서 열려요.
PopNx MCPAI를 쓰는 사람을 위한 MCP 서버 · 쉬운 말로 설명해요

BioMCP-TS

제작자: yeyuan98버전 1.4.3i★ –i내 컴퓨터에서 실행
레지스트리 이름io.github.yeyuan98/biomcp-ts

설치

개요

제작자가 쓴 설명(영어 원문)

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

PopNx MCP의 세 기둥

이 세 가지는 절대 하나의 점수로 합치지 않아요. 의견, 측정, 인기는 서로 다른 것이니까요.

할 수 있는 일

이 서버는 아직 쉬운 말로 된 요약을 쓰지 못했어요. 아래는 레지스트리에서 읽어 온 사실이에요.

  • 연결 방식: 내 컴퓨터에서 실행
  • 전송 방식: stdio
  • 카테고리: 클리닉 및 건강
  • 입력해야 할 값: NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

설치

쓰고 있는 AI 앱을 고른 다음 설정을 복사하세요.

설치하기 전에

  • 기본 점검: 1개 중 1개 통과
  • 내 컴퓨터에서 내 사용자 계정의 권한(파일, 네트워크, 앱)으로 실행돼요.
  • 직접 입력할 값: ANALYSIS_BIOWASM, ANALYSIS_R, DB_TYPE, NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

비밀로 표시된 값은 내 계정의 열쇠예요. 절대 다른 사람과 공유하거나 채팅에 붙여 넣지 마세요.

필요한 것

  • npmNode.js 설치(npx 명령어용)

어떤 앱을 쓰세요?

위에서 앱을 고르세요. 기억해 두었다가 다음부터는 버튼에 “…에 설치”라고 표시해요.

Claude Desktop → Settings → Developer → Edit Config를 열고 claude_desktop_config.json에 이 내용을 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "your-value",
        "ANALYSIS_R": "your-value",
        "DB_TYPE": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

터미널에서 이 명령어를 실행하세요

claude mcp add biomcp-ts --env ANALYSIS_BIOWASM=your-value --env ANALYSIS_R=your-value --env DB_TYPE=your-value --env NCBI_API_KEY=your-value --env S2_API_KEY=your-value --env OPENFDA_API_KEY=your-value --env ONCOKB_TOKEN=your-value --env DISGENET_API_KEY=your-value -- npx -y biomcp

실행하기 전에 빈 값을 채워 주세요.

Cursor에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .cursor/mcp.json 또는 ~/.cursor/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "mcpServers": {
    "biomcp-ts": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "your-value",
        "ANALYSIS_R": "your-value",
        "DB_TYPE": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

VS Code에서 열기

또는 설정을 직접 복사하기

프로젝트의 .vscode/mcp.json에 붙여 넣으세요

{
  "servers": {
    "biomcp-ts": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "biomcp"
      ],
      "env": {
        "ANALYSIS_BIOWASM": "your-value",
        "ANALYSIS_R": "your-value",
        "DB_TYPE": "your-value",
        "NCBI_API_KEY": "your-value",
        "S2_API_KEY": "your-value",
        "OPENFDA_API_KEY": "your-value",
        "ONCOKB_TOKEN": "your-value",
        "DISGENET_API_KEY": "your-value"
      }
    }
  }
}

브라우저가 앱을 열지 물어본 다음, 앱이 설정을 보여 주고 확인을 요청해요. 키 값은 비워 두니 직접 입력하세요.

이 서버는 내 컴퓨터에서 실행되는데, ChatGPT는 인터넷에 있는 서버에만 연결할 수 있어요. 다른 앱을 고르세요.

선택한 앱은 이 기기의 쿠키에만 저장돼요. 계정은 필요 없어요.

직접 입력할 값

  • ANALYSIS_BIOWASM env
    Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
  • ANALYSIS_R env
    Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
  • DB_TYPE env
    Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools
  • NCBI_API_KEY 비밀 env
    Higher NCBI E-utilities rate limits (3 -> 10 req/s)
  • S2_API_KEY 비밀 env
    Higher Semantic Scholar rate limits
  • OPENFDA_API_KEY 비밀 env
    Higher OpenFDA rate limits
  • ONCOKB_TOKEN 비밀 env
    Required by the variant_oncokb tool (OncoKB annotations)
  • DISGENET_API_KEY 비밀 env
    Required for DisGeNET disease-gene associations

이 설정은 제작자의 레지스트리 정보로 만들었어요. README와 다르면 README를 따르세요.

할 수 있는 일

내 컴퓨터에서 실행돼요. 설치하면 AI 앱에 도구 목록이 나타나요.

기본 점검i

누구나 볼 수 있는 정보를 점검했고, 코드는 읽지 않았어요. 해당하지 않는 항목은 개수에서 뺐어요. · 2026년 11월 9일 점검

  • ✓ 통과

    제작자와 저장소 일치

    레지스트리 이름이 GitHub 계정 yeyuan98 기준으로 확인되었고, 이 계정이 저장소를 소유하고 있어요

  • … 아직 점검 안 함

    계속 관리되고 있음

    아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요

  • … 아직 점검 안 함

    라이선스 있음

    아직 GitHub에서 이 저장소를 읽어 오지 않았어요

  • – 해당 없음

    엔드포인트 응답

    내 컴퓨터에서 실행되는 서버라 인터넷 엔드포인트가 없어요

  • – 해당 없음

    OAuth로 로그인

    내 컴퓨터에서 실행되며, 대신 로컬 설정을 사용해요

  • … 아직 점검 안 함

    도구 설명에 숨겨진 지시 없음

    내 컴퓨터에서 실행돼요. 도구 목록은 인터넷 엔드포인트가 있는 서버에서만 읽을 수 있어요

클리닉 및 건강 카테고리의 다른 서버와 비교i

  • 이 카테고리의 다른 서버 1049개 중 0%보다 스타가 많아요
  • 이 카테고리의 다른 서버 1049개 중 36%보다 최근에 레지스트리에 공개됐어요
  • 기본 점검 결과가 이 카테고리의 다른 서버 1049개 중 100%와 같거나 더 좋아요

레지스트리에서 이 카테고리의 활성 서버 전체와 비교했어요. 스타는 게시자가 저장소를 소유한 경우에만 세요.

자주 묻는 질문

BioMCP-TS, 안전한가요?

해당하는 기본 점검 1개 중 1개를 통과했어요. 코드는 읽지 않았어요. 키나 토큰을 넣기 전에 서버가 어떤 권한을 요구하는지 확인하고, 꼭 필요한 권한만 있는 키를 쓰세요.

어떤 키나 코드가 필요한가요?

입력해야 할 값: NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY

내 컴퓨터에서 실행되나요, 클라우드에서 실행되나요?

내 컴퓨터에서 실행돼요. AI 앱이 필요할 때 실행하고, 데이터는 제작자의 서버를 거치지 않아요(서버 자체가 온라인 서비스를 호출하는 경우는 제외).

아직 관리되고 있나요?

GitHub 저장소는 마지막으로 – 변경됐고, 최신 버전(1.4.3)은 2개월 전 레지스트리에 올라왔어요.

어떤 앱에서 쓸 수 있나요?

Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code처럼 MCP를 지원하는 앱에서 쓸 수 있어요. 내 컴퓨터에 Node.js도 있어야 해요.

대신 쓸 수 있는 건 뭐가 있나요?

같은 카테고리에는: Mirobody, FHIR MCP Server, Google Health MCP

대안

같은 카테고리에서 다른 제작자가 만든 서버예요. 스타 순으로 정렬했어요.

카드 보는 법:↓ 주간 다운로드i★ GitHub 스타i세 기둥: 리뷰 · 점검 · 사용 정도i업데이트 = 최신 버전을 레지스트리에 공개한 날i

Mirobody

Lab results to LOINC codes and UCUM units, symptoms and diagnoses to ICPC-3. Offline, no API key.

제작자: thetahealth성장 중↓ 290/주★ 1.4천그저께 업데이트

내 컴퓨터에서 실행✓ thetahealth.ai

FHIR MCP Server

MCP server providing seamless access to FHIR APIs for AI tools and healthcare applications

제작자: wso2성장 중↓ 823/주★ 13711일 전 업데이트

내 컴퓨터에서 실행

Google Health MCP

Privacy-first unofficial Google Health API v4 MCP server for health, sleep, activity, HR agents

제작자: davidmosiah성장 중↓ 1천/주★ 794개월 전 업데이트

내 컴퓨터에서 실행

제작자의 README

README 열기

제작자의 저장소에서 쓰인 그대로 가져왔어요. PopNx MCP가 검토하거나 보증한 내용이 아니에요. HTML, 이미지, 스크립트는 제거했어요. 링크를 누르면 이 사이트를 벗어나요.

BioMCP

Highlights

Democratizing agentic access to bioinformatics and biopharmaceutical databases and analyses.

  • Section-based federated access to 50+ bioinformatics, pharmaceutical, and patent databases
  • Optional toolboxes for local database curation and dependency-free analysis with Bioconductor and SAM/BED/BCFtools — no R installation, C toolchain, or containers
  • Concrete example vignettes, developed fully in the open

Install

npx -y biomcp doctor   # diagnose a machine: Node gate, config health, feature gates, peer deps

npx biomcp # zero-config stdio MCP server (this is what MCP clients run); Node >= 22.13

Setup is guided in [docs/AGENT-INSTALL.md](docs/AGENT-INSTALL.md) — a one-minute start, copy-paste config entries for Claude Desktop, Claude Code, Codex, and OpenCode (one canonical pinned command covering every feature), biomcp doctor as the single troubleshooting entry point, and agent-friendly paths for API keys and optional features.

Multiple agents on one machine: biomcp enforces arXiv's Terms-of-Use rate limit (1 request / 3 s) per process. When running multiple biomcp MCP instances on one machine (e.g., one stdio instance per agent), rate limits are not coordinated across processes, and arXiv's TOU applies to all your machines in aggregate. For multi-agent single-machine deployments, run a single shared biomcp serve daemon (see docs/SELF-HOSTING.md) so all agents share one process and one global rate limiter.

Available Tools

Full tool schemas (params, enums, defaults) live in src/server/README.md.

Gene (7)
ToolDescription
gene_searchSearch genes by symbol, name, or keyword with chromosome filter
gene_getGet detailed gene info by HGNC symbol with optional sections (core, pathways, protein, ontology, go, interactions, expression, protein_atlas, constraint, druggability, dosage_sensitivity, clinical_evidence, disease_associations, diseases, funding). Set smart=true to auto-resolve gene aliases (e.g., "HER2" → "ERBB2")
gene_diseasesGet diseases associated with a gene (DisGeNET / OpenTargets)
gene_drugsFind drugs targeting a gene (OpenTargets; envelope { results, warnings?, errors? } — OpenTargets failures and unresolved genes ride in errors[], never as inline rows)
gene_trialsFind clinical trials for a gene
gene_articlesFind articles about a gene (federated across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, LitSense; envelope { results, warnings?, errors? } — per-backend failures ride in errors)
gene_enrichPathway enrichment analysis for a gene list (Reactome)
Variant (4)
ToolDescription
variant_searchSearch variants by rsid, HGVS, gene, ClinVar significance, frequency, CADD
variant_getGet detailed variant info with optional sections (frequency, predictions, clinical; alphagenome_scores currently returns an unavailability error pending reimplementation)
variant_oncokbGet OncoKB cancer variant annotations (requires ONCOKB_TOKEN)
variant_trialsFind clinical trials for a variant
Drug (3)
ToolDescription
drug_searchSearch drugs by name, mechanism, or keyword (envelope { results, hint? } — when nothing matches, hint points mechanism/target queries at gene_drugs)
drug_getGet detailed drug info with optional sections (us_regulatory, who_regulatory, safety, targets, indications, adverse_events — FDA FAERS reactions ranked by report count; WHO PQ listing lookup, ~650 global-health priority products)
drug_trialsFind clinical trials for a drug
Disease (4)
ToolDescription
disease_searchSearch diseases by name, phenotype, or keyword (envelope { results, warnings?, errors? })
disease_getGet detailed disease info by ID (DOID, MONDO, OMIM, etc.) with optional sections (gene_associations, phenotypes, pathways)
disease_drugsGet drugs for a disease (OpenTargets; envelope { results, warnings?, errors? } — OpenTargets failures and unresolved diseases ride in errors[], never as inline rows)
disease_trialsGet clinical trials for a disease (ClinicalTrials.gov; envelope { results, warnings?, errors? })
Article (4)
ToolDescription
article_searchFederated literature search across PubMed, EuropePMC, Semantic Scholar, arXiv, PubTator, and LitSense with optional date range filtering; source: "preprint_only" switches to bioRxiv+medRxiv preprints only (abstracts, citation counts, date filtering). Result records carry journal_issn
article_getGet detailed article info by identifier (PMID, PMCID, DOI, or bioRxiv/medRxiv preprint DOI) with optional sections: fulltext (the complete article text when freely readable in PMC/Europe PMC — open-access AND free-to-read articles; by default (fulltext_output="file") written to a server-side markdown file with the reply carrying file_path + an outline of headings with line numbers and char counts for selective Read/Grep, keeping body text out of the agent context; fulltext_output="inline" returns capped text sections via fulltext_max_chars, default 40000), oa (open-access/license metadata and links: status open_access/free_to_read/paywalled/not_in_pmc/unknown, license, pmc/pdf/doi links), annotations, graph (citation graph), citation (fast/full citation data; Europe PMC citations for preprints). all excludes fulltext. Preprint records include all versions, license, category, funders, JATS full-text URL (link only — use preprint_fulltext for the text), and published-version mapping. The record carries journal_issn
preprint_fulltextOn-demand bioRxiv/medRxiv preprint full text (JATS XML parsed to sections), by preprint DOI with optional version (default: latest). Strictly on-demand (never during search), downloads are paced (≥3 s spacing), cached per (doi, version) — JATS per version is immutable — and license-aware (cc_by → cc by + CC URL on every reply; the per-article license governs reuse). www.biorxiv.org rate-limits aggressively: on a 429/Cloudflare verdict all downloads pause ≥60 s (Retry-After honored) and calls during the cooldown get an honest rate_limited envelope with retry_after_sec; cached copies keep serving instantly. output="file" (default) writes a server-side markdown file (file_path + outline); output="inline" returns capped sections (fulltext_max_chars). Corpus-scale: use the bioRxiv/medRxiv monthly S3 buckets (https://www.biorxiv.org/tdm)
journal_metricsOpenAlex journal quality metrics (2yr mean citedness — an open-access impact-factor alternative), h-index, quality lists; by name, NLM abbreviation, or ISSN
Trial (2)
ToolDescription
trial_searchSearch clinical trials by condition, intervention, status, or phase. Cursor-based pagination via page_token
trial_getGet detailed trial info by NCT ID with optional sections (eligibility, locations, outcomes)
Utility (2)
ToolDescription
discoverFree-text concept resolution across all entity types
batch_getRetrieve multiple entities in parallel
Structural Biology (1)
ToolDescription
pdbSearch PDB structures, get entry metadata with optional sections (polymer entities, ligands, assembly, experiment, citation), and download structure files (mmCIF/PDB)
Patents (2)
ToolDescription
patent_searchSearch patents worldwide (US, EP, WO, JP, 100+ authorities) with assignee/inventor/CPC/status/date filters and relevance ranking (sort_by). Quote exact multi-word concepts (e.g. "flow cytometry"). Foundational prior art is auto-discovered via co-citation mining (seminal_prior_art; disable with seminal: false). Default backends: USPTO Public Search full-text (US, keyless, relevance-ranked) + EPO OPS (worldwide, keyed); uspto_odp (US bibliographic metadata) and google_patents (best-effort) available via source
patent_getGet patent details by publication number with sections: abstract, claims (US fulltext via USPTO Public Search; EP/WO via EPO OPS when configured, otherwise Google Patents pages), citations (forward + backward), family, classifications
GEO (2)
ToolDescription
geo_searchSearch NCBI GEO for functional genomics studies (expression microarrays, RNA-seq, single-cell series) by entry type (GSE/GSM/GPL/GDS) and organism; results carry cross-links (bioproject, pubmed_ids; sra_project when NCBI links the SRA study — otherwise geo_get's sra field) for chaining
geo_getGet the full SOFT record for a GEO series/sample/platform: summary, organisms, sample preview (≤20), supplementary file URLs, and cross-references; optionally download the first supplementary file. GDS curated DataSets return structured guidance ({ accession, guidance, see_also: { series, sample } }) pointing at the underlying GSE/GSM instead of a record
SRA (2)
ToolDescription
sra_searchSearch NCBI's Sequence Read Archive for sequencing experiments and runs by free text, accession, or field syntax; returns experiment/study/sample accessions with library strategy and run counts
sra_getGet full details for an SRA accession: run (SRR/ERR/DRR — instrument, spots, bases, size), experiment (SRX/ERX/DRX — library design), study (SRP/ERP/DRP — experiment list), or sample (SRS/ERS/DRS); NCBI SRA indexes NCBI, ENA, and DDBJ accessions alike
GenBank (3)
ToolDescription
genbank_searchSearch NCBI nucleotide records (GenBank/RefSeq/INSDC) by plain terms, accession, or field syntax; results include accession.version, definition, length, organism, topology
genbank_getFetch a GenBank/RefSeq record as GenBank flat file or FASTA; whole records capped at 2 Mb — larger records require a seq_start/seq_stop region (up to 10 Mb, reverse-strand via strand=2)
genbank_genesMap a GenBank/RefSeq accession to its NCBI Gene IDs (elink nuccore→gene) for bridging into gene tools
GTEx (2)
ToolDescription
gtex_expressionGet median gene expression across GTEx tissues (Analysis v10, 54 tissue sites, TPM, highest first); accepts HGNC symbol or Ensembl gene ID, with optional single-tissue filter
gtex_eqtlGet significant cis-eQTL associations for a gene in a specific GTEx tissue (v10): variant_id, p_value, NES, slope, sorted by ascending p-value
Ensembl (4)
ToolDescription

| `e

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